单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15801	2024-08-07	RNA-seq characterization of histamine-releasing mast cells as potential therapeutic target of osteoarthritis 2022-Nov, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2022.109117 PMID:36109004	研究论文	本研究通过RNA测序分析和药物阻断组胺活性，探讨肥大细胞在骨关节炎中的作用	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，结合流式细胞术和免疫组化分析，对骨关节炎中的肥大细胞进行详细表征	研究主要基于小鼠模型，未来需在人体中进一步验证	进一步阐明肥大细胞在骨关节炎中的作用及其作为治疗靶点的潜力	骨关节炎的滑膜组织和滑液中的肥大细胞	数字病理学	骨关节炎	RNA测序	NA	RNA	包括40名骨关节炎患者和使用组胺H1受体拮抗剂西替利嗪治疗的小鼠模型
15802	2024-08-07	Construction and validation of a novel lysosomal signature for hepatocellular carcinoma prognosis, diagnosis, and therapeutic decision-making 2023-12-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-49985-3 PMID:38114725	研究论文	本研究构建并验证了一种新的溶酶体相关风险评分（LRRS），用于肝细胞癌（HCC）的预后、诊断和治疗决策	首次构建了基于溶酶体的肝细胞癌预后标志物，并验证了其在诊断和治疗决策中的应用	NA	探索溶酶体在肝细胞癌中的作用，并开发新的预后、诊断和治疗决策工具	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	LASSO-惩罚Cox回归算法	基因表达数据	TCGA和ICGC队列的数据
15803	2024-08-05	Dysregulated Repeat Element Viral-like Immune Response in Hepatocellular Carcinoma 2023-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.04.570014 PMID:38105940	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌中调控失衡的病毒样重复RNA与免疫反应之间的关系	首次系统性研究了肝细胞癌中病毒样重复RNA的表达及其与临床结果的相关性	本研究样本数量有限，需进一步研究以验证结果	了解肝细胞癌中重复RNA的表达如何影响免疫反应和临床结果	分析43个切除的肝细胞癌标本中的重复RNA表达及免疫细胞亚群	数字病理学	肝癌	RNA原位杂交（RNA-ISH）、免疫组化（IHC）、空间转录组学	NA	组织标本	43个切除的肝细胞癌标本和28个空间转录组学样本
15804	2024-08-07	An inducible genetic tool for tracking and manipulating specific microglial states in development and disease 2023-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.01.569597 PMID:38106187	研究论文	本文报道了一种可诱导的Cre驱动线Clec7a-CreER，用于追踪和操纵大脑实质中发育和疾病中的特定小胶质细胞状态	开发了一种新的工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定的小胶质细胞状态，揭示了这些状态的动态性和可塑性	NA	研究小胶质细胞在发育和疾病中的特定状态及其功能意义	小胶质细胞的特定状态，如增殖区域相关小胶质细胞（PAM）和疾病相关小胶质细胞（DAM）	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达	NA
15805	2024-08-05	Cella: 3D data visualization for plant single-cell transcriptomics in Blender 2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum IF:5.4Q1 DOI:10.1111/ppl.14068 PMID:38148248	研究论文	本文介绍了一种名为Cella的工具，它利用开源3D软件Blender进行植物单细胞转录组数据的可视化	创新点在于使用Blender设计了一个可视化工具，将复杂数据转换为可理解的3D热图	该工具主要针对阿拉伯芥的根尖组织，其他组织的适用性需进一步验证	研究复杂生物过程的可视化方法，特别是植物发育研究	阿拉伯芥根尖的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	图像	映射了21,489个基因的42,978张图像
15806	2024-08-07	Single-cell transcriptome analyses reveal cellular and molecular responses to low nitrogen in burley tobacco leaves 2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum IF:5.4Q1 DOI:10.1111/ppl.14118 PMID:38148214	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了在正常和低氮条件下生长的烟草叶片中的细胞和分子响应	首次构建了烟草叶片的单细胞图谱，并揭示了低氮胁迫下细胞类型的特异性基因表达模式	NA	研究烟草在低氮条件下的细胞和分子响应机制	烟草叶片的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	10种细胞类型，17个转录上不同的细胞集群
15807	2024-08-05	TEAD1 trapping by the Q353R-Lamin A/C causes dilated cardiomyopathy 2023-04-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ade7047 PMID:37058558	研究论文	本文探讨了突变的Lamin A/C如何通过捕获TEAD1导致扩张型心肌病的分子机制	发现了突变Lamin A/C通过在核膜捕获TEAD1导致心肌细胞结构成熟不足，并揭示了干预转录失调的潜在治疗方法	NA	阐明扩张型心肌病的分子机制	突变的Lamin A/C及其相关的扩张型心肌病	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，ATAC-seq，蛋白质阵列，电子显微镜分析	NA	RNA，蛋白质	来自患有扩张型心肌病的患者的心脏组织样本
15808	2024-08-07	Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice 2023-Jan-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.17.523241 PMID:36711968	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠皮肤伤口早期炎症过程中的细胞动态变化，发现凋亡途径和吞噬凋亡细胞的受体在成纤维细胞和免疫细胞中上调，并探讨了这些受体在组织修复中的作用。	首次揭示了凋亡细胞识别受体在组织修复中的具体作用机制，并提供了慢性伤口治疗的新潜在靶点。	研究主要集中在小鼠模型上，对人类糖尿病足伤口的适用性需要进一步验证。	探讨凋亡细胞识别和清除在组织修复中的作用机制。	小鼠皮肤伤口中的成纤维细胞、免疫细胞及人类糖尿病足伤口。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠皮肤伤口和人类糖尿病足伤口样本
15809	2024-08-07	Identification of ADAM23 as a Potential Signature for Psoriasis Using Integrative Machine-Learning and Experimental Verification 2023, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S441262 PMID:38148887	研究论文	本研究通过综合机器学习算法和实验验证，识别出ADAM23作为银屑病的一个潜在标志物	本研究首次使用四种机器学习算法结合单细胞RNA测序分析，验证了ADAM23作为银屑病的高诊断准确性的关键生物标志物	NA	旨在识别银屑病的新型关键生物标志物并分析其潜在的分子机制	银屑病相关的生物标志物及其在疾病诊断和治疗中的应用	机器学习	皮肤疾病	机器学习算法（随机森林、LASSO逻辑回归、WGCNA、SVM-RFE）、CIBERSORT、单细胞RNA分析	NA	基因表达数据	涉及多个数据集，包括GSE30999、GSE6710和GSE41662，以及人和小鼠的实验样本
15810	2024-08-07	Single-Cell Analyses Reveal Necroptosis's Potential Role in Neuron Degeneration and Show Enhanced Neuron-Immune Cell Interaction in Parkinson's Disease Progression 2023, Parkinson's disease DOI:10.1155/2023/5057778 PMID:38149092	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了细胞坏死在帕金森病神经元退化中的潜在作用及神经元与免疫细胞间的相互作用	首次深入分析了细胞坏死相关基因在神经元退化中的富集情况，并揭示了微胶质细胞与不同类型神经元在帕金森病进展中的增强相互作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究帕金森病中神经元死亡和炎症的原因	帕金森病中的神经元退化和细胞间相互作用	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
15811	2024-08-07	Leveraging a KRAS-based signature to predict the prognosis and drug sensitivity of colon cancer and identifying SPINK4 as a new biomarker 2023-12-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-48768-0 PMID:38097680	研究论文	本研究利用KRAS相关基因表达特征预测结肠癌患者的预后和药物敏感性，并发现SPINK4作为新的生物标志物	首次识别并验证了基于KRAS的80个差异表达基因组成的特征，其中19个基因构建的模型能显著预测结肠癌的预后和药物反应	NA	探索基于KRAS的基因表达特征在结肠癌预后和药物敏感性预测中的应用	结肠癌患者的预后和药物敏感性	数字病理学	结肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO cox回归	基因表达数据	使用TCGA和GEO数据库中的数据
15812	2024-08-05	Reconstructing Spatial Transcriptomics at the Single-cell Resolution with BayesDeep 2023-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570715 PMID:38106214	研究论文	本文介绍了一种新型的贝叶斯层次模型BayesDeep，用于重建单细胞分辨率的空间转录组数据	提出了一个结合细胞形态学数据的贝叶斯模型，以单细胞分辨率重构空间转录组数据	目前的模型仅在两个真实的SRT数据集上进行了验证，可能需要更多样本以增强鲁棒性	提升对组织中生物功能的理解，重建单细胞分辨率的空间转录组数据	研究细胞形态与分子特征之间的关联	数字病理学	NA	贝叶斯模型	负二项回归模型	转录组数据	两个真实的SRT数据集
15813	2024-08-05	Single-cell transcriptomics uncover hub genes and cell-cell crosstalk in patients with hypertensive nephropathy 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111104 PMID:37897949	研究论文	该文章探讨了高血压肾病患者的关键基因和细胞间相互作用	首次利用单细胞转录组学揭示了高血压肾病的病理信号及潜在的细胞沟通机制	样本数量较少，仅包含2名健康对照和5名高血压患者，可能影响结果的普遍性	探讨高血压肾病的分子机制和基因靶标	研究对象为5名高血压肾病患者和2名健康供体	数字病理学	高血压肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7个样本（2个健康供体和5个高血压患者）
15814	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing in double-hit lymphoma: IMPDH2 induces the progression of lymphoma by activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111125 PMID:37907047	研究论文	研究IMPDH2在双击淋巴瘤中的作用及其机制	首次揭示IMPDH2作为促进双击淋巴瘤肿瘤发展的关键因子及其与PI3K/AKT/mTOR信号通路的联系	未能完全阐明IMPDH2在所有类型淋巴瘤中的作用机制	探索IMPDH2在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其在双击淋巴瘤中的作用	双击淋巴瘤(DHL)cases和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的IMPDH2	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞系和组织样本	NA
15815	2024-08-07	Identification of anterior cruciate ligament fibroblasts and their contribution to knee osteoarthritis progression using single-cell analyses 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111109 PMID:37883816	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）技术，揭示了前交叉韧带（ACL）在正常和骨关节炎（OA）状态下的转录组和表观基因组特征	发现了ACL中的一种新型成纤维细胞亚群，并揭示了其在膝关节稳态和疾病中的作用	NA	探究前交叉韧带在膝关节骨性关节炎进展中的作用	前交叉韧带的成纤维细胞及其在膝关节骨性关节炎中的作用	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
15816	2024-08-07	A candidate prognostic biomarker: TFEB inhibits tumor progression via elevating CDKN1A in bladder cancer 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111016 PMID:37890378	研究论文	本研究探讨了转录因子EB（TFEB）在膀胱癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次揭示了TFEB通过上调CDKN1A表达抑制膀胱癌进展的机制，并发现TFEB表达与免疫细胞浸润呈正相关	NA	评估TFEB是否为膀胱癌的生物标志物及治疗靶点	膀胱癌组织及细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	549,393例新病例（2018年数据）
15817	2024-08-05	Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers 2023-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01536-3 PMID:36593397	研究论文	本文提出了一种高通量同时进行空间转录组学和蛋白质分析的方法	本文创新性地开发了空间蛋白质和转录组测序技术（SPOTS），实现了转录组学和蛋白质组学的实验整合	本文未提及具体的实验限制	研究空间转录组学与蛋白质组学的整合方法	主要研究空间转录组和蛋白质的表达	数字病理学	NA	空间转录组学和蛋白质组学	NA	NA	NA
15818	2024-08-07	Mapping the biogenesis of forward programmed megakaryocytes from induced pluripotent stem cells 2022-02-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj8618 PMID:35171685	研究论文	本文开发了一种从多能干细胞生产血小板前体细胞巨核细胞的系统，并通过单细胞RNA测序技术映射了体外分化过程中的每个状态与其在体内的等效状态	本文通过单细胞RNA测序技术识别了五个表面标记，这些标记可重复纯化巨核细胞前体细胞，并优化了培养条件以增加巨核细胞前体细胞的生产	目前尚不清楚体外巨核细胞前体细胞状态是否与体内状态一致	研究旨在映射体外和体内巨核细胞前体细胞状态的平行关系，并优化体外衍生输血产品的生产	研究对象为从诱导多能干细胞衍生的巨核细胞及其前体细胞	NA	血小板减少症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15819	2024-08-07	Immune cell profiling of preeclamptic pregnant and postpartum women by single-cell RNA sequencing 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2022.2144291 PMID:36369864	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的外周血单个核细胞（PBMCs）的免疫细胞组成和异质性	首次在单细胞水平上揭示了先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫细胞组成和活性变化	样本量较小，仅包括三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照	探究先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫系统变化	早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的PBMCs	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共获取了80,429个单细胞转录组数据，来自三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照
15820	2024-08-05	An End-to-End Deep Hybrid Autoencoder Based Method for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3328029 PMID:37889828	研究论文	本文提出了一种基于深度混合自编码器的单细胞RNA测序数据分析方法 dhaSCA	dhaSCA结合了图卷积神经网络（GCN）特征学习与下游任务，为单细胞转录组数据提供更准确的细胞特征学习	NA	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	RNA-seq	GCN-MLP深度自编码器	RNA-Seq数据	八个真实RNA-Seq数据集