单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 15801 - 15820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15801 | 2024-08-05 |
High-dimensional analysis reveals an immune atlas and novel neutrophil clusters in the lungs of model animals with Actinobacillus pleuropneumoniae-induced pneumonia
2023-Sep-13, Veterinary research
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s13567-023-01207-4
PMID:37705063
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研究论文 | 本研究揭示了模型动物肺部因Actinobacillus pleuropneumoniae引起的肺炎中的免疫图谱和新型中性粒细胞亚群 | 首次识别了具有抗原呈递细胞特征的MHC-II中性粒细胞，并发现了它们在APP感染后数量的增加 | 该研究主要集中在小鼠模型中，尚需在其他动物模型或人类中进行验证 | 研究肺部特异的免疫反应和参与细菌感染的关键免疫细胞亚群 | Actinobacillus pleuropneumoniae感染的小鼠及幼猪 | 数字病理学 | 猪肺炎 | 高维质谱细胞术和单细胞RNA-seq | NA | 细胞谱系和转录组数据 | 小鼠与感染APP和克雷伯氏肺炎杆菌的幼猪样本 |
| 15802 | 2024-08-07 |
Liquid biopsy-based protein biomarkers for risk prediction, early diagnosis, and prognostication of cholangiocarcinoma
2023-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.02.027
PMID:36868481
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研究论文 | 本研究通过液态活检技术，在血清细胞外囊泡中寻找胆管癌的风险预测、早期诊断和预后蛋白标志物。 | 提出了基于蛋白标志物的预测、诊断和预后模型，为个性化医疗提供了新的液态活检工具。 | NA | 探索胆管癌的风险预测、早期诊断和预后蛋白标志物。 | 胆管癌患者及健康个体的血清细胞外囊泡。 | 数字病理学 | 胆管癌 | 质谱分析、ELISA、机器学习算法 | 机器学习 | 蛋白质 | 共256个样本，包括不同类型的胆管癌患者和健康个体。 |
| 15803 | 2024-08-07 |
TREM2+ macrophages suppress CD8+ T-cell infiltration after transarterial chemoembolisation in hepatocellular carcinoma
2023-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.02.032
PMID:36889359
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌（HCC）患者在接受经动脉化疗栓塞（TACE）治疗后的免疫环境变化及其机制 | 发现TREM2+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在TACE治疗后抑制CD8+ T细胞的浸润，并通过分泌Galectin-1促进PD-L1在血管内皮细胞中的过度表达，从而阻碍CD8+ T细胞的招募 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的HCC患者 | 阐明HCC患者在接受TACE治疗后的免疫环境变化及其对疾病进展的影响 | HCC患者的肿瘤样本及TACE治疗后的免疫细胞变化 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5名未治疗HCC患者和5名接受TACE治疗的HCC患者的肿瘤样本，以及22对配对样本 |
| 15804 | 2024-08-05 |
TFAP2 paralogs regulate midfacial development in part through a conserved ALX genetic pathway
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.545376
PMID:37398373
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研究论文 | 本文探讨了TFAP2家族在哺乳动物中脸部发育中的作用及其与ALX基因途径的关系 | 研究表明TFAP2对面部发育的调控作用通过ALX转录因子实现，并展示了这一调控轴在脊椎动物中的保守性 | 缺乏在人类或其他物种中的直接验证，主要基于小鼠和斑马鱼的模型研究 | 研究TFAP2家族在中面部发育中的调控机制 | 小鼠和斑马鱼的神经嵴细胞 | NA | NA | RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和斑马鱼的神经嵴细胞 |
| 15805 | 2024-08-07 |
Decoding hereditary spastic paraplegia pathogenicity through transcriptomic profiling
2023-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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综述 | 本文综述了通过转录组分析解码遗传性痉挛性截瘫（HSP）致病性的研究进展 | 探讨了转录组数据与临床表现之间的关联，并强调了跨物种模型的重要性，以及新兴的单细胞RNA测序技术在解决HSP致病性相关未解问题中的潜力 | 尽管识别了70多个新的HSP致病基因，但对HSP的病理生理学和有效管理及治疗策略的开发仍了解不足 | 研究HSP的致病机制，并探索转录组数据与临床表现之间的关系 | 遗传性痉挛性截瘫（HSP）及其致病基因 | NA | 遗传性痉挛性截瘫 | 下一代测序技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15806 | 2024-08-05 |
Hepatocyte Adenosine Kinase Promotes Excessive Fat Deposition and Liver Inflammation
2023-01, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2022.09.027
PMID:36181835
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研究论文 | 本文研究了肝细胞腺苷激酶如何促进过量脂肪沉积和肝脏炎症 | 揭示了肝细胞腺苷激酶在肥胖基因/酶中的作用以及其在肝脏脂肪沉积和炎症中的机制 | 尚未提供各种治疗方法的临床验证 | 研究肝细胞腺苷激酶的功能及其在肥胖和非酒精性脂肪肝疾病中的作用 | 人类肝脏切片和特定转基因小鼠 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝疾病 | RNA测序，单细胞RNA测序，脂质组学 | 小鼠模型 | 人类组织样本和小鼠生物样本 | 人类样本和多种小鼠样本，具体数量未提供 |
| 15807 | 2024-08-05 |
Highly Multiplexed Spatially Resolved Proteomic and Transcriptional Profiling of the Glioblastoma Microenvironment Using Archived Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Specimens
2023-01, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2022.100034
PMID:36788070
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研究论文 | 本研究使用归档的福尔马林固定石蜡包埋标本对胶质母细胞瘤微环境进行了高度多重的空间解析蛋白质组和转录组分析 | 创新性地应用了整合的多模态方法来表征胶质母细胞瘤微环境的分子异质性 | 仅使用归档的固定标本，可能对新鲜样本的分析结果有局限性 | 研究胶质母细胞瘤微环境的空间分布及其潜在的治疗靶点 | 归档的福尔马林固定石蜡包埋的胶质母细胞瘤标本 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | NanoString GeoMx数字空间分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 空间蛋白质组和转录组数据 | 使用了归档的多个胶质母细胞瘤标本 |
| 15808 | 2024-08-05 |
Integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA transcriptome sequencing reveals a heterogeneous immune landscape and pivotal cell subpopulations associated with colorectal cancer prognosis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1184167
PMID:37675100
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研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌预后相关的异质性免疫景观和关键细胞亚群。 | 通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA转录组测序，提供了关于结直肠癌免疫细胞异质性的新见解。 | 该研究主要集中于免疫细胞的分析，其他肿瘤微环境因素的作用未得到足够探讨。 | 研究结直肠癌中免疫细胞的异质性及其对预后的影响。 | 结直肠癌患者的免疫细胞及其在肿瘤微环境中的分布。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、大规模RNA测序 | NA | 免疫细胞数据 | 62,398个免疫细胞 |
| 15809 | 2024-08-05 |
Substrate stiffness enhances human regulatory T cell induction and metabolism
2023-01, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 该文章探讨了基质刚度对人类调节性T细胞（Tregs）诱导和代谢的影响 | 揭示了Tregs诱导对基质机械刚度的敏感性，并发现刚性的基质促进了氧化磷酸化的使用 | 研究未探讨不同类型的基质对Tregs诱导的影响 | 旨在提高调节性T细胞的诱导效率，以改善细胞免疫治疗 | 人类调节性T细胞（Tregs） | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物材料 | 使用了不同刚度的聚丙烯酰胺胶（PA-gels）作为实验样本 |
| 15810 | 2024-08-07 |
Remarkable sex-specific differences at single-cell resolution in neonatal hyperoxic lung injury
2023-01-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00269.2022
PMID:36283964
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研究论文 | 研究了新生儿暴露于高氧环境下肺损伤的性别特异性及细胞类型特异性转录变化，并描绘了发育中肺部细胞间通信网络的变化。 | 首次在单细胞分辨率下研究新生儿高氧肺损伤的性别特异性转录变化，并识别了肺部血管内皮细胞对高氧暴露的敏感性及新的中间型内皮细胞群体。 | 研究仅限于C57BL/6小鼠模型，可能限制了结果在人类中的直接应用。 | 探讨新生儿高氧暴露下肺损伤的性别特异性及细胞类型特异性转录变化，以及细胞间通信网络的变化。 | 新生儿肺部在高氧暴露下的细胞类型特异性转录变化及细胞间通信网络。 | 数字病理学 | 新生儿疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 从暴露于高氧或正常氧环境的新生雄性和雌性C57BL/6小鼠肺部分离的超过35,000个细胞 |
| 15811 | 2024-08-07 |
Molecular Diversity of Neuron Types in the Salamander Amygdala and Implications for Amygdalar Evolution
2023, Brain, behavior and evolution
DOI:10.1159/000527899
PMID:36574764
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了蝾螈大脑中杏仁核的谷氨酸能神经元类型多样性，并探讨了其对杏仁核进化的影响 | 首次详细描述了非哺乳动物蝾螈杏仁核中谷氨酸能神经元的多样性，揭示了其与哺乳动物杏仁核神经元的分子差异 | 研究仅限于蝾螈这一种非哺乳动物，可能需要更多物种的数据来全面理解杏仁核的进化 | 探讨蝾螈杏仁核中神经元类型的多样性及其对杏仁核进化的影响 | 蝾螈杏仁核中的谷氨酸能神经元类型 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 至少十种不同的谷氨酸能神经元类型和亚型 |
| 15812 | 2024-08-07 |
Cross-Validated Loss-Based Covariance Matrix Estimator Selection in High Dimensions
2023, Journal of computational and graphical statistics : a joint publication of American Statistical Association, Institute of Mathematical Statistics, Interface Foundation of North America
IF:1.4Q2
DOI:10.1080/10618600.2022.2110883
PMID:37273839
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research paper | 本文研究了在高维数据中基于交叉验证损失的协方差矩阵估计器选择方法 | 提出了一个通用类别的损失函数用于协方差矩阵估计，并建立了相应的有限样本风险界限和交叉验证选择器的渐近最优条件 | NA | 开发一种在高维数据中选择最优协方差矩阵估计器的理论框架 | 协方差矩阵估计器的选择 | statistics | NA | NA | NA | single-cell transcriptome sequencing data | NA |
| 15813 | 2024-08-07 |
The effects of H22 tumor on the quality of oocytes and the development of early embryos from host mice: A single-cell RNA sequencing approach
2022-Feb, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究探讨了H22肿瘤对宿主小鼠卵母细胞质量和早期胚胎发育的影响，通过单细胞RNA测序方法进行分析 | 首次揭示了H22肿瘤通过改变与生殖相关基因的表达模式，影响卵母细胞质量和早期胚胎发育 | NA | 研究癌症与女性生殖之间的关联 | H22肿瘤携带小鼠的卵母细胞和合子发育潜力 | NA | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 202个差异表达基因中，45个与卵母细胞质量密切相关 |
| 15814 | 2024-08-07 |
Variation in selective constraints along the Plasmodium life cycle
2021-08, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2021.104908
PMID:33975022
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研究论文 | 研究分析了啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫在其生命周期中蛋白质编码序列的选择性约束变化 | 揭示了寄生虫发育过程中选择性约束的广泛变化，并强调了比其他阶段进化更快的阶段 | NA | 探究疟原虫生命周期中不同基因表达阶段的选择性压力变化 | 啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫的基因表达及其选择性约束 | NA | 疟疾 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多个发育阶段的样本 |
| 15815 | 2024-08-05 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.08.552451
PMID:37609307
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研究论文 | 这篇文章探讨了斑马鱼视网膜中因损伤和发育引起的神经发生受基因调控网络的影响 | 本研究揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的主要差异 | 本研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全推导至其他物种 | 研究视网膜损伤后和发育过程中基因调控网络的差异 | 斑马鱼及其视网膜的Müller胶质细胞及其再生过程 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 包含多个发育和再生视网膜样本的单核和单细胞数据 |
| 15816 | 2024-08-07 |
Smooth muscle-derived adventitial progenitor cells direct atherosclerotic plaque composition complexity in a Klf4-dependent manner
2023-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174639
PMID:37991018
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研究论文 | 研究探讨了血管平滑肌来源的间质前体细胞在Klf4依赖性方式下对动脉粥样硬化斑块组成复杂性的影响 | 首次明确了血管平滑肌来源的间质前体细胞在慢性动脉粥样硬化中的作用，并揭示了Klf4敲除对这些细胞及其衍生细胞表型的影响 | 研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中进行验证 | 探讨血管平滑肌来源的间质前体细胞在动脉粥样硬化中的作用及其调控机制 | 血管平滑肌来源的间质前体细胞及其在动脉粥样硬化斑块中的分化和功能 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-Seq, 流式细胞术, 组织学方法 | NA | 细胞 | 使用AdvSca1-SM细胞系追踪模型进行研究 |
| 15817 | 2024-08-05 |
Unravelling cancer subtype-specific driver genes in single-cell transcriptomics data with CSDGI
2023-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011450
PMID:38096269
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研究论文 | 本文开发了一种新的无监督方法CSDGI，用于推断癌症亚型特异性驱动基因 | CSDGI是首个在癌症亚型层面探讨癌症驱动基因的方法 | NA | 旨在推断癌症亚型特异性驱动基因以理解肿瘤异质性 | 肿瘤单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 低秩残差神经网络的编码器-解码器框架 | 转录组数据 | NA |
| 15818 | 2024-08-07 |
cellsig plug-in enhances CIBERSORTx signature selection for multidataset transcriptomes with sparse multilevel modelling
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad685
PMID:37952182
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cellsig的贝叶斯稀疏多级模型，旨在通过调整数据以适应多级效应和基因集稀疏性来改进签名估计 | cellsig模型能够处理大规模、异质性的伪批量和批量RNA测序数据集，特别是具有非重叠基因集的数据 | 目前工具如CIBERSORTx的一个限制是无法处理层次数据结构和跨样本的非重叠基因集 | 提高细胞类型标记基因排序性能，促进细胞类型签名选择 | 大规模的伪批量和批量RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 贝叶斯稀疏多级模型 | 转录组数据 | 1435个样本，涵盖58个数据集 |
| 15819 | 2024-08-05 |
The multi-omic landscape of sex chromosome abnormalities: current status and future directions
2023-Aug-01, Endocrine connections
IF:2.6Q3
DOI:10.1530/EC-23-0011
PMID:37399516
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综述 | 本文总结了性染色体异常的基因组学当前见解 | 探讨了单细胞组学、空间转录组学等新研究方向对解密性染色体异常基因组学的贡献 | 没有提及该研究的具体限制 | 旨在理清性染色体异常的基因组学 | 性染色体异常，包括特纳综合征、克兰费尔特综合征等 | 数字病理学 | 性染色体异常 | 单细胞组学、空间转录组学 | 动物模型 | 基因组数据 | NA |
| 15820 | 2024-08-07 |
scPreGAN, a deep generative model for predicting the response of single-cell expression to perturbation
2022-06-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac357
PMID:35639705
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研究论文 | 本文提出了一种名为scPreGAN的深度生成模型，用于预测单细胞表达对外部扰动的响应 | scPreGAN结合了自编码器和生成对抗网络，能够提取未扰动数据和扰动数据的共同信息，并预测扰动数据，实验表明其预测性能优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确预测单细胞表达对外部扰动响应的深度生成模型 | 单细胞表达数据及其对外部扰动的响应 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GAN） | 单细胞表达数据 | 三个真实数据集 |