单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15581	2024-08-07	sc2MeNetDrug: A computational tool to uncover inter-cell signaling targets and identify relevant drugs based on single cell RNA-seq data 2024-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011785 PMID:38181047	研究论文	开发了一种名为sc2MeNetDrug的计算工具，用于基于单细胞RNA测序数据揭示细胞间信号传导目标并识别相关药物	sc2MeNetDrug工具专门设计用于识别疾病微环境中的细胞类型，揭示单个细胞类型内的功能障碍信号通路及不同细胞类型间的相互作用，并预测可能破坏细胞间信号传导的有效药物	NA	开发一种新的计算工具，帮助研究人员基于单细胞RNA测序数据发现新的细胞间信号传导和治疗方案	单细胞RNA测序数据中的细胞间信号传导和相关药物	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
15582	2024-08-05	Multi-omics analysis in developmental bone biology 2023-Dec, The Japanese dental science review DOI:10.1016/j.jdsr.2023.10.006 PMID:38022387	研究论文	本文探讨了单细胞组学和多组学在骨生物学中的应用，揭示了骨细胞的多样性和动态过程	发现了新的骨骼干细胞亚型，并通过单细胞多组学提供了对细胞未来状态及其分化潜力的预测	需要通过组织学方法进行体内验证以解释计算预测	研究骨生物学中细胞的分化及其在骨生长和再生中的作用	骨骼干细胞及其在复杂组织结构中的动态交互	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达，染色质可及性	NA
15583	2024-08-05	THItoGene: a deep learning method for predicting spatial transcriptomics from histological images 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad464 PMID:38145948	研究论文	THItoGene是一种深度学习方法，用于从组织学图像预测空间转录组信息	该文章创新性地引入了动态卷积和胶囊网络的混合神经网络，以适应性地感知组织学图像中的潜在分子信号	当前方法在提取病理图像的深层信息方面存在不足	研究旨在通过人工智能提供一种经济实惠的方式预测空间基因表达	研究对象为人类乳腺癌和鳞状细胞癌的数据集	数字病理学	乳腺癌	人工智能，深度学习	混合神经网络	图像	NA
15584	2024-08-05	Advancing single-cell RNA-seq data analysis through the fusion of multi-layer perceptron and graph neural network 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad481 PMID:38171931	研究论文	本文提出了一种名为scMPN的新方法，结合多层感知器和图神经网络来分析单细胞RNA测序数据。	该方法通过整合多层感知器和图神经网络，包括注意力网络，提升了基因插补和细胞聚类的任务效果	尚未提及该方法在不同类型单细胞数据中的通用性和适应性	提升单细胞RNA测序数据的分析效率和准确性	单细胞RNA测序数据以及其在基因插补和细胞聚类中的应用	数字病理学	NA	深度学习	多层感知器和图神经网络	基因表达数据	四个具有金标准细胞标签的数据集
15585	2024-08-07	Identifying phenotype-associated subpopulations through LP_SGL 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad424 PMID:38008419	研究论文	本文提出了一种名为LP_SGL的方法，通过整合单细胞RNA测序、批量表达和批量表型数据，结合细胞群结构来识别与表型相关的亚群	LP_SGL方法考虑了细胞间相互作用导致的分组效应，提高了模型鲁棒性，并能更有效地识别癌症细胞、T细胞和肿瘤相关细胞	NA	开发一种新的工具来识别与疾病相关的细胞亚群	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及肺癌、黑色素瘤和肝癌的数据集，具体样本数量未详述
15586	2024-08-07	Clustering malignant cell states using universally variable genes 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad460 PMID:38084922	研究论文	本文介绍了一种通过识别普遍变异基因（UVGs）来减少样本特异性聚类，从而在恶性细胞中识别潜在分子特征的新方法	提出了一种新的方法，通过标准化基因表达变异来识别普遍变异基因（UVGs），以减少样本特异性聚类的形成，并更好地检测与不同恶性细胞状态相对应的聚类	NA	旨在解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中样本特异性基因组改变导致的患者特异性聚类难以解释的问题	恶性细胞的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
15587	2024-08-07	Model-based evaluation of spatiotemporal data reduction methods with unknown ground truth through optimal visualization and interpretability metrics 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad455 PMID:38113074	研究论文	本文提出了一种名为MIBCOVIS的框架，用于评估和优化时空数据缩减方法，通过集成多种鲁棒性指标来增强高维数据的视觉呈现和可解释性，无需依赖真实数据。	MIBCOVIS框架通过集成五种鲁棒性指标，包括一种新的基于时间顺序的马尔可夫结构指标，以及采用半监督层次贝叶斯模型，不依赖真实数据来评估方法的准确性。	文章未明确提及现有研究的局限性。	优化和基准测试动态或空间可视化和解释（DSVI）的数据缩减方法。	研究对象包括四种不同的动态和空间生物过程，通过三种单细胞数据模式（CyTOF、scRNA-seq和CODEX）捕获。	计算机视觉	NA	单细胞数据分析	半监督层次贝叶斯模型	单细胞数据	涉及三种单细胞数据模式，具体样本数量未明确提及。
15588	2024-08-07	CAKE: a flexible self-supervised framework for enhancing cell visualization, clustering and rare cell identification 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad475 PMID:38145950	研究论文	本研究开发了一种名为CAKE的新型自监督聚类方法，用于增强细胞可视化、聚类和稀有细胞识别	CAKE方法包括一个对比学习模型和一个混合邻域增强技术，用于细胞表示学习，以及一个自知识蒸馏模型，用于聚类结果的细化，提供了更浓缩和聚类友好的细胞表示	NA	提高细胞异质性分析中的聚类性能和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习模型	RNA测序数据	多个真实单细胞RNA测序数据集
15589	2024-08-07	A critical assessment of clustering algorithms to improve cell clustering and identification in single-cell transcriptome study 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad497 PMID:38168839	研究论文	本文对七种先进的细胞聚类算法进行了关键评估，以提高单细胞转录组研究中的细胞聚类和识别	首次系统评估了多种单细胞RNA测序数据的聚类算法，并比较了它们在细胞类型识别和捕获细胞异质性方面的性能	研究中提到的某些算法在不同数据集上的性能表现不一，表明其对特定数据集特征的敏感性	评估和比较不同聚类算法在单细胞转录组数据分析中的性能	七种先进的聚类算法，包括四种基于深度学习的算法和常用的Seurat、CosTaL及SC3	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	转录组数据	涉及10个不同的scRNA-seq基准数据集
15590	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Reveals LRRC75A-Expressing Cell Population Involved in VEGF Secretion of Multipotent Mesenchymal Stromal/Stem Cells Under Ischemia 2023-06-15, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad029 PMID:37263619	研究论文	本研究揭示了在缺血条件下与VEGF分泌相关的LRRC75A表达细胞群。	通过单细胞RNA测序分析，识别出功能性细胞亚群体，并确定LRRC75A在VEGF分泌中的调控作用。	研究集中于特定的骨髓源性间充质干细胞，结果可能不适用于其他类型的间充质干细胞。	识别功能性细胞亚群体以预测骨髓源性间充质干细胞的血管生成治疗效能。	研究对象为从11名供体来源的骨髓源性间充质干细胞（BM-MSC）系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	11个供体来源的BM-MSC细胞系
15591	2024-08-07	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.29.534769 PMID:37034687	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术比较了四种遗传工程小鼠模型中的间充质细胞与野生型对照，以及相应基因型的人类肿瘤，揭示了肿瘤间质在前列腺癌进展中的作用	发现了8种转录和功能上不同的间质细胞群，这些细胞群负责常见的和特定于小鼠模型的转录程序，并构建了一个可以预测前列腺癌患者转移进展的基因特征	NA	探讨肿瘤间质在前列腺癌进展和转移潜力中的分子基础	间充质细胞、遗传工程小鼠模型、人类前列腺癌	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种遗传工程小鼠模型和相应基因型的人类肿瘤
15592	2024-08-07	Single-cell analysis of the cellular landscape of vulvar melanoma provides new insight for immunotherapy administration 2024-Jan-17, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-11839-0 PMID:38233802	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了外阴黑色素瘤的细胞景观，为免疫治疗提供了新的见解	发现了CD8+ T细胞激活在外阴黑色素瘤中的作用，以及抗原呈递分子功能在黑色素瘤转移中的参与	研究样本仅来自一位68岁女性患者，可能影响结果的普遍性	阐明外阴黑色素瘤中紊乱的免疫微环境在癌症进展中的作用	外阴黑色素瘤的细胞景观及其在免疫治疗中的潜在应用	数字病理学	外阴黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	12,243个单细胞
15593	2024-08-07	Splenic monocytes drive pathogenic subretinal inflammation in age-related macular degeneration 2024-Jan-17, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03011-z PMID:38233865	研究论文	本文研究了年龄相关性黄斑变性（AMD）中脾脏单核细胞在病理性视网膜下炎症中的作用	首次展示了血管紧张素II能够动员ATR1脾脏单核细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了其转录特征，这些细胞在功能上与骨髓单核细胞不同	NA	探讨脾脏单核细胞在年龄相关性黄斑变性中的作用及其潜在的治疗策略	年龄相关性黄斑变性中的脾脏单核细胞	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15594	2024-08-07	Heterogeneous Expression Patterns of the Minichromosome Maintenance Complex Members in Retinoblastoma Unveil Its Clinical Significance 2024-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.1.31 PMID:38231525	研究论文	研究探讨了微染色体维持（MCM）复合体成员在视网膜母细胞瘤（RB）中的表达模式及其临床意义	首次在单细胞水平上整合了来自正常视网膜、眼内和眼外RB样本的单细胞RNA测序数据，以表征MCM复合体成员的表达模式	NA	探索MCM复合体成员在视网膜母细胞瘤中的表达模式及其临床意义	MCM复合体成员在视网膜母细胞瘤中的表达	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	五个正常视网膜样本、六个眼内RB样本和五个眼外RB样本
15595	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals variations in monocytes and Tregs between gout flare and remission 2023-Dec-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171417 PMID:38063198	研究论文	这项研究揭示了痛风发作与缓解过程中单细胞转录组中单核细胞和调节性T细胞的变化	识别了与痛风发作相关的HLA-DQA1+非经典单核细胞，上调与抗原处理和呈递相关	缺乏对痛风发作机制的全面理解与其他炎性疾病的比较	研究痛风发作与缓解中免疫细胞反应和系统性炎症模式	对比分析了痛风发作和缓解阶段的单核细胞及调节性T细胞	数字病理学	痛风	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用独立验证队列进行分析
15596	2024-08-05	Angiocrine Signaling in Sinusoidal Health and Disease 2023-08, Seminars in liver disease IF:4.3Q1 DOI:10.1055/a-2128-5907 PMID:37442155	综述	本文总结了血管信号在健康和疾病中的作用	文章总结了不同情况下LSEC亚群的作用及其空间转录组学研究	NA	阐明血管信号在肝脏健康和疾病中的作用	肝窦内皮细胞及其在肝脏中与其他细胞的相互作用	数字病理学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	NA	NA
15597	2024-08-07	Stromal-induced epithelial-mesenchymal transition induces targetable drug resistance in acute lymphoblastic leukemia 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112804 PMID:37453060	研究论文	本文研究了骨髓微环境通过与骨髓龛相互作用在急性淋巴细胞白血病中驱动药物抗性的机制	发现急性淋巴细胞白血病细胞与间充质干细胞通过整合素β1相互作用，诱导类似上皮-间质转化的程序，导致药物抗性和增强生存	NA	探讨骨髓微环境在急性淋巴细胞白血病中诱导药物抗性的机制，并寻找潜在的治疗方法	急性淋巴细胞白血病细胞与间充质干细胞的相互作用	NA	急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15598	2024-08-07	Network-based analysis identifies key regulatory transcription factors involved in skin aging 2023-07, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2023.112202 PMID:37178875	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，探讨了犬类皮肤老化的转录调控机制，并验证了人类皮肤老化中的相关基因表达变化。	本研究首次在犬类皮肤老化中应用WGCNA和scRNA-seq技术，揭示了皮肤老化过程中的关键转录因子及其调控网络。	研究主要集中在犬类和人类皮肤老化，未来研究可扩展到其他物种以验证结果的普遍性。	探讨皮肤老化的转录调控机制，并寻找潜在的干预靶点。	犬类和人类皮肤老化过程中的基因表达变化及转录因子调控。	生物信息学	皮肤老化	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
15599	2024-08-07	Dissecting cellular heterogeneity and intercellular communication in cholangiocarcinoma: implications for individualized therapeutic strategies 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1241834 PMID:38239853	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨胆管癌中的细胞异质性和细胞间通讯，并分析了细胞类型、基因富集通路及细胞间通讯网络，为个性化治疗策略提供依据	首次通过单细胞RNA测序和CellChat分析揭示胆管癌中细胞异质性和细胞间通讯的复杂性，并发现肿瘤微环境中成纤维细胞的关键作用及T细胞的新克隆型	研究样本仅来自两名患者，可能影响结果的普遍性	揭示胆管癌的细胞异质性和细胞间通讯，为开发有效治疗策略提供依据	胆管癌及其邻近正常组织的细胞异质性和细胞间通讯	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	两名患者的胆管癌及邻近正常组织
15600	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing reveals spatial distribution of IL34+ cancer-associated fibroblasts in hepatocellular carcinoma tumor microenvironment 2023-Dec-11, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-023-00483-9 PMID:38081923	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了肝细胞癌肿瘤微环境中IL34+癌症相关成纤维细胞的空间分布特征	首次通过单细胞转录组测序技术详细分析了IL34+癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌中的作用机制	研究主要集中在体外和体内实验验证，可能需要更多的临床数据支持	探究IL34+癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其分子机制	肝细胞癌组织中的IL34+癌症相关成纤维细胞及其与T细胞和肝细胞癌细胞的相互作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及肝细胞癌组织的单细胞转录组数据集