单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15641	2024-08-05	Integrated Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data Constructs and Validates a Prognostic Model for Non-small Cell Lung Cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90768 PMID:38213729	研究论文	本研究整合了传统的肿瘤大块RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了非小细胞肺癌的预后模型	该研究创新性地将单细胞RNA-seq数据与大块RNA-seq数据相结合，并纳入临床特征来构建预后模型	研究未提及样本的长期随访数据与模型的外部验证	研究旨在为非小细胞肺癌患者开发精确的预后模型	研究对象为非小细胞肺癌患者的数据，包括基因表达和临床特征	数字病理学	肺癌	RNA-seq	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	参与研究的样本数量未明确提及
15642	2024-08-05	Batch correction of single-cell sequencing data via an autoencoder architecture 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad186 PMID:38213820	研究论文	本文开发了一种基于自编码器的批次校正方法，用于整合单细胞测序数据集	提出了一种半监督深度学习架构，能有效去除批次效应并保持生物信号	未提及特定的限制	解决单细胞测序数据集中批次效应的问题	多个来自不同来源的单细胞测序数据集	数字病理学	NA	深度学习	自编码器	基因表达数据	四个单细胞测序数据集
15643	2024-08-05	Multi-omics identification of GPCR gene features in lung adenocarcinoma based on multiple machine learning combinations 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90990 PMID:38213730	研究论文	本研究通过多组学分析识别肺腺癌中的GPCR基因特征	构建了包含10种机器学习算法及其多重组合的新机器学习框架，以建立共识GPCR相关特征	未在不同类型的肺腺癌样本中进行广泛验证	旨在识别与肺腺癌预后相关的GPCR基因特征	肺腺癌中的GPCR相关基因	机器学习	肺癌	单细胞转录组学, 大规模转录组学, RT-qPCR	多重机器学习组合	基因组数据, 转录组数据	单细胞和大规模转录组数据涉及的样本数量未具体说明
15644	2024-08-07	PRMT1 Integrates Immune Microenvironment and Fatty Acid Metabolism Response in Progression of Hepatocellular Carcinoma 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S443130 PMID:38213310	研究论文	本研究探讨了蛋白精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	首次详细研究了PRMT1在HCC中的表达与免疫细胞浸润及脂肪酸代谢的关系，并探讨了其潜在的生物学机制	研究主要基于单细胞RNA测序和临床病理数据，未来研究需要更多的实验验证和临床试验	探究PRMT1在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境和脂肪酸代谢	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
15645	2024-08-05	Biomarkers in Cancer Detection, Diagnosis, and Prognosis 2023-Dec-20, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s24010037 PMID:38202898	综述	该论文描述了在癌症检测和诊断中适用的各种生物标志物	该文综述了影像学、血液、细胞成像、组织成像和基因方面的生物标志物在癌症中的应用	该文未提及研究的具体限制	探讨生物标志物在癌症检测、诊断和预后中的重要性	文中涉及的研究对象包括用于癌症检测和诊断的各种生物标志物	数字病理学	癌症	影像学诊断、血基生物标志物、细胞成像、组织成像、基因组测序	NA	NA	NA
15646	2024-08-07	Machine Learning and Single-Cell Analysis Identify Molecular Features of IPF-Associated Fibroblast Subtypes and Their Implications on IPF Prognosis 2023-Dec-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25010094 PMID:38203265	研究论文	本研究旨在系统分类纤维母细胞群体，揭示纤维化肺组织中纤维母细胞亚型的分子和生物学特征，并建立与IPF相关的纤维母细胞相关预测模型	本研究首次使用scRNA-seq数据和hdWGCNA技术，识别出与IPF相关的纤维母细胞亚型及其共表达基因模块，并构建了基于机器学习的IPF纤维母细胞相关预测模型	NA	系统分类纤维母细胞群体，揭示其分子和生物学特征，并建立IPF相关的预测模型	纤维化肺组织中的纤维母细胞亚型及其分子特征	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq, hdWGCNA	机器学习模型	基因表达数据	来自正常和IPF患者的肺组织样本
15647	2024-08-05	Single-cell sequencing highlights heterogeneity and malignant progression in actinic keratosis and cutaneous squamous cell carcinoma 2023-Dec-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.85270 PMID:38099574	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了光敏性角化病和皮肤鳞状细胞癌的异质性和恶性进展	首次全面描绘了从正常皮肤到AK再到侵袭性cSCC的整个进展机制，并识别出多个关键驱动基因	样本量较小，仅涉及六名患者的13个样本	研究光敏性角化病和皮肤鳞状细胞癌的进展机制	138,982个来自不同病理状态（AK、SCCIS、cSCC及其匹配正常组织）细胞的转录组	数字病理	皮肤鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	六名患者的13个样本
15648	2024-08-07	Transcriptomic analysis of sorted lung cells revealed a proviral activity of the NF-κB pathway toward SARS-CoV-2 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108449 PMID:38213785	研究论文	本研究通过深度polyA+转录组分析和新型RNA分析，研究了严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染的肺上皮细胞的转录组变化	本研究首次揭示了NF-κB通路在SARS-CoV-2感染中的促病毒作用，并发现了CYLD作为该通路的负调控因子具有抗病毒活性	研究主要集中在细胞水平，未涉及临床样本或动物模型	探讨SARS-CoV-2感染肺上皮细胞的转录组响应和相关调控机制	SARS-CoV-2感染的肺上皮细胞	数字病理学	呼吸系统疾病	RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
15649	2024-08-07	FEZ1 participates in human embryonic brain development by modulating neuronal progenitor subpopulation specification and migrations 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108497 PMID:38213789	研究论文	本研究探讨了FEZ1蛋白在人类胚胎大脑发育中的作用，特别是在神经前体细胞亚群的分化和迁移中的作用	首次使用人类大脑类器官（hCOs）研究FEZ1在早期大脑发育中的表达及其对神经和突触发育基因表达的影响	NA	研究FEZ1在人类胚胎大脑发育中的作用及其对神经发育障碍的影响	FEZ1蛋白及其在神经前体细胞亚群分化和迁移中的作用	NA	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15650	2024-08-07	Pathogenic Roles of Cardiac Fibroblasts in Pediatric Dilated Cardiomyopathy 2023-07-04, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.123.029676 PMID:37345811	研究论文	研究探讨了心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中的致病作用	首次揭示了心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中通过体液因子和细胞间直接接触影响健康心肌细胞的收缩和舒张功能	研究未发现心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中生理行为的改变，且未识别出特定的亚群细胞	探究心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中的病理作用	儿童扩张型心肌病患者的心脏成纤维细胞与健康对照组的心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	原子力显微镜，RNA测序，单细胞RNA测序	NA	细胞	四条来自儿童扩张型心肌病患者的原代培养心脏成纤维细胞系与三条来自健康对照的心脏成纤维细胞系
15651	2024-08-07	Cell type-specific inference of differential expression in spatial transcriptomics 2022-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01575-3 PMID:36050488	研究论文	本文介绍了一种名为C-SIDE的统计方法，用于在空间转录组学中识别细胞类型特异性的差异表达基因	C-SIDE方法考虑了其他细胞类型的定位，并能应用于多种情境，如病理、解剖区域、细胞间相互作用和细胞微环境	NA	开发一种新的统计方法，用于在空间转录组学中准确识别细胞类型特异性的差异表达基因	空间转录组学中的差异表达基因	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学技术	NA	转录组数据	使用了Slide-seq、MERFISH和Visium数据集进行模拟和验证实验
15652	2024-08-07	Lack of CD8+ T cell effector differentiation during priming mediates checkpoint blockade resistance in non-small cell lung cancer 2021-Oct-29, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abi8800 PMID:34714687	研究论文	本研究使用正位非小细胞肺癌小鼠模型，探讨了免疫检查点阻断（ICB）耐药性的机制，发现肺癌特异性肿瘤浸润CD8 T细胞在克隆扩增过程中缺乏效应和耗竭T细胞反应相关基因的表达，表明其经历了一个与传统T细胞耗竭不同的分化程序。	首次揭示了非小细胞肺癌中CD8 T细胞在初级阶段缺乏效应分化，导致对免疫检查点阻断治疗的耐药性。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。	探讨非小细胞肺癌中免疫检查点阻断耐药性的机制。	非小细胞肺癌中的CD8 T细胞反应。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠肿瘤样本及非小细胞肺癌患者CD8 T细胞样本
15653	2024-08-07	Biomarkers of UVB radiation-related senescent fibroblasts 2024-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-51058-4 PMID:38195709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了UVB辐射下和正常对照小鼠皮肤细胞的差异表达基因，鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物。	首次在单细胞水平上鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物，并探讨了其与细胞免疫炎症的关系及潜在药物靶点。	研究仅限于小鼠皮肤细胞，未来需在人类皮肤样本中进一步验证。	旨在理解光老化过程中皮肤细胞的生物功能特性及分子改变，为开发抗光老化干预措施提供新思路。	UVB辐射下和正常对照的小鼠皮肤细胞。	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	Seurat	RNA测序数据	GSE173385数据集中的UVB辐射和正常对照小鼠皮肤样本
15654	2024-08-07	IL-4-secreting CD40L+ MAIT cells support antibody production in the peripheral blood of Heonch-Schönlein purpura patients 2024-Jan, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-023-01816-x PMID:38147125	研究论文	本研究探讨了Henoch-Schönlein紫癜（HSP）患者外周血中MAIT细胞的表型和功能	发现HSP患者中的MAIT细胞表现出更激活的表型，并具有Th2样特征，能够产生更多的IL-4和IL-5，且IL-4与HSP患者血清中的IgA水平相关	NA	探索HSP患者外周血中MAIT细胞的表型和功能	HSP患者和健康供者（HDs）的外周血样本中的MAIT细胞	免疫学	Henoch-Schönlein紫癜	流式细胞术，单细胞RNA测序，细胞因子结合阵列（CBA）	NA	血液样本	HSP患者和健康供者的血液样本
15655	2024-08-07	Single-cell transcriptional profiling reveals aberrant gene expression patterns and cell states in autoimmune diseases 2024-Jan, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2023.12.010 PMID:38159454	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的细胞类型和状态	首次在单细胞水平上全面描绘了这些自身免疫性疾病的细胞类型和状态，揭示了异常的基因表达模式和细胞状态	研究样本仅包括17名未经治疗的患者和10名健康对照，样本量相对较小	旨在更好地理解自身免疫性疾病的发病机制和治疗方法	多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	17名未经治疗的患者和10名健康对照，共分析了153550个细胞
15656	2024-08-07	Integrative Analyses of Pyrimidine Salvage Pathway-Related Genes Revealing the Associations Between UPP1 and Tumor Microenvironment 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S440295 PMID:38204987	研究论文	本研究通过综合分析六种与嘧啶补救途径相关的基因（CDA, UCK1, UCK2, UCKL1, UPP1, UPP2），探讨了UPP1与肿瘤微环境的关系	首次全面分析了嘧啶补救途径相关基因在多种癌症中的作用，特别是UPP1与肿瘤微环境的关联	NA	旨在描绘嘧啶补救途径相关基因在不同癌症中的特征	嘧啶补救途径相关基因及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术, 组织微阵列	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据	使用了TCGA数据集, 单细胞RNA测序数据集及患者样本
15657	2024-08-05	Uncovering the Genetic Basis of Congenital Heart Disease: Recent Advancements and Implications for Clinical Management 2023-Dec, CJC pediatric and congenital heart disease DOI:10.1016/j.cjcpc.2023.10.008 PMID:38205435	研究论文	本研究揭示了先天性心脏病的遗传基础及其对临床管理的影响	指出了基因组测序技术对理解先天性心脏病遗传基础的变革性影响	临床基于这些因素的风险预测仍然面临挑战	旨在深入理解先天性心脏病的遗传基础，以改善临床结果	分析先天性心脏病相关的遗传变异与临床结果之间的关联	数字病理学	先天性心脏病	下一代测序技术	人诱导多能干细胞模型	NA	NA
15658	2024-08-05	Intratumor heterogeneity: models of malignancy emergence and evolution 2023-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii IF:0.9Q3 DOI:10.18699/VJGB-23-94 PMID:38213707	研究论文	本文探讨了癌症内肿瘤异质性的演变及其模型	提出了从进化理论的角度理解肿瘤作为复杂生态系统的观点	未具体细述不同方法的局限性	旨在揭示影响肿瘤异质性的机制以改善癌症治疗	探索肿瘤内的遗传和表观遗传变化	数字病理学	癌症	下一代测序，荧光原位杂交，单细胞测序	计算模型和算法	基因组数据，单细胞数据	NA
15659	2024-08-05	Integration of clinical characteristics and molecular signatures of the tumor microenvironment to predict the prognosis of neuroblastoma 2023-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-023-02372-x PMID:37712965	研究论文	本研究旨在分析神经母细胞瘤的临床特征、细胞类型和肿瘤微环境的分子特征，以更好地预测预后	建立了基于基因特征和临床特征的多变量Cox模型，有助于更准确地预测神经母细胞瘤的预后	研究可能受到样本量和所用数据来源的限制	改善神经母细胞瘤的预后预测	分析498例神经母细胞瘤患者的基因表达数据和临床信息	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox模型	基因表达数据	498例神经母细胞瘤患者
15660	2024-08-05	Single-cell profiling reveals unique features of diabetogenic T cells in anti-PD-1-induced type 1 diabetes mice 2023-10-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221920 PMID:37432393	研究论文	该文章探讨了抗PD-1诱导的1型糖尿病小鼠中糖尿病T细胞的独特特征	首次比较了抗PD-1诱导的1型糖尿病与自发性1型糖尿病之间的差异	研究结果主要基于小鼠模型，可能无法完全转化到人类	了解抗PD-1治疗引发的免疫相关不良事件的特征	使用非肥胖型糖尿病小鼠的胰腺、胰腺引流淋巴结和血液中的T细胞	数字病理学	1型糖尿病	单细胞RNA测序和TCR测序	NA	细胞	使用了NOD小鼠的多种样本，包括来自胰腺和血液的T细胞