单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1561	2025-04-07	IL-25 Enhances B Cell Responses in Type 2 Inflammation Through IL-17RB Receptor 2025-Apr, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16472 PMID:39829150	research paper	本研究探讨了IL-25通过IL-17RB受体增强B细胞在2型炎症中的反应	揭示了IL-25/IL-17RB通路在B细胞中的新作用及其在2型炎症中的潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要进一步的体内验证	研究IL-25受体IL-17RB在B细胞中的表达及其在2型炎症中的作用	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织中的B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和哮喘	流式细胞术、RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	外周血B细胞和鼻息肉组织样本
1562	2025-04-07	scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904 PMID:40184563	研究论文	介绍了一种基于Transformer的模型scTrans，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，旨在减少信息损失并提高注释速度和准确性	使用稀疏注意力机制利用所有非零基因，有效降低输入数据维度同时最小化信息损失	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	31种不同组织的小鼠细胞图谱数据，接近百万细胞
1563	2025-04-07	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Apr-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的作用	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟并与抗PD-1治疗产生协同效应	研究仅聚焦于肝细胞癌，其他癌症类型中三级淋巴结构成熟的调控机制尚不明确	探究驱动三级淋巴结构成熟的关键因素及其在肿瘤免疫治疗中的作用	肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境	空间转录组学	肝细胞癌	近单细胞空间转录组测序	NA	空间转录组数据	NA
1564	2025-04-07	Rorγt-positive dendritic cells are required for the induction of peripheral regulatory T cells in response to oral antigens 2025-Apr-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.020 PMID:40185101	research paper	该研究探讨了RORγt阳性树突状细胞在口服抗原诱导外周调节性T细胞中的作用	通过删除Rorc编码RORγt的特定顺式调控元件，开发了一种RORγt抗原呈递细胞减少的小鼠模型，揭示了淋巴样RORγt树突状细胞在维持肠道免疫平衡中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究RORγt阳性树突状细胞在外周调节性T细胞诱导中的作用及其对肠道免疫平衡的影响	小鼠模型中的RORγt阳性树突状细胞和调节性T细胞	免疫学	炎症性肠病, 食物过敏	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 谱系追踪	小鼠基因敲除模型	基因表达数据, 细胞表型数据	基因修饰小鼠及其对照
1565	2025-04-07	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-Mar-28, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	研究论文	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在检查点免疫治疗响应中的动态变化	首次利用大规模单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据，揭示了T细胞克隆的动态变化与免疫检查点抑制剂治疗响应的关联	研究仅涵盖6种癌症类型，可能不适用于所有癌症类型	探究T细胞克隆动态变化与免疫检查点抑制剂治疗响应的关系	767,606个T细胞和460个样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序/T细胞受体测序	NA	单细胞测序数据	460个样本（涵盖6种癌症类型）
1566	2025-04-07	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-Mar-25, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	研究论文	本研究通过开发一种诱导系统，将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并研究了重编程过程中的基因调控网络	揭示了SCL和LMO2转录因子通过调控FLI1、GATA1/2和KLF14等靶基因诱导造血程序的机制，并发现抑制神经元命运的竞争信号通路可提高重编程效率	研究仅针对成纤维细胞重编程为造血祖细胞的过程，可能不适用于其他细胞类型的重编程	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率和可控性	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，但涉及不同重编程阶段的细胞
1567	2025-04-07	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	research paper	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境并行处理数据，加速从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱的过程	未提及该方法在特定类型数据上的性能限制或适用范围	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（如Visium）	NA	基因表达数据	NA
1568	2025-04-07	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，研究了转移性三阴性乳腺癌患者对化疗联合免疫检查点阻断治疗的免疫反应	揭示了晚期功能失调的CD8 T细胞克隆扩增与治疗反应之间的关联，并提出了基线克隆扩增作为潜在反应预测因子的新观点	样本量较小（27名患者），且仅针对三阴性乳腺癌这一特定亚型	探究肿瘤免疫微环境如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	27名转移性三阴性乳腺癌患者的40份活检样本	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27名患者的40份活检样本
1569	2025-04-07	Interferon-γ-stimulated antigen-presenting cancer-associated fibroblasts hinder neoadjuvant chemoimmunotherapy efficacy in lung cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102017 PMID:40056907	research paper	该研究揭示了抗原呈递癌症相关成纤维细胞(apCAFs)如何通过干扰素γ刺激和PD-L2-RGMB轴阻碍非小细胞肺癌新辅助化疗免疫治疗(NCIT)的疗效	首次发现apCAFs通过IFN-γ-JAK1/2-STAT1-IFI6/27通路扩增，并通过PD-L2-RGMB轴促进FOXP1调节性T细胞积累，从而削弱NCIT效果	研究样本量未明确说明，且机制研究主要在体外模型中进行	探究非小细胞肺癌新辅助化疗免疫治疗疗效受限的机制	非小细胞肺癌患者和癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序分析	NA	单细胞测序数据	未明确说明
1570	2025-04-07	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析口腔鳞状细胞癌患者肿瘤微环境中的基质细胞，探索其对免疫治疗反应的关联	揭示了免疫化疗应答者中特定的基质细胞变化及其在肿瘤微环境中的作用，为免疫治疗提供了新的治疗靶点	样本量较小（22例患者），且仅针对口腔鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他癌症类型	探索肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响	22例口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤标本	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	22例口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤标本
1571	2025-04-07	BET inhibitor in combination with BCG vaccine enhances antitumor efficacy and orchestrates T cell reprogramming for melanoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101995 PMID:40107246	研究论文	本文探讨了BET抑制剂NHWD-870与BCG疫苗联合使用在治疗黑色素瘤中的效果及其对T细胞的重编程作用	首次展示了NHWD-870与BCG疫苗联合治疗黑色素瘤的潜力，并揭示了其对T细胞免疫激活状态的重编程机制	研究主要基于小鼠模型和PDX模型，尚未在人类临床试验中验证	探索提高黑色素瘤免疫治疗效果的新策略	黑色素瘤	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	单细胞转录组分析、PDX模型	人源化PDX模型	转录组数据	人源化荷瘤小鼠模型
1572	2025-04-07	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2025-Feb-27, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027884 PMID:40014797	研究论文	研究发现成人肺中存在功能性造血祖细胞，其频率与骨髓相似，并能在小鼠中增殖和植入	首次在成人肺中发现功能性造血祖细胞，并揭示其具有独特的免疫、巨核细胞/血小板和红细胞相关通路激活特征	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类肺中造血祖细胞的具体功能和调控机制仍需进一步研究	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特性	成人肺组织中的CD34+造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1573	2025-04-07	FOXO4-DRI induces keloid senescent fibroblast apoptosis by promoting nuclear exclusion of upregulated p53-serine 15 phosphorylation 2025-Feb-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07738-0 PMID:39994346	research paper	该研究探讨了FOXO4-DRI通过促进上调的p53-serine 15磷酸化的核排斥诱导瘢痕疙瘩衰老成纤维细胞凋亡的机制	发现FOXO4-DRI通过促进p53-pS15的核排斥来诱导衰老成纤维细胞凋亡，为瘢痕疙瘩的治疗提供了新策略	研究主要基于体外模型和瘢痕疙瘩组织培养，未涉及体内实验或临床试验	研究瘢痕疙瘩中衰老成纤维细胞的凋亡抵抗机制及潜在治疗方法	瘢痕疙瘩中的成纤维细胞	分子生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序分析、磷酸特异性蛋白微阵列、Western blotting	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
1574	2025-04-07	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了不同细胞类型在正常面部变异和疾病风险中的作用	首次在单细胞分辨率下解析人类颅面发育的基因表达模式，识别了关键细胞类型及其亚型，并揭示了人类特有的基因表达差异	研究仅涵盖了4-8孕周的胚胎样本，未能覆盖整个颅面发育过程	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，及其与面部形态变异和颅面疾病的关系	24个人类胚胎的颅面组织样本	发育生物学	颅面畸形	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据	24个胚胎样本，覆盖6个关键时间点(4-8孕周)
1575	2025-04-07	Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling 2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182125 PMID:39836478	research paper	该研究揭示了小鼠骨髓微环境中的性别二态性通过性别特异的Kdm5c/Cxcl12信号调节造血移植	发现了骨髓微环境中性别二态性的新机制，即Kdm5c通过调节Cxcl12表达影响造血移植效率	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究骨髓微环境性别二态性对造血功能的调控机制	小鼠骨髓中的瘦素受体表达间充质基质细胞(LepR-MSCs)	造血生物学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 骨髓移植	Kdm5c基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
1576	2025-04-07	Mapping the spatial atlas of the human bone tissue integrating spatial and single-cell transcriptomics 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1298 PMID:39817519	research paper	该研究通过整合空间和单细胞转录组学，绘制了人类骨组织的空间图谱，揭示了骨和骨髓中细胞的空间组织和相互作用	首次整合高分辨率空间和单细胞转录组学数据，发现了骨形成特化的微环境、新的细胞间通讯模式以及从骨小梁向外辐射的细胞组成和基因表达空间梯度	NA	揭示骨组织中细胞的空间组织和相互作用，以推动骨相关疾病的精准医学研究	人类股骨组织	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, single-cell transcriptomics	NA	transcriptomics data	NA
1577	2025-04-07	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	研究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	揭示了哮喘诱导后神经免疫转录组在细胞簇和空间上的变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探究哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	小鼠的迷走神经节（结节/颈静脉神经节）和肺组织	神经免疫学	哮喘	RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠的迷走神经节和肺组织
1578	2025-04-07	Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease 2024-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337 PMID:39281834	研究论文	本研究通过空间转录组学分析阿尔茨海默病（AD）大脑中的基因相互作用，揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中的基因关联动态	首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联，为从时空依赖的基因相互作用综合分析揭示AD病因提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证部分相对有限	揭示阿尔茨海默病大脑中基因相互作用的时空动态特征	AD小鼠模型和人类大脑样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组测序、单核RNA-seq	NA	空间转录组数据、单核RNA-seq数据	AD敲除小鼠和野生型小鼠模型、人类单核RNA-seq数据/AlzData数据库
1579	2025-04-07	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤(ATI)严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多组学数据探索其表达及富集的生物通路	样本量在不同队列中存在差异，部分队列样本量较小(n=44)	开发非侵入性ATI生物标志物用于早期检测和药物研发	肾病患者血浆样本	生物标志物研究	急性肾小管损伤/肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质组数据、转录组数据	主要队列434名活检确诊肾病患者，验证队列包括KPMP(n=44)、ARIC(n=4610)和CHROME(n=268)
1580	2025-04-07	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	本研究探讨了上皮细胞IKKβ/NFκB信号在嗜酸性食管炎（EoE）发病机制中的作用，使用条件性敲除小鼠模型	揭示了上皮IKKβ信号缺失加剧EoE的机制，并提供了scRNA-seq分析揭示的分子变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究IKKβ/NFκB信号在EoE发病机制中的作用	条件性敲除IKKβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量