单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1541	2025-06-27	Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network 2025-Jun-25, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02225-y PMID:40562913	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了克罗恩病（CD）纤维化相关的关键转录组和细胞网络	首次结合单细胞和空间转录组学技术，详细描绘了克罗恩病纤维化过程中的细胞和分子网络，并识别了与遗传风险位点相关的空间模块	样本量相对较小（61个样本来自21名CD患者和10名非IBD患者），可能限制统计效力	揭示克罗恩病纤维化的分子机制和细胞网络	克罗恩病患者的肠道狭窄组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	61个样本（21名CD患者和10名非IBD患者）
1542	2025-06-27	Mobilizing antigen-presenting mast cells in anti-PD-1-refractory triple-negative breast cancer: a phase 2 trial 2025-Jun-25, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03776-7 PMID:40563015	research paper	该研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）免疫治疗中抗原呈递肥大细胞（apMCs）的作用，并通过临床试验验证了克罗莫林在增强抗PD-1疗效中的潜力	揭示了肥大细胞在肿瘤免疫控制中的关键作用，提出了一种针对apMC的方法来克服抗PD-1耐药性，并通过反向转化框架为精准免疫肿瘤学提供了新思路	研究样本量有限，且仅针对女性抗PD-1耐药性转移性TNBC患者，结果可能不适用于其他人群或癌症类型	探索TNBC免疫治疗中抗PD-1耐药的机制，并寻找新的治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者，特别是抗PD-1耐药性转移性TNBC患者	精准免疫肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	临床数据和单细胞转录组数据	44名初治TNBC患者和484名TNBC患者进行独立验证，以及临床试验中的女性抗PD-1耐药性转移性TNBC患者
1543	2025-06-27	Integrated transcriptome analysis and combinatorial machine learning to construct a homeostatic model of acetylation for ccRCC and validate the key gene GCNT4 2025-Jun-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03837-4 PMID:40563096	研究论文	本研究通过整合转录组分析和组合机器学习，构建了ccRCC的乙酰化稳态模型，并验证了关键基因GCNT4的作用	首次结合多种机器学习算法分析乙酰化相关差异表达基因的预后意义，并验证了GCNT4在ccRCC中的关键作用及其通过调节O-GlcNAc修饰水平影响乙酰化的机制	研究依赖于公共数据库的数据，未进行大规模独立队列验证	探索ccRCC的潜在生物学机制，从乙酰化角度寻找治疗靶点	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者样本及细胞系	生物信息学	肾癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习算法组合	LASSO + RSF组合模型	基因表达数据, 临床信息	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的ccRCC患者样本及细胞实验数据
1544	2025-06-27	Molecular and genetic characterization of sex-linked orange coat color in the domestic cat 2025-Jun-23, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.04.055 PMID:40378841	研究论文	本研究揭示了家猫性连锁橙色被毛颜色的分子和遗传基础	首次发现性连锁橙色突变是由5-kb缺失导致Arhgap36基因的异位表达，并揭示了其对PKA通路的抑制作用	研究仅针对家猫，未在其他哺乳动物中验证该机制的普遍性	解析家猫性连锁橙色被毛颜色的遗传机制	家猫的性连锁橙色被毛颜色	遗传学	NA	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
1545	2025-06-27	spCLUE: a contrastive learning approach to unified spatial transcriptomics analysis across single-slice and multi-slice data 2025-Jun-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03636-0 PMID:40551235	research paper	介绍了一种名为spCLUE的综合框架，用于整合跨组织切片的空间转录组数据并识别一致的空间域	结合多视图图网络、对比学习、注意力机制和批次提示模块，学习信息丰富的点表示并整合对齐和未对齐样本的数据	未提及具体局限性	开发新工具以整合跨组织切片的空间转录组数据并识别一致的空间域	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	多视图图网络、对比学习、注意力机制	空间转录组数据	多样化的数据集（具体数量未提及）
1546	2025-06-27	Distal electrical stimulation enhances neuromuscular reinnervation and satellite cell differentiation for functional recovery 2025-Jun-23, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04459-3 PMID:40551270	研究论文	本研究探讨了远端电刺激（E-stim）对神经肌肉接头（NMJ）再神经支配和卫星细胞活性的调控作用，以促进功能恢复	揭示了远端电刺激通过促进神经肌肉接头再神经支配和卫星细胞分化来增强功能恢复的分子机制	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究远端电刺激对神经肌肉接头再神经支配和卫星细胞活性的调控作用，以促进功能恢复	Sprague-Dawley大鼠的坐骨神经临界间隙模型	神经科学	周围神经损伤	单细胞RNA测序、单肌电图、组织学分析	NA	组织学数据、生化数据、功能评估数据	8周龄Sprague-Dawley大鼠（随机性别）
1547	2025-06-27	CellMemory: hierarchical interpretation of out-of-distribution cells using bottlenecked transformer 2025-Jun-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03638-y PMID:40551223	research paper	介绍了一种名为CellMemory的瓶颈Transformer模型，用于单细胞组学研究中OOD细胞的层次解释	受认知神经科学中的全局工作空间理论启发，提出了一种无需预训练即可提高泛化能力的瓶颈Transformer模型	未提及具体的数据集或实验条件限制	提高单细胞组学研究中OOD细胞的解释性和表示准确性	单细胞组学数据中的OOD细胞	machine learning	NA	Transformer架构	bottlenecked Transformer	单细胞组学数据	未提及具体样本数量
1548	2025-06-27	Predicting prognosis and immunotherapy response of ferroptosis-related genes in colorectal cancer 2025-Jun-23, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02779-x PMID:40551269	研究论文	本研究通过整合空间转录组、单细胞转录组和批量转录组数据，识别与结直肠癌预后和免疫反应相关的铁死亡标志物	采用多组学整合方法，区别于以往研究，识别出135个铁死亡相关基因，并构建了具有强预测能力的预后模型	未提及样本量是否足够大以支持结论的普遍性	识别结直肠癌中铁死亡相关基因作为预后标志物和免疫反应预测因子	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	空间转录组、单细胞转录组、批量转录组分析、免疫组化(IHC)检测	Lasso分析	转录组数据、免疫组化数据	NA
1549	2025-06-27	Integrated single-cell RNA and ATAC sequencing of B-cell lymphoma-3(Bcl3) and endothelin-2(Edn2) proteins as targets to prevent glaucoma progression 2025-Jun-23, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145455 PMID:40562139	研究论文	通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，研究Bcl3和Edn2蛋白在青光眼进展中的作用	首次通过多组学整合分析，识别出Bcl3和Edn2作为青光眼进展中的关键蛋白，并验证了其在NF-κB和Hippo信号通路中的作用	研究主要基于生物信息学分析和动物模型，尚未在临床患者中进行大规模验证	探索原发性开角型青光眼(POAG)的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	青光眼患者样本、动物模型(R28细胞、视网膜缺血再灌注和NMDA诱导的青光眼大鼠模型)	数字病理学	青光眼	scRNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA测序, ELISA, RT-qPCR	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个数据集(GSE203499, GSE212186, GSE241782, GSE212188)中的青光眼和对照样本
1550	2025-06-27	The m5C reader Alyref regulates cardiac remodeling post-myocardial infarction by modulating extracellular matrix protein synthesis in cardiac fibroblasts 2025-Jun-23, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120011 PMID:40562236	研究论文	本研究探讨了m5C阅读器Alyref在心肌梗死后心脏重塑中的作用，特别是在心脏成纤维细胞中调节细胞外基质蛋白合成的机制	首次揭示了Alyref通过调控Fbln1/Loxl1通路影响心脏成纤维细胞的增殖和转分化，进而调节细胞外基质蛋白的合成	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性尚需进一步验证	探究m5C修饰在心肌梗死后心脏重塑中的作用机制	心肌梗死小鼠模型和缺氧诱导的原代新生心脏成纤维细胞	心血管疾病	心肌梗死	生物信息学分析、免疫荧光、组织病理学、Western blot、腺相关病毒(AAV)感染、RNA免疫沉淀测序(RIP-seq)	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理学图像	未明确说明具体样本数量，使用了小鼠心肌梗死模型和原代心脏成纤维细胞
1551	2025-06-27	Preclinical and first-in-human of purinostat mesylate, a novel selective HDAC I/IIb inhibitor, in relapsed/refractory multiple myeloma and lymphoma 2025-Jun-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02285-w PMID:40562746	研究论文	研究报道了一种新型选择性HDAC I/IIb抑制剂purinostat mesylate (PM)在复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的临床前和首次人体试验结果	PM是一种高选择性HDAC I/IIb抑制剂，在MM和淋巴瘤细胞系及小鼠模型中表现出优异的抗肿瘤活性，优于泛HDAC抑制剂panobinostat或一线/二线多药联合方案	样本量较小(N=29)，且仅进行了I期临床试验	评估PM在复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的安全性和有效性	复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤患者	肿瘤学	多发性骨髓瘤, 淋巴瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	临床数据, 测序数据	29名患者(11名MM, 18名淋巴瘤)
1552	2025-06-27	Exploring the causal relationship between CX3CL1 and prostate cancer prognosis using Mendelian randomization 2025-Jun-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03001-4 PMID:40544418	研究论文	本研究利用孟德尔随机化方法探讨了CX3CL1与前列腺癌预后的因果关系	首次使用孟德尔随机化方法评估CX3CL1与前列腺癌风险的因果关系，并结合基因表达数据、免疫细胞浸润分析和单细胞测序进行深入探索	研究样本主要来自欧洲血统人群，可能限制结果在其他人群中的普适性	探索炎症介质CX3CL1在前列腺癌发展和预后中的作用	前列腺癌患者和对照组的基因组数据	生物医学研究	前列腺癌	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞测序	孟德尔随机化分析	基因组数据	GWAS数据涉及21,758名欧洲血统个体，前列腺癌病例数据包括ieu-b-4809(9,132例病例和173,493例对照)、ukb-b-1392(7,847例病例和455,163例对照)和ukb-d-C3_PROSTATE(6,321例病例和354,873例对照)
1553	2025-06-27	Hyperglycemia induces an immunosuppressive microenvironment in colorectal cancer liver metastases by recruiting peripheral blood monocytes through the CCL3-CCR1 axis 2025-Jun-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011310 PMID:40550559	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2D）背景下结直肠癌肝转移（CRLM）的免疫微环境变化，并识别了潜在的CCL3-CCR1信号轴治疗靶点	揭示了高血糖通过CCL3-CCR1轴招募外周血单核细胞从而诱导免疫抑制微环境的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需进一步验证	探究T2D对CRLM免疫微环境的影响并寻找治疗靶点	结直肠癌肝转移患者及T2D患者的免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	高血糖CRLM小鼠模型	单细胞转录组数据	20例CRLM样本及匹配PBMC样本（含3组健康/T2D供体PBMC数据集）
1554	2025-06-27	STS2 deficiency revives CD8+T cells from exhaustion and augments checkpoint blockade efficacy in cancer immunotherapy 2025-Jun-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010735 PMID:40550566	研究论文	本研究探讨了抑制T细胞信号传导的STS2在调节CD8+ T细胞衰竭中的作用，并发现STS2缺失可增强肿瘤控制和抗PD-1治疗的疗效	首次揭示了STS2在调节T细胞衰竭中的多重作用，并证明其缺失可增强抗肿瘤免疫和免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究STS2在调节CD8+ T细胞衰竭中的作用及其对肿瘤免疫治疗的影响	CD8+ T细胞和肿瘤微环境	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞转录组学、免疫共沉淀、蛋白质降解实验、内吞作用测量	小鼠模型	细胞和分子数据	NA
1555	2025-06-27	A comprehensive review of spatial transcriptomics data alignment and integration 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf536 PMID:40568931	review	本文全面回顾了空间转录组学数据对齐和整合的方法，解释了问题、范围及挑战，并提出了一般性流程	提出了一个通用的空间转录组学数据对齐和整合流程，并对24种工具进行了分类和评估	仅关注多切片空间转录组学分析工具，排除了单切片分析和多组学整合工具	综述空间转录组学数据对齐和整合的方法，推动生物医学研究	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	24种工具
1556	2025-06-27	Diverse Landscape of Group 1 Innate Lymphoid Cells Predicts the Prognosis in Patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17122047 PMID:40563696	研究论文	通过单细胞RNA测序分析头颈部鳞状细胞癌患者中ILC亚群的多样性和功能状态，并开发预后预测模型	首次揭示了ieILC1/NK细胞在HNSCC患者中的多样性景观及其预后意义	研究依赖于公开数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索头颈部鳞状细胞癌患者中ILC亚群的多样性和功能状态，并开发预后预测模型	头颈部鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	生存预测模型	基因表达数据	95,809个免疫细胞(来自GSE164690数据集)
1557	2025-06-27	The Role of Cardiac Fibroblast Heterogeneity in Myocardial Fibrosis and Its Novel Therapeutic Potential 2025-Jun-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26125882 PMID:40565343	综述	本文综述了心脏成纤维细胞异质性在心肌纤维化中的作用及其新的治疗潜力	揭示了心脏成纤维细胞的高度异质性和动态性，探讨了针对不同亚群的精准抗纤维化治疗策略	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献综述	探讨心脏成纤维细胞异质性在心肌纤维化中的作用及其治疗潜力	心脏成纤维细胞及其不同亚群	心血管疾病	心血管疾病	单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传分析	NA	NA	NA
1558	2025-06-27	Identification Exploring the Mechanism and Clinical Validation of Mitochondrial Dynamics-Related Genes in Membranous Nephropathy Based on Mendelian Randomization Study and Bioinformatics Analysis 2025-Jun-17, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061489 PMID:40564208	研究论文	本研究通过孟德尔随机化研究和生物信息学分析，探讨了线粒体动力学相关基因在膜性肾病中的机制和临床验证	发现了四个关键线粒体动力学相关基因（RTTN、MYO9A、USP40和NFKBIZ）在膜性肾病中的重要作用，并构建了具有优异诊断性能的列线图模型	研究样本量有限，且主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索线粒体动力学相关基因在膜性肾病发病机制中的作用	膜性肾病患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	膜性肾病	孟德尔随机化、机器学习算法、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）	列线图模型	转录组数据	三个转录组数据集（GSE200828、GSE73953和GSE241302）
1559	2025-06-27	Progenitor Cell Dynamics in Androgenetic Alopecia: Insights from Spatially Resolved Transcriptomics 2025-Jun-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26125792 PMID:40565255	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究雄激素性脱发（AGA）中祖细胞动态变化的分子机制	首次使用GeoMX数字空间分析平台在维持组织空间背景的情况下比较AGA患者与健康对照的祖细胞区域转录组差异	未明确说明样本量大小及具体基因名称	揭示AGA中祖细胞耗竭的分子机制	雄激素性脱发患者的毛囊祖细胞区域	空间转录组学	雄激素性脱发	GeoMX Digital Spatial Profiling (DSP)	NA	空间转录组数据	NA
1560	2025-06-27	The Transcriptomic Signature of Donkey Ovarian Tissue Revealed by Cross-Species Comparative Analysis at Single-Cell Resolution 2025-Jun-14, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15121761 PMID:40564314	研究论文	通过单细胞RNA测序和跨物种比较分析，揭示了驴卵巢组织的转录组特征及其在生殖效率中的分子机制	首次在单细胞分辨率下构建了驴卵巢的高分辨率转录组图谱，并鉴定了驴特有的基因表达模式	研究仅关注了驴卵巢的转录组特征，未涉及其他生殖器官或生理过程	探索驴卵巢生物学分子机制及其在生殖效率中的作用	驴卵巢组织	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	17,423个细胞