单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1561	2025-04-03	Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86170-0 PMID:39814871	research paper	该研究通过整合生物信息学分析，确定了与铜死亡相关的枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物	首次揭示了铜死亡在脊髓损伤中的作用，并识别出关键基因Mpeg1	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤样本和铜死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA测序、ssGSEA、WGCNA、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1、3、7天脊髓损伤样本（来自GEO数据库）
1562	2025-04-03	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	research paper	本研究通过微阵列和单细胞测序分析探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	识别了PTPRC和TYROBP作为关键的潜在生物标志物和治疗靶点，揭示了异常免疫反应可能是AS和HT的共同致病机制	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证，样本来源和数量可能限制结果的普适性	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化(AS)和桥本甲状腺炎(HT)患者基因表达数据	生物信息学	心血管疾病, 自身免疫性疾病	微阵列分析, 单细胞测序, WGCNA, CIBERSORT	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的AS和HT相关数据集
1563	2025-04-03	Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma 2025-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85618-7 PMID:39799252	研究论文	通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出与透明细胞肾细胞癌代谢相关的预后特征	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）去卷积构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发了基于机器学习的代谢相关预后特征（MRPS）方法	需要进一步研究代谢重编程如何影响透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的患者间异质性和预后	研究代谢重编程对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者异质性和预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	NA
1564	2025-04-03	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	research paper	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定基因表达特征和功能的Group 1亚群	研究仅基于体外实验，未在体内验证Group 1单核细胞的作用	探究CD14+CD16+单核细胞在神经炎症疾病中的异质性和功能	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞测序	HIV相关神经认知障碍(HIV-NCI)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1565	2025-04-03	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	通过单细胞测序技术研究桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节M1/M2巨噬细胞比例和T细胞反应减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用价值	探究桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, UPLC-MS	小鼠模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织学图像	82,496个肾脏细胞
1566	2025-04-03	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心、队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病治疗策略的空白，并探索了T淋巴细胞特性及单细胞转录组测序技术在HBsAg清除中的免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；MAFLD人群的异质性可能对干扰素治疗的疗效产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并阐明MAFLD对HBsAg清除的影响	慢性乙型肝炎患者（以NA治疗为主，HBsAg <1,500 IU/mL，HBeAg阴性，HBV DNA <10 IU/mL）及慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者	临床医学	慢性乙型肝炎, 代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据	多中心设计，具体样本量未明确提及
1567	2025-04-03	A novel lactylation-related gene signature to predict prognosis and treatment response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549724 PMID:40161374	研究论文	研究通过构建乳酸化相关基因特征模型，预测肺腺癌患者的预后和治疗反应	首次在肺腺癌中研究乳酸化相关基因特征，并构建风险预后模型，探索其与免疫浸润和化疗药物敏感性的关系	研究主要基于TCGA和GEO数据库的RNA测序数据，需要进一步实验验证	探索乳酸化相关基因特征在肺腺癌中的作用及其临床意义	肺腺癌患者和细胞系	生物信息学	肺腺癌	RNA测序，单细胞测序，CCK8实验，transwell实验	LASSO回归分析，列线图	RNA测序数据，单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本
1568	2025-04-03	Early Detection of Malignant Cells in Gastric Lavage via Hexokinase 2 and Single-Cell Sequencing for Gastric Cancer Diagnosis 2025, Risk management and healthcare policy IF:2.7Q2 DOI:10.2147/RMHP.S510123 PMID:40161902	research paper	本研究提出了一种通过检测胃灌洗液中脱落的肿瘤细胞来早期诊断胃癌的创新方法	利用HK2代谢标记物和单细胞测序技术识别胃灌洗液中的高糖酵解活性肿瘤细胞，为胃癌早期诊断提供了新方法	样本量较小（60人），对严重不典型增生的敏感性仅为57%	开发一种非侵入性的胃癌早期诊断方法	胃灌洗液中的脱落肿瘤细胞	digital pathology	gastric cancer	single-cell sequencing (SCS), genome-wide copy number variation analysis	NA	single-cell sequencing data	60人（10例胃癌患者，26例癌前病变患者，15例良性胃病患者，9例健康对照）
1569	2025-04-03	Analysis and Validation of Mitophagy-Related Genes in Diabetic Foot Ulcers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504001 PMID:40162084	研究论文	本研究旨在鉴定与糖尿病足溃疡(DFU)发病和进展相关的线粒体自噬枢纽基因，并分析其免疫细胞浸润特征和单细胞表达谱	首次发现ANO6和ALDH2两个枢纽基因在DFU组织中显著下调，并证实其诊断潜力及与免疫细胞浸润的关联	需要更大样本量的队列研究以及更深入的炎症机制探索才能将发现转化为治疗策略	探索线粒体自噬相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用	糖尿病足溃疡患者的皮肤组织	生物信息学	糖尿病足溃疡	limma差异分析、GSEA富集分析、机器学习算法、CIBERSORT免疫浸润分析、scRNA-seq、RT-PCR、Western blot	机器学习算法	基因表达数据	GSE80178和GSE68183数据集中的DFU样本
1570	2025-04-03	scCCTR: An iterative selection-based semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.018 PMID:40165824	研究论文	提出了一种名为scCCTR的新型半监督聚类算法，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类	通过迭代选择高置信度细胞和标签指导深度学习模型，结合Transformer神经网络的多头注意力机制提高聚类精度	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和有效性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	未明确提及具体样本量
1571	2025-04-03	Inflammation and cancer: molecular mechanisms and clinical consequences 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1564572 PMID:40165901	综述	本文综述了炎症与癌症之间的分子机制及其临床后果，强调了癌症相关炎症在肿瘤进展和治疗反应中的作用	结合单细胞RNA测序和空间分子成像分析等先进技术，阐明了慢性炎症与癌症之间的关联通路	主要关注胃肠道癌症，可能不适用于所有癌症类型	探讨炎症与癌症之间的分子和细胞机制及其对癌症进展和治疗反应的影响	癌症相关炎症、肿瘤微环境(TME)中的癌细胞、免疫细胞、基质细胞及可溶性分子	NA	癌症	单细胞RNA测序、空间分子成像分析	NA	NA	NA
1572	2025-04-03	T-cell receptors identified by a personalized antigen-agnostic screening approach target shared neoantigen KRAS Q61H 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1509855 PMID:40165973	研究论文	本文提出了一种个性化抗原无关筛选方法，用于识别靶向共享新抗原KRAS Q61H的T细胞受体	开发了一种抗原无关的方法，直接识别肿瘤特异性T细胞克隆型，并通过TCR-T细胞制造推进了ACT治疗	研究样本量较小，仅分析了7名NSCLC患者	开发一种无需预先知道靶抗原的TCR筛选方法，以扩大ACT治疗的适用性	非小细胞肺癌（NSCLC）患者中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和邻近组织驻留淋巴细胞	免疫治疗	肺癌	scRNA-Seq, TCRβ-chain repertoire分析	NA	基因表达数据, TCR序列数据	7名NSCLC患者
1573	2025-04-03	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for rheumatoid arthritis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1520400 PMID:40166070	研究论文	通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别类风湿性关节炎中铜死亡相关的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次在类风湿性关节炎中系统研究了铜死亡相关基因的表达变化及其生物学功能，并探索了其与免疫浸润和潜在治疗药物的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明铜死亡相关基因与类风湿性关节炎的潜在关联，寻找新的生物标志物和治疗靶点	类风湿性关节炎患者和对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据	NA
1574	2025-04-03	A dynamic peripheral immune landscape during human pregnancy 2025-Jan, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2022.06.011 PMID:40166108	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了孕妇外周血单个核细胞在妊娠不同阶段的动态转录变化，探讨了母体免疫系统的适应性变化	提出了妊娠对免疫系统的促衰老作用的新观点，并发现这种作用可能在产后恢复	研究仅关注了外周血单个核细胞，未涉及其他免疫组织或细胞类型	阐明妊娠期间母体免疫系统的动态变化及其与疾病风险的关系	妊娠期女性的外周血单个核细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	妊娠不同阶段的孕妇外周血单个核细胞样本
1575	2025-04-03	Long-term, cell type-specific effects of prenatal stress on dorsal striatum and relevant behaviors in mice 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.627207 PMID:39763907	研究论文	研究产前压力对小鼠背侧纹状体及相关行为的长期细胞类型特异性影响	揭示了产前压力通过改变背侧纹状体中多种细胞类型的基因表达，影响与神经发育障碍相关的行为	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨产前压力如何影响成年后代纹状体依赖性行为及其分子机制	小鼠背侧纹状体及其相关行为	神经科学	自闭症谱系障碍 (ASD)	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据	NA
1576	2025-04-03	Interferon-ε loss is elusive 9p21 link to immune-cold tumors, resistant to immune-checkpoint therapy and endogenous CXCL9/10 induction 2024-Dec-24, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020 PMID:39725169	研究论文	该研究揭示了干扰素-ε（IFNϵ）缺失作为9p21区域与免疫冷肿瘤、免疫检查点治疗抵抗及内源性CXCL9/10诱导缺失之间的关键联系	首次发现IFNϵ缺失是9p21区域与肿瘤微环境（TME）免疫抑制的主要联系，并开发了MACHETE基因删除策略研究单个IFN-I基因对TME免疫细胞群的影响	研究主要基于小鼠模型和有限的人类肿瘤样本，临床转化仍需进一步验证	探究9p染色体缺失导致免疫检查点治疗抵抗的分子机制	人类肿瘤样本（HPV阴性头颈鳞癌、胰腺导管腺癌等）和小鼠模型	肿瘤免疫学	头颈鳞癌、胰腺导管腺癌、非小细胞肺癌	MACHETE基因删除策略、scRNA-seq、CIBERSORT、Kassandra、MCPcounter、xCell免疫细胞反卷积	小鼠肿瘤模型	基因组数据、单细胞RNA测序数据、免疫细胞反卷积数据	TCGA HPV阴性头颈鳞癌样本343例、CPTAC样本105例、32个细胞系、胰腺导管腺癌样本177例、44个细胞系
1577	2025-04-03	Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex 2024-Dec-01, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023 PMID:38866174	研究论文	通过单细胞RNA测序技术评估小鼠前额叶皮层中的应激脆弱性网络	首次识别出大脑中与潜在应激脆弱性状态相关的细胞类型和基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究应激脆弱性神经网络的分子机制	雄性及雌性C57BL/6小鼠（n=12）的前额叶皮层	神经科学	情绪障碍（包括重度抑郁症）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多部位体内神经电生理记录	NA	转录组数据，神经电生理数据	12只C57BL/6小鼠
1578	2025-04-03	Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403572 PMID:39382177	研究论文	介绍了一种名为STAGUE的创新框架，用于从空间转录组学数据中学习细胞图结构和低维嵌入	STAGUE框架能够同时学习细胞图结构和低维嵌入，并通过对比学习生成可学习的图视图，提高了空间聚类精度并促进了新型细胞间相互作用的发现	未明确提及具体限制	探索空间转录组学数据集中的细胞间相互作用	空间转录组学数据	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组学	图结构学习	空间转录组数据	86个真实和模拟的空间转录组数据集
1579	2025-04-03	Characterization of a Novel Pathogenic PLCG2 Variant Leading to APLAID Syndrome Responsive to a TNF Inhibitor 2024-Nov, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42948 PMID:38965708	研究论文	本研究探讨了一种新型PLCG2变体在APLAID综合征患者中的致病机制	发现了一种新型的PLCG2 p.D993Y变体，并揭示了其通过破坏自身抑制导致功能获得性突变的机制	研究仅基于单个患者的数据，样本量较小	研究APLAID综合征的分子机制	APLAID综合征患者及其PLCG2基因变体	分子生物学	自身炎症性疾病	全外显子测序、单细胞RNA测序、免疫印迹、荧光素酶检测、酶联免疫吸附试验、钙流检测、定量PCR、免疫沉淀	NA	基因测序数据、细胞实验数据	1名APLAID综合征患者
1580	2025-04-03	Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC 2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212 PMID:39524206	research paper	本研究探讨了PMEPA1在肝细胞癌（HCC）中的致癌作用及其与免疫耗竭和TGF-β激活的关联	首次证明了PMEPA1在HCC中的致癌作用，并揭示了其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联	研究主要基于回顾性数据，且小鼠模型的结果需要在人类中进行进一步验证	探索PMEPA1在HCC中的作用及其与TGF-β信号通路和免疫耗竭的关系	肝细胞癌（HCC）患者和小鼠模型	肿瘤学	肝细胞癌	qPCR, 单细胞RNA测序, 基因表达数据分析	基因工程小鼠模型	基因组数据, 临床病理数据, 单细胞RNA测序数据	1097例HCC肿瘤样本（包括228例发现队列和361例验证队列），54例单细胞水平样本