单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15601	2024-08-07	The role of histone H1.2 in pancreatic cancer metastasis and chemoresistance 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2023.101027 PMID:38290407	研究论文	本研究探讨了胰腺癌（PC）中的化学耐药性和肿瘤转移之间的联系及其分子和细胞机制	构建并验证了一个转移和化学耐药性特征（MCS）评分系统，并发现H1-2的高表达与化学耐药性和上皮-间质转化（EMT）相关	NA	探索胰腺癌中化学耐药性和肿瘤转移之间的联系及其可能的分子和细胞机制	胰腺癌的化学耐药性和肿瘤转移	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15602	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals the association between histone lactylation and cisplatin resistance in bladder cancer 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101059 PMID:38295753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了组蛋白乳酸化与膀胱癌顺铂耐药性的关联	首次发现H3赖氨酸18乳酸化（H3K18la）在顺铂耐药膀胱癌细胞中的重要作用，并通过靶向抑制H3K18la恢复了顺铂敏感性	NA	探讨膀胱癌顺铂耐药的机制，并寻找新的干预靶点	膀胱癌顺铂耐药细胞及组蛋白乳酸化	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	特定数量的膀胱癌细胞
15603	2024-08-04	ITGAM-mediated macrophages contribute to basement membrane damage in diabetic nephropathy and atherosclerosis 2024-Feb-27, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03505-1 PMID:38413872	研究论文	本研究分析了ITGAM介导的巨噬细胞在糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的作用	发现ITGAM作为关键基因参与了糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤	未提供研究中可能存在的具体局限性信息	研究糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤及其相关机制	糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者的转录组特征	生物信息学	糖尿病相关并发症	转录组分析、免疫浸润分析、单细胞测序	机器学习模型	基因表达数据	来源于基因表达综合数据库的糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者样本
15604	2024-08-04	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2024-Jan-20, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.01.18.24301478 PMID:38410450	研究论文	本研究整合了精神障碍的基因组结果与人脑细胞类型和区域，揭示了功能连接的汇聚	本研究利用人类成年大脑综合图谱，重点关注精神障碍的特定神经元簇，并探讨了其与基因组和转录组数据的结合	先前的研究主要依赖于小鼠图谱，可能限制了结果的普遍适用性	探讨精神障碍的时间和空间脑区，促进针对性的神经生物研究	包括精神分裂症、双相障碍和重度抑郁障碍的神经元簇及其与智力、教育和神经质的关系	数字病理学	精神障碍	单细胞转录组技术	NA	基因组、转录组和功能MRI连接数据	精神分裂症患者与神经典型对照的功能MRI数据
15605	2024-08-07	A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567732 PMID:38014320	研究论文	本文开发了ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的不可或缺的作用	首次建立了ZTTK综合征的小鼠模型，并详细研究了SON基因在器官发育和造血中的功能	NA	研究SON基因在ZTTK综合征中的作用及其在器官发育和造血中的功能	ZTTK综合征的小鼠模型	遗传学	罕见病	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	NA
15606	2024-08-04	Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model 2023-11, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.06.021 PMID:37369340	研究论文	本研究在神经精神性狼疮小鼠模型中验证了1型干扰素的空间富集	揭示了1型干扰素在中枢神经系统中的信号作用及其与神经精神性症状的关系	尚未明确1型干扰素信号在中枢神经系统中如何导致神经精神后遗症	探讨1型干扰素在神经精神性狼疮中的作用机制	使用神经精神性狼疮小鼠模型进行研究	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞核测序，图像基础空间转录组学	小鼠模型	基因组数据	小鼠模型样本，具体样本数量未提及
15607	2024-08-07	Unraveling the activation process and core driver genes of HSCs during cirrhosis by single-cell transcriptome 2023-08, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.1177/15353702231191109 PMID:37674431	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了非肝硬化和肝硬化肝组织样本，深入探索了肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现了更好的治疗靶基因	通过单细胞RNA测序和伪时间分析，揭示了HSCs向肌成纤维细胞分化的关键基因，并识别了HSCs从静止到激活状态的主要调控因子	NA	深入探索肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现更好的治疗靶基因	肝星状细胞（HSCs）及其在肝硬化中的激活过程	数字病理学	肝硬化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	13个非肝硬化肝组织样本和10个肝硬化肝组织样本
15608	2024-08-07	Establishment of the large-scale longitudinal multi-omics dataset in COVID-19 patients: data profile and biospecimen 2022-Sep, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:35996834	研究论文	本文建立了COVID-19患者的大规模纵向多组学数据集，并提供了数据概况和生物样本信息	本研究收集了300名COVID-19患者和120名健康对照的全面生物样本和纵向多组学数据，包括全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序等	NA	旨在帮助管理当前和未来的病毒介导的流行病，并促进对COVID-19感染中涉及的生物相互作用的理解	COVID-19患者的生物样本和多组学数据	数字病理学	COVID-19	全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序、批量TCR/BCR测序、细胞因子 profiling	NA	生物样本和多组学数据	300名COVID-19患者和120名健康对照
15609	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis reveals key immune cell phenotypes in the lungs of patients with asthma exacerbation 2021-03, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.09.032 PMID:33039479	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了哮喘急性发作患者肺部关键免疫细胞表型	本研究首次在单细胞水平上识别了与哮喘急性发作强烈相关的候选基因，并揭示了多个细胞簇中共享的复杂分子框架	NA	旨在识别与哮喘急性发作在细胞水平上强烈相关的候选基因	哮喘急性发作患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液中的细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	细胞	哮喘急性发作患者和健康对照者
15610	2024-08-04	A dynamical perspective: moving towards mechanism in single-cell transcriptomics 2024-Apr-22, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences DOI:10.1098/rstb.2023.0049 PMID:38432314	评论	本文探讨了单细胞转录组学中从表象描述转向机制理解的重要性	提出在单细胞分辨率下捕获动态信息的价值，以获取机制见解	未明确指出该研究的具体限制	目的在于促进对基因调控的机制理解	主要研究单细胞转录组学技术和动态信息	数字病理学	NA	NA	NA	NA	NA
15611	2024-08-04	Detecting horizontal gene transfer with metagenomics co-barcoding sequencing 2024-Mar-05, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03602-23 PMID:38315121	研究论文	本文开发了一种新的元基因组共条形码测序系统，以检测水平基因转移 (HGT)	引入了元基因组共条形码测序（MECOS），实现了长DNA片段提取和综合生物信息学管道	传统方法如短读长程元基因组测序和单细胞测序存在片段短、输入DNA量大、测序成本高等限制	旨在揭示微生物群落中水平基因转移的机制	研究对象为人类和小鼠的肠道微生物群落	数字病理学	NA	元基因组共条形码测序	NA	DNA序列	超过3000个HGT块，涉及约6000个基因和100个分类组
15612	2024-08-07	Identification and validation of RNA-binding protein SLC3A2 regulates melanocyte ferroptosis in vitiligo by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Mar-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10147-y PMID:38438962	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了RNA结合蛋白SLC3A2调控黑色素细胞铁死亡在白癜风中的作用。	首次确定了与白癜风相关的RNA结合蛋白基因及其潜在的发病机制，特别是在黑色素细胞中SLC3A2的下调促进铁死亡的作用。	研究主要集中在细胞实验层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	揭示白癜风的发病机制，特别是RNA结合蛋白在其中的作用。	白癜风患者的不同细胞亚群及其RNA结合蛋白基因。	数字病理学	白癜风	单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	14种不同细胞类型，28种细胞亚群
15613	2024-08-04	Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics 2024-Mar-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46413-6 PMID:38431724	研究论文	该文章介绍了一种基于领域泛化的深度学习算法Cancer-Finder，能够快速识别恶性细胞	提出了一种新的算法Cancer-Finder，具有95.16%的准确率并能跨多个数据集进行恶性细胞标注	目前研究未提及该算法在其他类型癌症样本上的表现	研究旨在提高单细胞和空间转录组数据中恶性细胞的注释准确性	研究对象为清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本	数字病理学	肾细胞癌	单细胞转录组测序和空间转录组测序	深度学习	基因表达数据	5个清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本
15614	2024-08-04	High-throughput mapping of single-neuron projection and molecular features by retrograde barcoded labeling 2024-Feb-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.85419 PMID:38390967	研究论文	该文章建立了一种新型的多重追踪方法，同时表征单神经元的投射组和转录组	提出了rAAV2-retro条形码的多重追踪方法，能够同时分析神经元投射和转录组特征	该研究在复杂脑网络中可能仍面临技术挑战	帮助揭示神经电路的组织原则和信息处理机制	探究腹内侧前额叶皮层(vmPFC)神经元的投射模式及其分子特征	神经科学	NA	条形码连接组学	NA	转录组数据	大量单神经元样本
15615	2024-08-07	Human archetypal pluripotent stem cells differentiate into trophoblast stem cells via endogenous BMP5/7 induction without transitioning through naive state 2024-02-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53381-w PMID:38332235	研究论文	本研究展示了人类原始多能干细胞可以通过内源性BMP5/7诱导分化为滋养层干细胞，无需经过原始状态	本研究首次证明了人类原始多能干细胞可以直接分化为滋养层干细胞，无需添加外源性BMP4，通过激活EGF和WNT通路以及抑制TGFβ、HDAC和ROCK信号通路	NA	探索人类多能干细胞向滋养层干细胞分化的机制	人类多能干细胞和滋养层干细胞	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个原始诱导多能干细胞和胚胎干细胞系
15616	2024-08-07	Microglia sense astrocyte dysfunction and prevent disease progression in an Alexander disease model 2024-02-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awad358 PMID:37955589	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞在亚历山大疾病模型中感知星形胶质细胞功能障碍并防止疾病进展的作用	首次展示了微胶质细胞通过P2Y12受体感知星形胶质细胞功能障碍，并通过改变形态和钙信号传导来保护对抗亚历山大疾病病理	NA	探究微胶质细胞在亚历山大疾病中的作用及其机制	微胶质细胞和星形胶质细胞在亚历山大疾病模型中的相互作用	神经科学	神经退行性疾病	免疫组织化学研究，钙成像，单细胞RNA测序，ATP成像	NA	图像数据	60TM小鼠模型和野生型小鼠
15617	2024-08-07	A novel batch-effect correction method for scRNA-seq data based on Adversarial Information Factorization 2024-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011880 PMID:38386700	研究论文	本文提出了一种基于对抗信息分解的新型批次效应校正方法，用于单细胞RNA测序数据	该方法不依赖于细胞类型的先验知识或特定的标准化策略，适用于任何下游分析任务，并在多种情况下优于现有技术	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	白血病	scRNA-seq	对抗信息分解	基因表达数据	NA
15618	2024-08-07	Soluble TREM2 triggers microglial dysfunction in neuromyelitis optica spectrum disorders 2024-01-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awad321 PMID:37740498	研究论文	研究探讨了可溶性触发受体表达于髓样细胞2（sTREM2）在神经脊髓炎视谱系疾病（NMOSD）中的病理生理作用及其作为生物标志物的潜力	通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序，揭示了sTREM2与NMOSD风险之间的遗传关联，并阐明了sTREM2介导的微胶质细胞功能障碍的分子机制	NA	阐明sTREM2在NMOSD中的病理生理作用及其作为治疗靶点的潜力	sTREM2在NMOSD患者中的表达及其对微胶质细胞功能的影响	神经科学	神经脊髓炎视谱系疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类巨噬细胞/微胶质样细胞样本
15619	2024-08-07	Characterizing hedgehog pathway features in senescence associated osteoarthritis through Integrative multi-omics and machine learning analysis 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1255455 PMID:38444758	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习分析，探讨了Hedgehog信号通路在衰老相关骨关节炎中的特征	首次结合Bulk RNA-seq和scRNA-seq技术，识别并验证了与骨关节炎相关的Hedgehog信号通路中的关键基因	NA	旨在阐明Hedgehog信号通路在骨关节炎发病机制中的作用	骨关节炎中的Hedgehog信号通路及相关基因	机器学习	骨关节炎	RNA-seq, scRNA-seq, Real-time PCR	机器学习算法	基因表达数据	涉及八个Bulk RNA-seq数据集和一个scRNA-seq数据集
15620	2024-08-07	Chronic chromosome instability induced by Plk1 results in immune suppression in breast cancer 2023-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113266 PMID:37979172	研究论文	本研究通过在Her2乳腺癌模型中过度表达Polo样激酶1（Plk1），探讨了染色体不稳定（CIN）相关的分子特征如何改变肿瘤进化过程中的免疫识别	发现高CIN肿瘤通过激活衰老相关分泌表型（SASP）、上调PD-L1和CD206以及诱导非细胞自主核因子κB（NF-κβ）信号，促进免疫逃逸	NA	理解CIN相关的分子特征如何影响肿瘤进化过程中的免疫识别	Her2乳腺癌模型中过度表达Plk1的高CIN肿瘤	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自癌前乳腺组织的单细胞RNA测序数据