单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 15741 - 15760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15741 | 2024-08-07 |
Cross-Validated Loss-Based Covariance Matrix Estimator Selection in High Dimensions
2023, Journal of computational and graphical statistics : a joint publication of American Statistical Association, Institute of Mathematical Statistics, Interface Foundation of North America
IF:1.4Q2
DOI:10.1080/10618600.2022.2110883
PMID:37273839
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research paper | 本文研究了在高维数据中基于交叉验证损失的协方差矩阵估计器选择方法 | 提出了一个通用类别的损失函数用于协方差矩阵估计，并建立了相应的有限样本风险界限和交叉验证选择器的渐近最优条件 | NA | 开发一种在高维数据中选择最优协方差矩阵估计器的理论框架 | 协方差矩阵估计器的选择 | statistics | NA | NA | NA | single-cell transcriptome sequencing data | NA |
| 15742 | 2024-08-07 |
The effects of H22 tumor on the quality of oocytes and the development of early embryos from host mice: A single-cell RNA sequencing approach
2022-Feb, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究探讨了H22肿瘤对宿主小鼠卵母细胞质量和早期胚胎发育的影响，通过单细胞RNA测序方法进行分析 | 首次揭示了H22肿瘤通过改变与生殖相关基因的表达模式，影响卵母细胞质量和早期胚胎发育 | NA | 研究癌症与女性生殖之间的关联 | H22肿瘤携带小鼠的卵母细胞和合子发育潜力 | NA | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 202个差异表达基因中，45个与卵母细胞质量密切相关 |
| 15743 | 2024-08-07 |
Variation in selective constraints along the Plasmodium life cycle
2021-08, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2021.104908
PMID:33975022
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研究论文 | 研究分析了啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫在其生命周期中蛋白质编码序列的选择性约束变化 | 揭示了寄生虫发育过程中选择性约束的广泛变化，并强调了比其他阶段进化更快的阶段 | NA | 探究疟原虫生命周期中不同基因表达阶段的选择性压力变化 | 啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫的基因表达及其选择性约束 | NA | 疟疾 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多个发育阶段的样本 |
| 15744 | 2024-08-05 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.08.552451
PMID:37609307
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研究论文 | 这篇文章探讨了斑马鱼视网膜中因损伤和发育引起的神经发生受基因调控网络的影响 | 本研究揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的主要差异 | 本研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全推导至其他物种 | 研究视网膜损伤后和发育过程中基因调控网络的差异 | 斑马鱼及其视网膜的Müller胶质细胞及其再生过程 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 包含多个发育和再生视网膜样本的单核和单细胞数据 |
| 15745 | 2024-08-07 |
Smooth muscle-derived adventitial progenitor cells direct atherosclerotic plaque composition complexity in a Klf4-dependent manner
2023-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174639
PMID:37991018
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研究论文 | 研究探讨了血管平滑肌来源的间质前体细胞在Klf4依赖性方式下对动脉粥样硬化斑块组成复杂性的影响 | 首次明确了血管平滑肌来源的间质前体细胞在慢性动脉粥样硬化中的作用，并揭示了Klf4敲除对这些细胞及其衍生细胞表型的影响 | 研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中进行验证 | 探讨血管平滑肌来源的间质前体细胞在动脉粥样硬化中的作用及其调控机制 | 血管平滑肌来源的间质前体细胞及其在动脉粥样硬化斑块中的分化和功能 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-Seq, 流式细胞术, 组织学方法 | NA | 细胞 | 使用AdvSca1-SM细胞系追踪模型进行研究 |
| 15746 | 2024-08-05 |
Unravelling cancer subtype-specific driver genes in single-cell transcriptomics data with CSDGI
2023-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011450
PMID:38096269
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研究论文 | 本文开发了一种新的无监督方法CSDGI，用于推断癌症亚型特异性驱动基因 | CSDGI是首个在癌症亚型层面探讨癌症驱动基因的方法 | NA | 旨在推断癌症亚型特异性驱动基因以理解肿瘤异质性 | 肿瘤单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 低秩残差神经网络的编码器-解码器框架 | 转录组数据 | NA |
| 15747 | 2024-08-07 |
cellsig plug-in enhances CIBERSORTx signature selection for multidataset transcriptomes with sparse multilevel modelling
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad685
PMID:37952182
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cellsig的贝叶斯稀疏多级模型，旨在通过调整数据以适应多级效应和基因集稀疏性来改进签名估计 | cellsig模型能够处理大规模、异质性的伪批量和批量RNA测序数据集，特别是具有非重叠基因集的数据 | 目前工具如CIBERSORTx的一个限制是无法处理层次数据结构和跨样本的非重叠基因集 | 提高细胞类型标记基因排序性能，促进细胞类型签名选择 | 大规模的伪批量和批量RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 贝叶斯稀疏多级模型 | 转录组数据 | 1435个样本，涵盖58个数据集 |
| 15748 | 2024-08-05 |
The multi-omic landscape of sex chromosome abnormalities: current status and future directions
2023-Aug-01, Endocrine connections
IF:2.6Q3
DOI:10.1530/EC-23-0011
PMID:37399516
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综述 | 本文总结了性染色体异常的基因组学当前见解 | 探讨了单细胞组学、空间转录组学等新研究方向对解密性染色体异常基因组学的贡献 | 没有提及该研究的具体限制 | 旨在理清性染色体异常的基因组学 | 性染色体异常，包括特纳综合征、克兰费尔特综合征等 | 数字病理学 | 性染色体异常 | 单细胞组学、空间转录组学 | 动物模型 | 基因组数据 | NA |
| 15749 | 2024-08-07 |
scPreGAN, a deep generative model for predicting the response of single-cell expression to perturbation
2022-06-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac357
PMID:35639705
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研究论文 | 本文提出了一种名为scPreGAN的深度生成模型，用于预测单细胞表达对外部扰动的响应 | scPreGAN结合了自编码器和生成对抗网络，能够提取未扰动数据和扰动数据的共同信息，并预测扰动数据，实验表明其预测性能优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确预测单细胞表达对外部扰动响应的深度生成模型 | 单细胞表达数据及其对外部扰动的响应 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GAN） | 单细胞表达数据 | 三个真实数据集 |
| 15750 | 2024-08-07 |
Targeting of the CD161 Inhibitory Receptor Enhances T cell-mediated Immunity Against Hematological Malignancies
2023-Dec-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022882
PMID:38153903
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研究论文 | 本文研究了CD161抑制性受体在血液恶性肿瘤中的作用，并开发了高亲和力的人源化单克隆抗体，增强了T细胞介导的免疫反应。 | 开发了高亲和力的人源化CD161单克隆抗体，增强了T细胞的细胞毒性、细胞因子和增殖能力，并在人源化小鼠模型中显著提高了生存率。 | NA | 评估CD161受体在血液恶性肿瘤中的作用，并开发新的免疫治疗策略。 | CD161抑制性受体及其配体CLEC2D在血液恶性肿瘤中的表达和功能。 | 免疫学 | 血液恶性肿瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | mRNA，蛋白质 | 多种血液恶性肿瘤细胞系，包括B细胞和T细胞淋巴瘤以及淋巴细胞和髓系白血病。 |
| 15751 | 2024-08-07 |
Integrative analysis reveals the recurrent genetic etiologies in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Dec-27, QJM : monthly journal of the Association of Physicians
DOI:10.1093/qjmed/hcad206
PMID:37688571
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研究论文 | 本研究通过综合分析全外显子测序、批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了特发性肺纤维化中的复发性遗传病因 | 本研究采用了综合分析方法，结合全外显子测序、批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，以更全面地理解特发性肺纤维化的分子基础 | NA | 旨在通过综合分析遗传变异和转录组改变，提高对特发性肺纤维化分子基础的理解 | 特发性肺纤维化的遗传和转录组变异 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 全外显子测序（WES）、批量RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 15752 | 2024-08-07 |
Rescuing the cytolytic function of APDS1 patient T cells via TALEN-mediated PIK3CD gene correction
2023-Dec-14, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2023.101133
PMID:38152700
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研究论文 | 本研究通过TALEN介导的基因编辑技术修复APDS1患者T细胞中的PIK3CD基因，恢复其细胞溶解功能 | 首次展示了通过基因编辑技术修复APDS1患者T细胞中的PIK3CD基因，从而恢复其正常信号传导和细胞毒性功能 | 目前仅为概念验证研究，尚未进行临床试验 | 探索通过基因编辑技术修复APDS1患者T细胞中的PIK3CD基因，作为新的治疗途径 | APDS1患者的T细胞 | NA | 免疫缺陷 | TALEN介导的基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序 | 未具体说明样本数量 |
| 15753 | 2024-08-07 |
Lateralized response of skull bone marrow via osteopontin signaling in mice after ischemia reperfusion
2023-Dec-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02980-x
PMID:38071333
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了小鼠实验性中风后同侧和对侧颅骨骨髓细胞的反应，发现颅骨骨髓在应对中风时表现出侧化反应，主要通过骨髓中髓系和淋巴系细胞的增殖和分化来实现，且中性粒细胞比例增加。 | 首次揭示了颅骨骨髓在应对中风时的侧化反应，并发现骨桥蛋白（OPN）在特定区域激活颅骨骨髓中的炎症反应中的作用。 | NA | 探讨颅骨骨髓在中枢神经系统疾病中的作用及其分子机制。 | 小鼠实验性中风后的颅骨骨髓细胞。 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 15754 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics of B cell and T cell receptors reveals lymphocyte clonal dynamics
2023-12-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf8486
PMID:38060664
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研究论文 | 本文开发了一种空间转录组学方法，以揭示B细胞和T细胞受体的克隆动态 | 提出了空间VDJ方法，能够在组织切片中绘制B细胞和T细胞受体序列 | NA | 研究淋巴细胞克隆在组织中的空间分布对其发育、选择和扩展的影响 | 主要研究人类组织切片中的B细胞和T细胞受体序列 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 计算框架 | 序列数据 | 人类组织切片 |
| 15755 | 2024-08-05 |
TsImpute: an accurate two-step imputation method for single-cell RNA-seq data
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad731
PMID:38039139
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研究论文 | 本文提出了一种名为tsImpute的两步插补方法，用于单细胞RNA测序数据的插补 | 创新点在于采用零膨胀负二项分布来区分dropouts和真实零，并通过改造后的表达矩阵进行最终加权插补 | 未提及具体的限制 | 旨在恢复单细胞RNA测序数据中的生物信息 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据矩阵 | 基于模拟和真实数据的多个样本进行评估 |
| 15756 | 2024-08-05 |
Respiratory epithelial cell types, states and fates in the era of single-cell RNA-sequencing
2023-07-12, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20220572
PMID:37410389
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综述 | 本文章回顾了单细胞转录组学在呼吸道内细胞类型、状态和命运的研究中的基本概念 | 强调了呼吸道中细胞异质性和可塑性的发现，并提出了生成参考注释和标准化文献术语的必要性 | 研究涉及的数据归纳和标准化面临新的挑战，需要解决的关键限制 | 探讨单细胞RNA测序在呼吸道细胞身份理解中的应用 | 呼吸道上皮细胞类型、状态和命运 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | NA |
| 15757 | 2024-08-05 |
Genetic and immune determinants of E. coli liver abscess formation
2023-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.11.543319
PMID:37398354
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研究论文 | 本研究表征了小鼠肝脓肿的形成及其宿主决定因素 | 首次揭示了肝脓肿形成的免疫细胞集群和宿主遗传易感性 | 研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况 | 探讨肝脓肿形成的遗传和免疫决定因素 | 小鼠模型及其与肝脓肿形成相关的免疫反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | C57BL/6及其系谱小鼠 |
| 15758 | 2024-08-07 |
Single-cell and spatiotemporal transcriptomic analyses reveal the effects of microorganisms on immunity and metabolism in the mouse liver
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.06.020
PMID:38152123
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研究论文 | 本研究通过构建无菌（GF）和特定病原体无（SPF）小鼠肝脏的单细胞和空间转录组（ST）图谱，揭示了微生物对肝脏免疫和代谢的影响 | 首次综合运用单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）技术，详细分析了微生物对小鼠肝脏免疫细胞比例和代谢过程的影响 | NA | 探究微生物对小鼠肝脏免疫和代谢的具体细胞和分子影响 | 无菌（GF）和特定病原体无（SPF）小鼠的肝脏 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq） | NA | 转录组 | 无菌（GF）和特定病原体无（SPF）小鼠的肝脏样本 |
| 15759 | 2024-08-07 |
CXCL14 as a potential marker for immunotherapy response prediction in renal cell carcinoma
2023, Therapeutic advances in medical oncology
IF:4.3Q2
DOI:10.1177/17588359231217966
PMID:38152696
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研究论文 | 本研究探讨了CXCL14在预测肾细胞癌（RCC）患者免疫治疗效果中的作用 | 首次阐明了CXCL14在塑造肿瘤免疫微环境中的作用，并发现其在免疫治疗反应预测中的潜在价值 | NA | 旨在阐明CXCL14在预测RCC患者免疫治疗效果中的作用 | CXCL14表达与RCC患者免疫治疗效果的关系 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | RCC的公共数据库中的数据集 |
| 15760 | 2024-08-07 |
RNA-seq characterization of histamine-releasing mast cells as potential therapeutic target of osteoarthritis
2022-Nov, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2022.109117
PMID:36109004
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析和药物阻断组胺活性，探讨肥大细胞在骨关节炎中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，结合流式细胞术和免疫组化分析，对骨关节炎中的肥大细胞进行详细表征 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在人体中进一步验证 | 进一步阐明肥大细胞在骨关节炎中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 骨关节炎的滑膜组织和滑液中的肥大细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | RNA | 包括40名骨关节炎患者和使用组胺H1受体拮抗剂西替利嗪治疗的小鼠模型 |