单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 15621 - 15640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15621 | 2024-08-07 |
Cell type-specific inference of differential expression in spatial transcriptomics
2022-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01575-3
PMID:36050488
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研究论文 | 本文介绍了一种名为C-SIDE的统计方法，用于在空间转录组学中识别细胞类型特异性的差异表达基因 | C-SIDE方法考虑了其他细胞类型的定位，并能应用于多种情境，如病理、解剖区域、细胞间相互作用和细胞微环境 | NA | 开发一种新的统计方法，用于在空间转录组学中准确识别细胞类型特异性的差异表达基因 | 空间转录组学中的差异表达基因 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 使用了Slide-seq、MERFISH和Visium数据集进行模拟和验证实验 |
| 15622 | 2024-08-07 |
Lack of CD8+ T cell effector differentiation during priming mediates checkpoint blockade resistance in non-small cell lung cancer
2021-Oct-29, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abi8800
PMID:34714687
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研究论文 | 本研究使用正位非小细胞肺癌小鼠模型，探讨了免疫检查点阻断（ICB）耐药性的机制，发现肺癌特异性肿瘤浸润CD8 T细胞在克隆扩增过程中缺乏效应和耗竭T细胞反应相关基因的表达，表明其经历了一个与传统T细胞耗竭不同的分化程序。 | 首次揭示了非小细胞肺癌中CD8 T细胞在初级阶段缺乏效应分化，导致对免疫检查点阻断治疗的耐药性。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。 | 探讨非小细胞肺癌中免疫检查点阻断耐药性的机制。 | 非小细胞肺癌中的CD8 T细胞反应。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肿瘤样本及非小细胞肺癌患者CD8 T细胞样本 |
| 15623 | 2024-08-07 |
Biomarkers of UVB radiation-related senescent fibroblasts
2024-01-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-51058-4
PMID:38195709
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了UVB辐射下和正常对照小鼠皮肤细胞的差异表达基因，鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物。 | 首次在单细胞水平上鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物，并探讨了其与细胞免疫炎症的关系及潜在药物靶点。 | 研究仅限于小鼠皮肤细胞，未来需在人类皮肤样本中进一步验证。 | 旨在理解光老化过程中皮肤细胞的生物功能特性及分子改变，为开发抗光老化干预措施提供新思路。 | UVB辐射下和正常对照的小鼠皮肤细胞。 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat | RNA测序数据 | GSE173385数据集中的UVB辐射和正常对照小鼠皮肤样本 |
| 15624 | 2024-08-07 |
IL-4-secreting CD40L+ MAIT cells support antibody production in the peripheral blood of Heonch-Schönlein purpura patients
2024-Jan, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-023-01816-x
PMID:38147125
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研究论文 | 本研究探讨了Henoch-Schönlein紫癜（HSP）患者外周血中MAIT细胞的表型和功能 | 发现HSP患者中的MAIT细胞表现出更激活的表型，并具有Th2样特征，能够产生更多的IL-4和IL-5，且IL-4与HSP患者血清中的IgA水平相关 | NA | 探索HSP患者外周血中MAIT细胞的表型和功能 | HSP患者和健康供者（HDs）的外周血样本中的MAIT细胞 | 免疫学 | Henoch-Schönlein紫癜 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，细胞因子结合阵列（CBA） | NA | 血液样本 | HSP患者和健康供者的血液样本 |
| 15625 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptional profiling reveals aberrant gene expression patterns and cell states in autoimmune diseases
2024-Jan, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2023.12.010
PMID:38159454
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的细胞类型和状态 | 首次在单细胞水平上全面描绘了这些自身免疫性疾病的细胞类型和状态，揭示了异常的基因表达模式和细胞状态 | 研究样本仅包括17名未经治疗的患者和10名健康对照，样本量相对较小 | 旨在更好地理解自身免疫性疾病的发病机制和治疗方法 | 多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 17名未经治疗的患者和10名健康对照，共分析了153550个细胞 |
| 15626 | 2024-08-07 |
Integrative Analyses of Pyrimidine Salvage Pathway-Related Genes Revealing the Associations Between UPP1 and Tumor Microenvironment
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S440295
PMID:38204987
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研究论文 | 本研究通过综合分析六种与嘧啶补救途径相关的基因（CDA, UCK1, UCK2, UCKL1, UPP1, UPP2），探讨了UPP1与肿瘤微环境的关系 | 首次全面分析了嘧啶补救途径相关基因在多种癌症中的作用，特别是UPP1与肿瘤微环境的关联 | NA | 旨在描绘嘧啶补救途径相关基因在不同癌症中的特征 | 嘧啶补救途径相关基因及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术, 组织微阵列 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 使用了TCGA数据集, 单细胞RNA测序数据集及患者样本 |
| 15627 | 2024-08-05 |
Uncovering the Genetic Basis of Congenital Heart Disease: Recent Advancements and Implications for Clinical Management
2023-Dec, CJC pediatric and congenital heart disease
DOI:10.1016/j.cjcpc.2023.10.008
PMID:38205435
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研究论文 | 本研究揭示了先天性心脏病的遗传基础及其对临床管理的影响 | 指出了基因组测序技术对理解先天性心脏病遗传基础的变革性影响 | 临床基于这些因素的风险预测仍然面临挑战 | 旨在深入理解先天性心脏病的遗传基础，以改善临床结果 | 分析先天性心脏病相关的遗传变异与临床结果之间的关联 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 下一代测序技术 | 人诱导多能干细胞模型 | NA | NA |
| 15628 | 2024-08-05 |
Intratumor heterogeneity: models of malignancy emergence and evolution
2023-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii
IF:0.9Q3
DOI:10.18699/VJGB-23-94
PMID:38213707
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研究论文 | 本文探讨了癌症内肿瘤异质性的演变及其模型 | 提出了从进化理论的角度理解肿瘤作为复杂生态系统的观点 | 未具体细述不同方法的局限性 | 旨在揭示影响肿瘤异质性的机制以改善癌症治疗 | 探索肿瘤内的遗传和表观遗传变化 | 数字病理学 | 癌症 | 下一代测序，荧光原位杂交，单细胞测序 | 计算模型和算法 | 基因组数据，单细胞数据 | NA |
| 15629 | 2024-08-05 |
Integration of clinical characteristics and molecular signatures of the tumor microenvironment to predict the prognosis of neuroblastoma
2023-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-023-02372-x
PMID:37712965
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研究论文 | 本研究旨在分析神经母细胞瘤的临床特征、细胞类型和肿瘤微环境的分子特征，以更好地预测预后 | 建立了基于基因特征和临床特征的多变量Cox模型，有助于更准确地预测神经母细胞瘤的预后 | 研究可能受到样本量和所用数据来源的限制 | 改善神经母细胞瘤的预后预测 | 分析498例神经母细胞瘤患者的基因表达数据和临床信息 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox模型 | 基因表达数据 | 498例神经母细胞瘤患者 |
| 15630 | 2024-08-05 |
Single-cell profiling reveals unique features of diabetogenic T cells in anti-PD-1-induced type 1 diabetes mice
2023-10-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221920
PMID:37432393
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研究论文 | 该文章探讨了抗PD-1诱导的1型糖尿病小鼠中糖尿病T细胞的独特特征 | 首次比较了抗PD-1诱导的1型糖尿病与自发性1型糖尿病之间的差异 | 研究结果主要基于小鼠模型，可能无法完全转化到人类 | 了解抗PD-1治疗引发的免疫相关不良事件的特征 | 使用非肥胖型糖尿病小鼠的胰腺、胰腺引流淋巴结和血液中的T细胞 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序和TCR测序 | NA | 细胞 | 使用了NOD小鼠的多种样本，包括来自胰腺和血液的T细胞 |
| 15631 | 2024-08-05 |
Integrating spatial transcriptomics data across different conditions, technologies and developmental stages
2023-Oct, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00528-w
PMID:38177758
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研究论文 | 本文介绍了一种称为STAligner的图注意神经网络，用于整合和对齐空间转录组数据集 | 创新点在于STAligner能够实现空间意识的数据整合和下游比较分析 | 本文未提及特定的局限性 | 研究不同条件、技术和发育阶段下的空间转录组数据整合 | 研究对象包括人类皮层切片、小鼠嗅球切片、小鼠海马组织切片以及小鼠器官发生的时空图集 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 图注意神经网络 | 切片数据 | 涉及人类和小鼠的多个样本切片 |
| 15632 | 2024-08-07 |
STAligner enables the integration and alignment of multiple spatial transcriptomics datasets
2023-Oct, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00543-x
PMID:38177765
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15633 | 2024-08-07 |
scGEM: Unveiling the Nested Tree-Structured Gene Co-Expressing Modules in Single Cell Transcriptome Data
2023-Aug-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15174277
PMID:37686554
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研究论文 | 本文介绍了scGEM模型，用于揭示单细胞转录组数据中的基因共表达模块 | scGEM是一个嵌套树结构的非参数贝叶斯模型，能够识别和量化决定细胞类型特化和分化的潜在细胞程序 | NA | 揭示单细胞转录组数据中的基因共表达模块，以理解细胞功能的隐藏机制 | 单细胞转录组数据，包括外周血单个核细胞和早期脑发育细胞 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | 非参数贝叶斯模型 | 转录组数据 | 包括外周血单个核细胞、早期脑发育细胞和三阴性乳腺癌细胞 |
| 15634 | 2024-08-07 |
Single-cell meta-analysis of inflammatory bowel disease with scIBD
2023-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00464-9
PMID:38177426
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研究论文 | 本文介绍了scIBD平台，用于炎症性肠病（IBD）的单细胞元分析，结合高质量的单细胞数据集，识别罕见或较少表征的细胞类型，并分析溃疡性结肠炎和克罗恩病的共性和差异 | scIBD平台整合了多功能的生物信息，包括调节子活性、GWAS相关风险基因和治疗靶向基因，以推断临床相关的细胞类型特异性 | NA | 深入理解炎症性肠病的发病机制 | 炎症性肠病的肠道微环境 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 15635 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of PIT1-positive pituitary adenoma highlights the pro-tumour microenvironment mediated by IFN-γ-induced tumour-associated fibroblasts remodelling
2023-04, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-022-02126-5
PMID:36631635
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研究论文 | 这篇文章探讨了PIT1阳性垂体腺瘤中IFN-γ诱导的肿瘤相关成纤维细胞重塑所介导的促肿瘤微环境 | 本研究揭示了PIT1-PA微环境中细胞类型的功能异质性，以及IFN-γ在肿瘤相关成纤维细胞重塑中的抗肿瘤作用 | 仍需进一步研究以完全了解PIT1-PA中肿瘤相关成纤维细胞和免疫细胞的细胞和功能异质性 | 研究PIT1-阳性垂体腺瘤中的微环境及其在肿瘤发展的作用 | 研究了四个PIT1阳性垂体腺瘤样本中的28种不同细胞亚型 | 数字病理学 | 垂体腺瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4个PIT1-阳性垂体腺瘤样本 |
| 15636 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiles of Drosophila fruitless-expressing neurons from both sexes
2023-02-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.78511
PMID:36724009
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了果蝇 fruitless基因表达神经元的转录组，揭示了性别特异性的表达模式和神经元功能差异 | 首次使用单细胞RNA测序技术对果蝇性别特异性神经元进行全面分析，揭示了性别间神经元数量和表达模式的差异 | NA | 探究果蝇性别特异性神经元的转录组特征及其在生殖行为中的作用 | 果蝇 fruitless基因表达的神经元 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | UMAP | 转录组数据 | 113个神经元集群 |
| 15637 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals Wolbachia-mediated modification in early stages of Drosophila spermatogenesis
2023-01-11, Proceedings. Biological sciences
DOI:10.1098/rspb.2022.1963
PMID:36629101
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术，分析了感染和未感染沃尔巴克氏菌的成年雄性果蝇睾丸中的基因表达谱，揭示了沃尔巴克氏菌在果蝇精子发生早期阶段的介导修饰作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了沃尔巴克氏菌在果蝇精子发生不同阶段的细胞中产生的影响，特别是在生殖干细胞中的基因表达调控 | 由于精子发生的复杂性和睾丸细胞类型的异质性，沃尔巴克氏菌对不同阶段精子发生细胞的具体影响机制仍需进一步研究 | 探讨沃尔巴克氏菌在果蝇精子发生早期阶段的介导修饰作用及其与细胞质不相容性的关联 | 感染和未感染沃尔巴克氏菌的成年雄性果蝇的睾丸细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 感染和未感染沃尔巴克氏菌的成年雄性果蝇的睾丸细胞 |
| 15638 | 2024-08-07 |
Commensal microbiome promotes hair follicle regeneration by inducing keratinocyte HIF-1α signaling and glutamine metabolism
2023-01-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abo7555
PMID:36598999
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research paper | 研究揭示了共生微生物群通过诱导角质形成细胞HIF-1α信号传导和谷氨酰胺代谢促进毛囊再生的机制 | 首次发现皮肤共生细菌通过诱导角质形成细胞的谷氨酰胺代谢，增强皮肤和毛囊的再生能力 | NA | 探究组织损伤后干细胞代谢变化对再生的影响 | 皮肤共生细菌、角质形成细胞、毛囊再生 | NA | NA | 多组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 皮肤样本 | 小鼠和人类皮肤样本 |
| 15639 | 2024-08-07 |
Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
2022-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00298-x
PMID:38177468
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研究论文 | 介绍了一种名为HUNTRESS的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | HUNTRESS方法在处理大量细胞和突变数据时，运行时间呈线性增长，且在模拟和真实肿瘤测序数据中显示出比现有方法更快的速度和相当的或更好的准确性 | NA | 开发一种快速且准确的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | 单细胞测序数据中的肿瘤内异质性 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 计算方法 | 基因型矩阵 | NA |
| 15640 | 2024-08-07 |
Graphing cell relations in spatial transcriptomics
2022-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00269-2
PMID:38177581
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |