本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2026-05-05 |
Comparative single cell analysis of wound and cancer identifies the metabolic dialogues between tumor initiating stem cells and macrophages
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.02.716187
PMID:41993506
|
研究论文 | 通过比较单细胞分析揭示伤口愈合与癌症中肿瘤起始干细胞与巨噬细胞之间的代谢对话 | 首次通过比较单细胞RNA测序揭示伤口相关巨噬细胞与肿瘤相关巨噬细胞的差异,发现失调的脂质代谢是TAMs的独特特征,并识别SOX2肿瘤起始干细胞为调控TAMs脂质代谢和细胞状态的关键协调者 | NA | 探究伤口相关巨噬细胞与肿瘤相关巨噬细胞的分子和功能差异,以及肿瘤起始干细胞如何调节TAMs的代谢对话 | 皮肤伤口愈合和皮肤鳞状细胞癌进展过程中的巨噬细胞和SOX2肿瘤起始干细胞 | 机器学习 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1542 | 2026-05-05 |
Mapping whole-organism genetic comorbidities across model Species using unified ontologies
2026-04-04, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyag038
PMID:41664592
|
研究论文 | 利用统一本体论跨物种绘制全生物体遗传合并症图谱 | 首次开发了跨物种表型本体整合框架,结合新构建的生殖表型本体与标准化全身体表型类别,实现了小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫和人类之间的直接跨物种比较 | 仅分析了与无梗阻性无精症相关的基因,且跨物种表型比较依赖于现有数据库的完备性和注释质量 | 识别与无梗阻性无精症相关基因在全生物体层面的合并症模式,揭示男性不育与系统性疾病之间的共享遗传基础 | 204个小鼠生精失败相关基因及其在人、小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫中的直系同源基因和表型注释 | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序、基因本体注释 | 聚类分析 | 基因型-表型关联数据、单细胞RNA测序数据、全身体基因表达数据 | 204个小鼠基因,涵盖多种跨物种模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1543 | 2026-05-05 |
Single-cell, clonal and spatial atlases of cranial placodes illuminate their specification and evolution
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715621
PMID:41959073
|
研究论文 | 整合单细胞、克隆和空间图谱揭示颅窝的发育和进化机制 | 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学和高分辨率克隆追踪整合,构建颅窝发育的综合性图谱,揭示前体细胞连续转录景观及竞争性谱系分离模型 | 未明确提及研究局限性,可能包括样本量有限或跨物种比较的潜在偏差 | 解析颅窝前体细胞的谱系分化动态和进化起源 | 脊椎动物颅窝及其前体细胞 | 生物信息学, 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 克隆追踪 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 克隆谱系数据 | 涉及多个脊椎动物样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1544 | 2026-05-05 |
Human hippocampal neurogenesis in adulthood, ageing and Alzheimer's disease
2026-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10169-4
PMID:41741649
|
研究论文 | 通过多组学单细胞测序技术,研究了人类海马神经发生在成年期、衰老和阿尔茨海默病中的变化及其分子机制 | 首次利用多组学单细胞测序(单细胞核RNA测序和单细胞核ATAC测序)分析大规模海马样本,揭示了神经发生失调与染色质可及性变化的关联,并识别了SuperAgers中的‘韧性特征’ | 研究仅基于死后人体样本,样本量有限,且未直接验证神经发生在认知功能中的因果关系 | 探索人类海马神经发生是否存在,以及其在衰老和阿尔茨海默病中的调控机制和认知影响 | 来自不同队列的人类死后海马样本,包括记忆完整的年轻成人、无认知障碍的老年人、有非凡记忆能力的老年人(SuperAgers)、临床前中间病理成人及阿尔茨海默病患者 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞核RNA测序、单细胞核ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 355,997个海马样本的单细胞核 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞核RNA测序和单细胞核ATAC测序 |
| 1545 | 2026-05-05 |
Prosta-omics: machine learning-driven TPSA prediction and molecular modeling of ASPM-inhibitors for prostate cancer treatment
2026-Apr, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-026-11470-0
PMID:41781783
|
研究论文 | 提出Prosta-Omics整合流程,将单细胞转录组学、化学信息学和机器学习结合,用于前列腺癌生物标志物发现和药物筛选 | 首次将单细胞RNA测序、机器学习预测拓扑极性表面积与分子对接相结合,构建从组学到治疗的全链条精准医学平台 | 未进行体外或体内实验验证预测化合物的实际疗效 | 开发整合组学与机器学习的前列腺癌精准治疗策略,筛选新型治疗靶点和候选药物 | 前列腺癌组织样本中的恶性及非恶性细胞群体 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟,ADMET分析 | 随机森林 | 单细胞转录组数据,分子SMILES数据 | 前列腺癌组织样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1546 | 2026-05-05 |
How to efficiently establish animal models of cholangiocarcinoma: challenges and inspiration
2026-Apr, Medical review (2021)
DOI:10.1515/mr-2025-0081
PMID:42078198
|
综述 | 本文综述了胆管癌动物模型建立的方法、挑战与启示,重点讨论了原发性胆管癌模型在临床前研究中的应用及其局限性 | 强调单细胞测序技术在癌症模型研究中的创新应用和巨大潜力,并系统分析了肝内外胆管发育差异对模型构建的影响 | 原生胆管癌模型存在固有局限性,需要进一步改进和优化 | 为建立更先进、更具临床相关性的胆管癌模型提供建议和推荐 | 胆管癌动物模型(包括原发性胆管癌模型、胆管癌类器官等) | 机器学习 | 胆管癌 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1547 | 2026-05-05 |
CD68 identified as a regulator of human melanocyte development and function
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.02.003
PMID:41722766
|
研究论文 | 本研究鉴定CD68为黑色素细胞发育和功能的调节因子,通过构建人类胚胎干细胞分化模型并结合单细胞RNA测序揭示其在黑色素生成中的新作用 | 首次发现传统上被认为是巨噬细胞标志物的CD68在黑色素细胞生物学中发挥调节作用,突破了其仅与免疫细胞相关的传统认知 | NA | 探究CD68在黑色素细胞发育和功能中的新角色 | 人类胚胎干细胞分化的黑色素细胞发育模型 | 机器学习 | 色素性疾病 | 单细胞RNA测序 | 单细胞取向追踪算法 | 单细胞基因表达数据 | 5个关键发育时间点(第0、6、9、11和25天)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1548 | 2026-05-05 |
Single-cell transcriptome defines cell-type repertoire of adult Daphnia magna
2026-01-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyaf234
PMID:41145233
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析成年雌雄大型溞的细胞类型图谱 | 首次在大型溞中基于单细胞转录组鉴定超过25种细胞类型,并与果蝇细胞图谱进行跨物种比较,发现非循环血细胞群体 | 未进行功能验证实验,部分细胞类型功能注释基于同源性推断 | 建立大型溞成体细胞类型转录组参考图谱,以支撑生态生理学、毒理学和进化基因组学研究 | 成年雌性和雄性大型溞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个单细胞RNAseq实验(雌性和雄性个体) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 1549 | 2026-05-05 |
Advances in Massive Parallel Sequencing: From Genomics to Spatial Transcriptomics
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_3
PMID:42071139
|
综述 | 综述大规模并行测序从基因组学到空间转录组学的技术进步 | 系统梳理了测序技术从桑格测序到下一代测序再到单细胞和空间转录组学的演进脉络,突出概念创新如大规模并行化、克隆扩增和循环检测化学 | 未对具体技术细节进行比较或分析局限性 | 回顾测序技术的发展历程及其对生物学研究的影响 | 测序技术及其在基因组学、单细胞和空间转录组学中的应用 | 基因组学 | NA | 桑格测序、下一代测序、单细胞测序、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1550 | 2026-05-05 |
Key Concepts in Transcriptomics Data Analysis in the Era of Next-Gen Sequencing
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_11
PMID:42071147
|
综述 | 讨论二代测序时代转录组学数据分析的关键概念与方法 | 整合了批量与单细胞转录组学的基本及高级分析方法 | 未提供具体实验数据或验证结果,仅为方法概述 | 介绍转录组学数据分析的核心概念与技术 | RNA测序数据及分析方法 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1551 | 2026-05-05 |
The Gut-Brain Axis in Alzheimer's: From Microbiota Genetics to Stigmasterol's Neuroprotection Mechanism
2026, Degenerative neurological and neuromuscular disease
IF:2.1Q3
DOI:10.2147/DNND.S580890
PMID:42077232
|
研究论文 | 通过肠道菌群遗传学分析,发现豆甾醇通过STIM1/Orai1通路发挥神经保护作用的机制 | 首次整合孟德尔随机化、单细胞和空间转录组学揭示肠道菌群与阿尔茨海默病的因果关系,并鉴定豆甾醇作为靶向STIM1/Orai1通路的天然化合物 | 实验验证仅限于体外SH-SY5Y细胞模型,缺乏体内动物实验和临床样本验证 | 利用肠-脑轴探究肠道菌群在阿尔茨海默病中的治疗靶点,并预测潜在天然化合物及其作用机制 | 阿尔茨海默病相关基因、肠道菌群遗传变异、豆甾醇 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化、SMR分析、单细胞转录组学、空间转录组学、网络药理学、分子对接 | CNN(未明确提及,基于上下文推测),但更准确为因果推断和药物预测模型 | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、分子结构数据 | 未明确提及样本量 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 1552 | 2026-05-05 |
Advances in multi-omics research on neuroblastoma
2026, Frontiers in pediatrics
IF:2.1Q2
DOI:10.3389/fped.2026.1739376
PMID:42078544
|
综述 | 综述转录组学、放射组学和数字病理学等多组学方法在神经母细胞瘤诊断和治疗中的作用 | 强调多组学融合策略克服单一数据类型的局限,构建更精确的疾病分类模型并推动个性化治疗方案开发 | 未提及具体研究方法或数据,可能缺乏实证支持 | 探讨多组学方法在提高神经母细胞瘤诊断精度和优化治疗决策中的应用 | 神经母细胞瘤的转录组、放射组学和病理组学数据 | 计算机视觉, 自然语言处理, 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 转录组测序, 单细胞测序, 放射组学分析, 数字病理学分析, 人工智能 | NA | 基因表达数据, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 1553 | 2026-05-05 |
Ubiquitination-Associated Ductal-Fibroblast Crosstalk Shapes Tumor Progression and Prognosis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/1665552
PMID:42079345
|
研究论文 | 探讨泛素化在胰腺导管腺癌中调控导管-成纤维细胞通讯及其对肿瘤进展和预后的影响 | 首次在单细胞和空间层面揭示泛素化活性在PDAC微环境中的细胞类型特异性和空间组织模式,并建立相关预后模型 | 泛素化活性评分基于基因集算法,可能需要进一步实验验证;功能验证仅限于体外实验 | 阐明泛素化在胰腺导管腺癌微环境中的细胞特异性活动及其对肿瘤进展和预后的作用 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织 | 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 基因沉默功能实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录数据 | 整合多个公开数据集(具体样本量未在摘要中说明) | 未在摘要中明确提及 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | 未在摘要中明确提及 | NA |
| 1554 | 2026-05-05 |
Spatial transcriptomics identifies fibroblast-T cell crosstalk as a driver of Th2 polarization in allergic rhinitis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1788288
PMID:42079570
|
研究论文 | 利用空间转录组学绘制过敏性鼻炎患者鼻黏膜图谱,发现成纤维细胞与T细胞的串扰驱动Th2极化 | 首次通过10x Genomics Xenium原位空间转录组学结合配体-受体模型,系统性揭示成纤维细胞- T细胞串扰在过敏性鼻炎Th2极化中的核心驱动作用 | 样本量有限(10例患者与10例对照),且主要依赖于空间转录组数据,需要进一步的功能验证研究 | 阐明过敏性鼻炎发病机制中空间基质-免疫细胞相互作用 | 10例过敏性鼻炎患者和10例非过敏性对照的鼻黏膜组织 | 空间转录组学 | 过敏性鼻炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 20例鼻黏膜样本(10例AR,10例对照) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium In Situ | 10x Genomics Xenium原位空间转录组学平台 |
| 1555 | 2026-05-05 |
B cell-mediated immune surveillance defines the favorable prognosis of occult breast cancer: a multi-omics study
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1813674
PMID:42079576
|
研究论文 | 通过多组学方法研究隐秘性乳腺癌的免疫微环境,揭示B细胞介导的免疫监视与良好预后的关联 | 首次利用多组学整合分析(蛋白质组学、转录组学、单细胞RNA测序)阐明隐秘性乳腺癌中B细胞作为免疫中枢细胞清除原发肿瘤的机制 | 结果基于探索性分析,需在更大队列中进行功能验证 | 揭示隐秘性乳腺癌原发肿瘤清除的免疫机制 | 隐秘性乳腺癌与非隐秘性乳腺癌的淋巴结和肿瘤组织样本 | 基因组学与免疫学 | 乳腺癌 | 定量蛋白质组学、批量转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | SEER数据库12162例患者用于生存分析 | Illumina | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | Illumina测序平台 | 单细胞RNA测序使用10x Genomics平台 |
| 1556 | 2026-05-05 |
Single-cell RNA sequencing of leukocytes at the maternal-fetal interface in physiological and pathological Nodal-deficient pregnancies
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1611813
PMID:42079595
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析生理和病理Nodal缺陷妊娠中母胎界面白细胞的特征 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统表征了Nodal缺陷妊娠中母胎界面白细胞的转录组特征,揭示了髓系细胞在胎盘发育中的新功能 | NA | 阐明白细胞在胎盘发育中的作用,理解生理妊娠和生殖失败的机制 | 小鼠母胎界面白细胞(包括巨噬细胞和中性粒细胞等) | NA | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1557 | 2026-05-05 |
Single-cell RNA sequencing unravels T cell exhaustion underlying the chronicity of chromoblastomycosis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1784450
PMID:42079606
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示CD4+ T细胞耗竭是着色芽生菌病慢性化的关键机制 | 首次从单细胞水平揭示CD4+ T细胞耗竭是着色芽生菌病慢性化的核心免疫机制,并阐明单核/巨噬细胞通过持续抗原呈递和配体-受体相互作用驱动该过程 | 样本量有限(仅1例患者病变皮肤),需要更大规模队列及更多慢性感染模型验证 | 探究着色芽生菌病慢性化的免疫病理机制 | 着色芽生菌病患者的病变皮肤组织及Fonsecaea pedrosoi感染小鼠模型 | 数字病理学 | 真菌感染性疾病 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者病变皮肤样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1558 | 2026-05-05 |
Identification of a migrasome-related lncRNA signature and its prognostic and immunological role in bladder cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1763443
PMID:42079608
|
研究论文 | 建立了一个与迁移体相关的长链非编码RNA签名,用于预测膀胱癌患者的预后和免疫特征 | 首次识别并构建了基于迁移体相关lncRNA的预后签名,并整合单细胞RNA测序分析揭示其在膀胱癌微环境中的细胞异质性和细胞间通讯模式 | 未提及具体局限性 | 识别与膀胱癌预后相关的迁移体相关lncRNA,并评估其与免疫微环境和药物敏感性的关系 | 膀胱癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归, LASSO回归 | 转录组数据, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA的膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1559 | 2026-05-05 |
Innate immune profiling reveals a specific reduction of CD57+CD62L+CD161+ NK cells in CMV-positive males with hypertension
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1749702
PMID:42079601
|
研究论文 | 利用质谱流式和单细胞RNA测序揭示高血压男性患者中CMV阳性状态下CD57+CD62L+CD161+ NK细胞特异性减少及其亚群重塑机制 | 首次发现高血压导致CD57+CD62L+CD161+ NK细胞整体减少及致病性亚群重塑,即KLRC2high适应性亚群特异性丧失,而FCER1Ghigh细胞毒性亚群相对保留并成为优势群体 | 样本量较小(仅男性),机制验证依赖IL-15信号通路关联分析,缺乏直接因果实验 | 探究高血压中先天免疫细胞(特别是NK细胞)的失调机制及致病作用 | 高血压和血压正常男性的外周血单个核细胞(PBMC)中的NK细胞 | 机器学习和生物信息学 | 高血压 | 质谱流式(CyTOF)、全谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 质谱流式数据、流式细胞术数据、单细胞转录组数据 | 初始队列10例高血压和10例血压正常男性;验证队列10例高血压和6例血压正常男性 | Fluidigm | 质谱流式, 单细胞RNA测序 | CyTOF, 10x Chromium | CyTOF用于先天免疫谱分析;10x Chromium用于单细胞RNA测序 |
| 1560 | 2026-05-05 |
Single-cell landscape of melanoma reveals ETV5-driven C3 ID4+ tumor subpopulation with extracellular vesicle-associated immunosuppressive and pro-metastatic potential
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1795778
PMID:42079653
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组分析,在黑色素瘤中鉴定出ETV5驱动的C3 ID4+肿瘤亚群,该亚群具有细胞外囊泡相关的免疫抑制和促转移潜力 | 首次通过单细胞转录组整合分析揭示ETV5作为关键转录调控因子驱动C3 ID4+肿瘤亚群,并阐明其通过TGF-β相关细胞间通讯和细胞外囊泡信号促进黑色素瘤进展和免疫逃逸的机制 | 缺乏大规模临床样本验证及功能实验的体内模型支持,且ETV5下游具体调控网络和细胞外囊泡的详细机制尚未完全解析 | 探究黑色素瘤中未分化的肿瘤亚群及其在恶性进展和免疫逃逸中的作用 | 10例I/III期黑色素瘤标本的肿瘤微环境和肿瘤异质性 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | CytoTRACE, CellChat, SCENIC, CRISPR/Cas9 | 单细胞转录组数据 | 10例I/III期黑色素瘤标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |