单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1561	2025-05-14	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	改进了单细胞标记逆转录协议，优化了逆转录和cDNA扩增的酶、裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清理步骤	未提及具体的技术局限性	研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	哺乳动物植入前发育中的单细胞或数十至数百个细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	手选单细胞或数十至数百个细胞
1562	2025-05-14	Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409 PMID:37402171	research paper	本文提出了一种用于小鼠足垫免疫细胞分离的优化方案，以支持单细胞RNA测序和流式细胞术	提供了一种维持高细胞存活率的小鼠足垫白细胞分离方案，并详细描述了从组织解离到数据分析的全过程	NA	开发一种优化的细胞分离方案，以支持单细胞水平上的分子图谱构建	小鼠足垫白细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1563	2025-05-14	Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449 PMID:37459235	研究论文	本文提出了一种从人肝母细胞瘤组织中分离高活性肝细胞和免疫细胞的实验方案	开发了一种通过Percoll密度梯度离心法从人肝母细胞瘤组织中分离单细胞的标准化流程	未明确说明该方案对不同亚型肝母细胞瘤样本的适用性差异	建立人肝母细胞瘤单细胞悬液制备标准流程	人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞	单细胞测序	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq), Percoll密度梯度离心	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（人肝母细胞瘤组织）
1564	2025-05-14	Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464 PMID:37480562	research paper	介绍了一种从正常和肿瘤人类胰腺中分离单细胞的协议	提供了一种适用于单细胞组学分析的高质量样本制备协议	需要参考Peng et al. (2019)和Li et al. (2021)以获取完整执行细节	开发适用于单细胞组学分析的样本制备方法	人类正常和肿瘤胰腺细胞	单细胞组学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq, 10× Genomics平台	NA	单细胞组学数据	100-10,000个细胞，存活率至少80%-90%
1565	2025-05-14	exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data 2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.24.533888 PMID:37034624	research paper	介绍了一种名为exFINDER的方法，用于识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	exFINDER能够识别由外部系统发送的信号，并推断外部信号-靶标信号网络（exSigNet），进行定量分析	未提及具体局限性	开发一种计算工具，用于推断单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	单细胞转录组数据中的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	不同物种的scRNA-seq数据集
1566	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.523391 PMID:36747870	research paper	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	解决单细胞组学数据稀疏性带来的挑战，识别调控细胞状态的隐藏驱动因子	单细胞RNA-seq数据中的转录和信号驱动因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	互信息（MI）框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
1567	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1 PMID:36747874	研究论文	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	开发一种计算框架，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于互信息(MI)的框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量
1568	2025-05-14	Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016 PMID:36400027	研究论文	该研究通过改进人类胚胎干细胞（hESC）分化为功能性中脑多巴胺能神经元的方法，揭示了中脑发育的关键因素	发现了层粘连蛋白-511、双重WNT激活、GSK3β抑制和FGF8b等新因子对中脑模式化的改善作用，以及肝X受体激活和成纤维细胞生长因子信号抑制对神经发生和分化的增强作用	未提及具体样本量，且研究结果尚未在临床中验证	探索人类中脑发育的关键因素并提高hESC分化为功能性mDA神经元的效率	人类胚胎干细胞（hESC）及其分化的中脑多巴胺能神经元	干细胞研究	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1569	2025-05-14	Cell type-specific changes identified by single-cell transcriptomics in Alzheimer's disease 2022-11-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01136-5 PMID:36447241	综述	本文综述了单细胞转录组学在阿尔茨海默病研究中揭示的细胞类型特异性变化	整合了多项单细胞转录组学研究的主要发现，并将其置于阿尔茨海默病大规模组学研究的整体背景中	主要基于已有研究数据的整合分析，缺乏新的实验数据支持	探讨阿尔茨海默病中细胞类型组成和分子特征的改变	阿尔茨海默病患者与正常对照的死后人脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞/核RNA-seq, ATAC-seq	NA	转录组数据	多项研究的人脑组织样本（具体数量未说明）
1570	2025-05-13	COL1A1-positive endothelial cells promote gastric cancer progression via the ANGPTL4-SDC4 axis driven by endothelial-to-mesenchymal transition 2025-Jul-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217731 PMID:40254092	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了COL1A1阳性内皮细胞通过ANGPTL4-SDC4轴促进胃癌进展的机制	首次建立了胃癌内皮细胞单细胞图谱，并发现COL1A1阳性内皮细胞亚群通过EndoMT过程促进肿瘤侵袭和转移	研究样本量相对较小（97例），且机制验证主要在细胞水平进行	探究内皮-间质转化（EndoMT）在胃癌进展中的具体作用和分子机制	胃癌患者样本中的内皮细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, ssGSEA, Monocle2, CellChat, 多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	97例胃癌样本（来自6个scRNA-seq队列）
1571	2025-05-13	Spatial lipidomics reveals sphingolipid metabolism as anti-fibrotic target in the liver 2025-Jul, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2025.156237 PMID:40127860	研究论文	本研究通过空间脂质组学等方法揭示了鞘脂代谢作为肝脏抗纤维化靶点的重要性	首次结合空间脂质组学、转录组学和成像质谱细胞术等多组学方法，系统研究了鞘脂代谢在肝纤维化中的作用	研究样本量有限，且主要在动物模型和体外实验中进行验证	探究肝纤维化中脂毒性机制和鞘脂代谢的作用	SLD患者肝组织和3种小鼠模型	数字病理学	肝病	空间脂质组学、转录组学、成像质谱细胞术(IMC)、scRNA-seq	NA	组织样本、测序数据、质谱数据	SLD患者肝组织和3种小鼠模型
1572	2025-05-13	Pan-cancer analysis reveals BAF complexes as immune-related biomarkers and validation in triple-negative breast cancer 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123607 PMID:40194763	research paper	通过泛癌分析揭示BAF复合物作为免疫相关生物标志物，并在三阴性乳腺癌中进行验证	首次强调BAF复合物模型对患者预后的重要性，并证实BAF复合物在泛癌进展中作为免疫相关生物标志物的作用，特别是ACTL6A在三阴性乳腺癌中的双重作用	研究主要基于数据库分析，实验验证部分可能不足	解码特定BAF复合物在癌症病理、免疫和靶向治疗中的潜力	BAF复合物，特别是ACTL6A，在三阴性乳腺癌中的作用	digital pathology	breast cancer	RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	BAFs model and nomogram	gene expression data	数据来自The Cancer Genome Atlas, Gene Expression Omnibus, 和 IMvigor210数据库
1573	2025-05-13	Fibroblast to macrophage-like cell transition in renal inflammatory injury through the MR/CSF1 pathway induced by aldosterone 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123627 PMID:40216224	research paper	该研究验证了成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变是参与肾脏炎症性损伤的巨噬细胞新来源	揭示了醛固酮通过MR/CSF1信号通路诱导成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变的新机制	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究肾脏炎症性损伤中巨噬细胞的新来源及其机制	Wistar大鼠和人类慢性肾脏病患者的肾脏样本	肾脏病学	慢性肾脏病	流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）和体外细胞模型	基因表达数据和免疫组织化学数据	Wistar大鼠分组实验和人类肾脏活检样本
1574	2025-05-13	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-Jun-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	研究论文	本研究通过RNA测序和转录组分析，探讨了阿尔茨海默病（AD）患者中性别差异对转录组特征和药物重定位的影响	首次在AD患者的外周血和前额叶皮层组织中系统地研究了性别相关的转录组差异，并预测了性别特异性药物	样本量较小（54名患者），且部分数据来自公开数据库，可能影响结果的普遍性	探索AD患者中性别差异对转录组特征和药物重定位的影响	AD患者、轻度认知障碍（MCI）患者和健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	转录组学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析	NA	RNA测序数据	54名患者（包括AD、MCI患者和健康对照者）
1575	2025-05-13	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jun, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	研究论文	本研究通过多组学和网络药理学方法探讨了非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	首次结合网络药理学、单细胞转录组学和空间转录组学技术，系统研究了非瑟酮对牙周炎的治疗作用及其分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床患者中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人牙周膜成纤维细胞(PDLFs)	分子药理学	牙周炎	网络药理学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	动物模型	转录组数据	NA
1576	2025-05-13	IL-4 alters TLR7-induced B cell developmental program in lupus 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110472 PMID:40068727	research paper	该研究探讨了IL-4如何改变TLR7诱导的B细胞发育程序，从而影响系统性红斑狼疮（SLE）中的自身抗体形成	研究发现IL-4能够重编程B细胞发育，减少自身抗体和特定B细胞亚群，为SLE治疗提供新思路	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类SLE患者的临床适用性尚需进一步验证	探究IL-4对TLR7诱导的B细胞发育程序的影响及其在SLE中的作用	BXD2小鼠和SLE患者的B细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	BXD2小鼠和SLE患者B细胞样本（具体数量未明确说明）
1577	2025-05-13	MAP4K4 aggravates microvascular anomalies in diabetic retinopathy in a YTHDF2-dependent manner 2025-Jun, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06398-3 PMID:40072537	research paper	该研究揭示了MAP4K4通过YTHDF2依赖的方式加剧糖尿病视网膜病变中的微血管异常	首次发现MAP4K4通过YTHDF2/MAP4K4/NF-κB轴调控糖尿病视网膜病变的微血管异常，为治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，未涉及大规模临床样本验证	探究MAP4K4在糖尿病视网膜病变微血管异常中的作用机制	糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜、db/db小鼠模型和人类原代视网膜内皮细胞	digital pathology	diabetic retinopathy	scRNA-seq	db/db小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	8例增殖性糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜和11例非糖尿病患者的正常视网膜组织
1578	2025-05-13	Intrapancreatic adipocytes and beta cell dedifferentiation in human type 2 diabetes 2025-Jun, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06392-9 PMID:40072535	研究论文	本研究探讨了胰腺内脂肪沉积与2型糖尿病患者β细胞去分化的空间关系及其机制	首次在人类胰腺中证实脂肪含量与β细胞去分化标志物ALDH1A3表达的正相关性，并揭示脂肪细胞通过免疫微环境促进β细胞功能失调的机制	样本量较小（50例器官捐献者），且仅为观察性研究无法确定因果关系	探究2型糖尿病中胰腺脂肪与胰岛β细胞功能障碍的关联机制	人类胰腺组织（15例2型糖尿病患者 vs 35例非糖尿病患者）	糖尿病研究	2型糖尿病	组织学分析、单细胞RNA-seq生物信息学分析	NA	组织切片图像、单细胞转录组数据	50例器官捐献者胰腺样本（15例糖尿病+35例对照），另分析11例糖尿病单细胞RNA-seq数据
1579	2025-05-13	Understanding Enzalutamide-Resistance Based on a Functional Single-Cell Approach 2025-Jun, The Prostate DOI:10.1002/pros.24895 PMID:40211483	研究论文	通过单细胞RNA测序和功能实验研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺的耐药机制	发现恩杂鲁胺治疗前存在的AR-low细胞亚群在治疗中被选择并扩增，导致耐药性	研究主要基于细胞系和异种移植模型，未涉及临床患者样本	探索前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的分子机制	前列腺癌细胞系LNCaP及其亚群	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 基因集富集分析(GSEA), 异种移植模型	NA	RNA测序数据	LNCaP细胞系及其亚群
1580	2025-05-13	High-resolution transcriptome analysis on a mouse model of neonatal hypoxic-ischemic encephalopathy using single-nucleus RNA-seq 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102026 PMID:40342532	research paper	该研究利用单核RNA测序技术对新生儿缺氧缺血性脑病小鼠模型进行了高分辨率转录组分析	首次在HIE研究中应用单核RNA测序技术，揭示了海马区神经元群体的显著减少和小胶质细胞的特定激活	研究仅基于小鼠模型，结果可能需要进一步验证才能推广到人类	深入理解新生儿缺氧缺血性脑病的发病机制	新生儿缺氧缺血性脑病小鼠模型	基因组学	新生儿缺氧缺血性脑病	单核RNA测序(snRNA-seq)	小鼠疾病模型	RNA测序数据	NA