单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28135 篇文献，本页显示第 15721 - 15740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15721 | 2024-08-04 |
Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases
2023-Dec-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1
PMID:38196613
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研究论文 | 本文介绍了UNAGI，一种深度生成神经网络，旨在分析时间序列单细胞转录组数据。 | 本文的创新点在于开发了一种专门用于解析复杂疾病中细胞动态和药物发现的深度生成模型UNAGI。 | 本文未具体说明UNAGI在不同疾病应用中的局限性。 | 研究的目的是通过深度学习分析细胞动态，以改进疾病进程分析和药物发现。 | 研究对象主要是来自特发性肺纤维化患者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序 | 深度生成神经网络 | 文本 | NA |
| 15722 | 2024-08-07 |
STACCato: Supervised Tensor Analysis tool for studying Cell-cell Communication using scRNA-seq data across multiple samples and conditions
2023-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571918
PMID:38168391
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研究论文 | 介绍了一种名为STACCato的监督张量分析工具，用于在考虑批次和人口统计变量等潜在混杂因素的情况下，研究多样本、多条件的单细胞RNA测序数据中的细胞间通信 | STACCato工具在分析细胞间通信时，能够调整潜在的混杂因素，如批次和人口统计变量，从而提供更准确的疾病效应和细胞类型活性模式的估计 | NA | 开发一种新的工具，以更准确地分析和理解细胞间通信，特别是在多条件和多样本的单细胞RNA测序数据中 | 细胞间通信事件及其在不同生物条件下的效应 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 涉及狼疮和自闭症研究的模拟数据和真实单细胞RNA测序数据 |
| 15723 | 2024-08-07 |
Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma
2023-Dec-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9069
PMID:38091397
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研究论文 | 通过综合空间和单细胞分析，研究了放射治疗后食管鳞状细胞癌肿瘤中免疫细胞的浸润及其基因表达的变化 | 首次证实了放射治疗后肿瘤中免疫细胞的动态浸润及其免疫刺激和免疫抑制基因表达的变化，并揭示了时间依赖性和细胞类型依赖性的基因表达变化 | NA | 研究放射治疗后食管鳞状细胞癌肿瘤中的免疫反应特征，为个性化免疫治疗提供靶点信息 | 食管鳞状细胞癌肿瘤中的免疫细胞及其基因表达 | 数字病理学 | 食管癌 | 多重免疫染色（CODEX）、空间转录组（VISIUM）和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 15724 | 2024-08-04 |
A neuronal coping mechanism linking stress-induced anxiety to motivation for reward
2023-12-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9620
PMID:38055830
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研究论文 | 这篇文章展示了急性压力如何通过激活小鼠的GABA能神经元影响焦虑和奖励动机。 | 研究揭示了应激、焦虑与动机之间的神经基础，并首次探索IPN GABA能神经元在应激应对机制中的作用。 | 研究主要在小鼠模型中进行，是否适用于其他物种尚不明确。 | 本研究旨在揭示压力如何通过神经机制影响焦虑和奖励动机。 | 本研究的对象为小鼠，特别是研究其GABA能神经元的活动。 | 神经科学 | 焦虑症 | 光遗传学，单细胞测序，光纤光度测定 | NA | 生物体实验数据 | 使用多个小鼠进行实验，具体样本数量未在摘要中明确 |
| 15725 | 2024-08-04 |
Hemorrhage-activated NRF2 in tumor-associated macrophages drives cancer growth, invasion, and immunotherapy resistance
2023-Dec-07, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174528
PMID:38060331
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研究论文 | 这篇文章探讨了肿瘤相关巨噬细胞中由出血激活的NRF2如何促进癌症生长、侵袭和免疫治疗抵抗。 | 文章首次揭示了肿瘤内出血通过NRF2激活的巨噬细胞促进癌症发展的新机制。 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床转化的有效性和适用性尚未得到验证 | 研究目的是探索出血在癌症进展和治疗反应中的独立作用。 | 研究对象为肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中如何发育与功能。 | 数字病理学 | 肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 细胞，组织样本 | 用于实验的样本数量和种类未在摘要中明确提及 |
| 15726 | 2024-08-04 |
Spatial gene expression in the adult rat patellar tendon
2023-Dec, Matrix biology plus
DOI:10.1016/j.mbplus.2023.100138
PMID:38124714
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研究论文 | 本研究探讨了成年大鼠髌腱的空间基因表达特征 | 发现了一个新的空间调控基因(AABR07000398.1)，其功能尚不明确 | 仅使用了两份雄性大鼠髌腱样本，样本量较小 | 确定髌腱的基因表达谱及其空间分布 | 雄性大鼠的髌腱样本 | 数字病理 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 2个雄性大鼠髌腱样本 |
| 15727 | 2024-08-04 |
Semi-reference based cell type deconvolution with application to human metastatic cancers
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad109
PMID:38143958
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研究论文 | 本研究介绍了一种新颖的解卷积方法SECRET，用于从大规模RNA-seq数据中准确估计细胞类型比例 | SECRET方法允许在参考数据中未代表的细胞类型情况下灵活选择参考数据，并且在合成数据上表现出优越的准确性 | 未提及具体的限制信息 | 研究如何从大规模RNA-seq数据中提取细胞类型特异性信息 | 研究以人类转移性癌症为对象 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 15728 | 2024-08-07 |
Connecting single-cell transcriptomes to projectomes in mouse visual cortex
2023-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.25.568393
PMID:38168270
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研究论文 | 本文通过收集小鼠视觉皮层兴奋性神经元的Patch-seq和全脑形态学数据集，定义了16种综合形态-电-转录组（MET）类型，并重建了300个神经元的完整形态，通过多步骤分类器统一两个数据集，研究了转录组变异与形态学和电生理表型的关系，并预测了个体神经元的投射目标。 | 本文创新性地将单细胞转录组数据与全脑形态学数据相结合，通过多步骤分类器统一数据集，建立了小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合分类系统，并揭示了细胞类型特异性的跨半球投射。 | NA | 研究小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合形态-电-转录组类型，并预测其投射目标。 | 小鼠视觉皮层兴奋性神经元的转录组、形态学和电生理特性。 | 数字病理学 | NA | Patch-seq | 多步骤分类器 | 转录组数据、形态学数据 | 300个神经元 |
| 15729 | 2024-08-04 |
Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapy Targeting Epithelial Cell Adhesion Molecule in Gastric Cancer: Mechanisms of Tumor Resistance
2023-Nov-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15235552
PMID:38067255
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研究论文 | 该研究开发了一种针对上皮细胞粘附因子（EpCAM）的嵌合抗原受体（CAR）T细胞，用于治疗胃癌，并探讨肿瘤如何逃逸免疫监视及对CAR T细胞疗法的抗性机制 | 首次通过全身CAR T细胞成像和单细胞多组学分析揭示了肿瘤与肿瘤浸润淋巴细胞之间复杂的相互作用 | 研究主要集中在胃癌模型，结果可能不完全适用于其他癌症类型 | 揭示肿瘤逃逸免疫监视和发展抗性机制的精确机制 | 胃癌模型中肿瘤细胞和肿瘤浸润的淋巴细胞 | 数字病理 | 胃癌 | CAR T细胞成像、单细胞多组学分析 | NA | 图像、转录组数据 | 在胃癌模型中分析的CD8和CD4 T细胞 |
| 15730 | 2024-08-04 |
scReadSim: a single-cell RNA-seq and ATAC-seq read simulator
2023-11-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43162-w
PMID:37980428
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研究论文 | 本文介绍了scReadSim，这是一种用于生成单细胞RNA-seq和ATAC-seq测序序列的模拟器 | scReadSim能够根据用户指定的真实值生成合成测序读取，填补了真数据模拟的空白 | 未提及特定的限制 | 开发一款能生成真实数据模拟的单细胞RNA-seq和ATAC-seq读取模拟器 | 针对单细胞RNA-seq和ATAC-seq的读取模拟 | 数字病理学 | NA | NA | NA | FASTQ或BAM文件的合成测序读取 | 未提及具体样本大小 |
| 15731 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of glial cells from the mouse amygdala under opioid dependent and withdrawal states
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108166
PMID:37915593
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠杏仁核中，药物依赖和戒断状态下胶质细胞的转录变化。 | 首次在小鼠杏仁核中进行药物依赖和戒断状态下的单细胞RNA测序，揭示了关键生物过程的显著差异。 | NA | 探究药物使用障碍导致依赖的过程中，杏仁核内各细胞类型的转录变化。 | 小鼠杏仁核中的胶质细胞。 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 15732 | 2024-08-07 |
MUC1-C integrates aerobic glycolysis with suppression of oxidative phosphorylation in triple-negative breast cancer stem cells
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108168
PMID:37915591
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研究论文 | 本研究探讨了MUC1-C蛋白在三阴性乳腺癌干细胞中整合糖酵解途径激活与抑制氧化磷酸化的作用 | 首次揭示了MUC1-C通过下调线粒体转录因子A和诱导线粒体转录终止因子3来抑制线粒体DNA基因表达，从而影响乳腺癌干细胞的自我更新和氧化还原平衡 | NA | 研究MUC1-C蛋白在三阴性乳腺癌干细胞中的功能及其对糖酵解和氧化磷酸化的调控作用 | 三阴性乳腺癌干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 富集的三阴性乳腺癌干细胞群体 |
| 15733 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of murine ankle joints over time reveals distinct transcriptional changes following Borrelia burgdorferi infection
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108217
PMID:37953958
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，追踪了感染伯氏疏螺旋体的小鼠踝关节在不同时间点的转录变化。 | 首次详细描述了感染伯氏疏螺旋体后，小鼠踝关节中巨噬细胞、T细胞、滑膜细胞和成纤维细胞的基因表达变化，并预测了细胞间的相互作用。 | NA | 旨在理解伯氏疏螺旋体感染过程中，小鼠踝关节的细胞和转录变化。 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠踝关节。 | 数字病理学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | C57BL/6小鼠的踝关节样本 |
| 15734 | 2024-08-04 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP
2023-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43256-5
PMID:37963892
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研究论文 | 提出了一种通过BSP模型识别空间变异基因的快速有效方法 | 介绍了一种基于两种空间粒度比较基因表达模式的非参数模型BSP | 现有计算方法在处理三维空间转录组数据时可能不可靠 | 将分子细胞功能与组织表型联系起来，识别空间变异基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 非参数模型 | 基因表达数据 | 多种空间转录组技术的研究 |
| 15735 | 2024-08-07 |
Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering
2023-Nov-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302089120
PMID:37931105
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研究论文 | 本文提出了一种通过微环境工程控制供体和新生神经元迁移和成熟的方法 | 通过工程化微环境，实现了对供体神经元迁移和成熟的精确控制 | NA | 研究神经元命运和功能在中枢神经系统中的作用 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 青光眼和其他视神经病变 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15736 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis Differentiates the Effects of p53 Mutation and p53 Loss on Cell Compositions of Oncogenic Kras-Driven Pancreatic Cancer
2023-11-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12222614
PMID:37998349
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研究论文 | 本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，比较了KP和KP小鼠模型中胰腺肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 首次系统比较了p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌肿瘤微环境的影响 | NA | 研究p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌进展的影响 | 胰腺癌肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及KP和KP小鼠模型中的多种细胞类型 |
| 15737 | 2024-08-07 |
Skeletal muscle regeneration failure in ischemic-damaged limbs is associated with pro-inflammatory macrophages and premature differentiation of satellite cells
2023-11-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01250-y
PMID:37950327
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研究论文 | 本研究探讨了慢性肢体威胁性缺血（CLTI）中骨骼肌再生受损的细胞和转录组水平病理变化，以及细胞间信号传导途径 | 首次提供了CLTI患者和CLTI小鼠模型骨骼肌的单细胞转录组图谱 | NA | 阐明慢性肢体威胁性缺血中骨骼肌再生受损的机制 | 人类组织样本和CLTI小鼠模型的骨骼肌 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | CLTI患者和CLTI小鼠模型的骨骼肌样本 |
| 15738 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomic interrogation of the murine bone marrow signaling landscape
2023-11-06, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00298-1
PMID:37926705
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序探讨小鼠骨髓信号传导环境 | 首次展示了将空间转录组学应用于完全矿化组织的可行性，并提出了结合空间和单细胞转录组学的方法 | 仅限于小鼠模型，可能无法完全外推至其他生物或人类 | 研究骨髓微环境对骨骼干细胞及其祖细胞的调控机制 | 成年小鼠的骨髓干细胞及其周围的细胞 | 数字病理学 | 骨病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠的骨髓样本 |
| 15739 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals unique gene expression changes in different brain regions after sleep deprivation
2023-11-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42751-z
PMID:37925446
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研究论文 | 这篇文章探讨了睡眠剥夺后不同脑区的基因表达变化 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了睡眠剥夺对小鼠脑内不同区域基因表达的影响，并开发了新的生物信息学工具 | 研究仅在雄性小鼠身上进行，未考虑性别差异的影响 | 研究睡眠剥夺对不同脑区基因表达的影响 | 雄性小鼠的各个脑区 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 15740 | 2024-08-07 |
Moving closer towards a comprehensive view of tumor biology and microarchitecture using spatial transcriptomics
2023-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42960-6
PMID:37919364
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |