单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1541	2025-07-12	Cancer-associated fibroblasts are associated with neo-adjuvant treatment response in oesophageal adenocarcinoma 2025-Jul-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03080-8 PMID:40640495	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管腺癌（EAC）新辅助治疗（NAT）反应中的作用	首次揭示了CAF在EAC新辅助治疗反应中的具体作用机制，并提出了一个两基因NAT纤维化特征作为独立的预后指标	体外模型仅能部分重现CAF表型，且样本量较小（26例患者）	探索肿瘤微环境（TME）中CAF对新辅助治疗反应的影响	食管腺癌患者及其肿瘤微环境中的CAF	数字病理学	食管腺癌	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	基因表达数据、病理数据	26例患者
1542	2025-07-12	Integrative multiomics elucidate crotonylation-associated GCDH in Parkinson's disease pathogenesis via metabolome remodeling 2025-Jul-10, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10151-x PMID:40640550	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了巴豆酰化相关基因GCDH通过代谢组重塑在帕金森病发病机制中的作用	首次将孟德尔随机化框架与中介分析相结合，系统阐明了巴豆酰化相关基因与帕金森病之间的因果关系及代谢物介导的机制	研究主要基于公开数据库的遗传和转录组数据，缺乏实验验证	探究巴豆酰化修饰在帕金森病发病机制中的作用	巴豆酰化相关基因（特别是GCDH）及其介导的代谢物	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化(MR)、中介分析、单细胞转录组分析	NA	遗传数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	来自eQTLGen数据集和GEO数据库的公开数据
1543	2025-07-12	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Hair Cell-Specific Molecular Responses to Polystyrene Nanoplastics in a Zebrafish Embryo Model 2025-Jul-10, Biotechnology and applied biochemistry IF:3.2Q2 DOI:10.1002/bab.70028 PMID:40641182	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼胚胎中毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料的特异性分子响应	首次在斑马鱼胚胎模型中利用单细胞RNA测序技术研究聚苯乙烯纳米塑料对毛细胞的分子影响	研究仅关注了斑马鱼胚胎模型，未涉及其他生物或发育阶段	评估聚苯乙烯纳米塑料对水生生态系统的潜在毒理学影响	斑马鱼胚胎	环境毒理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼胚胎样本
1544	2025-07-12	Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure 2025-Jul-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00655-25 PMID:40488537	综述	本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其对治愈HIV的潜在贡献	强调了单细胞测序、染色质可及性检测和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和持久性方面的创新应用	未提及具体实验样本量或技术实施的具体限制	深入理解HIV病毒库的特性，以设计针对性干预措施	HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和其他长寿细胞如巨噬细胞	生物医学研究	HIV感染	单细胞测序、染色质可及性检测、多组学技术	NA	单细胞基因表达数据、染色质可及性数据	NA
1545	2025-07-12	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jul-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	通过靶向单细胞表达谱分析，识别了睡眠与代谢状态整合的关键神经元	首次在果蝇中利用单细胞测序技术鉴定出响应饥饿状态的LHLK神经元转录变化，并发现多个调控睡眠-代谢互作的新基因	研究仅聚焦于果蝇的LHLK神经元，在哺乳动物中的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	24小时饥饿处理与正常喂养的果蝇LHLK神经元对比
1546	2025-07-12	Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus 2025-Jul-09, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04205-9 PMID:40629343	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和脑部MRI扫描，探讨了干燥综合征（SS）与脑皮质结构变化之间的遗传因果关系	首次使用孟德尔随机化方法揭示SS与脑结构变化的遗传因果关系，并识别出相关基因和细胞类型	样本量有限，且仅针对治疗初治的SS患者	探究干燥综合征对脑皮质结构的影响及其潜在机制	干燥综合征患者及其脑皮质结构变化	神经科学	干燥综合征	孟德尔随机化(MR), GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, MRI	逆方差加权(IVW), MR-Egger, 加权中位数(WM)	基因组数据, 影像数据, 转录组数据	一组治疗初治的SS患者
1547	2025-07-12	Identification of a novel ferroptosis-induced immunogenic cell death related signature based on a machine learning framework in colorectal cancer 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03147-1 PMID:40632358	研究论文	该研究基于机器学习框架，在结直肠癌中鉴定了一种新型铁死亡诱导的免疫原性细胞死亡相关特征	首次整合铁死亡和免疫原性细胞死亡（F-ICD）的特征，开发了预测结直肠癌预后和肿瘤免疫环境的有价值模型	研究依赖于机器学习算法的预测性能，且外部验证数据集的AUC值较低（0.61和0.58）	探索铁死亡和免疫原性细胞死在结直肠癌中的联合调控效应及其预后价值	结直肠癌患者样本中的免疫细胞（NK细胞、T细胞和部分B细胞）	机器学习	结直肠癌	单细胞转录组学分析、WGCNA分析、DESeq2差异分析	RSF算法	转录组数据	三个数据集（具体样本数量未明确说明）
1548	2025-07-12	Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03018-9 PMID:40632369	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序数据，建立了一个评估卵巢癌肿瘤微环境中免疫浸润的客观模型	首次在单细胞水平上结合机器学习模型评估卵巢癌的免疫浸润状态，并识别出与免疫浸润相关的关键基因特征	研究未进行临床试验验证，且依赖于公共数据库的数据	为卵巢癌的个体化免疫治疗提供客观评估工具	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	RandomForest, SVM	基因表达数据	来自多个公共数据库的卵巢癌样本，包含不同组织学亚型和免疫浸润水平
1549	2025-07-12	Therapeutic targeting of FOSL1 and RELA-dependent transcriptional mechanisms to suppress pancreatic cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07810-x PMID:40634284	研究论文	该研究揭示了炎症和致癌信号通路如何协同作用驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的新机制，并探讨了糖皮质激素受体激动剂在抑制肿瘤细胞迁移中的治疗潜力	发现了TNFα和EGF信号通过激活NF-κB和AP-1转录因子共同调控PDAC细胞迁移的新机制，并首次证明GR混合激动剂可通过抑制NF-κB转录活性显著减少PDAC细胞迁移	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床患者中进行验证	探索炎症和致癌信号通路对PDAC转移的表观遗传调控机制，并寻找潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序，体外和体内模型	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
1550	2025-07-12	Triggering AHR resolves TGF-β1 induced fibroblast activation and promotes AT1 cell regeneration in alveolar organoids 2025-Jul-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08446-5 PMID:40634525	研究论文	本研究通过3D器官培养和高通量筛选，发现激活AHR可以促进AT1细胞再生并减少TGF-β1诱导的成纤维细胞活化	首次使用高通量筛选系统鉴定出能促进AT1细胞分化的化合物，并揭示AHR激活在对抗TGF-β1信号通路中的作用	研究仅在体外3D器官培养模型中进行，尚未在体内模型或临床环境中验证	探索在病理条件下促进肺泡上皮再生的方法	肺泡上皮细胞（AT2和AT1细胞）和成纤维细胞	细胞生物学	肺纤维化间质性肺病	3D器官培养, 高通量筛选(HTS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	3D器官模型	基因表达数据	约16,800种化合物进行筛选
1551	2025-07-12	Liver-specific expression of ANGPTL8 promotes Alzheimer's disease progression through activating microglial pyroptosis 2025-Jul-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03487-3 PMID:40634935	研究论文	研究揭示了肝脏特异性表达的ANGPTL8通过激活小胶质细胞焦亡促进阿尔茨海默病进展的机制	首次发现ANGPTL8通过PirB/NLRP3通路加剧小胶质细胞焦亡，从而加速AD发病	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肝脏分泌因子ANGPTL8在阿尔茨海默病进展中的作用机制	ANGPTL8基因敲除小鼠和5×FAD转基因小鼠	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、透射电子显微镜	小鼠疾病模型	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	ANGPTL8-/-小鼠和5×FAD小鼠杂交群体
1552	2025-07-12	Distinct roles of HMOX1 on tumor epithelium and macrophage for regulation of immune microenvironment in ovarian cancer 2025-Jul-09, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002829 PMID:40638251	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关因子HMOX1在卵巢癌免疫微环境调控中的双重作用	揭示了HMOX1在肿瘤上皮细胞和巨噬细胞中的不同作用及其通过不同信号通路调控免疫微环境的机制	仅针对卵巢癌进行研究，未涉及其他癌症类型	阐明铁死亡相关因子在免疫微环境调控中的作用	卵巢癌样本中的肿瘤上皮细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq, 免疫组化, western blot, mIHC	小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	来自TCGA、GTEx、GEO数据库的卵巢癌样本及小鼠模型
1553	2025-07-12	Chronic cerebral hypoperfusion induces venous dysfunction via EPAS1 regulation in mice 2025-Jul-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61614-3 PMID:40628749	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了慢性脑低灌注通过EPAS1调控诱导静脉功能障碍的机制	首次发现EPAS1在静脉细胞中的特异性激活及其与脑血管异常的关联	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探究脑血管损伤导致血管性痴呆的分子机制	小鼠皮层血管细胞和人类血管内皮细胞	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组测序、活体成像	小鼠双侧颈总动脉狭窄模型	基因表达数据、影像数据	小鼠模型及人类血管内皮细胞样本
1554	2025-07-12	Identifying propionate metabolism-related genes as biomarkers of sepsis development and therapeutic targets 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06463-2 PMID:40628770	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者和健康对照者外周血单个核细胞中丙酸代谢的差异，并构建脓毒症诊断模型	首次将丙酸代谢相关基因作为脓毒症发展的生物标志物和治疗靶点进行研究，并使用机器学习构建诊断模型	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探索丙酸代谢在脓毒症中的作用机制，并开发诊断模型	脓毒症患者和健康对照者的外周血单个核细胞	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	LASSO, XGBoost, CatBoost, NGBoost	RNA-seq数据	NA
1555	2025-07-12	Thioredoxin regulates T cell proliferation and aggravates the severity of influenza a virus infection 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10676-w PMID:40629048	研究论文	该研究通过多组学方法鉴定了TXN作为T细胞增殖的关键靶基因，并阐明了其与甲型流感病毒(IAV)感染的密切关联	首次将TXN鉴定为IAV感染期间T细胞增殖的靶基因，并提出了T细胞死亡新机制的非凋亡形式假说	未明确解释IAV感染后T细胞发育是否受到负调控	探究IAV感染期间T细胞的免疫变化及相关靶基因	甲型流感病毒(IAV)感染过程中的T淋巴细胞	免疫学	流感	转录组分析、单细胞转录组分析、差异分析、WGCNA、Friends分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
1556	2025-07-12	CAF-derived GLUT1 and its role in modulating ovarian cancer progression: a multi-dimensional analysis of the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08380-6 PMID:40629043	研究论文	本研究通过多维分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中GLUT1在卵巢癌微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	首次发现GLUT1在CAFs中的高表达并通过TGF-β1/p38/MMP2/MMP9通路促进卵巢癌细胞增殖和迁移，同时利用单细胞RNA测序和3D生物打印模型验证了这一机制	研究主要基于体外模型和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证	探究CAFs中葡萄糖代谢重编程在卵巢癌进展中的作用机制	卵巢癌微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	卵巢癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、3D生物打印	3D生物打印模型	RNA测序数据、生物信息学数据	NA
1557	2025-07-12	Single-cell analysis links DCUN1D5 to immune remodeling and cisplatin resistance in recurrent osteosarcoma 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08409-w PMID:40629059	研究论文	通过单细胞分析揭示了DCUN1D5在复发性骨肉瘤中的免疫重塑和顺铂耐药性中的作用	首次将DCUN1D5基因与骨肉瘤的免疫微环境重塑和顺铂耐药性联系起来，并发现其通过外泌体影响破骨细胞前体成熟	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究骨肉瘤复发和顺铂耐药的机制，特别是从肿瘤微环境的角度	复发性骨肉瘤及其微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	整合了多个单细胞RNA测序数据集（具体样本量未明确说明）
1558	2025-07-12	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of vestibular schwannoma 2025-Jul-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01028-y PMID:40629113	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了前庭神经鞘瘤的细胞异质性	发现了一种富含VEGFA的施万细胞亚型，并通过空间转录组学验证了其存在，同时构建了前庭神经鞘瘤组织的初步细胞图谱	样本量较小（3个单细胞RNA测序样本和2个空间转录组样本），可能影响结果的普遍性	探索前庭神经鞘瘤的发展和空间异质性机制	前庭神经鞘瘤组织	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	3个单细胞RNA测序样本（VS1-3）和2个空间转录组样本（VS_S1-2）
1559	2025-07-12	Mechanistic study of CTHRC1 in promoting Wilms' tumor progression by regulating M2-type tumor-associated macrophages polarization 2025-Jul-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06752-4 PMID:40629408	研究论文	本研究探讨了CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用及其通过调节M2型肿瘤相关巨噬细胞极化的分子机制	揭示了CTHRC1通过TNFSF9-TNFRSF9轴调控M2-TAMs极化的新机制，并发现M2-TAMs通过激活PI3K/Akt通路促进Wilms瘤进展	未明确说明样本量大小及具体实验条件限制	探究CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用机制	Wilms瘤组织和M2型肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	Wilms瘤	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、免疫荧光、转录组测序	异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织切片图像	NA
1560	2025-07-12	SUMO-activating enzyme subunit 1 (SAE1) promotes non-small cell lung cancer metastasis by promoting the epithelial-mesenchymal transition through the SUMOylation of N-cadherin 2025-Jul-08, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2662-y PMID:40643801	研究论文	本研究揭示了SUMO激活酶亚基1（SAE1）通过SUMO化N-钙黏蛋白促进非小细胞肺癌转移的机制	首次发现SAE1通过SUMO化N-钙黏蛋白促进上皮-间质转化（EMT），从而推动非小细胞肺癌的转移	未明确SAE1在其他类型癌症中的作用，临床样本量有限	探究SAE1在非小细胞肺癌转移中的作用机制	非小细胞肺癌细胞及患者痰液样本	癌症生物学	非小细胞肺癌	蛋白表达谱分析、单细胞测序、痰液薄片技术	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据、临床样本数据	非小细胞肺癌组织样本及患者痰液样本（数量未明确）