单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1541 - 1560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2025-10-05 |
A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624552
PMID:39605470
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研究论文 | 提出一种名为ZiPo的深度神经网络，用于去除单细胞RNA测序数据中的噪声 | 引入尺度不变损失项使权重稀疏化，提高模型生物学可解释性；结合文库大小预测和残差连接等新策略提升整体性能 | 处理时间与细胞数量成正比，未在大规模数据集上验证效率 | 解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器, 深度人工神经网络 | 基因表达数据 | 三个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1542 | 2025-10-05 |
FOXP Genes Regulate Purkinje Cell Diversity in Cerebellar Development and Evolution
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622485
PMID:39574602
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了FOXP基因在调节小脑浦肯野细胞多样性中的关键作用 | 首次在小鼠胚胎小脑中鉴定出11种浦肯野细胞亚型，并开发了新的无监督方法进行三维空间定位 | 研究主要集中于胚胎发育阶段，成年期的功能验证相对有限 | 探究浦肯野细胞异质性及其分子调控机制在小脑发育和进化中的作用 | 小鼠、人类和鸡的小脑浦肯野细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督学习方法 | 单细胞转录组数据 | 胚胎小鼠小脑浦肯野细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1543 | 2025-10-05 |
Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype
2024-11-05, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae153
PMID:39229899
|
研究论文 | 本研究探讨了表达Olfr2的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源 | 首次揭示Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，具有原位增殖能力并呈现促炎性泡沫样表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 研究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和细胞起源 | Apoe-/-小鼠主动脉中的Olfr2+巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术, 过继转移实验 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | Apoe-/-小鼠模型，WD喂养12周 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1544 | 2025-10-05 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性 | 首次结合无偏和靶向抗原发现方法，识别出识别EB病毒抗原和新型模拟表位的MS来源CD8+ T细胞克隆型 | 样本仅来自未接受治疗的MS患者，需要更大样本验证 | 探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性 | 多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液样本 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 未治疗MS患者和对照参与者队列（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1545 | 2025-10-05 |
Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response
2024-10-04, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843
PMID:39365874
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研究论文 | 本研究通过邻近标记技术识别了驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞 | 首次使用LIPSTIC单细胞转录组学技术追踪树突状细胞与T细胞的相互作用，揭示了肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中少数超活化树突状细胞的关键作用 | 未明确说明样本规模和研究模型的具体限制 | 探究树突状细胞在肿瘤免疫应答中的具体作用机制 | 树突状细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞 | 单细胞生物学 | 肿瘤免疫 | LIPSTIC邻近标记、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1546 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies interferon-inducible monocytes/macrophages as a cellular target for mitigating the progression of abdominal aortic aneurysm and rupture risk
2024-09-21, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae117
PMID:38836630
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞是减轻腹主动脉瘤进展和破裂风险的细胞靶点 | 首次通过单细胞RNA测序在腹主动脉瘤中发现独特的干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞亚群，并揭示其在疾病进展中的关键作用 | 研究基于AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，人类样本验证尚需进一步研究 | 探索腹主动脉瘤发展和进展中涉及的细胞类型和信号通路 | AngII灌注的ApoE-/-小鼠腹主动脉标本 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同病理特征的腹主动脉标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1547 | 2025-10-05 |
Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing
2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608852
PMID:39229107
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序检测人类结核肉芽肿中结核分枝杆菌的RNA转录本 | 在针对真核mRNA设计的单细胞RNA测序文库中成功捕获并分析了结核分枝杆菌的转录本，揭示了细菌转录本的序列变异模式 | 仅包含经医院病理实验室确认的结核感染患者的细菌序列数据，样本来源有限 | 探索结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的转录特征和序列变异 | 来自巴布亚新几内亚莫尔兹比港总医院结核病诊所患者的细针穿刺样本 | 数字病理 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 经抗酸显微镜和/或GeneXpert分析确认的结核感染患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序转录组学流程，使用poly-T引物在约30微米珠上启动mRNA扩增 |
| 1548 | 2025-10-05 |
Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603936
PMID:39071425
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荟萃分析 | 通过单细胞RNA测序荟萃分析揭示免疫疾病中基于趋化因子的细胞通讯机制 | 首次通过跨疾病跨组织的单细胞RNA测序荟萃分析系统揭示免疫细胞趋化与外渗模式 | 基于公开数据库的二次分析，受原始数据质量和覆盖范围限制 | 解析免疫疾病中细胞间通讯与免疫细胞迁移机制 | 多种免疫疾病患者组织样本（皮肤、肺、结肠、肾脏） | 生物信息学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 配体-受体相互作用分析 | 单细胞转录组数据 | 多种免疫疾病公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1549 | 2025-10-05 |
Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability
2023-12-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278144.123
PMID:37973195
|
研究论文 | 本研究通过分析小鼠单细胞转录组数据，发现细胞年龄能够解释年龄相关转录组变异的大部分差异 | 提出了一个新颖的启发式模型来解释不同细胞类型衰老速率差异的原因 | 研究仅基于小鼠数据，需要在人类和其他物种中进一步验证 | 理解为什么某些细胞类型的转录组会显示衰老迹象而其他细胞类型不会 | 小鼠多种组织和年龄的单细胞转录组数据 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 启发式模型 | 单细胞转录组数据 | 多种小鼠组织和年龄的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1550 | 2025-10-05 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织中不同病理区域的基因表达模式 | 首次在IPF肺组织中应用空间转录组学技术，揭示了组织学正常区域与纤维化区域的转录组差异 | 样本量相对有限(32例IPF患者和12例对照)，且仅使用福尔马林固定石蜡包埋组织 | 理解IPF肺组织不同病理区域的转录组差异及其分子机制 | 特发性肺纤维化患者和对照者的肺组织样本 | 空间转录组学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学，数字空间分析，免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据，组织图像数据 | 32例IPF患者和12例对照者，共231个感兴趣区域 | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling on FFPE tissue |
| 1551 | 2025-10-05 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-11-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
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研究论文 | 本研究构建了胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱 | 首次创建了包含192,203个细胞的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱，并提供了可视化工具和开放分析流程 | 研究样本主要来自人类供体，可能无法完全代表所有人群特征 | 建立胰岛细胞类型特异性基因表达的标准化参考资源 | 人类胰岛细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 192,203个细胞，来自65名供体（包括无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病患者） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1552 | 2025-10-05 |
CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data
2023-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201264
PMID:37294170
|
研究论文 | 开发了一种名为CIARA的聚类独立算法，用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标记基因 | 提出不依赖聚类的方法直接识别稀有细胞类型标记基因，可应用于多种单细胞组学数据类型 | NA | 开发识别稀有细胞类型标记基因的计算工具 | 单细胞测序数据中的稀有细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | CIARA算法 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1553 | 2025-10-05 |
The Genetic Landscape of Familial Pulmonary Fibrosis
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202204-0781OC
PMID:36622818
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研究论文 | 通过全外显子组测序和遗传分析对569个家族性肺纤维化家系进行综合遗传风险评估 | 定义了已知FPF相关基因中罕见变异的流行率，发现了新的候选基因和通路，并开发了跨家系评估罕见变异基因的工具 | 未能在多个家系中发现共享的新罕见变异基因，表明大多数FPF家系存在遗传异质性 | 探索家族性肺纤维化的遗传风险因素 | 569个家族性肺纤维化家系中的患病个体 | 遗传学 | 肺纤维化 | 全外显子组测序, 候选基因测序, 共分离分析, 基因负荷分析, 单细胞转录组学 | NA | 基因组测序数据, 转录组数据 | 569个FPF家系 | NA | 全外显子组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1554 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-seq methods to interrogate virus-host interactions
2023-01, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-022-00972-2
PMID:36414692
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综述 | 总结单细胞RNA测序技术及其在病毒-宿主相互作用研究中的应用 | 系统梳理了scRNA-seq技术在解析病毒基因组与宿主反应异质性、感染细胞与旁观者细胞差异反应及细胞间通讯网络方面的创新应用 | NA | 探讨单细胞RNA测序方法在病毒-宿主相互作用研究中的应用 | 病毒与宿主细胞的相互作用机制 | 自然语言处理 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1555 | 2025-10-05 |
Mouse primordial germ-cell-like cells lack piRNAs
2022-12-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.004
PMID:36473462
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和小RNA测序发现体外分化的小鼠原始生殖细胞样细胞缺乏piRNAs | 首次证明体外分化的第6天小鼠原始生殖细胞样细胞尚未建立功能性piRNA通路 | 研究仅关注第6天的mPGCLCs，未覆盖更长的分化时间点 | 探究小鼠原始生殖细胞样细胞中piRNA通路的发育状态 | 小鼠原始生殖细胞样细胞(mPGCLCs) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, 小RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 多个第6天mPGCLC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 小RNA-seq | NA | NA |
| 1556 | 2025-10-05 |
Comparative analysis of transcriptome remodeling in plaque-associated and plaque-distant microglia during amyloid-β pathology progression in mice
2022-Sep-24, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-022-02581-0
PMID:36153535
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研究论文 | 本研究通过激光捕获显微切割和RNA测序分析，比较了阿尔茨海默病小鼠模型中斑块相关和斑块远离小胶质细胞在疾病不同阶段的转录组重塑 | 首次结合细胞特异性激光捕获显微切割和RNA-seq技术，无预设地识别斑块相关和斑块远离小胶质细胞在疾病关键阶段的基因失调网络 | 研究基于小鼠模型，人类验证仅使用死后脑组织样本 | 揭示斑块相关和斑块远离小胶质细胞在阿尔茨海默病进展中的不同贡献 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的小胶质细胞亚群 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 激光捕获显微切割，RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 阿尔茨海默病小鼠模型在疾病早期、中期和晚期阶段的小胶质细胞样本 | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 1557 | 2025-10-05 |
Early-life gut microbiome maturity regulates blood-brain barrier and cognitive development
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2551879
PMID:40886152
|
研究论文 | 本研究通过将人类足月和早产婴儿肠道菌群移植至无菌孕鼠，揭示了早期肠道菌群成熟度通过调节血脑屏障完整性和突触信号基因表达影响认知发育的机制 | 首次证明早期肠道菌群成熟度通过调节血脑屏障通透性和脑细胞转录程序影响认知发育，并识别出相关的细菌种群和代谢物变化 | 研究基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证；样本规模有限 | 探究早期肠道菌群成熟度对血脑屏障发育和认知功能的影响机制 | 无菌孕鼠及其后代幼鼠 | 微生物组学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序,宏基因组学,代谢组学 | 动物模型 | 基因表达数据,代谢物数据,微生物组数据 | 多组无菌小鼠及其后代 | NA | 单细胞RNA测序,宏基因组测序,代谢组学分析 | NA | NA |
| 1558 | 2025-10-05 |
Completing spatial transcriptomics data for gene expression prediction benchmarking
2025-Dec, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2025.103754
PMID:40885036
|
研究论文 | 本文介绍了SpaRED标准化数据库和SpaCKLE基因表达补全模型，为空间转录组学数据提供了最全面的基因表达预测基准 | 提出了首个系统性整理的26个公共数据集数据库SpaRED，并开发了基于transformer的SpaCKLE模型，将均方误差降低82.5% | 未明确说明数据集的样本来源多样性及模型在临床环境中的验证情况 | 解决空间转录组学数据获取困难和基因表达数据丢失问题，建立标准化的基因表达预测基准 | 空间转录组学数据和组织学图像 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，深度学习 | transformer | 图像，基因表达数据 | 26个公共数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
| 1559 | 2025-10-05 |
Smpd3 regulates odontoblast differentiation through the Shh-Gli1 pathway
2025-Nov, Bone
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.bone.2025.117587
PMID:40639673
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研究论文 | 本研究揭示了Smpd3通过Shh-Gli1通路调控成牙本质细胞分化的分子机制 | 首次发现Smpd3在成牙本质细胞分化中的关键作用，并阐明其通过Shh信号通路调控牙本质形成的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类系统中验证 | 探究调控成牙本质细胞分化的分子机制 | 小鼠牙乳头细胞和牙胚 | 发育生物学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, siRNA干扰, 体外培养 | NA | 基因表达数据, 组织学图像 | 小鼠磨牙单细胞数据及体外培养细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1560 | 2025-10-05 |
Origin, functions, heterogeneity and associated diseases of B-1 cells
2025-Nov, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110561
PMID:40651736
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综述 | 本文综述了B-1细胞的起源、生物学功能及其在人类疾病中的作用 | 通过单细胞测序分析揭示了B-1细胞在特定病理生理特征下的异质性 | B-1细胞的起源尚未完全明确，存在两种假说 | 探讨B-1细胞的起源、功能和与疾病的关联 | B-1细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病，感染性疾病，炎症性疾病 | 单细胞测序分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |