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当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 1561 - 1580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1561 | 2026-05-05 |
scRNA sequencing revealed HIV-associated inflammation-mediated lung epithelial dysregulation and fibroblast remodeling
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1789140
PMID:42079650
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示HIV感染导致肺部上皮失调和成纤维细胞重塑的机制 | 首次在单细胞水平上系统描绘HIV感染对肺上皮、免疫和基质细胞群的转录重组影响，发现肺泡上皮细胞向间质表型转变及成纤维细胞促炎应激反应增强 | 未探讨这些通路在HIV相关肺部病理中的治疗相关性，且样本量可能有限 | 表征HIV感染在肺部的细胞和分子景观，评估上皮重塑和HIV驱动的肺细胞组成及转录程序变化 | 来自HIV感染者和未感染个体的肺组织，包括吸烟者和非吸烟者 | 单细胞转录组学 | HIV相关肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | UMAP聚类 | 单细胞转录组数据 | 总共54,230个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1562 | 2026-05-05 |
Tumor reactivity assessment using clonal expression reveals tumor reactive CD8+ T cell heterogeneity across solid tumors
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1815974
PMID:42079667
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研究论文 | 利用克隆表达评估肿瘤反应性，揭示实体瘤中肿瘤反应性CD8+ T细胞的异质性 | 提出一种无需数据集预处理的克隆型水平CD8+ TRT分类器TRACE，克服了单数据集、供体或适应症训练的局限性，并可在新测试数据集上直接应用 | 未在论文中明确提及局限性 | 构建并验证一种基于单细胞RNA测序的肿瘤反应性T细胞预测算法，以评估不同实体瘤中TRT的频率 | 肿瘤浸润淋巴细胞和血液T细胞克隆型 | 机器学习 | 肺癌，结直肠癌，胰腺癌，黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自多个肿瘤图谱的数百名患者样本（涵盖肺癌、结直肠癌和胰腺癌） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1563 | 2026-05-05 |
Application of multi-omics in systemic autoimmune rheumatic diseases: a bibliometric and visualization analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1759610
PMID:42079670
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综述 | 利用文献计量学和可视化分析，系统回顾2005至2025年间多组学技术在系统性自身免疫性风湿病中的应用现状、发展趋势及主题演变 | 首次通过文献计量学方法，系统描绘了多组学在SARD研究中从体液分子表征向单细胞免疫细胞层面高分辨率分析的转化路径及国际合作模式 | 仅依赖Web of Science核心合集数据库，可能存在文献覆盖不全；操作化定义仅纳入至少两个组学层面的研究，可能排除了单一组学但有重要贡献的工作 | 系统综述多组学技术在系统性自身免疫性风湿病研究中的应用现状与发展趋势，指导未来研究方向 | 2005至2025年间Web of Science核心合集中关于多组学在SARD应用的英文文献 | 自然语言处理 | 风湿性自身免疫疾病 | NA | NA | 文本 | 2576篇文献（2072篇研究论文和504篇综述） | NA | NA | NA | NA |
| 1564 | 2026-05-05 |
Integrated analysis identifies a palmitoylation-associated prognostic model (ACSM5/SKA3) for lung adenocarcinoma across multiple cohorts
2026, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.21160
PMID:42079738
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研究论文 | 通过整合分析确定了肺腺癌中一个棕榈酰化相关预后模型（ACSM5/SKA3），并在多个队列中验证其预后价值 | 首次构建了基于棕榈酰化相关基因的ACSM5/SKA3双基因预后模型，该模型能够分层患者预后并反映代谢、增殖和免疫微环境状态，为肺腺癌风险分层和治疗设计提供棕榈酰化相关基础 | 模型区分性能中等（TCGA中1年、3年、5年AUC分别为0.717、0.733、0.697），可能需进一步优化 | 探究棕榈酰化相关基因在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据（RNA-seq）, 单细胞RNA测序数据（scRNA-seq） | TCGA-LUAD队列及三个GEO外部验证队列，包含单细胞RNA测序数据集和配对的LUAD及相邻组织 | NA | NA | NA | NA |
| 1565 | 2026-05-05 |
An optimization framework for hierarchical clustering
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag107
PMID:42079811
|
研究论文 | 提出一种基于平均链接的层次聚类优化框架，通过集成多视图相似性度量提升聚类质量 | 首次将局部与全局视角结合，通过多视图数据生成与集成学习优化层次聚类，克服贪心算法的结构性次优问题 | 未明确提及计算复杂度及大规模数据集上的扩展性 | 改进层次聚类的结构最优性 | 合成数据集、经典基准数据集及单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 平均链接层次聚类、集成学习 | 数值数据 | 多种合成及经典数据集，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1566 | 2026-05-05 |
Multi-omics analysis reveals shared diagnostic and therapeutic targets in endometriosis and recurrent implantation failure
2025-12-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28877-8
PMID:41462508
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研究论文 | 利用多组学数据分析揭示子宫内膜异位症和复发性植入失败共享的分子机制与诊断治疗靶点 | 首次通过多组学分析鉴定出子宫内膜异位症与复发性植入失败共享的15个枢纽基因，并利用单细胞测序明确其在基底上皮细胞中的表达特征 | 研究仅依赖公共数据库数据，缺乏前瞻性临床验证；共享基因的生物学功能仍需进一步实验确认 | 阐明子宫内膜异位症与复发性植入失败中影响子宫内膜容受性的共享分子机制 | 子宫内膜异位症患者和复发性植入失败患者的子宫内膜组织样本相关基因表达数据 | 机器学习 | 妇科疾病 | 多组学分析、加权基因共表达网络分析、单细胞测序、免疫荧光 | 加权基因共表达网络分析模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NCBIGEO数据库中多个数据集，具体病例数未在摘要中详述 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1567 | 2026-05-05 |
Identification of diagnostic and prognostic phospholipid biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis via machine learning and in vivo validation
2025-Dec-12, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00845-3
PMID:41388329
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研究论文 | 通过机器学习与体内验证，确定了特发性肺纤维化中诊断和预后相关的磷脂生物标志物 | 结合WGCNA、机器学习与单细胞测序，首次构建了基于磷脂相关基因的IPF诊断和预后模型，并在动物模型中验证 | 需要进一步的临床验证来评估其临床应用价值 | 识别IPF中与磷脂相关的诊断和预后生物标志物 | 特发性肺纤维化患者及小鼠模型的肺组织和血液样本 | 机器学习 | 肺纤维化 | 微阵列芯片，单细胞测序，动物模型 | 机器学习模型（诊断和预后模型） | 基因表达数据 | 八个数据集，含多个IPF患者样本；单细胞测序样本；小鼠模型样本 | NA | 微阵列芯片，单细胞测序 | NA | NA |
| 1568 | 2026-05-05 |
CrebA regulation of secretory capacity: genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies
2025-12-10, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyaf214
PMID:41052780
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体内DNA结合研究，探索果蝇CrebA转录因子对分泌能力的调控机制 | 将单细胞RNA测序与体内DNA结合研究结合，系统分析CrebA在胚胎组织中的转录调控网络，揭示其与靶基因结合位点与功能调控的关系 | 尚不清楚功能性结合与非功能性结合的区别，以及CrebA是否在所有胚胎组织中均为主要分泌途径基因表达驱动因子 | 研究CrebA转录因子在果蝇胚胎中调控分泌能力的作用机制及其保守性 | 果蝇胚胎唾液腺及CrebA空突变体胚胎 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、DNA结合分析、转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | CrebA空突变体胚胎与野生型胚胎的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1569 | 2026-05-05 |
Phylogenomic Analysis of Deep-Branching Telonemid
2025-11-28, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf202
PMID:41157959
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序和系统基因组学分析，研究深分支Telonemid的进化关系 | 首次从太平洋远洋水域分离出TEL2亚群的单细胞，填补了Telonemia类群稀疏采样空白，并揭示了其与SAR超类群及其他不稳定超类群的系统发育关系 | 贝叶斯分析未能收敛到同一拓扑结构，且结果在不同数据子集和参数设置下表现出不稳定性 | 探究Telonemia类群与Stramenopila-Alveolata-Rhizaria超类群及其他稀疏采样超类群的进化关系 | 太平洋远洋水域中分离的单个Telonemid细胞（TEL2亚群） | 系统基因组学 | NA | 单细胞转录组测序、系统基因组学分析 | 最大似然法 | 转录组序列 | 1个单细胞样本（太平洋远洋水域） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1570 | 2026-05-05 |
Integrated single-cell whole genome sequencing and spatial transcriptomics reveal latent intra-tumoral heterogeneity in ovarian cancer
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.676897
PMID:41279090
|
研究论文 | 通过整合单细胞全基因组测序和空间转录组学揭示卵巢癌中潜在的肿瘤内异质性 | 首次结合单细胞全基因组测序与空间转录组学，在细胞、克隆和亚克隆水平系统解析卵巢癌的肿瘤内异质性，并发现功能相关的拷贝数改变及驱动突变的自发回复现象 | 样本量较小（仅5例卵巢癌样本），且未涉及纵向研究或治疗前后对比 | 阐明卵巢癌肿瘤内异质性的分子特征及其对复发和治疗失败的影响 | 5例上皮性卵巢癌组织的单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序，空间转录组学 | NA | 基因测序数据，空间基因表达数据 | 5例卵巢癌样本 | 10x Genomics | 单细胞测序，空间转录组学 | 10x Chromium，10x Visium | 单细胞全基因组测序和空间转录组学平台 |
| 1571 | 2026-05-05 |
Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions
2025-06, Best practice & research. Clinical haematology
DOI:10.1016/j.beha.2025.101634
PMID:40701740
|
综述 | 综述异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗后免疫重建的动态过程、决定因素及未来方向 | 综合比较了异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗两种情境下免疫重建的动力学特征，并提出了基于先进免疫分析技术（如流式细胞术和单细胞RNA测序）的个性化监测策略 | 未涉及具体患者队列数据，可能缺乏对临床实践中复杂因素的深入量化分析 | 总结免疫重建的动力学知识，评估不同移植和CAR-T治疗方案的影响，探讨优化免疫监测和治疗的个性化策略 | 异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗后的患者 | 机器学习 | 血液系统疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 1572 | 2026-05-05 |
Divergent Plastid Genomes in the Deepest-Branching Apicomplexan Parasites
2025-05-30, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf117
PMID:40476362
|
研究论文 | 利用单细胞测序技术解析了最深分支顶复门寄生虫中质体基因组的多样性与进化 | 首次获取了所有四个已知古簇虫谱系中未培养代表的质体基因组数据，填补了顶复门质体基因组进化中的关键空白 | 未提及光合作用相关基因，且样本来自未培养的物种，可能限制基因组完整性的评估 | 研究顶复门寄生虫中质体（apicoplast）基因组的起源与进化 | 古簇虫谱系（archigregarines）中未培养代表的质体基因组 | 生物信息学 | 疟疾等相关寄生虫疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组序列 | 所有4个已知古簇虫谱系中未培养的代表性样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1573 | 2026-05-05 |
Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon
2025-04-30, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf076
PMID:40305003
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析大西洋鲑全基因组复制后保留的重复基因的细胞类型特异性表达 | 首次通过单细胞转录组学技术，在细胞类型水平上研究全基因组复制事件后重复基因的表达差异和进化后果，并揭示不同细胞类型对细菌感染的转录反应差异 | 研究仅针对肝脏组织，且统计能力因细胞类型异质性而有所降低 | 理解全基因组复制事件后重复基因的细胞特异性表达及其功能与进化意义 | 大西洋鲑肝脏组织中的主要细胞类型（如肝细胞和免疫细胞） | 数字病理学 | 细菌感染（由杀鲑气单胞菌引起） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大西洋鲑肝脏组织样本（具体数量未在摘要中提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1574 | 2026-05-05 |
Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646342
PMID:40236200
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研究论文 | 研究10x Genomics Xenium平台基因表达探针组中脱靶结合对空间转录组分析准确性的影响 | 开发了Off-target Probe Tracker（OPT）软件工具，通过探针序列比对识别脱靶结合，并利用正交的空间和单细胞转录组数据验证预测结果 | 未提及具体局限性，但研究仅针对乳腺癌组织样本和特定基因面板，可能限制推广性 | 评估基于探针的空间转录组技术中脱靶结合对基因表达谱准确性的影响，提高数据生物学可解释性 | 10x Genomics Xenium v1人类乳腺癌基因表达面板中的280个基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 使用已发表的乳腺癌数据集，同一肿瘤块采集的Xenium、Visium CytAssist和3'单细胞RNA-seq样本 | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 10x Xenium, 10x Visium CytAssist | 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel, Visium CytAssist, 10x 3'单细胞RNA测序 |
| 1575 | 2026-05-05 |
Single-cell analysis revealing the metabolic landscape of prostate cancer
2024-09-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja20243
PMID:38657119
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示前列腺癌的代谢景观 | 利用计算流程进行单细胞RNA测序，首次描绘了前列腺癌中上皮细胞与基质细胞的代谢活性差异，并发现神经内分泌细胞具有高代谢率，可能解释神经内分泌前列腺癌的高营养和能量需求 | 仅基于计算和部分实验验证，未进行大规模临床样本验证 | 通过单细胞水平分析揭示前列腺癌的代谢异质性和疾病进展机制 | 前列腺癌细胞及其微环境中的上皮细胞、基质细胞和神经内分泌细胞 | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1576 | 2026-05-05 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-08-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 介绍Spatial Graph Fourier Transform (SpaGFT)方法，利用图信号处理技术对空间组学数据进行表征分析，支持复杂器官的空间生物学研究 | 提出基于图傅里叶变换的空间组学表征方法，可解释性强，能识别空间可变基因和稀有亚细胞结构，并提升多种机器学习任务的准确性 | NA | 开发一种可解释的图表示方法用于空间组学数据的表征和分析 | 人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据、高分辨率空间蛋白组学数据 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学、空间蛋白组学、图信号处理 | 图傅里叶变换 | 空间组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 1577 | 2026-05-05 |
High-resolution diffusion magnetic resonance imaging and spatial-transcriptomic in developing mouse brain
2024-08-15, NeuroImage
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120734
PMID:39032791
|
研究论文 | 该研究获取了小鼠发育大脑的32微米各向同性分辨率多壳扩散磁共振成像数据集，并整合艾伦发育小鼠脑图谱的空间转录组学数据，探究脑组织微观结构变化 | 首次提供了包括DTI、DKI和NODDI模型的高分辨率dMRI来追踪小鼠出生后大脑白质和灰质的微观结构变化，并强调了空间转录组学与dMRI的基因型-表型相关性 | 未见明确说明 | 利用高分辨率扩散磁共振成像和空间转录组学探究发育中小鼠大脑的微观结构变化及其分子基础 | 出生后不同天数的小鼠大脑 | 机器学习 | NA | 高分辨率扩散磁共振成像，空间转录组学 | NA | 图像 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1578 | 2026-05-05 |
Single-cell RNA sequencing to explore cancer-associated fibroblasts heterogeneity: "Single" vision for "heterogeneous" environment
2024-May, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13592
PMID:38158643
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综述 | 综述单细胞RNA测序技术在揭示癌症相关成纤维细胞异质性中的应用 | 从单细胞RNA测序视角系统综述癌症相关成纤维细胞异质性，并探讨多模态单细胞平台整合策略 | 未提供具体实验验证或定量分析结果 | 探讨单细胞RNA测序在理解癌症相关成纤维细胞异质性中的应用及临床转化潜力 | 癌症相关成纤维细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1579 | 2026-05-05 |
Single-cell transcriptomic data reveal the increase in extracellular matrix organization and antigen presentation abilities of fibroblasts and smooth muscle cells in patients with pelvic organ prolapse
2023-10, International urogynecology journal
IF:1.8Q3
DOI:10.1007/s00192-023-05539-9
PMID:37222740
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研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析盆腔器官脱垂患者阴道壁成纤维细胞和平滑肌细胞的细胞特性变化 | 首次在单细胞水平揭示POP中成纤维细胞和平滑肌细胞在细胞外基质组织和抗原呈递能力方面的增强 | 仅基于公共数据集，样本量较小（5例POP和5例对照），需要更多独立验证 | 探索盆腔器官脱垂（POP）患者阴道壁主要细胞类型（成纤维细胞和平滑肌细胞）的细胞特性，以增进对POP分子机制的理解 | 盆腔器官脱垂患者阴道壁组织中的成纤维细胞和平滑肌细胞 | NA | 盆腔器官脱垂 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10个样本（5例POP患者和5例对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1580 | 2026-05-05 |
Single-Cell Sequencing of Developing Human Gut Reveals Transcriptional Links to Childhood Crohn's Disease
2020-12-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.11.010
PMID:33290721
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研究论文 | 通过单细胞测序绘制人类肠道发育图谱，揭示与儿童克罗恩病的转录联系 | 首次在单细胞水平解析6-10周人类胚胎肠道发育，发现与LGR5阳性的干细胞不同的循环上皮前体细胞，并揭示克罗恩病中胎儿转录因子的重新激活 | 未提及 | 解析人类肠道发育过程中的细胞图谱，并探索其与儿童克罗恩病的关联 | 6-10周人类胚胎肠道组织及儿童克罗恩病上皮组织 | 单细胞组学 | 儿童克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6-10周人类胚胎肠道样本及儿童克罗恩病与健康对照上皮样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |