单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15581	2024-08-07	T proliferating cells derived autophagy signature associated with prognosis and immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108701 PMID:38222108	研究论文	本研究通过手动整理自噬基因集，并在TCGA队列中比较恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌自噬特征，该特征源自T增殖细胞，并通过多个单细胞RNA测序数据集进行验证	首次揭示了泛癌自噬特征与免疫治疗抵抗和预后之间的关系，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞间相互作用	NA	探讨自噬特征在泛癌中的免疫治疗预测作用及其机制调控	泛癌自噬特征及其与免疫治疗抵抗和预后的关联	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及转移性肾细胞癌、非小细胞肺癌、膀胱癌和黑色素瘤等多个队列
15582	2024-08-07	Expression of PD-1 mitigates phagocytic activities TAM in osteosarcoma 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23498 PMID:38223729	研究论文	本研究探讨了程序性死亡1（PD-1）在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的表达及其对骨肉瘤（OS）转移的影响	首次揭示了PD-1在TAMs中的表达抑制其吞噬能力，从而促进骨肉瘤转移的机制	NA	研究PD-1在TAMs中的表达对骨肉瘤转移的影响及其机制	骨肉瘤肺转移中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	15500个来自人骨肉瘤肺转移病变的单个细胞
15583	2024-08-05	What role does GPR65 play in the progression of osteosarcoma? Its mechanism and clinical significance 2024-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03216-5 PMID:38218960	研究论文	本研究旨在探讨GPR65在骨肉瘤的微环境、增殖及迁移中的作用	首次阐明GPR65在骨肉瘤发展中的作用及其机制，强调其作为预后生物标志物的潜力	研究样本均为术后标本，可能影响结果的普适性	探索GPR65在骨肉瘤进展中的机制及其临床意义	97名骨肉瘤患者的转录组数据及六个术后标本的单细胞测序数据	数字病理学	骨肉瘤	RNA-seq, 单细胞测序	NA	生物样本数据	97名骨肉瘤患者和六个手术标本
15584	2024-08-05	BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data 2024-Jan-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44560-w PMID:38218939	研究论文	本研究提出了一种名为BIDCell的自监督深度学习框架，用于亚细胞空间转录组数据的分割	BIDCell引入了生物学启发的损失函数，通过学习空间分布的基因表达与细胞形态之间的关系，克服了传统方法在细胞分割中的挑战	未提及具体的局限性	提高单细胞空间表达分析的精确度	使用来自公共库的单细胞转录组数据和细胞形态信息进行细胞分割	数字病理学	NA	自监督深度学习	NA	空间转录组数据	NA
15585	2024-08-05	Zhilong Huoxue Tongyu capsule alleviates myocardial fibrosis by improving endothelial cell dysfunction 2024-Jan, Journal of traditional and complementary medicine IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.jtcme.2023.07.001 PMID:38223805	研究论文	该论文研究了智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的影响	首次提供了智龙活血通瘀胶囊通过调节内皮-间质转化和MHC-II表达来改善心肌纤维化的证据	缺乏对长期疗效和作用机制的深入探讨	研究智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的治疗效果	心肌纤维化过程中受到影响的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	免疫荧光染色、组织染色	小鼠模型	生物标志物、心脏超声波和组织学数据	使用异丙肾上腺素注射建立的小鼠模型
15586	2024-08-07	Single-cell transcriptomes of kidneys in a 6-month-old boy with Denys-Drash syndrome reveal stromal cell heterogeneity in the tumor microenvironment 2024-Jan, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad277 PMID:38223339	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索了Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞异质性	发现了一个新的WT1基因突变，并通过单细胞RNA测序揭示了Wilms肿瘤和肾脏组织中的细胞成分异质性	NA	探索Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞成分和相互作用	Denys-Drash综合征患者的肾脏组织	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	31,135个细胞
15587	2024-08-07	Multi-context genetic modeling of transcriptional regulation resolves novel disease loci 2022-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33212-0 PMID:36171194	研究论文	本文介绍了一种名为CONTENT的新方法，该方法利用多上下文表达研究中的个体内部相关性，通过跨上下文的错误发现校正提高功率，并生成上下文特定和上下文共享的表达成分。	CONTENT方法通过利用跨上下文的相关结构，提高了遗传预测基因的数量，并在转录组关联研究中增加了位点-表型关联的发现数量。	NA	提高转录组关联研究（TWAS）的解释和发现与复杂性状相关基因的能力。	多组织和单细胞RNA-seq数据集。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多组织和单细胞数据集，具体样本数量未详细说明。
15588	2024-08-07	Spatial transcriptomic reconstruction of the mouse olfactory glomerular map suggests principles of odor processing 2022-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01030-8 PMID:35314823	research paper	本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习技术，生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的地图	本研究首次生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的详细地图，并提出了可能的组织原则，有助于大脑进行气味解码	研究仅限于小鼠嗅球中的glomeruli位置，未涉及其他物种或更广泛的嗅觉系统功能	探究小鼠嗅球中glomeruli位置与气味辨别之间的关系	小鼠嗅球中的glomeruli位置及其在气味处理中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	机器学习	转录组数据	未具体说明样本数量
15589	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023 2024-Jan-13, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad077 PMID:37934608	综述	本文概述了2023年单细胞RNA测序技术的发展与应用	提出了多种单细胞RNA测序技术的比较及其在干细胞研究中的重要性	未具体讨论各技术在不同实验场景下的优缺点	提供单细胞RNA测序技术的全景视图及其在细胞生物学和疾病机制研究中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术	数字病理学	NA	RNA测序	NA	NA	NA
15590	2024-08-05	Update on Biomarkers in Renal Cell Carcinoma 2024-Jan, American Society of Clinical Oncology educational book. American Society of Clinical Oncology. Annual Meeting DOI:10.1200/EDBK_430734 PMID:38207251	研究论文	该文章更新了肾细胞癌生物标志物的相关进展	本文创新性地探索了宿主因素及其对免疫系统的深入特征化，并提出了新技术以克服现有技术面临的挑战	尽管对肿瘤内在特征进行了广泛研究，但尚未提供明确和可靠的预测生物标志物	本文旨在识别能够预测治疗反应和耐药性的生物标志物	研究对象主要是肾细胞癌及其相关的生物标志物	肿瘤病理学	肾癌	NA	NA	NA	NA
15591	2024-08-07	A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection 2024-Jan, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029 PMID:38056513	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析，发现钙结合蛋白S100A8/S100A9在主动脉夹层中作为新的治疗靶点	首次确定S100A8/S100A9作为主动脉夹层的治疗靶点，并通过药物ABR-25757验证其安全性和有效性	NA	发现主动脉夹层的新治疗靶点	主动脉夹层患者和对照组的升主动脉样本	心血管疾病	主动脉夹层	蛋白质组学分析	NA	蛋白质数据	NA
15592	2024-08-05	Pancancer analysis reveals the role of disulfidptosis in predicting prognosis, immune infiltration and immunotherapy response in tumors 2023-Dec-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036830 PMID:38206694	研究论文	本研究构建了多组学数据分析，揭示了二硫化死亡在肿瘤中的作用。	提出了二硫化死亡作为癌症治疗的新策略，并系统分析了其在多种肿瘤中的作用。	样本规模和数据库选择可能影响结果的普遍性。	探讨二硫化死亡在预测肿瘤预后、免疫浸润和免疫治疗反应中的作用。	33种肿瘤的数据以及与二硫化死亡相关的基因。	数字病理学	NA	多组学数据分析	NA	基因表达数据	33种肿瘤
15593	2024-08-05	Neural tube-associated boundary caps are a major source of mural cells in the skin 2023-Dec-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.69413 PMID:38095361	研究论文	本文研究了神经管相关的边界帽细胞在皮肤血管中作为重要的壁细胞来源的作用	揭示了边界帽细胞衍生物的多样性及其在小鼠皮肤中的壁细胞来源的潜力	研究主要基于小鼠模型，结果的普遍适用性仍需进一步验证	探讨边界帽细胞在皮肤血管发育中的作用	小鼠中的边界帽细胞衍生物	NA	NA	Cre基础报告细胞追踪和单细胞转录组学	NA	NA	小鼠模型中涉及的数量未具体说明
15594	2024-08-07	Multimodal single-cell datasets characterize antigen-specific CD8+ T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection 2023-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01608-9 PMID:37735591	研究论文	本研究利用多模态测序技术对mRNA疫苗BNT162b2接种前后循环人白细胞进行纵向分析，以表征和量化T细胞反应	本研究定义了CD8 T细胞的转录组、可及染色质景观和免疫表型，并识别了每种模态中的独特生物标志物	NA	研究SARS-CoV-2感染或疫苗接种后抗原特异性CD8+ T细胞的特征	SARS-CoV-2疫苗接种和感染后的抗原特异性CD8+ T细胞	数字病理学	COVID-19	多模态测序技术	NA	单细胞RNA测序数据	接种mRNA疫苗BNT162b2前后收集的循环人白细胞样本
15595	2024-08-05	Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551188 PMID:37577612	研究论文	本文探讨了如何通过常规染色法推断空间转录组学信息，以增强皮肤光老化的大规模分子评估	提出了一种利用常规H&E染色切片推断空间转录组学信息的新方法，以提高评估光老化的可靠性	使用最先进的空间转录组学技术成本高，且不同患者间存在变异性，限制了大规模分子流行病学研究的范围	研究空间转录组学在皮肤光老化评估中的应用潜力	分析261个皮肤标本中4位患者的基底细胞和鳞状细胞肿瘤切片	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学	机器学习模型	基因表达数据	261个皮肤标本，分析4位患者的切片
15596	2024-08-05	Single-cell transcriptomics uncovers cellular architecture and developmental trajectories in hepatoblastoma 2023-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32775 PMID:36059151	研究论文	本研究揭示了肝母细胞瘤的细胞结构和发育轨迹	利用单细胞转录组分析，建立了肝母细胞瘤的细胞层级和亚型分类方法	基于仅五名患者的样本，样本量较小	探讨肝母细胞瘤的肿瘤发生机制及其异质性	肝母细胞瘤患者的肿瘤及配对远端肝组织样本	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	五名肝母细胞瘤患者的样本
15597	2024-08-05	Single-cell sequencing dissects the transcriptional identity of activated fibroblasts and identifies novel persistent distal tubular injury patterns in kidney fibrosis 2023-May-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2880248/v1 PMID:37293022	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了肾纤维化中活化成纤维细胞的转录特征，并识别了新的持久远端小管损伤模式	首次确定了三种具有特定转录特征的成纤维细胞簇，并识别了肾小管损伤的新空间模式	研究未提及样本数量及其具体来源	深入理解肾纤维化的分子机制和促进靶向策略的开发	分析了两种与临床相关的肾纤维化模型中的单细胞转录组特征	数字病理学	慢性肾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
15598	2024-08-07	RhoA GEF Mcf2lb regulates rosette integrity during collective cell migration 2023-Apr-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.19.537573 PMID:37131612	研究论文	本文研究了RhoA GEF Mcf2lb在多细胞迁移过程中对花环结构完整性的调控作用	首次揭示了Mcf2lb通过激活RhoA调控细胞顶端收缩，从而影响花环结构的形成和维持	NA	探究花环结构形成和维持的分子机制	RhoA GEF Mcf2lb在多细胞花环结构中的作用	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序，原位杂交	NA	图像	约150个细胞组成的斑马鱼后侧线原基(pLLP)
15599	2024-08-07	Self-organized BMP signaling dynamics underlie the development and evolution of digit segmentation patterns in birds and mammals 2024-Jan-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304470121 PMID:38175868	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间基因表达分析，结合数学模型，研究了鸟类和哺乳动物趾部分节模式的发育和进化机制	首次揭示了BMP信号通路中的自组织Turing系统如何形成周期性的关节模式，并能重现体内观察到的时空基因表达动态	NA	探讨BMP信号通路在鸟类和哺乳动物趾部分节模式发育中的作用	鸟类和哺乳动物的趾部分节模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	NA
15600	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling of Pancreatic Islets From Early Diabetic Mice Identifies Anxa10 for Ca2+ Allostasis Toward β-Cell Failure 2024-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0212 PMID:37871012	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了早期糖尿病小鼠胰腺胰岛的转录组，发现Anxa10基因在钙离子异稳态中的作用及其与β细胞功能障碍的关系	发现了糖尿病特异性的内分泌和非内分泌细胞类型的转录组景观，并识别了一个新的前糖尿病基因Anxa10，该基因在代谢应激下诱导并调节钙离子流入	NA	揭示2型糖尿病中β细胞功能障碍的全面机制	早期糖尿病小鼠的胰腺胰岛	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	糖尿病db/db小鼠的胰腺胰岛