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当前共找到 37547 篇文献，本页显示第 1561 - 1580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1561 | 2026-03-02 |
Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf136
PMID:40185158
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综述 | 本文从数据科学角度系统回顾了深度学习在单细胞和空间转录组学数据分析中的进展与挑战 | 通过整理来自九个基准测试的21个数据集，评估了58种计算方法的性能，揭示了模型性能在不同基准数据集和评估指标间的显著差异 | 高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间背景具有挑战性 | 探讨深度学习如何有效应用于生物、医学和临床环境中的转录组学数据分析 | 单细胞和空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达，表观遗传修饰，代谢物水平，空间位置等多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 1562 | 2026-03-02 |
Single-cell RNA sequencing in autoimmune diseases: New insights and challenges
2025-03, Pharmacology & therapeutics
IF:12.0Q1
DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108807
PMID:39894174
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在自身免疫性疾病研究中的应用，包括其在理解细胞异质性、病因、诊断、治疗和预后方面的潜力 | 利用scRNA-seq技术在单细胞水平揭示自身免疫性疾病中的转录多样性，提供全面的细胞图谱，并识别诊断、预后标志物及潜在治疗靶点 | scRNA-seq技术本身存在局限性，需要进一步解决以推动研究进展 | 探讨scRNA-seq如何增强对自身免疫性疾病中细胞异质性的理解及其在临床实践中的应用潜力 | 自身免疫性疾病中的多种细胞类型 | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1563 | 2026-03-02 |
Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics
2025-Mar-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57377-6
PMID:40025015
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BEANIE的非参数统计方法，用于临床单细胞转录组学中基因签名差异表达分析，以解决现有方法假阳性高、结构表示不足和混杂因素处理不当的问题 | BEANIE方法创新性地解决了临床单细胞RNA测序数据中患者特异性层次结构和样本驱动混杂因素的问题，在特异性上优于现有方法同时保持敏感性 | NA | 开发一种稳健的差异表达分析方法，用于临床癌症单细胞RNA测序研究中的病例/对照分析 | 乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞转录组学数据 | 自然语言处理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 非参数统计方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1564 | 2026-03-02 |
Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.639746
PMID:40060689
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研究论文 | 本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集物在转基因小鼠中如何影响突触前神经传递，而不引发可检测的炎症反应 | 揭示了非纤维Aβ聚集物在无斑块形成的情况下，通过干扰线粒体功能和突触传递导致认知缺陷，挑战了传统Aβ毒性主要源于纤维斑块的观点 | 研究基于转基因小鼠模型，可能不完全反映人类疾病情况，且未详细探讨其他细胞类型如星形胶质细胞的潜在作用 | 探究荷兰型Aβ突变导致的非纤维聚集物对突触功能和线粒体活性的影响，以理解Aβ毒性的非炎症机制 | 携带荷兰型Aβ突变的转基因小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、免疫组化、显微镜成像、电子传递链催化测量 | 转基因小鼠模型 | RNA序列数据、图像数据、生理测量数据 | 未明确指定样本数量，但涉及转基因小鼠群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1565 | 2026-03-02 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口模型中实现无疤痕再生，揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口愈合中的作用 | 首次在大型动物（猪）模型中验证YAP抑制剂维替泊芬能实现无疤痕伤口再生，并利用单细胞RNA测序结合空间蛋白质组学解析细胞动态 | 研究主要基于动物模型，人类临床转化效果需进一步验证；未涉及慢性伤口或老年个体等复杂情况 | 探究机械转导抑制剂在大型动物伤口愈合中预防疤痕形成并促进再生的机制 | 红杜洛克猪伤口模型、移植人类新生儿包皮的裸鼠异种移植模型 | 数字病理学 | 皮肤疤痕 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 红杜洛克猪伤口样本、人类新生儿包皮移植样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1566 | 2026-03-02 |
HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200
PMID:39680021
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研究论文 | 本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的应用 | 首次将HMGA2蛋白表达与基底样PDAC细胞关联，并通过多路免疫组化结合单细胞RNA测序数据，证明HMGA2与GATA6联合状态能预测生存期、化疗反应和肿瘤微环境特征 | 研究基于回顾性队列，样本量虽大但可能存在选择偏差，且未进行前瞻性验证 | 探索HMGA2在胰腺导管腺癌中的表达模式及其作为预后和治疗反应生物标志物的价值 | 胰腺导管腺癌患者样本，包括单细胞RNA测序数据和免疫组化分析的组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，多路免疫组化 | NA | RNA测序数据，图像数据 | 172例单细胞RNA测序样本，580例多路免疫组化样本，外加30例多样化患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1567 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures
2025-02, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70004
PMID:39956958
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞在不同培养系统中的异质性，并鉴定出一个具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC亚群 | 首次创建了hUC-MSC在不同培养系统中的单细胞转录组图谱，鉴定出具有独特IL1R1和PDGFRA高表达的Ultroser-G-MSC亚群，并发现其在骨关节炎模型治疗中的优势 | 研究主要基于体外培养系统，临床转化效果需进一步验证 | 阐明hUC-MSC在不同培养系统中的异质性来源，以指导其精准临床应用 | 人脐带间充质干细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1568 | 2026-03-02 |
Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex
2025-01-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175
PMID:39792551
|
研究论文 | 本研究通过双光子钙成像和空间转录组学技术，揭示了海马旁皮层在目标导向学习中的转录决定因素和表征漂移机制 | 首次结合双光子钙成像与空间转录组学，识别了IEG定义的网络在刺激-结果关联形成中的作用，并发现脑源性神经营养因子在任务学习中的关键调控功能 | 研究主要聚焦于海马旁皮层，未全面探索其他脑区在表征漂移中的作用，且样本规模可能有限 | 探究目标导向学习中表征漂移的电路和分子机制 | 海马旁皮层的神经元，特别是兴奋性和抑制性亚型 | 神经科学 | NA | 双光子钙成像，空间转录组学 | NA | 钙成像数据，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1569 | 2026-03-02 |
Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria
2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr0932
PMID:39847624
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，通过结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光原位杂交技术，实现了细菌中数千个操纵子的高通量空间解析分析 | 开发了bacterial-MERFISH方法，首次将MERFISH技术应用于细菌，克服了细菌mRNA高密度的挑战，实现了单细菌水平的高通量空间转录组分析 | 未明确提及具体限制，但可能涉及技术复杂性、成本或适用范围 | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为，特别是空间结构环境下的异质性 | 细菌，包括对碳饥饿的响应、亚细胞RNA组织以及肠道共生菌在哺乳动物结肠微米级生态位中的适应 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH） | NA | 图像 | 未明确指定样本数量，但涉及个体细菌和肠道共生菌的微环境分析 | NA | 空间转录组学 | NA | bacterial-MERFISH（结合1000倍体积扩展与MERFISH） |
| 1570 | 2026-03-02 |
CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics
2025-01, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01045-4
PMID:39289562
|
研究论文 | 本文介绍了CellChat v2工具，用于从单细胞转录组数据中系统分析和比较细胞间通讯网络 | 更新版本增加了额外的比较功能、扩展的配体-受体对数据库以及交互式探索器，采用简化的质量作用模型量化信号通讯概率 | 协议执行时间取决于数据集大小，需要基本的R语言和单细胞数据分析知识 | 开发并应用计算工具以系统分析单细胞转录组数据中的细胞间通讯 | 单细胞转录组数据中的细胞群体和配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1571 | 2026-03-02 |
Serinc5 Regulates Sequential Chondrocyte Differentiation by Inhibiting Sox9 Function in Pre-Hypertrophic Chondrocytes
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31490
PMID:39568258
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了Serinc5作为前肥大软骨细胞标记基因，通过抑制Sox9功能调控软骨细胞从增殖到肥大的顺序分化过程 | 首次将Serinc5鉴定为前肥大软骨细胞的标记基因，并阐明其通过抑制Sox9转录活性来调控软骨细胞分化的新机制 | 研究主要基于体外实验和测序分析，体内功能验证和临床相关性有待进一步探索 | 探究前肥大软骨细胞的分子基础及其在生长板软骨细胞分化中的作用机制 | 生长板软骨细胞，特别是前肥大软骨细胞 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, 荧光标记, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质免疫沉淀测序数据, 染色质可及性测序数据, 组织学图像 | 荧光标记的生长板软骨细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 1572 | 2026-03-02 |
Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31487
PMID:39587709
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析，揭示了Lrig1在小鼠颌下腺发育过程中的动态表达模式及其功能 | 首次结合单细胞RNA测序与组织学技术，系统性地研究了Lrig1在唾液腺发育中的时空表达及其调控机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类细胞系实验的生理相关性可能有限 | 探究Lrig1在唾液腺发育和成熟过程中的表达模式及功能 | 小鼠颌下腺及人类唾液腺细胞系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫荧光染色, RNAscope染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 不同发育阶段的小鼠颌下腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1573 | 2026-03-02 |
Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions
2025-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02031-y
PMID:39753771
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研究论文 | 本研究通过多祖先精细定位分析，细化了192个乳腺癌风险区域，揭示了新的关联信号和候选易感基因 | 整合多祖先数据，识别了131个先前未报告的关联信号，并将50个信号的因果变异缩小至单个变异，通过功能基因组学数据鉴定了195个假定的易感基因 | 因果变异和目标基因的验证仍需进一步实验，部分关联信号的生物学机制尚未完全阐明 | 精细定位已知的乳腺癌风险位点，以揭示因果变异和目标基因 | 172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照，涵盖非洲、亚洲和欧洲祖先 | 基因组学 | 乳腺癌 | 全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序，体外实验 | NA | 基因组关联数据，功能基因组学数据 | 414,746名参与者（172,737例病例和242,009名对照） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1574 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Biomechanical Loading-Induced Imbalance in Bone and Fat, Leading to Ossification in Lumbar Intervertebral Disc Nucleus Pulposus Degeneration
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31506
PMID:39854079
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了生物力学负荷如何导致腰椎间盘退变中髓核的骨化和骨-脂肪失衡 | 首次在单细胞水平上识别出受生物力学负荷影响的CITED4+METRN+软骨细胞亚群，并揭示了其在椎间盘退变骨化中的关键作用 | 样本量较小（仅5例新鲜组织），且为回顾性分析，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究生物力学负荷对腰椎间盘退变中髓核骨化的影响机制 | 腰椎间盘退变患者的髓核组织 | 单细胞转录组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例新鲜髓核组织（L3-S1节段）及回顾性石蜡包埋样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1575 | 2026-03-02 |
Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480
PMID:40051633
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人CD14+CD16+单核细胞，识别出一个具有增强迁移和炎症表型的亚群，并探讨其在神经炎症疾病中的作用 | 首次在CD14+CD16+单核细胞中通过单细胞RNA测序识别出九个异质性簇，并定义了一个具有增强迁移和炎症表型的Group 1单核细胞亚群 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏体内功能验证，且样本来源和数量未明确说明 | 探究CD14+CD16+单核细胞的异质性及其在神经炎症疾病中的潜在作用 | 人CD14+CD16+单核细胞 | 单细胞组学 | 神经炎症疾病，包括HIV相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1576 | 2026-03-02 |
Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1588987
PMID:40520167
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研究论文 | 本研究探讨了败血症存活小鼠通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对李斯特菌感染的抵抗力 | 揭示了败血症存活后髓系细胞的脂质代谢重编程如何增强对细胞内病原体的免疫保护，为败血症幸存者的免疫恢复提供了新机制 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；未深入探讨脂质代谢变化的具体分子通路 | 探究败血症存活后免疫系统如何通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对二次感染的抵抗力 | 败血症存活小鼠及其脾脏CD11b+Ly6Chigh髓系细胞 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组化、血清细胞因子检测、血浆脂质组学 | NA | RNA序列数据、脂质组学数据、细胞表型数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1577 | 2026-03-02 |
Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2024-Dec-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1
PMID:39764102
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研究论文 | 本文开发了一种无监督多尺度聚类方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型和亚型的层次结构 | 提出了一种基于稀疏细胞-细胞相关性网络的多尺度聚类方法，能够在无监督方式下以更精细的分辨率解析细胞景观的复杂结构 | NA | 开发一种改进的单细胞RNA测序数据聚类方法，以揭示细胞亚型的层次结构 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1578 | 2026-03-02 |
Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections
2024-12-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420
PMID:39535916
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研究论文 | 本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的实验方案 | 证明了除10× Genomics验证的FFPE和新鲜冷冻切片外，固定冷冻薄脑切片也兼容Xenium平台，并提供优异的成像和定量结果 | NA | 开发适用于Xenium空间转录组学平台的固定冷冻小鼠脑切片实验流程 | 固定冷冻的小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium分析仪 |
| 1579 | 2026-03-02 |
Fibroblast growth factor 2 enhances BMSC stemness through ITGA2-dependent PI3K/AKT pathway activation
2024-12, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31423
PMID:39188080
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研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞生长因子2通过上调整合素α2表达并激活PI3K/AKT通路来增强骨髓间充质干细胞干性的分子机制 | 首次结合转录组学和单细胞测序技术，系统性地鉴定并验证了FGF2和ITGA2在调控BMSC干性中的关键作用，并阐明了其通过PI3K/AKT通路发挥功能的分子机制 | 研究主要在体外细胞模型中进行，缺乏体内动物实验验证；未深入探讨其他可能参与的信号通路 | 探索增强骨髓间充质干细胞干性维持的策略以提高其治疗潜力 | 骨髓间充质干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 转录组学分析，单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1580 | 2026-03-02 |
Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181686
PMID:39405117
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研究论文 | 本研究揭示了PADI2和PADI4缺失通过抑制NLRP3+巨噬细胞，改善脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次发现PADI2和PADI4双敲除通过调控NLRP3/Ym1轴，促进抗炎巨噬细胞分化，为脓毒症治疗提供新靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体功能及机制 | 铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 脓毒症诱导的急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及Padi2-/- Padi4-/-双敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |