单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 15761 - 15780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15761 | 2024-08-05 |
A Spatial Transcriptome Reveals Changes in Tumor and Tumor Microenvironment in Oral Cancer with Acquired Resistance to Immunotherapy
2023-11-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13121685
PMID:38136558
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研究论文 | 这项研究揭示了在口腔癌患者获得免疫治疗耐药后，肿瘤及其微环境的动态变化 | 本研究采用空间转录组技术揭示了获得免疫治疗耐药后的表观遗传修饰相关通路的激活 | 本研究仅基于一个患者的案例，样本量较小，缺乏广泛适用性 | 研究免疫治疗对口腔癌及其微环境的影响 | 77岁男性口腔鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 口腔癌 | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 1个样本 |
| 15762 | 2024-08-05 |
Good Cop, Bad Cop: Profiling the Immune Landscape in Multiple Myeloma
2023-11-07, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13111629
PMID:38002311
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综述 | 本文描述了多发性骨髓瘤中骨髓微环境各成分的作用以及免疫治疗的临床试验。 | 结合经典免疫表型分析与单细胞测序技术的先进免疫特征分析，揭示了特定免疫细胞在多发性骨髓瘤中的作用。 | 未提供具体的临床试验数据和结果，可能限制对免疫治疗效果的全面理解 | 探讨多发性骨髓瘤中骨髓微环境对疾病发展的影响。 | 主要研究多发性骨髓瘤及其相关的免疫细胞和骨髓微环境。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序技术 | NA | NA | 采用外周血和骨髓中的特定免疫细胞进行分析，但样本数量未提供 |
| 15763 | 2024-08-05 |
Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver
2023-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
PMID:37946043
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研究论文 | 这篇文章探讨了小鼠肝脏中细胞如何受到与年龄相关的微环境变化的影响 | 本研究首次通过空间转录组学结合单细胞ATAC-seq和RNA-seq等技术，揭示了脂质组学和功能测定在不同空间区域细胞衰老过程中的作用 | 该研究仅在男性小鼠的肝脏中进行，可能不适用于所有物种或性别 | 探究组织内细胞类型在不同空间位置受衰老影响的情况 | 研究对象为小鼠肝脏的不同细胞类型 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞ATAC-seq, RNA-seq, 脂质组学 | NA | NA | 男性小鼠肝脏的多个细胞类型 |
| 15764 | 2024-08-07 |
Hnf4 activates mimetic-cell enhancers to recapitulate gut and liver development within the thymus
2023-10-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230461
PMID:37399024
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研究论文 | 研究通过Hnf4α和Hnf4γ转录因子激活模拟细胞增强子，重现胸腺中的肠道和肝脏发育 | 揭示了Hnf4在胸腺中的基因调控机制，并发现了Hnf4γ在肠道微褶细胞和IgA反应中的作用 | NA | 探讨Hnf4在胸腺中模拟细胞的基因调控机制 | 胸腺中的模拟细胞（mTECs）及其在肠道和肝脏发育中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 15765 | 2024-08-07 |
Paired single-cell host profiling with multiplex-tagged bacterial mutants reveals intracellular virulence-immune networks
2023-07-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2218812120
PMID:37399397
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research paper | 本文开发了一种名为scPAIR-seq的单细胞方法，用于分析感染过程中宿主细胞和细菌突变体的相互作用 | scPAIR-seq方法能够同时捕获感染宿主细胞和内部细菌突变体的条形码，从而分析突变体对宿主转录组的影响 | NA | 研究宿主细胞与内部细菌病原体相遇后复杂的表型及其对感染结果的影响 | 宿主细胞和内部细菌病原体的相互作用 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 使用了感染了Typhimurium分泌系统效应子突变体库的巨噬细胞样本 |
| 15766 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular heterogeneity and macrophage-to-mesenchymal transition in bicuspid calcific aortic valve disease
2023-06-30, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-023-00390-w
PMID:37391760
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研究论文 | 该文章研究了二尖瓣钙化主动脉瓣病中的细胞异质性和巨噬细胞转化为间充质细胞的过程。 | 首次在单细胞水平上揭示了二尖瓣病中细胞的异质性以及巨噬细胞向间充质细胞转化的机制 | 样本量较小，仅涉及四个BAV标本，需要更多样本进行进一步验证 | 探讨二尖瓣疾病中的细胞组成及其在钙化过程中的作用 | 四个存在主动脉瓣狭窄的二尖瓣患者的BAV标本 | 数字病理学 | 主动脉瓣钙化疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 4个BAV标本 |
| 15767 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of KLF2 as a prognostic biomarker associated with fibrosis and immune infiltration in advanced hepatocellular carcinoma
2023-Jun-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05391-0
PMID:37386390
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研究论文 | 本文分析了KLF2在晚期肝细胞癌中的预后生物标志物的作用，特别关注其与纤维化和免疫浸润的关系 | 首次系统性研究了KLF2在肝细胞癌（HCC）中的调节机制及其作为预后生物标志物的潜力 | 研究主要依赖于现有数据库，未进行独立的临床验证 | 探索KLF2作为晚期HCC的潜在诊断和预后生物标志物 | 晚期肝细胞癌（HCC）患者的样本数据和单细胞测序结果 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公共数据库，具体样本量不详 |
| 15768 | 2024-08-07 |
Functionalized Lineage Tracing for the Study and Manipulation of Heterogeneous Cell Populations
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1811-0_8
PMID:35094325
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研究论文 | 本文介绍了COLBERT方法，通过使用独特的单引导RNA（sgRNA）条形码作为功能标签来识别和召回特定的细胞谱系 | COLBERT方法利用sgRNA条形码稳定整合并主动转录，使得所有细胞后代都包含亲本条形码并产生功能性sgRNA，从而实现对异质细胞群中特定谱系的追踪和分离 | NA | 研究并操控异质细胞群 | 异质细胞群中的独特细胞谱系 | NA | NA | CRISPR | NA | NA | NA |
| 15769 | 2024-08-07 |
Evaluating Capture Sequence Performance for Single-Cell CRISPR Activation Experiments
2021-Mar-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00499
PMID:33625849
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研究论文 | 本文评估了单细胞CRISPR激活实验中捕获序列性能的影响 | 引入了特征条形码技术，允许同时捕获mRNA和gRNA | 该技术尚处于起步阶段，缺乏优化实验参数的信息 | 识别CRISPR激活基因扰动研究的最佳gRNA支架 | 捕获序列、捕获序列位置和gRNA骨架 | NA | NA | 单细胞RNA测序、CRISPR激活 | NA | mRNA、gRNA | NA |
| 15770 | 2024-08-07 |
Detection of gene cis-regulatory element perturbations in single-cell transcriptomes
2021-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008789
PMID:33711017
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研究论文 | 介绍了一种基于poly-adenine CRISPR gRNA的单细胞RNA测序方法（pAC-Seq），用于直接观察scRNA-seq中的gRNAs，并评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果 | pAC-Seq能够检测到顺式调控引起的靶基因表达改变，即使在只有约5%的细胞中发生双等位基因丢失 | 低比例的双等位基因丢失显著增加了检测调控基因组变化后果所需的细胞数量 | 评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果 | 基因顺式调控区域的改变及其对靶基因表达的影响 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约5%的细胞发生双等位基因丢失 |
| 15771 | 2024-08-07 |
Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen
2020-Jun-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02044-w
PMID:32513233
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析 | Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析 | NA | 开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析 | CRISPR-based genome perturbation及其转录输出 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 15772 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of a mutant library generated using CRISPR-guided deaminase in human melanoma cells
2020-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0888-2
PMID:32242071
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研究论文 | 本文开发了一种结合CRISPR RNA引导的脱氨酶和单细胞RNA测序技术的新平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 本文首次将CRISPR RNA引导的脱氨酶与单细胞RNA测序技术结合，用于评估替代突变 | 目前该平台仅在人黑色素瘤细胞系中进行了测试，尚未应用于其他细胞类型或疾病 | 开发一种新的平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 人黑色素瘤细胞系 | 基因编辑 | 黑色素瘤 | CRISPR-guided deaminase, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 420个sgRNAs |
| 15773 | 2024-08-07 |
Titrating gene expression using libraries of systematically attenuated CRISPR guide RNAs
2020-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0387-5
PMID:31932729
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研究论文 | 本文介绍了一种使用CRISPR干扰和一系列活性系统性调节的单引导RNA（sgRNA）来调节人类基因表达的方法 | 开发了一种新的方法，通过使用含有目标位点错配的sgRNA来精确控制基因表达，并利用深度学习推导出错配sgRNA活性的规则 | NA | 评估基因表达水平与表型之间的关系 | 人类基因表达的精确控制 | 基因编辑 | NA | CRISPR干扰 | 深度学习 | RNA-seq | 约2,400个对细胞生长至关重要的基因 |
| 15774 | 2024-08-07 |
Model-based understanding of single-cell CRISPR screening
2019-May-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10216-x
PMID:31110232
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研究论文 | 本文介绍了MUSIC，一个集成管道，用于基于模型的单细胞CRISPR筛选数据理解 | MUSIC能够准确量化和优先处理单细胞CRISPR筛选数据中的个体基因扰动效应，并能容忍数据分析中存在的显著噪声 | NA | 开发一个集成管道，以基于模型的方法分析单细胞CRISPR筛选数据，从而阐明扰动功能和生物电路 | 单细胞CRISPR筛选数据 | 生物信息学 | NA | CRISPR筛选, 单细胞RNA测序 | 集成管道 | 单细胞数据 | 使用所有公开可用的数据进行综合测试 |
| 15775 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing-Based CRISPRi Screening Resolves Molecular Drivers of Early Human Endoderm Development
2019-Apr-16, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.076
PMID:30995470
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和CRISPRi筛选技术，解析了人类内胚层早期发育的分子驱动因素 | 首次将单细胞RNA测序与CRISPRi筛选相结合，全面定义了内胚层发育中基因功能丧失的表型 | NA | 研究人类内胚层发育的分子基础 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPRi | NA | RNA | NA |
| 15776 | 2024-08-07 |
CRISPR Screening in Single Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_23
PMID:31028650
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研究论文 | 本文描述了在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的当前协议 | 结合单细胞RNA测序和CRISPR技术，可以高效地研究任意数量的基因 | 研究受限于测序能力 | 探索在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的方法 | 单细胞中的基因 | 基因编辑 | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 任意数量的基因，受限于测序能力 |
| 15777 | 2024-08-07 |
Large-scale reconstruction of cell lineages using single-cell readout of transcriptomes and CRISPR-Cas9 barcodes by scGESTALT
2018-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-018-0058-x
PMID:30353175
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGESTALT的方法，该方法结合CRISPR-Cas9的累积编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，用于大规模重建细胞系谱关系。 | scGESTALT技术通过在多个时间点使用Cas9和单导向RNA（sgRNAs）进行编辑，生成条形码阵列的编辑，从而与类似的Cas9系谱追踪方法区分开来。 | 生成转基因线需要6个月，进行条形码编辑和生成单细胞文库需要7天的手动操作时间。 | 提供一个可扩展的平台，用于在任何允许发育、再生或疾病期间进行基因组编辑的系统中映射细胞类型之间的系谱关系。 | 重建发育过程中产生的大量异质细胞类型的系谱关系。 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 数千个细胞转录组和记录的系谱 |
| 15778 | 2024-08-07 |
On the design of CRISPR-based single-cell molecular screens
2018-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4604
PMID:29457792
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研究论文 | 本文探讨了基于CRISPR的单细胞分子筛选设计，特别是优化了CROP-seq方法，提高了引导RNA分配给细胞的效率 | 提出了CROP-seq方法的优化，使得引导RNA分配给细胞的效率提高到94% | NA | 优化基于CRISPR的单细胞分子筛选设计 | CRISPR引导RNA与单细胞RNA测序的结合 | NA | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 15779 | 2024-08-07 |
A Multiplexed Single-Cell CRISPR Screening Platform Enables Systematic Dissection of the Unfolded Protein Response
2016-Dec-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2016.11.048
PMID:27984733
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Perturb-seq的多重单细胞CRISPR筛选平台，该平台结合了基于液滴的单细胞RNA测序和CRISPR介导的扰动条形码策略，用于系统性解析哺乳动物未折叠蛋白反应（UPR）。 | Perturb-seq平台能够在混合格式中对多种扰动进行分析，提高了功能基因组学研究的效率和精度。 | NA | 旨在通过多重单细胞CRISPR筛选平台Perturb-seq，系统性解析哺乳动物未折叠蛋白反应（UPR）。 | 研究对象包括哺乳动物细胞中的未折叠蛋白反应（UPR）及其相关的基因和细胞应答。 | 基因组学 | NA | CRISPR-seq, 单细胞RNA测序 | CRISPR干扰（CRISPRi） | 基因表达数据 | 约100个基因被用于Perturb-seq分析 |
| 15780 | 2024-08-05 |
Integrative analysis reveals chemokines CCL2 and CXCL5 mediated shear stress-induced aortic dissection formation
2024-Jan-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23312
PMID:38163105
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研究论文 | 本研究通过定量生物信息学分析探讨了与剪切应力相关的主动脉夹层形成中的关键分子 | 通过整合分析确定了与剪切应力相关的核心AD差异基因及其潜在治疗剂 | 本研究未能完全阐明剪切应力对主动脉夹层的所有影响机制 | 探讨剪切应力诱导的主动脉夹层形成过程中关键分子的作用 | 主要研究与剪切应力诱导的主动脉夹层相关的化学因子和基因 | 心血管疾病 | 主动脉夹层 | RNA测序 | 无具体模型类型提及 | 基因表达数据 | 分析三个数据集的临床样本及公共RNA测序数据库，共计367个基因 |