单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15601	2024-08-07	Phospholipase A2 Group IIA Is Associated with Inflammatory Hepatocellular Adenoma 2023-Dec-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16010159 PMID:38201587	研究论文	本研究旨在全面调查肝细胞腺瘤（HCA）的亚型分类，并比较分析HCA和肝细胞癌（HCC）组织之间的基因表达谱	发现磷脂酶A2组IIA（PLA2G2A）mRNA在炎症性HCA中特异性表达，这可能有助于炎症性HCA的新定义	研究结果需要通过其他新鲜HCA样本进行验证	研究HCA的亚型分类及其与HCC的基因表达差异	炎症性HCA、非B非C HCC、乙型肝炎病毒相关HCC及正常肝组织	NA	肝细胞腺瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	1个炎症性HCA，3个非B非C HCC，2个乙型肝炎病毒相关HCC，1个正常肝组织样本
15602	2024-08-07	A new insight of immunosuppressive microenvironment in osteosarcoma lung metastasis 2023-06, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.1177/15353702231171900 PMID:37439349	研究论文	本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据，揭示了骨肉瘤肺转移的免疫抑制微环境的复杂性	首次详细分类了骨肉瘤肺转移中的17个细胞集群，并发现CD63在决定T细胞和恶性细胞浸润中的关键作用	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏倚	探讨骨肉瘤肺转移的免疫抑制微环境，为精准治疗提供依据	骨肉瘤肺转移的细胞集群及其免疫特性	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	75,317个细胞，来自两个骨肉瘤肺转移和五个正常肺组织
15603	2024-08-07	Uncovering cell identity through differential stability with Cepo 2021-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00172-2 PMID:38217190	研究论文	本文介绍了Cepo方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因来定义细胞身份	Cepo方法在多个数据集上表现优于现有方法，提高了细胞身份分配和相关应用的准确性	NA	探索细胞身份的定义	单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个数据集
15604	2024-08-07	Modeling gene regulatory networks using neural network architectures 2021-Jul, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00099-8 PMID:38217125	研究论文	本文提出了一种名为DeepSEM的深度生成模型，用于联合推断基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的生物学意义表示	开发了一种神经网络版本的结构方程模型（SEM），明确模拟基因间的调控关系	NA	研究目的是开发一种新方法来分析单细胞RNA测序数据并推断基因调控网络	基因调控网络和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	RNA测序数据	NA
15605	2024-08-07	Enabling single-cell trajectory network enrichment 2021-Feb, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00025-y PMID:38217228	研究论文	本文开发了一种名为Scellnetor的网络约束时间序列聚类算法，用于单细胞测序数据分析，以揭示细胞分化过程中的基因表达网络模式	Scellnetor算法能够提取解释两个发育轨迹调控差异的时间差异基因表达网络模式，将单细胞测序数据分析提升到系统生物学水平	NA	开发新的工具以增强单细胞测序数据在系统生物学层面的分析能力	单细胞测序数据中的细胞分化过程及其基因表达网络模式	系统生物学	NA	scRNA-seq	网络约束时间序列聚类算法	基因表达数据	使用已知特征的实验模型系统进行验证
15606	2024-08-07	HAMSAB diet ameliorates dysfunctional signaling in pancreatic islets in autoimmune diabetes 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108694 PMID:38213620	研究论文	本文研究了HAMSAB饮食对自身免疫性糖尿病中胰腺胰岛功能障碍信号的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了HAMSAB饮食对胰腺胰岛细胞基因表达的影响	研究主要在NOD小鼠模型中进行，需要进一步在人类患者中验证	探讨HAMSAB饮食对改善1型糖尿病血糖控制的作用机制	胰腺胰岛细胞及其中免疫细胞的基因表达	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NOD小鼠
15607	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed T cell marker genes based molecular sub-types and a prognostic signature in lung adenocarcinoma 2024-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50787-w PMID:38200058	研究论文	本研究揭示了基于T细胞标记基因的肺腺癌分子亚型和预后特征	提出了一种基于T细胞标记基因的预后签名，具有预测肺腺癌患者免疫治疗结果的潜力	该研究的特定T细胞贡献尚未得到充分探讨	旨在基于T细胞标记基因 delineate 分子亚型和预后指标	研究肺腺癌（LUAD）中T细胞的作用及其相关基因	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Cox分析	单细胞数据和批量RNA测序数据	NA
15608	2024-08-07	Identification of CD8+ T-cell exhaustion signatures for prognosis in HBV-related hepatocellular carcinoma patients by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Jan-10, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11804-3 PMID:38200408	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别了与HBV相关肝细胞癌患者预后相关的CD8+ T细胞耗竭特征。	建立了新的CD8+ T细胞耗竭指数（TEI）模型，该模型有望预测HBV相关肝细胞癌患者的临床预后和潜在的免疫治疗效果。	NA	研究CD8+ T细胞耗竭特征在HBV相关肝细胞癌患者中的预后价值及免疫治疗反应。	HBV相关肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	NA
15609	2024-08-07	Identifying immune signatures of sepsis to increase diagnostic accuracy in very preterm babies 2024-Jan-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44387-5 PMID:38195661	研究论文	本研究通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和血浆分析，对极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液进行纵向分析，识别出败血症的动态变化的血液免疫特征。	本研究首次识别出即使在C反应蛋白未升高的情况下也能表征败血症的血液免疫特征，并通过单细胞RNA测序验证了败血症期间白细胞中amphiregulin的上调。	NA	研究早期生命败血症相关的免疫途径，并识别可能作为标准测试辅助诊断的免疫分析物。	极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液免疫特征。	数字病理学	新生儿疾病	多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	血液样本	极早产儿（<32周妊娠）的血液样本
15610	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Sequence Profiling on the Morphogenesis of Secondary Hair Follicles in Ordos Fine-Wool Sheep 2024-Jan-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25010584 PMID:38203755	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生过程中的分子机制	首次揭示了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生的分子机制，并通过伪时间分析构建了真皮系细胞和表皮系细胞的分化轨迹	NA	旨在分析Ordos细毛羊毛囊形成过程中的分子机制，以改善其纤维直径和羊毛产量	Ordos细毛羊的次级毛囊形态发生	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
15611	2024-08-05	Integrated Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data Constructs and Validates a Prognostic Model for Non-small Cell Lung Cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90768 PMID:38213729	研究论文	本研究整合了传统的肿瘤大块RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了非小细胞肺癌的预后模型	该研究创新性地将单细胞RNA-seq数据与大块RNA-seq数据相结合，并纳入临床特征来构建预后模型	研究未提及样本的长期随访数据与模型的外部验证	研究旨在为非小细胞肺癌患者开发精确的预后模型	研究对象为非小细胞肺癌患者的数据，包括基因表达和临床特征	数字病理学	肺癌	RNA-seq	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	参与研究的样本数量未明确提及
15612	2024-08-05	Batch correction of single-cell sequencing data via an autoencoder architecture 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad186 PMID:38213820	研究论文	本文开发了一种基于自编码器的批次校正方法，用于整合单细胞测序数据集	提出了一种半监督深度学习架构，能有效去除批次效应并保持生物信号	未提及特定的限制	解决单细胞测序数据集中批次效应的问题	多个来自不同来源的单细胞测序数据集	数字病理学	NA	深度学习	自编码器	基因表达数据	四个单细胞测序数据集
15613	2024-08-05	Multi-omics identification of GPCR gene features in lung adenocarcinoma based on multiple machine learning combinations 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90990 PMID:38213730	研究论文	本研究通过多组学分析识别肺腺癌中的GPCR基因特征	构建了包含10种机器学习算法及其多重组合的新机器学习框架，以建立共识GPCR相关特征	未在不同类型的肺腺癌样本中进行广泛验证	旨在识别与肺腺癌预后相关的GPCR基因特征	肺腺癌中的GPCR相关基因	机器学习	肺癌	单细胞转录组学, 大规模转录组学, RT-qPCR	多重机器学习组合	基因组数据, 转录组数据	单细胞和大规模转录组数据涉及的样本数量未具体说明
15614	2024-08-07	PRMT1 Integrates Immune Microenvironment and Fatty Acid Metabolism Response in Progression of Hepatocellular Carcinoma 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S443130 PMID:38213310	研究论文	本研究探讨了蛋白精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	首次详细研究了PRMT1在HCC中的表达与免疫细胞浸润及脂肪酸代谢的关系，并探讨了其潜在的生物学机制	研究主要基于单细胞RNA测序和临床病理数据，未来研究需要更多的实验验证和临床试验	探究PRMT1在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境和脂肪酸代谢	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
15615	2024-08-05	Biomarkers in Cancer Detection, Diagnosis, and Prognosis 2023-Dec-20, Sensors (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/s24010037 PMID:38202898	综述	该论文描述了在癌症检测和诊断中适用的各种生物标志物	该文综述了影像学、血液、细胞成像、组织成像和基因方面的生物标志物在癌症中的应用	该文未提及研究的具体限制	探讨生物标志物在癌症检测、诊断和预后中的重要性	文中涉及的研究对象包括用于癌症检测和诊断的各种生物标志物	数字病理学	癌症	影像学诊断、血基生物标志物、细胞成像、组织成像、基因组测序	NA	NA	NA
15616	2024-08-07	Machine Learning and Single-Cell Analysis Identify Molecular Features of IPF-Associated Fibroblast Subtypes and Their Implications on IPF Prognosis 2023-Dec-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25010094 PMID:38203265	研究论文	本研究旨在系统分类纤维母细胞群体，揭示纤维化肺组织中纤维母细胞亚型的分子和生物学特征，并建立与IPF相关的纤维母细胞相关预测模型	本研究首次使用scRNA-seq数据和hdWGCNA技术，识别出与IPF相关的纤维母细胞亚型及其共表达基因模块，并构建了基于机器学习的IPF纤维母细胞相关预测模型	NA	系统分类纤维母细胞群体，揭示其分子和生物学特征，并建立IPF相关的预测模型	纤维化肺组织中的纤维母细胞亚型及其分子特征	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq, hdWGCNA	机器学习模型	基因表达数据	来自正常和IPF患者的肺组织样本
15617	2024-08-05	Single-cell sequencing highlights heterogeneity and malignant progression in actinic keratosis and cutaneous squamous cell carcinoma 2023-Dec-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.85270 PMID:38099574	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了光敏性角化病和皮肤鳞状细胞癌的异质性和恶性进展	首次全面描绘了从正常皮肤到AK再到侵袭性cSCC的整个进展机制，并识别出多个关键驱动基因	样本量较小，仅涉及六名患者的13个样本	研究光敏性角化病和皮肤鳞状细胞癌的进展机制	138,982个来自不同病理状态（AK、SCCIS、cSCC及其匹配正常组织）细胞的转录组	数字病理	皮肤鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	六名患者的13个样本
15618	2024-08-07	Transcriptomic analysis of sorted lung cells revealed a proviral activity of the NF-κB pathway toward SARS-CoV-2 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108449 PMID:38213785	研究论文	本研究通过深度polyA+转录组分析和新型RNA分析，研究了严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染的肺上皮细胞的转录组变化	本研究首次揭示了NF-κB通路在SARS-CoV-2感染中的促病毒作用，并发现了CYLD作为该通路的负调控因子具有抗病毒活性	研究主要集中在细胞水平，未涉及临床样本或动物模型	探讨SARS-CoV-2感染肺上皮细胞的转录组响应和相关调控机制	SARS-CoV-2感染的肺上皮细胞	数字病理学	呼吸系统疾病	RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
15619	2024-08-07	FEZ1 participates in human embryonic brain development by modulating neuronal progenitor subpopulation specification and migrations 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108497 PMID:38213789	研究论文	本研究探讨了FEZ1蛋白在人类胚胎大脑发育中的作用，特别是在神经前体细胞亚群的分化和迁移中的作用	首次使用人类大脑类器官（hCOs）研究FEZ1在早期大脑发育中的表达及其对神经和突触发育基因表达的影响	NA	研究FEZ1在人类胚胎大脑发育中的作用及其对神经发育障碍的影响	FEZ1蛋白及其在神经前体细胞亚群分化和迁移中的作用	NA	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15620	2024-08-07	Pathogenic Roles of Cardiac Fibroblasts in Pediatric Dilated Cardiomyopathy 2023-07-04, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.123.029676 PMID:37345811	研究论文	研究探讨了心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中的致病作用	首次揭示了心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中通过体液因子和细胞间直接接触影响健康心肌细胞的收缩和舒张功能	研究未发现心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中生理行为的改变，且未识别出特定的亚群细胞	探究心脏成纤维细胞在儿童扩张型心肌病中的病理作用	儿童扩张型心肌病患者的心脏成纤维细胞与健康对照组的心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	原子力显微镜，RNA测序，单细胞RNA测序	NA	细胞	四条来自儿童扩张型心肌病患者的原代培养心脏成纤维细胞系与三条来自健康对照的心脏成纤维细胞系