单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
15721 2024-08-05
ITGB4 upregulation is associated with progression of lower grade glioma
2024-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 研究表明ITGB4在低级别神经胶质瘤中上调,并且能准确预测其预后 ITGB4被发现是一个良好预测低级别神经胶质瘤预后的风险因素,并且与免疫相关基因密切相关 该研究未详细探讨ITGB4在神经胶质瘤中的具体机制 揭示ITGB4在低级别神经胶质瘤中的作用和其与预后的关系 研究对象为低级别神经胶质瘤患者及其肿瘤组织样本 数字病理学 神经胶质瘤 免疫组化分析、单细胞测序分析、非负矩阵分解聚类分析 Cox回归模型 肿瘤组织样本 研究中涉及的样本数量未明确说明
15722 2024-08-07
Predicting cell types with supervised contrastive learning on cells and their types
2024-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文提出了一种基于监督对比学习的细胞类型注释新模型SCLSC,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型预测 SCLSC模型采用实例-类型对的对比学习方法,不同于以往实例-实例对的对比学习,提高了细胞类型预测的准确性 NA 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 机器学习 NA 单细胞RNA测序 监督对比学习 基因表达数据 大量细胞
15723 2024-08-05
Upregulated PPP1R14B is connected to cancer progression and immune infiltration in kidney renal clear cell carcinoma
2024-Jan, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2
研究论文 本研究探讨了PPP1R14B在肾透明细胞癌中的预后和发展作用 发现PPP1R14B在KIRC中上调并作为独立风险因素,与肿瘤浸润免疫细胞相关 研究仅基于TCGA和ICGC队列,未包括不同患者群体的样本 确定PPP1R14B是否可以作为KIRC的预后生物标志物 肾透明细胞癌(KIRC)患者的样本 数字病理学 肾癌 RNA-seq NA 生物样本 使用了TCGA和ICGC队列中的患者样本及我们的临床样本
15724 2024-08-07
Computational identification of key transcription factors for embryonic and postnatal Sox2+ dental epithelial stem cell
2023-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过计算方法识别了胚胎期和出生后Sox2+牙上皮干细胞的关键转录因子 利用Smart-Seq2协议和ATAC-seq协议生成P2牙上皮干细胞的转录组和染色质可及性图谱,并系统地识别了E11.5细胞和P2细胞的关键转录因子 由于DESC标记物的表达水平过低或DESC在整体牙齿中的比例过低,之前的单细胞RNA测序实验未能明确识别出DESC集群 研究牙上皮干细胞的基因表达和染色质可及性特征,以识别关键转录因子 胚胎期和出生后Sox2+牙上皮干细胞 NA NA Smart-Seq2, ATAC-seq NA 转录组, 染色质可及性图谱 E11.5 Sox2+牙上皮细胞和P2牙上皮干细胞
15725 2024-08-07
Transcriptomic Landscape of Prurigo Nodularis Lesional Skin CD3+ T Cells Using Single-Cell RNA Sequencing
2023-12, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
15726 2024-08-05
Spatial transcriptomics uncover sucrose post-phloem transport during maize kernel development
2023-11-08, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学揭示了玉米籽粒发育过程中蔗糖的后韧运输 首次利用空间转录组学分析玉米籽粒发育阶段,识别了11个细胞群体和332个分子标记基因 本研究主要集中于玉米籽粒的特定时段,可能无法概括其他发育阶段 揭示玉米籽粒中各细胞群体的基因表达及其功能 玉米籽粒的母体组织、后代胚胎和后代胚乳 数字病理学 NA 空间转录组学 NA 基因表达数据 NA
15727 2024-08-05
Human neural stem cells restore spatial memory in a transgenic Alzheimer's disease mouse model by an immunomodulating mechanism
2023-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 这篇文章研究了人类神经干细胞在转基因阿尔茨海默病小鼠模型中恢复空间记忆的作用机制 首次使用空间转录组学阐明人类神经干细胞在阿尔茨海默病中的治疗机制 未能观察到淀粉样斑块负担的变化,可能影响结果的解读 探讨人类神经干细胞在阿尔茨海默病治疗中的作用及其机制 人类神经干细胞和5XFAD小鼠模型 数字病理学 阿尔茨海默病 空间转录组学 NA 基因表达数据 5XFAD小鼠模型
15728 2024-08-07
Human B-cell subset identification and changes in inflammatory diseases
2022-12-31, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3
综述 本文综述了人类血液中B细胞亚群的识别及其在炎症疾病中的变化 利用高维表型工具如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了先前被认为是均质的B细胞群体的异质性 关于B细胞亚群的识别和命名仍存在不确定性和研究间的差异 探讨人类血液中常见的B细胞亚群及其在炎症和自身免疫疾病中的频率和功能变化 人类血液中的B细胞亚群及其在炎症疾病中的变化 NA 炎症疾病 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 NA 细胞 NA
15729 2024-08-07
Singling out motor neurons in the age of single-cell transcriptomics
2022-09, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1
research paper 本文讨论了利用单细胞转录组学技术揭示成年动物运动神经元内在异质性的新兴技术及其对疾病和脊髓损伤的潜在影响 利用高吞吐量的单细胞转录组学技术,快速分离和分析运动神经元核,揭示了骨骼和自主神经系统的显著转录多样性 NA 定义成年运动系统中运动神经元的异质性,并探讨其对疾病和脊髓损伤的影响 运动神经元的异质性及其在健康和退化状态下的特性 digital pathology neuromuscular disease single-cell transcriptomics NA transcriptomic data NA
15730 2024-08-07
Expression Profile of Inflammation Response Genes and Potential Regulatory Mechanisms in Dilated Cardiomyopathy
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
研究论文 本研究分析了扩张型心肌病(DCM)中的炎症反应基因表达谱及其潜在调控机制 首次详细描述了DCM中炎症反应基因的表达情况及其调控机制,包括转录因子和非编码RNA的调控网络 研究样本量相对较小,可能影响结果的普遍性 探讨DCM中炎症反应基因的表达及其调控机制 DCM患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 27,665个细胞样本,包括4个DCM样本和2个健康对照样本;166个DCM患者和166个健康对照的批量测序数据
15731 2024-08-07
Single-Cell Transcriptomics Analysis of the Pathogenesis of Tendon Injury
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
研究论文 本研究利用单细胞测序数据挖掘,分析了肌腱组织中的细胞组成及其在肌腱修复中的作用 首次揭示了肌腱组织中M1巨噬细胞和T细胞的异质性,及其在肌腱损伤和修复中的不同生理过程 NA 探索肌腱组织的细胞组成及与肌腱修复相关的细胞群体和信号通路 肌腱组织的细胞组成及肌腱修复机制 数字病理学 NA 单细胞测序 NA 基因表达数据 包含七种细胞亚群的肌腱组织样本
15732 2024-08-07
Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals Low-Level Tragus Stimulation Improves Sepsis-Induced Myocardial Dysfunction by Promoting M2 Macrophage Polarization
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析揭示了低水平耳屏刺激通过促进M2巨噬细胞极化改善脓毒症引起的心肌功能障碍 首次探讨了低水平耳屏刺激对脓毒症心肌功能障碍的影响及其机制,通过单细胞mRNA测序揭示了心脏细胞景观图 NA 探讨低水平耳屏刺激对脓毒症引起的心肌功能障碍的影响及其机制 脓毒症引起的心肌功能障碍及低水平耳屏刺激的作用 数字病理学 心血管疾病 单细胞mRNA测序 NA mRNA NA
15733 2024-08-05
Single-cell RNA-seq analysis decodes the kidney microenvironment induced by polystyrene microplastics in mice receiving a high-fat diet
2024-Jan-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 本研究揭示了聚苯乙烯微塑料和高脂饮食诱导的小鼠肾脏微环境单细胞转录组特征 首次系统性揭示了聚苯乙烯微塑料和高脂饮食对小鼠肾脏细胞和免疫细胞的分子变化 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全反映人类的情况 研究聚苯乙烯微塑料和高脂饮食对小鼠肾脏发展的影响 聚苯乙烯微塑料和高脂饮食对小鼠肾脏微环境的影响 数字病理学 肾脏疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 35天的高脂饮食和继续暴露于聚苯乙烯微塑料的小鼠模型
15734 2024-08-07
HSV1 microRNAs in glioblastoma development: an in silico study
2024-01-02, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过计算方法探讨HSV1编码的microRNAs在胶质母细胞瘤发展中的作用 首次研究HSV1编码的microRNAs在胶质母细胞瘤发展中的作用,并揭示其在肿瘤抑制基因和致癌基因表达调控中的潜在影响 仅通过计算方法进行研究,未进行实验验证 探讨HSV1编码的microRNAs在胶质母细胞瘤发展中的作用及其对肿瘤抑制基因和致癌基因表达的影响 HSV1编码的microRNAs及其在胶质母细胞瘤发展中的作用 数字病理学 脑肿瘤 生物信息学分析 NA 基因表达数据 使用了GSE158284、GSE153679和GSE182109数据集,具体样本数量未详细说明
15735 2024-08-05
The role of ARL4C in predicting prognosis and immunotherapy drug susceptibility in pan-cancer analysis
2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1
研究论文 本研究探讨了ARL4C在全癌症分析中的预后预测和免疫治疗药物敏感性中的作用 首次揭示了ARL4C在不同类型癌症中的高表达与预后不良及免疫逃逸之间的关系,并对其在免疫微环境中的作用进行了分析 该研究可能存在样本量限制及ARL4C在特定癌症类型中的具体机制尚不清楚 研究ARL4C在肿瘤预后和免疫治疗药物敏感性中的作用 研究了33种不同类型癌症中ARL4C的表达及其与预后的相关性 数字病理学 NA 免疫组化和免疫荧光染色 NA RNA-seq 23种不同类型癌症的样本
15736 2024-08-07
Transcriptome analysis reveals therapeutic potential of NAMPT in protecting against abdominal aortic aneurysm in human and mouse
2024-Apr, Bioactive materials IF:18.0Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了正常和腹主动脉瘤(AAA)腹主动脉的分子特征,发现AAA中细胞异质性增加,并揭示了NAMPT在保护AAA中的潜在治疗作用。 首次揭示了NAMPT在腹主动脉瘤中的下调及其通过外泌体补充NAMPT的潜在治疗作用。 NA 探索腹主动脉瘤的分子机制及其潜在治疗策略。 人类和小鼠的腹主动脉瘤。 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA
15737 2024-08-07
Single-cell RNA sequencing reveals that the immunosuppression landscape induced by chronic stress promotes colorectal cancer metastasis
2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1
研究论文 本研究通过建立慢性不可预测轻度应激(CUMS)和原位结直肠癌的复合小鼠模型,利用10✕Genomics单细胞转录组测序技术,揭示了慢性应激状态下肿瘤免疫细胞趋向于更抑制和耗竭的状态,并描述了整体炎症环境与免疫抑制景观之间的相互作用。 首次揭示了慢性应激诱导的免疫抑制环境促进结直肠癌转移的机制,并提供了针对伴有抑郁症的结直肠癌患者的免疫治疗新策略。 NA 研究慢性应激对结直肠癌免疫微环境的影响及其对肿瘤进展的作用。 慢性应激状态下的小鼠结直肠肿瘤样本。 数字病理学 结直肠癌 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 8只小鼠的肿瘤样本,近30,000个细胞
15738 2024-08-05
Exploring the relationship between immune heterogeneity characteristic genes of rheumatoid arthritis and acute myeloid leukemia
2024-Jan-02, Discover. Oncology
研究论文 本研究探讨了类风湿关节炎的免疫异质性特征基因与急性髓系白血病之间的关系 该文章揭示了类风湿关节炎特征基因与急性髓系白血病的关联,提供了肉芽肿标记物的新见解 研究可能受限于获取的数据样本和数据库的限制 旨在通过RA研究发现AML的骨髓生物标志物 研究对象包括类风湿关节炎患者的滑膜转录组数据和急性髓系白血病患者的骨髓测序数据 数字病理学 类风湿关节炎, 急性髓系白血病 单细胞测序, 转录组测序 随机森林分类器 基因组数据 NA
15739 2024-08-05
Single-cell Transcriptomic Analysis Reveals an Immunosuppressive Network Between POSTN CAFs and ACKR1 ECs in TKI-resistant Lung Cancer
2024 Jan-Feb, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析揭示了TKI耐药性肺癌中POSTN CAFs与ACKR1 ECs之间的免疫抑制网络 首次探讨了TKI治疗中血管内皮细胞与癌相关成纤维细胞亚群的关系 未能详细探讨不同CAF和EC亚群在其他癌症中的作用 探讨非小细胞肺癌中TKI治疗耐药的机制 47个不同阶段的非小细胞肺癌组织样本 数字病理学 肺癌 scRNA-seq NA RNA数据 49个晚期非小细胞肺癌样本
15740 2024-08-07
Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion
2024-Jan, Thoracic cancer IF:2.3Q2
研究论文 本文利用10×基因组单细胞转录组测序技术揭示了小细胞肺癌(SCLC)恶性胸腔积液(MPE)患者的肿瘤免疫微环境特征 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了SCLC相关恶性胸腔积液中的免疫细胞组成和基因表达特征 NA 揭示小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征 小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液中的免疫细胞和肿瘤细胞 数字病理学 肺癌 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 共获得8008个高质量细胞进行后续生物信息学分析
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