单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 15841 - 15860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15841 | 2024-08-07 |
Reassessing endothelial-to-mesenchymal transition in mouse bone marrow: insights from lineage tracing models
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44312-w
PMID:38123537
|
研究论文 | 本文评估了在幼年小鼠中内皮细胞向间充质细胞转化的贡献，以生成骨髓基质细胞 | 发现内皮细胞在稳态和骨髓抑制诱导的造血再生过程中几乎不转化为骨髓基质细胞 | 使用Prrx1-Cre和Lepr-Cre转基因小鼠未能验证单细胞RNA测序的结果 | 探讨内皮细胞是否是骨髓基质细胞的来源 | 内皮细胞和骨髓基质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用Cdh5-rtTA-tetO-Cre或Tek-CreERT2的少数骨髓基质细胞 |
| 15842 | 2024-08-05 |
Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer
2023-Dec-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036548
PMID:38115318
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研究论文 | 本文构建了一个基于单细胞和整体RNA-seq综合分析的单核细胞相关预后模型，用于高等级浆液性卵巢癌的研究 | 通过鉴定和分析单核细胞相关的基因，确定了新的潜在生物标志物以用于高等级浆液性卵巢癌的预后评估和治疗 | 研究主要基于现有数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的问题 | 研究单核细胞在高等级浆液性卵巢癌中的作用及其与预后的关系 | 高等级浆液性卵巢癌患者的单核细胞相关基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA-seq | Cox模型 | 基因表达数据 | NA |
| 15843 | 2024-08-07 |
Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis
2023-Dec-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036707
PMID:38115253
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研究论文 | 本研究旨在通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别与子宫内膜异位症发展相关的关键基因，并构建一个准确的预测模型，为子宫内膜异位症的诊断和治疗提供新的方向 | 本研究通过结合单细胞细胞通讯方法、芯片数据整合差异分析、WGCNA分析和LASSO模型，识别了与免疫浸润和功能富集分析相关的关键基因，并发现这些基因在单细胞中显著表达 | NA | 识别与子宫内膜异位症发展相关的关键基因，并构建一个准确的预测模型 | 子宫内膜异位症的关键基因和预测模型 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO模型 | RNA序列数据 | 1879个差异表达基因, 357个模块基因 |
| 15844 | 2024-08-05 |
SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data
2023-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01773-7
PMID:36797409
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研究论文 | 本文介绍了一个名为空间组学数据库(SODB)的网络平台，该平台提供丰富的数据资源和交互式数据分析模块 | SODB提供了一种统一的数据格式，兼容多种计算软件包，并介绍了独特的空间组学视图模块(SOView)，能够更好地分析和展示空间组学数据 | 可能尚未涵盖所有空间组学技术的实验数据 | 构建一个整合空间组学数据的数据库和分析工具 | 来自25种以上空间组学技术的2400多个实验数据 | 数字病理学 | NA | 空间组学 | NA | 实验数据 | 超过2400个实验 |
| 15845 | 2024-08-07 |
Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment
2022-12-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019
PMID:36516855
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research paper | 本文通过单细胞RNA测序研究了45名认知正常的54至82岁受试者的脑脊液（CSF）免疫变化，并对比了14名认知受损受试者的CSF免疫情况。 | 首次揭示了随着年龄增长和认知障碍，脑脊液中免疫系统的变化，特别是单核细胞中脂质运输基因的上调和下调，以及CXCL16-CXCR6信号通路在认知受损中的作用。 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定年龄段和认知状态的受试者。 | 探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍中的变化。 | 脑脊液中的免疫系统及其在不同认知状态下的变化。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 45名认知正常的受试者和14名认知受损的受试者 |
| 15846 | 2024-08-07 |
223Ra Induces Transient Functional Bone Marrow Toxicity
2022-10, Journal of nuclear medicine : official publication, Society of Nuclear Medicine
IF:9.1Q1
DOI:10.2967/jnumed.121.263310
PMID:35177425
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研究论文 | 本研究探讨了223Ra治疗对骨髓生物学的影响，通过结合流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜和骨髓移植分析 | 本研究首次全面解释了223Ra对骨髓细胞的可逆效应，并排除了长期骨髓毒性 | NA | 研究223Ra治疗对骨髓功能的影响及其安全性 | 骨髓生物学和骨髓细胞 | NA | 前列腺癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜 | NA | 细胞 | NA |
| 15847 | 2024-08-07 |
Inference on spatial heterogeneity in tumor microenvironment using spatial transcriptomics data
2022-Sep, Computational and systems oncology
DOI:10.1002/cso2.1043
PMID:36035873
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络图的空间统计模型框架，用于分析空间转录组数据，以揭示肿瘤微环境中的模块性和空间异质性 | 首次提出使用网络图的空间统计模型来量化肿瘤微环境中的空间异质性 | 研究仅限于胰腺导管腺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症 | 研究肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生长和癌症特征的影响 | 肿瘤微环境中的细胞类型和通路特征的空间分布 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 网络图 | 分子数据 | 胰腺导管腺癌样本 |
| 15848 | 2024-08-07 |
PANoptosis signaling enables broad immune response in psoriasis: From pathogenesis to new therapeutic strategies
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.049
PMID:38125299
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研究论文 | 本文探讨了PANoptosis信号在银屑病中的作用及其作为潜在治疗策略的可能性 | 首次揭示了PANoptosis在银屑病中的作用，并通过多转录组分析和实验验证确定了PANoptosis信号及其相关基因 | NA | 揭示PANoptosis在银屑病中的作用，探索新的治疗策略 | 银屑病患者中的PANoptosis信号及其对免疫细胞浸润的影响 | NA | 银屑病 | RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 15849 | 2024-08-07 |
SCInter: A comprehensive single-cell transcriptome integration database for human and mouse
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.024
PMID:38125297
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研究论文 | 本文开发了一个全面的单细胞转录组整合数据库SCInter，用于人类和小鼠的基因表达数据 | SCInter数据库提供了手动 curated 的基因表达数据，支持跨不同细胞类型的样本级别分析，并包含多种分析工具 | NA | 旨在支持单细胞RNA测序数据的综合和有效注释与分析 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 115个整合数据集和1016个样本，覆盖近150个组织/细胞系，包含8016,646个细胞标记 |
| 15850 | 2024-08-05 |
Translatome Profiling of Tissue-Resident Macrophages Using the RiboTag Approach
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_17
PMID:37639128
|
研究论文 | 本文讨论了一种新的方法RiboTag，用于从粗糙的组织提取物中获取组织驻留巨噬细胞的转录组。 | 提出了RiboTag方法，可以避免传统细胞分离中的偏差和伪影 | 只集中于脑巨噬细胞的研究，没有涉及其他类型的组织巨噬细胞 | 探索RiboTag方法在组织驻留巨噬细胞研究中的应用 | 脑巨噬细胞，包括小胶质细胞和边界相关细胞 | 数字病理学 | NA | RiboTag | NA | 转录组 | NA |
| 15851 | 2024-08-07 |
Hemocyte Nuclei Isolation from Adult Drosophila melanogaster for snRNA-seq
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_4
PMID:37639115
|
研究论文 | 本文提供了一种从成年果蝇中分离血细胞核用于单核RNA测序（snRNA-seq）的详细方案 | 首次提供了从成年果蝇血细胞中分离核用于snRNA-seq的具体方法 | NA | 研究果蝇血细胞在不同实验条件下的功能和特性 | 成年果蝇的血细胞核 | NA | NA | snRNA-seq | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 15852 | 2024-08-05 |
Autophagy of OTUD5 destabilizes GPX4 to confer ferroptosis-dependent kidney injury
2023-Dec-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44228-5
PMID:38110369
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研究论文 | 本文研究了OTUD5通过降解GPX4来介导铁死亡导致的肾损伤 | 发现OTUD5作为GPX4结合蛋白，通过稳定GPX4抵抗铁死亡，揭示了缺血-再灌注期间的分子机制 | 研究主要集中在肾脏的铁死亡机制，其他器官的影响未被探讨 | 探讨OTUD5在缺血-再灌注相关肾损伤中的作用及其机制 | 研究主要对象为肾脏细胞和铁死亡相关的分子机制 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 15853 | 2024-08-07 |
Association of WHSC1/NSD2 and T-cell infiltration with prostate cancer metastasis and prognosis
2023-12-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48906-8
PMID:38062230
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研究论文 | 本研究评估了NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性，并通过免疫组织化学、单细胞RNA测序和基因集富集分析等方法探讨了NSD2与T细胞浸润的关系及其在前列腺癌转移和预后中的作用。 | 首次基于NSD2表达和CD4及CD8 TILs成功对前列腺癌患者进行免疫分类，并发现NSD2在定义前列腺癌免疫浸润中的新作用。 | NA | 评估NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性。 | NSD2在前列腺癌中的表达模式及其与T细胞浸润的关系。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、基因集富集分析 | NA | 组织样本 | 34例良性前列腺增生、36例前列腺上皮内瘤变、57例前列腺癌（包括19例转移性去势抵抗性前列腺癌） |
| 15854 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a T cell marker gene-based signature to predict prognosis and immunotherapy response in gastric cancer
2023-12-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48930-8
PMID:38049463
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研究论文 | 本研究通过分析GSE183904数据集中的单细胞RNA测序数据，使用R包“Seurat”的“FindAllMarkers”方法识别了322个T细胞标记基因，并基于这些基因构建了一个五基因预测签名，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 本研究首次基于T细胞标记基因构建了一个五基因预测签名，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | NA | 研究旨在识别和验证基于T细胞标记基因的签名，以预测胃癌的预后和免疫治疗反应 | 胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | TCGA数据库中的STAD患者 |
| 15855 | 2024-08-05 |
POSTN Secretion by Extracellular Matrix Cancer-Associated Fibroblasts (eCAFs) Correlates with Poor ICB Response via Macrophage Chemotaxis Activation of Akt Signaling Pathway in Gastric Cancer
2023-Dec-01, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0503
PMID:37199594
|
研究论文 | 本研究探讨了胃癌中eCAFs分泌的POSTN与免疫检查点抑制（ICB）反应的关系 | 揭示了CAFs分泌的POSTN通过激活巨噬细胞的Akt信号通路来促进巨噬细胞的趋化作用，从而导致ICB抵抗 | 研究仅依赖于TCGA-STAD和真实世界队列的分析，可能存在样本选择偏倚 | 期望阐明eCAFs与胃癌ICB反应之间的关系及其机制 | 主要研究对象为胃癌患者中的POSTN+FAP+外基质癌相关成纤维细胞（eCAFs）和巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及TCGA-STAD和真实世界胃癌队列的患者样本 |
| 15856 | 2024-08-05 |
IFNγ Transcribed by IRF1 in CD4+ Effector Memory T Cells Promotes Senescence-Associated Pulmonary Fibrosis
2023-Dec-01, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0320
PMID:37199578
|
研究论文 | 本研究探讨了生理老化肺部中CD4+效应记忆T细胞转录的IFNγ如何促进与衰老相关的肺纤维化的机制 | 揭示了老化T细胞通过IFNγ信号通路促进AT2细胞衰老和肺纤维化的作用机制 | 未提及样本的具体来源及种类，可能影响研究结果的广泛适用性 | 确定影响肺泡II型上皮细胞的老化T细胞机制和亚型 | 年轻和老年小鼠的肺部单细胞转录组分析，重点是CD4+ T细胞 | 数字病理学 | 衰老相关肺纤维化 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 年轻和老年小鼠的肺部细胞，具体样本数量未提及 |
| 15857 | 2024-08-07 |
Microglia Exhibit Distinct Heterogeneity Rather than M1/M2 Polarization within the Early Stage of Acute Ischemic Stroke
2023-Dec-01, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0505
PMID:37199734
|
研究论文 | 本研究通过建立小鼠中大脑动脉闭塞模型，利用单细胞RNA测序技术分析了缺血性中风急性期微胶质细胞的基因表达、细胞亚型和功能变化，揭示了微胶质细胞在急性期的异质性。 | 本研究首次将微胶质细胞在急性缺血性中风早期的异质性进行了详细分类，并发现了多个具有独特功能特征的亚群。 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。 | 阐明缺血性中风急性期微胶质细胞的异质性，以促进早期有效的神经保护策略的开发。 | 微胶质细胞在急性缺血性中风早期的异质性和功能变化。 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 37,614个微胶质细胞 |
| 15858 | 2024-08-07 |
Synovial Tissue Heterogeneity in Japanese Patients With Rheumatoid Arthritis Elucidated Using a Cell-Type Deconvolution Approach
2023-12, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42642
PMID:37390361
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研究论文 | 本研究使用细胞类型反卷积方法，阐明了日本类风湿性关节炎患者滑膜组织的异质性 | 首次基于免疫细胞组成对东亚类风湿性关节炎患者的滑膜进行分层，并揭示了不同滑膜表型的炎症驱动因素 | 样本仅来自日本的东亚患者，可能限制了研究结果的普遍性 | 旨在通过免疫细胞组成对东亚类风湿性关节炎患者的滑膜进行分层，并深入了解每种滑膜表型的炎症驱动因素 | 日本类风湿性关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序技术 | NA | 基因表达数据 | 41例 |
| 15859 | 2024-08-07 |
Genome-wide identification and expression analysis of heat shock protein gene family in cassava
2023-Dec, The plant genome
DOI:10.1002/tpg2.20407
PMID:37899677
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研究论文 | 本研究在木薯基因组中鉴定了225个MeHsp基因，并分析了它们的遗传结构、染色体分布、复制事件以及在不同组织和细胞亚群中的表达模式 | 首次在木薯中系统地鉴定和分析了热休克蛋白基因家族，揭示了MeHsp基因在植物适应环境中的重要作用 | NA | 旨在理解木薯中热休克蛋白基因的功能特性和进化关系 | 木薯中的热休克蛋白基因家族 | NA | NA | 定量实时聚合酶链反应 (qRT-PCR) | NA | 转录组数据 | 225个MeHsp基因 |
| 15860 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data identifies B cell marker genes signature that predicts prognosis and analysis of immune checkpoints expression in head and neck squamous cell carcinoma
2023-Dec, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22656
PMID:38125461
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别出B细胞标记基因签名，该签名能预测头颈鳞状细胞癌的预后及免疫检查点表达 | 首次通过单细胞RNA测序数据筛选出B细胞标记基因，并验证其在头颈鳞状细胞癌中的预后价值及对免疫治疗反应的潜在影响 | 研究仅限于头颈鳞状细胞癌，且免疫检查点表达与预后的统计学差异不显著 | 探索B细胞标记基因签名在头颈鳞状细胞癌中的预后价值及对免疫治疗反应的影响 | 头颈鳞状细胞癌患者的B细胞标记基因及免疫检查点表达 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 145个B细胞标记基因，TCGA数据集及四个独立数据集 |