本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1561 | 2026-02-23 |
Pancancer Fine-Mapping of Mutational Intolerance Identifies CHEK1 as an Immunosuppressive Driver in Lung Adenocarcinoma
2026-Feb-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521265
PMID:41722056
|
研究论文 | 本研究开发了miDriver计算框架,通过泛癌-正常组织突变对比识别了1,020个突变不耐受基因,并揭示了CHEK1作为肺腺癌中免疫抑制驱动因子的作用机制 | 提出了基于泛癌-正常组织突变对比的计算框架miDriver,首次系统识别了1,020个突变不耐受基因,并发现CHEK1通过调控MIF表达驱动M2样巨噬细胞极化的新机制 | 研究基于13种癌症类型的8,096个肿瘤样本,可能未覆盖所有癌症类型;体内实验的临床转化潜力需进一步验证 | 识别癌症中突变不耐受基因的功能作用及其作为治疗靶点的潜力 | 13种癌症类型的8,096个肿瘤样本,重点关注肺腺癌中的CHEK1基因 | 计算生物学 | 肺腺癌 | CRISPR筛选、单细胞转录组学、多重免疫荧光 | 计算框架miDriver | 基因组突变数据、单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据 | 8,096个肿瘤样本(涵盖13种癌症类型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1562 | 2026-02-23 |
Intratumoral Parvimonas micra promotes esophageal squamous cell carcinoma via p-cresol-induced Treg differentiation
2026-Feb-20, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady1644
PMID:41719397
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组测序和单细胞RNA测序,揭示了食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤内微生物群中Parvimonas micra的富集及其通过代谢产物p-甲酚促进调节性T细胞分化,从而驱动肿瘤生长的机制 | 首次在ESCC中系统揭示了肿瘤内微生物Parvimonas micra通过代谢产物p-甲酚调控肿瘤免疫微环境(诱导Treg分化)的具体分子机制,建立了微生物-代谢物-免疫抑制-肿瘤生长的完整因果链条 | 样本量相对有限(119对肿瘤-正常组织),且机制研究主要基于细胞和动物实验,在人体内的直接验证尚需进一步研究 | 探究食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤内微生物群的组成、功能及其与肿瘤免疫微环境的相互作用机制 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)患者的肿瘤组织及配对正常组织 | 肿瘤微生物组学 | 食管鳞状细胞癌 | 宏基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组序列数据, 单细胞转录组数据 | 119对肿瘤-正常组织用于宏基因组测序;45个样本用于单细胞RNA测序 | NA | 宏基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1563 | 2026-02-23 |
Intracellular bacteria modulate the immune microenvironment of oral squamous cell carcinoma
2026-Feb-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117019
PMID:41722049
|
研究论文 | 本研究利用INVADEseq技术探索口腔鳞状细胞癌中细胞内细菌如何调节肿瘤免疫微环境及其对免疫检查点阻断疗法的影响 | 首次应用INVADEseq技术同时捕获宿主单细胞RNA测序数据和细菌特征,揭示了细胞内细菌通过抑制PDCD1表达、增强感染反应、促进抗原呈递和巨噬细胞激活来影响免疫治疗疗效 | 研究未明确细胞内细菌的具体作用机制,且样本类型和数量可能限制结论的普适性 | 探究细胞内细菌在口腔鳞状细胞癌免疫微环境中的作用及其对免疫检查点阻断疗法疗效的影响 | 口腔鳞状细胞癌患者样本 | 单细胞测序 | 口腔鳞状细胞癌 | INVADEseq(入侵-粘附定向表达测序) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1564 | 2026-02-23 |
SCMO: a deep learning model integrating the single-cell resolution TME ecosystem and multi-omics for survival prediction in CRC patients
2026-Feb-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07417-y
PMID:41715092
|
研究论文 | 本研究开发了一个名为SCMO的深度学习模型,通过整合单细胞分辨率下的肿瘤微环境生态系统特征和多组学数据,用于结直肠癌患者的生存预测 | 首次将单细胞分辨率下的肿瘤微环境生态系统特征与多组学数据整合到一个深度学习模型中,用于生存预测,并利用集成梯度算法和空间转录组数据增强模型可解释性 | 模型在测试集中的1年预测AUC相对较低(0.639),且样本量(213个单细胞样本)可能限制其泛化能力 | 提高结直肠癌患者生存预测的准确性,并识别潜在的药物靶点 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学整合分析 | 自归一化神经网络 | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,临床数据,基因组数据,转录组数据,微生物数据 | 213个结直肠癌单细胞RNA测序样本(包含339,060个细胞),以及来自TCGA-CRC队列的批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1565 | 2026-02-23 |
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L orchestrates alternative splicing critical for primordial follicle formation
2026-Feb-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.02.047
PMID:41722690
|
研究论文 | 本研究揭示了异质核核糖核蛋白L(hnRNPL)通过调控选择性剪接在原始卵泡形成中的关键作用 | 首次鉴定hnRNPL作为调控原始卵泡形成的关键剪接因子,并阐明其与PTBP1和SRSF10相互作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明从原始生殖细胞到原始卵泡形成过程中选择性剪接的动态变化和功能意义 | 小鼠生殖细胞发育过程 | 生殖生物学 | 卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,RIP-seq,IP-MS,免疫荧光 | 条件性基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据,蛋白质互作数据 | 小鼠胚胎期E16.5-E18.5及出生后P1时间点的卵巢组织 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1566 | 2026-02-23 |
Spatial transcriptomics maps early B-cell and T-cell activation in hidradenitis suppurativa
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.01.041
PMID:41722764
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学分析,揭示了化脓性汗腺炎早期阶段B细胞和T细胞活化的时空序列 | 首次在化脓性汗腺炎中展示了早期免疫激活(包括B细胞富集、T17通路活化和中性粒细胞浸润)先于隧道或三级淋巴结构形成,并识别了表达促炎细胞因子、抗原呈递机制和免疫球蛋白的多功能B细胞 | 研究未明确这些早期免疫激活事件是否直接导致晚期结构形成,且样本量相对有限,需要进一步验证 | 旨在阐明化脓性汗腺炎中免疫激活的时间序列及其与疾病进展的关系 | 早期和晚期化脓性汗腺炎病变组织,并与聚合性痤疮和银屑病进行比较 | 数字病理学 | 皮肤炎症性疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 156个感兴趣区域 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1567 | 2026-02-23 |
CD68 Identified as a Regulator of Human Melanocyte Development and Function
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.02.003
PMID:41722766
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了传统巨噬细胞标记物CD68在人类黑素细胞发育和功能调控中的新作用 | 首次将CD68确立为黑素细胞生物学的调控因子,超越了其作为免疫细胞标记物的传统认知 | 研究基于人类胚胎干细胞分化模型,可能无法完全反映体内黑素细胞发育的复杂性 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1568 | 2026-02-23 |
From laboratory bench to surgical room: Molecular profiling and single-cell technologies in precision surgery for colorectal cancer patients
2026-Feb-18, Surgical oncology
DOI:10.1016/j.suronc.2026.102382
PMID:41722207
|
综述 | 本文综述了结直肠癌精准手术中分子分型和单细胞技术的最新进展及其在围手术期策略中的应用 | 整合了单细胞测序、空间多组学、液体活检和类器官平台等前沿技术,将分子特征与外科手术决策相结合,推动精准外科概念 | NA | 探讨分子分型和单细胞技术在结直肠癌精准手术中的转化应用,以优化患者分层和治疗策略 | 结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 空间多组学, 液体活检, 类器官培养, 全基因组测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1569 | 2026-02-23 |
M5C-driven stabilization of SERPINB5 promotes cervical cancer progression and chemotherapy resistance
2026-Feb-11, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08453-2
PMID:41673397
|
研究论文 | 本研究首次绘制了宫颈癌中RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)的碱基分辨率转录组图谱,揭示了m5C通过稳定SERPINB5 mRNA促进宫颈癌进展和化疗耐药的机制 | 首次在宫颈癌中生成碱基分辨率的m5C转录组图谱,并结合空间转录组学和单细胞RNA-seq技术,鉴定出SERPINB5作为m5C调控的新型致癌效应因子 | NA | 阐明m5C在宫颈癌中的功能机制和治疗相关性 | 宫颈癌 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1570 | 2026-02-23 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular and Molecular Differences Between Myxofibrosarcoma and Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-Feb-10, Medical sciences (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/medsci14010077
PMID:41718124
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的细胞与分子差异 | 首次在单细胞水平上揭示了这两种肉瘤亚型在细胞组成、通路活性和细胞间配体-受体相互作用方面的差异 | 样本量较小(仅5个肿瘤样本),需要进一步验证 | 阐明黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤之间的细胞和转录组差异,以改善其鉴别诊断 | 黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的肿瘤样本 | 单细胞组学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 5个肿瘤样本(包含两种亚型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1571 | 2026-02-23 |
Single-cell Transcriptomic Profiling Reveals Diagnostic of T Cell-platelet Aggregates in Peripheral Blood for Coronary Vulnerable Plaques
2026-Feb-04, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10723-x
PMID:41639521
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了外周血中T细胞-血小板聚集体在冠状动脉易损斑块诊断中的作用,并利用机器学习筛选出五个潜在的非侵入性生物标志物 | 首次在单细胞水平上发现并验证了循环T细胞-血小板聚集体与易损斑块的相关性,并利用机器学习方法从高维数据中筛选出具有诊断价值的生物标志物组合 | 样本量相对有限,且为横断面研究,需要更大规模的前瞻性队列验证生物标志物的临床实用性 | 开发非侵入性生物标志物用于冠状动脉易损斑块的诊断 | 冠状动脉疾病患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | Boruta, LASSO回归, SVM-RFE | 单细胞转录组数据 | 冠状动脉疾病患者与对照者的外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1572 | 2026-02-05 |
Single-cell transcriptomics identifies fibroblast associated immune heterogeneity and prognostic signatures in bladder cancer
2026-Feb-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-38219-x
PMID:41634289
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1573 | 2026-02-05 |
Integrative analysis of transcriptome and single-cell sequencing combined with experimental validation identifies biomarkers associated with T cell and senescence in sepsis
2026-Feb-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-38559-8
PMID:41634312
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1574 | 2026-02-23 |
Spatial Analysis of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Defines a Paradoxical Keratin 17-positive, Low-grade Epithelial Population Harboring Malignant Features
2026-Feb-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101749
PMID:41638478
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)中一个表达恶性转录特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中识别出一个表达KRT17、S100A10和CEACAM5等恶性标志物的上皮细胞亚群,这些标志物在胰腺导管腺癌中富集 | 研究样本数量可能有限,且该细胞亚群在低级别IPMN中呈斑片状分布,其临床意义和转化潜力需进一步验证 | 探究IPMN进展过程中的转录变化,以改善早期检测和风险分层 | 包含低级别异型增生、高级别异型增生和IPMN源性癌的胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 转录组数据,图像数据 | 包含IPMN疾病全谱的患者样本,以及一个包含更多IPMN样本的外部空间转录组数据集 | Nanostring | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | Nanostring GeoMx | NA |
| 1575 | 2026-02-23 |
Interpretable inflammation landscape of circulating immune cells
2026-Feb, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-04126-3
PMID:41526507
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,描绘了感染、免疫介导炎症性疾病和癌症中循环免疫细胞的炎症过程,构建了一个包含超过650万个外周血单个核细胞的单细胞图谱 | 通过大规模单细胞图谱学习循环免疫细胞的全面炎症模型,并利用无监督和可解释机器学习开发疾病分类框架 | 研究主要基于外周血单个核细胞,可能未完全涵盖组织特异性炎症反应 | 全面理解循环免疫细胞的炎症过程,开发炎症性疾病的分类框架 | 循环免疫细胞,特别是外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 感染、免疫介导炎症性疾病、癌症 | 单细胞转录组学 | 无监督机器学习、可解释机器学习 | 单细胞RNA-seq数据 | 1,047名患者(56%女性,43%男性),超过650万个外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1576 | 2026-02-23 |
Innate antiviral and immune functions associated with the HIV reservoir decay after anti-PD-1 therapy
2026-Feb, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-04139-y
PMID:41680482
|
研究论文 | 本研究通过纵向多组学分析,探索了抗PD-1疗法在HIV感染者中减少病毒储存库的免疫机制和获益人群特征 | 首次在HIV感染者中系统描绘了抗PD-1疗法诱导的早期免疫反应特征,并发现持续的干扰素刺激基因激活与病毒储存库减少相关 | 样本量较小(30人),且研究对象为同时患有癌症的HIV感染者,可能限制结果的普适性 | 阐明抗PD-1疗法减少HIV病毒储存库的免疫机制,并识别最可能从中获益的感染者特征 | 30名同时患有癌症的HIV感染者(29名男性,1名女性) | 免疫学 | HIV感染 | 纵向多组学分析,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,临床数据 | 30名HIV感染者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1577 | 2026-02-23 |
An integrated single-cell lung cancer atlas reveals distinct fibroblast phenotypes between adenocarcinoma and squamous cell carcinomas
2026-Jan-23, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01279-3
PMID:41577803
|
研究论文 | 本研究通过整合公共可用的单细胞RNA测序数据,构建了一个非小细胞肺癌的综合图谱,揭示了肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间肿瘤微环境异质性、细胞组成以及癌症相关成纤维细胞亚型的显著差异 | 首次通过整合大规模公共单细胞RNA测序数据,系统比较了肺腺癌和肺鳞状细胞癌中肿瘤微环境的异质性,并明确了两种亚型中占主导地位的癌症相关成纤维细胞亚型及其与预后的不同关联 | 研究依赖于公共数据集,可能存在批次效应;研究结果主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;共培养实验在体外进行,可能无法完全模拟体内复杂的肿瘤微环境 | 探究非小细胞肺癌中肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间肿瘤微环境,特别是癌症相关成纤维细胞亚型的差异及其与预后的关系 | 非小细胞肺癌患者肿瘤组织中的细胞,特别是癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了公共可用的大规模单细胞RNA测序数据集(具体样本数量未在摘要中明确给出) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1578 | 2026-02-23 |
Expression Atlas in 2026: enabling FAIR and open expression data through community collaboration and integration
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1238
PMID:41370097
|
研究论文 | 本文介绍了Expression Atlas知识库在2026年的更新,包括内容扩展、功能增强和社区协作,以支持FAIR原则下的基因和蛋白质表达数据 | 新增了批量基线实验的标记基因分析模块,整合了单细胞RNA-seq数据集如Tabula Sapiens和GTEx单核图谱,并计划提供AI就绪数据格式 | 未明确提及具体的技术或数据局限性,主要关注资源更新和未来方向 | 通过社区协作和集成,实现FAIR和开放的表达数据,支持基础和转化研究 | 基因和蛋白质表达数据,涵盖组织、细胞类型、条件和多种物种 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 超过4500项研究,涉及67个物种,包括数百个单细胞RNA-seq实验 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1579 | 2026-02-23 |
Molecular interplay of ASNS and the PI3K-AKT-mTOR pathway in CMV and HIV co-infections: Therapeutic implications
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0342050
PMID:41719286
|
研究论文 | 本研究揭示了天冬酰胺合成酶(ASNS)在CMV/HIV共感染中作为关键的代谢信号枢纽,并与PI3K-AKT-mTOR通路相互作用,为开发宿主导向的治疗策略提供了新靶点 | 首次将ASNS确定为CMV/HIV共感染发病机制中的关键代谢信号枢纽,并通过分子对接和动力学模拟发现抗病毒药物西多福韦能高亲和力结合ASNS,提出了靶向ASNS特定残基(VAL-51和ASN-74)的新型宿主导向治疗策略 | 研究主要基于生物信息学分析和计算模拟,需要进一步的实验验证来确认ASNS作为治疗靶点的有效性和安全性 | 阐明CMV/HIV共感染的分子机制,并寻找新的治疗靶点以改善患者预后 | CMV和HIV共感染的分子相互作用网络,特别是ASNS与PI3K-AKT-mTOR通路的关系 | 生物信息学 | HIV感染 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、机器学习、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1580 | 2026-02-23 |
Coronary Artery Calcification: Decoding Mechanisms, Innovations, and Translational Strategies from Bench to Bedside
2025-Dec-26, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10720-0
PMID:41454180
|
综述 | 本文综述了冠状动脉钙化(CAC)的病理机制、技术创新及临床管理策略,强调其从被动标志物向主动调控过程的转变 | 整合了30年研究,通过单细胞测序识别了内膜与中膜钙化亚型,并强调了AI在影像分割(99.2%准确率)和血管内碎石术(IVL,≥98%成功率)等创新技术的应用 | 他汀类药物对钙化的双重效应、亚型诊断缺口以及先进工具(如IVL在>70%资源有限设施中不可用)的可及性有限 | 总结CAC的病理机制、技术进展和临床证据,推动从被动治疗向主动血管健康优化的转变 | 冠状动脉钙化(CAC)及其相关的动脉粥样硬化病理 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | AI | 影像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |