单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1561	2025-07-14	Machine learning identifies lipid-associated genes and constructs diagnostic and prognostic models for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-10, Orphanet journal of rare diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13023-025-03876-0 PMID:40640934	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与脂质代谢相关的基因，并构建了特发性肺纤维化（IPF）的诊断和预后模型	首次将脂质代谢相关基因与IPF发病机制联系起来，并利用机器学习算法构建了诊断和预后模型，同时通过单细胞测序和功能实验验证了KLF4基因的作用	研究结果需要进一步在更大样本和临床环境中验证，KLF4的具体作用机制还需深入研究	探索脂质代谢与特发性肺纤维化发病机制的关系，并构建相关诊断和预后模型	特发性肺纤维化患者样本及相关基因数据	机器学习	特发性肺纤维化	WGCNA、单细胞测序、机器学习算法	诊断和预后模型	基因表达数据	多个数据集中的IPF样本（具体数量未明确说明）
1562	2025-07-14	Chronic kidney disease facilitates TNF-α + neutrophils dysfunction and progression in oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115184 PMID:40644859	研究论文	本研究探讨了慢性肾病（CKD）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的作用及其机制	揭示了TNF-α+中性粒细胞通过释放TNF-α和调控Tregs及CTLs的功能动态促进OSCC进展的新机制	样本量较小（52例患者），且研究结果主要基于小鼠模型，需进一步在更大规模的人类研究中验证	研究CKD在OSCC进展中的作用及其机制	OSCC患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫荧光	小鼠皮下肿瘤模型	临床数据、RNA测序数据、免疫荧光图像	52例OSCC患者（其中23例伴有CKD）及小鼠模型
1563	2025-07-14	A clinical road map for single-cell omics 2025-Jul-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.009 PMID:40645168	研究论文	本文探讨了单细胞组学技术在临床决策中的应用潜力及其面临的挑战	提出了一个框架，用于识别可能受益于单细胞转录组学生物标志物的患者亚群，并概述了从单细胞组学中获取可重复和可操作的临床读数的实验和计算要求	单细胞技术尚未常规用于医学或外科决策	推动单细胞组学技术在临床诊断、疾病进展监测和治疗策略个性化中的应用	单细胞转录组学及其在临床决策中的应用	生物医学	NA	单细胞组学	NA	单细胞数据	NA
1564	2025-07-14	Next-generation immune profiling - beyond blood cancer cells 2025-Jul-10, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2025.06.004 PMID:40645853	research paper	本文探讨了下一代免疫分析技术在血液恶性肿瘤诊断和治疗中的应用，超越了传统的癌细胞特征分析	提出将非恶性免疫环境作为治疗靶点或生物标志物，并倡导将单细胞测序、空间转录组学等先进技术整合到临床工作流程中	目前WHO/ICC 2022诊断分类仍主要关注癌细胞特征，对免疫环境的忽视限制了诊断准确性和个体化治疗潜力	改进血液恶性肿瘤的诊断分类和精准免疫治疗	血液恶性肿瘤及其免疫环境	digital pathology	blood cancer	single-cell sequencing, spatial transcriptomics, advanced cytometry	NA	NA	NA
1565	2025-07-14	Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience 2025-Jul-10, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647 PMID:40651751	研究论文	通过数据驱动的方法对乙酰胆碱酯酶（AChE）在泛癌中的表达特征进行了全面的生物信息学分析	首次从泛癌角度揭示了AChE表达与癌症发展和预后的相关性，并预测了AChE表达在GBM进展中的潜在作用	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索AChE表达与癌症发展和预后的关系	泛癌数据集，包括癌症基因组图谱和基因型组织表达数据库	生物信息学	癌症	生物信息学分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自多个癌症类型的泛癌数据集
1566	2025-07-14	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	研究论文	该研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样化亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是发现了表达甲状腺素运载蛋白（Ttr）的星形胶质细胞亚群在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞的多样性和功能演变	慢性弓形虫感染后的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
1567	2025-07-14	Environmental nano-particulates induced pre-implantation embryonic toxicity in pluripotent stem cell-derived blastoids 2025-Jul-09, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126809 PMID:40645264	research paper	该研究利用多能干细胞衍生的blastoids模型评估了环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性影响	首次构建了灵长类多能干细胞衍生的blastoids平台，并整合单细胞RNA测序和质谱技术创建了多维度早期胚胎暴露组数据库	研究结果基于体外模型，与真实人类胚胎发育可能存在差异	探究环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性机制	灵长类多能干细胞衍生的blastoids模型	发育生物学	生殖系统疾病	10X scRNA-seq, DIA-MS	blastoids模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	NA
1568	2025-07-14	Neuroimmune integration in chronic stress: mechanisms of TRPV1-CB2 crosstalk, inflammation, and neural resilience 2025-Jul-09, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149826 PMID:40645538	综述	本文综述了慢性压力下神经免疫整合的机制，重点关注TRPV1和CB2受体的相互作用、神经炎症级联反应以及氧化应激特征	整合了神经化学范式与TRPV1和CB2受体动态、神经炎症级联和氧化应激特征的前沿见解，并提出了神经免疫整合模型	分子网络间复杂的相互作用以及先进疗法获取的不平等性限制了研究的广泛适用性	探讨慢性压力下的神经免疫整合机制，并开发可广泛应用的神经保护治疗方法	慢性压力下的神经化学和神经免疫反应	神经科学	精神疾病和神经疾病	CRISPR-Cas9基因编辑和单细胞RNA测序	神经免疫整合模型	NA	NA
1569	2025-07-14	Metabolic alterations driven by LDHA in CD8 + T cells promote immune evasion and therapy resistance in NSCLC 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87361-5 PMID:40629035	研究论文	本研究通过多模态数据分析方法，揭示了CD8+T细胞在非小细胞肺癌中的代谢重编程及其对免疫逃逸和治疗抵抗的影响	发现了LTB+LDHA+CD8+T细胞的独特代谢和免疫表型，以及LDHA作为关键基因对免疫治疗结果的显著影响	研究样本量相对较小，仅包含89名NSCLC患者	探索CD8+T细胞在非小细胞肺癌中的代谢重编程及其对免疫逃逸和治疗抵抗的作用机制	非小细胞肺癌患者的CD8+T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学	StepCox[forward] + Lasso	转录组数据、蛋白质组数据	89名NSCLC患者的9个单细胞数据集
1570	2025-07-14	Duchenne Muscular Dystrophy Patient iPSCs-Derived Skeletal Muscle Organoids Exhibit a Developmental Delay in Myogenic Progenitor Maturation 2025-Jul-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131033 PMID:40643552	research paper	该研究利用Duchenne肌营养不良症(DMD)患者来源的iPSCs构建3D骨骼肌类器官(SMO)模型，研究其肌源性祖细胞(MPs)的成熟延迟现象	首次使用3D骨骼肌类器官模型研究DMD患者肌源性祖细胞的发育延迟，并发现其趋向于胚胎和未成熟肌管状态	研究仅使用了3个DMD患者来源的iPSC系和2个健康对照，样本量有限	研究Duchenne肌营养不良症的发病机制和肌肉再生障碍	DMD患者来源的iPSCs及其分化的骨骼肌类器官	干细胞与再生医学	Duchenne肌营养不良症	3D类器官培养、scRNA-seq	3D骨骼肌类器官(SMO)模型	单细胞转录组数据	3个DMD患者iPSC系和2个健康对照
1571	2025-07-14	Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury 2025-Jul-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.009 PMID:40651470	研究论文	研究揭示了细菌代谢物ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路在肠道上皮干细胞再生中的作用	首次发现ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路调控肠道干细胞再生，揭示了细菌代谢物在肠道损伤修复中的新机制	研究主要在小鼠模型中进行，人类肠道中的类似机制尚未验证	探究ALPK1-TIFA信号通路在肠道上皮干细胞再生中的作用机制	肠道上皮干细胞(ISCs)和再生干细胞(revSCs)	细胞生物学	肠道损伤	单细胞转录组学、谱系追踪实验	小鼠模型	基因表达数据	NA
1572	2025-07-14	TriCLFF: a multi-modal feature fusion framework using contrastive learning for spatial domain identification 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf316 PMID:40639417	研究论文	提出了一种基于对比学习的多模态特征融合框架TriCLFF，用于有效整合空间关联、基因表达水平和组织学特征，以精确识别空间域	TriCLFF框架通过先进的特征融合机制，在空间域识别任务中表现出更高的准确性和鲁棒性，并能识别更细粒度的结构和未知基因表达模式	未明确提及具体局限性	开发一个多模态特征融合框架，以精确识别空间转录组学中的空间域	空间转录组学数据（包括空间关联、基因表达水平和组织学特征）	空间转录组学	乳腺癌	对比学习	TriCLFF	多模态数据（空间关联、基因表达、组织学特征）	四个数据集（小鼠大脑前部、小鼠嗅球、人类背外侧前额叶皮层和人类乳腺癌）
1573	2025-07-14	High-resolution transcriptome atlas of bladder cancer highlights the functional myeloid subsets in modulating immune microenvironment 2025-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105801 PMID:40561775	研究论文	该研究通过高分辨率转录组图谱揭示了膀胱癌中髓系细胞亚群的功能及其在调节免疫微环境中的作用	揭示了TREM2+巨噬细胞和CMA1+肥大细胞在膀胱癌组织中的代谢改变，并发现Trem2敲除可显著重编程肿瘤微环境并上调树突状细胞上的PD-L1表达	样本量较小（仅11例患者），且部分发现仍需进一步体内外实验验证	探究膀胱癌中髓系细胞亚群的免疫功能及其调控机制	膀胱癌患者的肿瘤组织和正常膀胱组织中的髓系免疫细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组分析、密度梯度离心、体外培养和小鼠肿瘤模型	NA	转录组数据	11例膀胱癌患者的配对肿瘤和正常组织
1574	2025-07-14	Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo 2025-Jul-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023 PMID:40645177	研究论文	本研究探讨了针对人类T细胞淋巴病毒1型C亚型（HTLV-1c）感染的预防和治疗药物	发现HTLV-1c疾病比HTLV-1a更具侵袭性，并验证了联合抗逆转录病毒治疗与MCL-1抑制在体内显著减少HTLV-1c传播和疾病进展的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发针对HTLV-1c感染的有效治疗策略	人类T细胞淋巴病毒1型C亚型（HTLV-1c）	病毒学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞内流式细胞术	人源化小鼠模型	基因表达数据、流式细胞数据	人源化小鼠模型
1575	2025-07-14	Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically 2025-Jun-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131000 PMID:40643521	research paper	提出了一种名为Xenium-Align的关键点识别方法，用于自动生成Xenium Explorer软件中图像配准所需的关键点文件	开发了自动生成关键点文件的方法，减少了人工标注的工作量	方法的运行效率和可用性有待进一步优化	实现H&E图像和Xenium DAPI染色图像的自动对齐	人类肾脏样本和皮肤样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	image	14个人类肾脏样本和1个人类皮肤样本
1576	2025-07-14	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	研究发现小鼠出生后第8天心肌组织来源的细胞外囊泡（P8-EVs）通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞增殖	首次揭示P8-EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞功能进而抑制心肌细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类心肌再生机制是否相同尚需验证	探究心肌细胞增殖能力随发育下降的分子机制	小鼠心肌细胞和巨噬细胞	心血管生物学	心血管疾病	生物信息学分析、高通量组学、单细胞测序	小鼠心肌梗死模型	单细胞转录组数据、蛋白组数据	未明确说明具体样本数量，使用P1/P8不同发育阶段小鼠心肌组织
1577	2025-07-14	Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024202 PMID:39953797	研究论文	本研究探讨了背根神经节（DRG）神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子特征	使用双光子钙成像和单细胞RNA测序技术揭示了多感觉神经元和单感觉神经元对疼痛和瘙痒的不同反应强度及转录组变化	研究未涉及DRG神经元在疼痛和瘙痒传导中的具体机制	探究DRG神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子基础	背根神经节（DRG）神经元	神经科学	慢性疼痛和瘙痒	双光子钙成像, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	钙成像数据, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
1578	2025-07-14	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和V(D)J测序技术，识别了ADGRG1作为急性髓系白血病(AML)中肿瘤反应性T细胞的特定标志物	首次将ADGRG1鉴定为AML中CD8+T肿瘤反应性T细胞的特定标志物，并通过小鼠模型和CAR-T系统验证其功能	研究样本仅限于RUNX1::RUNX1T1突变的AML患者，可能不适用于其他亚型	探索AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标志物	急性髓系白血病患者的骨髓T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，STARTRAC-like算法	Runx1; Mx1-Cre小鼠模型	单细胞转录组数据	新诊断的RUNX1::RUNX1T1突变AML患者的骨髓T细胞
1579	2025-07-13	Single-cell spatial transcriptomics reveals pathogenic mechanism of renal fibrosis in imiquimod-induced lupus nephritis in mice 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102087 PMID:40641741	研究论文	利用单细胞空间转录组学技术揭示咪喹莫特诱导的小鼠狼疮性肾炎肾纤维化的致病机制	首次应用空间转录组学技术在小鼠狼疮性肾炎模型中揭示肾纤维化的细胞和分子病理学途径，并发现了一种促纤维化的巨噬细胞亚型Lyz2巨噬细胞	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	深入理解狼疮性肾炎肾纤维化的细胞和分子机制，为疾病评估和新治疗策略开发提供依据	咪喹莫特诱导的狼疮性肾炎小鼠模型	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	转录组数据	狼疮性肾炎和对照小鼠肾脏样本
1580	2025-07-13	Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrial-induced TGFβ1 in type 1 conventional dendritic cells 2025-Jul-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178960 PMID:40644411	研究论文	研究探讨了1型常规树突状细胞（cDC1）在实体器官同种异体移植耐受诱导中的作用及其分子机制	首次揭示了cDC1在移植耐受中的关键作用及其通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达以促进抗原特异性调节性T细胞生成的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索延长同种异体移植物存活的策略	1型常规树突状细胞（cDC1）和CD4+CD25+FoxP3+ T细胞	免疫学	器官移植	单细胞RNA测序和代谢分析	小鼠模型	基因表达数据和代谢数据	NA