单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 1541 - 1560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2025-04-03 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Developmental Landscape of Wheat Roots
2025-May, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15321
PMID:39763237
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示小麦根尖细胞的转录组异质性和细胞类型组成 | 首次报道了小麦中国春品种根尖单细胞的转录组，定义了细胞类型特异性标记基因，并重建了干细胞微环境、近端分生组织和分生组织的发育轨迹 | 研究仅针对小麦中国春品种，可能无法完全代表其他小麦品种 | 解析小麦根尖细胞的转录组异质性和发育轨迹 | 小麦中国春品种的根尖单细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 小麦中国春品种的根尖单细胞 |
| 1542 | 2025-04-03 |
Glycolysis-Derived Lactate Induces ACSL4 Expression and Lactylation to Activate Ferroptosis during Intervertebral Disc Degeneration
2025-Apr-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416149
PMID:40171826
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研究论文 | 本研究揭示了糖酵解衍生的乳酸通过促进ACSL4表达和乳酰化激活铁死亡在椎间盘退变中的作用机制 | 首次阐明乳酸通过组蛋白H3K18乳酰化促进ACSL4转录，并通过K412位点乳酰化激活铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞和动物实验，临床转化应用仍需进一步验证 | 探究椎间盘退变过程中髓核细胞的代谢变化及乳酸的作用机制 | 髓核细胞(NPCs) | 细胞生物学 | 椎间盘退变(IVDD) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，腺相关病毒9(AAV9)基因沉默 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1543 | 2025-04-03 |
Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection
2025-Apr-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501112
PMID:40171827
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研究论文 | 本文探讨了钙蛋白酶-2在内皮细胞粘附破坏中的作用及其与胸主动脉夹层（TAD）的关系 | 首次揭示了钙蛋白酶-2通过调节内皮粘附蛋白在TAD早期病理过程中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步研究 | 阐明胸主动脉夹层早期发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 胸主动脉夹层患者样本和小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 胸主动脉夹层 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 患者单细胞RNA测序数据及小鼠模型 |
| 1544 | 2025-04-03 |
Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis
2025-Apr-02, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-025-01416-6
PMID:40172742
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研究论文 | 本研究通过多组学和孟德尔随机化方法，探讨了骨关节炎（OA）与衰老之间的潜在联系和分子机制 | 整合单细胞RNA测序、批量RNA测序数据、孟德尔随机化、共定位分析和细胞功能分析，揭示了单核细胞在OA和衰老中的关键作用，并鉴定了与OA有因果关系的四个关键标记基因 | 研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证 | 探索OA与衰老之间的潜在联系和分子机制 | OA患者、衰老患者和对照组的单核细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 孟德尔随机化, 共定位分析 | NA | RNA测序数据 | OA、衰老和对照组的scRNA-seq数据 |
| 1545 | 2025-04-03 |
Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia
2025-Apr, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10831-2
PMID:39688759
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研究论文 | 本研究首次描述了LGR5/LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达，并探讨了它们在先兆子痫和胎儿生长受限中的失调 | 首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点，并揭示其与先兆子痫和胎儿生长受限的关联 | 缺氧/促炎细胞因子处理未显著改变LGR5/LGR4表达，可能限制了对其在胎盘功能不全发病机制中作用的深入理解 | 探究LGR5/LGR4及其信号伴侣在胎盘中的表达及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的作用 | 人类胎盘组织、滋养层干细胞(hTSCs)及单细胞转录组数据 | 分子生物学 | 先兆子痫、胎儿生长受限(FGR) | 原位杂交、单细胞转录组测序、RNA测序 | NA | mRNA表达数据、单细胞转录组数据 | 胎盘样本：早期先兆子痫(n=81)、晚期先兆子痫(n=20)、FGR(n=34)及对照组(n=19-33) |
| 1546 | 2025-04-03 |
Genome-Scale Metabolic Modeling of Human Pancreas with Focus on Type 2 Diabetes
2025-Apr, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1089/omi.2024.0211
PMID:40068171
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和通用Human1模型，生成了非糖尿病和2型糖尿病状态下胰腺α、β、δ和PP细胞的基因组尺度代谢模型，并在单细胞分辨率下进行了代谢活动分析 | 首次在单细胞分辨率下构建了胰腺细胞的基因组尺度代谢模型，并研究了2型糖尿病状态下的代谢变化 | 研究主要基于计算模型，需要进一步的实验验证 | 深入理解2型糖尿病的病理生理学并发现新的分子靶点 | 人类胰腺α、β、δ和PP细胞 | 计算生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序、基因组尺度代谢建模、通量平衡分析 | Human1模型 | RNA测序数据 | NA |
| 1547 | 2025-04-03 |
Cxcr3 promotes protection from colorectal cancer liver metastasis by driving NK cell infiltration and plasticity
2025-Apr-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI184036
PMID:40168086
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research paper | 研究探讨了CXCR3在促进自然杀伤细胞（NK细胞）在结直肠癌肝转移中的保护作用及其机制 | 揭示了CXCR3通过驱动NK细胞浸润和可塑性在结直肠癌肝转移中的保护机制，并发现CXCR3/配体轴在促进巨噬细胞依赖性NK细胞积累和功能维持中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未探讨CXCR3在其他癌症类型中的普遍性 | 探究NK细胞在结直肠癌肝转移中的抗肿瘤机制 | NK细胞、巨噬细胞、结直肠癌肝转移微环境 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | scRNA-seq、抗体介导的巨噬细胞耗竭 | MC38小鼠模型、SL4诱导的CRC转移模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 小鼠模型和已发表的未治疗CRC患者scRNA-seq数据集 |
| 1548 | 2025-04-03 |
Pitaya stem polysaccharide promotes wound healing by modulating macrophage polarization via single-cell RNA sequencing evidence
2025-Mar-28, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142653
PMID:40158567
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研究论文 | 研究火龙果茎多糖通过调节巨噬细胞极化促进伤口愈合的作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示火龙果茎多糖（PSP）通过调节巨噬细胞M2/M1极化促进伤口愈合的分子机制 | 研究仅关注了PSP对巨噬细胞极化的影响，未探讨其对其他免疫细胞或组织修复细胞的作用 | 探究火龙果茎多糖（PSP）对伤口愈合的促进作用及其机制 | 皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞 | 生物医学 | 皮肤创伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，但涉及体内伤口愈合实验 |
| 1549 | 2025-04-03 |
Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals
2025-Mar-28, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898
PMID:40168796
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研究论文 | 评估依那西普（一种TNF抑制剂）在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制 | 首次通过单细胞测序分析老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并发现依那西普通过抑制血小板因子4和TNF-α缓解症状 | 样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究 | 探索老年COVID-19患者的治疗选择，特别是针对自身免疫样表现的治疗 | 老年COVID-19患者 | NA | COVID-19 | 单细胞测序、分子对接 | NA | 临床指标、转录组数据 | 7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体 |
| 1550 | 2025-04-03 |
Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis
2025-Mar-27, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00631-0
PMID:40148878
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研究论文 | 通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点 | 整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性 | 研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认 | 识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会 | 与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因 | 生物信息学 | 急性肾损伤 | GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析 | NA | 遗传数据, 转录组数据 | 涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明 |
| 1551 | 2025-03-22 |
Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus
2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148
PMID:40113031
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1552 | 2025-04-03 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 介绍了一种基于图神经网络的细胞分割工具segger，用于提高成像空间转录组学数据中转录本分配的准确性和效率 | 提出了一种基于异构图表示的图神经网络方法，将细胞分割任务转化为转录本到细胞的链接预测问题，并能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配 | 未明确提及具体局限性 | 提高成像空间转录组学数据中细胞分割的准确性和效率 | 成像空间转录组学数据中的细胞和转录本 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | 多个Xenium数据集基准测试 |
| 1553 | 2025-04-03 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-13, ArXiv
PMID:39606715
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研究论文 | 提出了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释分析，通过深度混合效应自编码器实现批次效应的可视化 | scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，并能预测细胞在不同批次中的表达 | 未明确提及具体局限性 | 解决单细胞RNA测序数据中批次效应的量化与建模问题，提升数据解释性和分析准确性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | scRNA-seq | 深度混合效应自编码器（包括对抗自编码器和贝叶斯自编码器） | 单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本量 |
| 1554 | 2025-04-03 |
Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics
2025-Mar, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287595
PMID:40077928
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research paper | 该研究基于单细胞转录组数据开发了心脏内神经系统神经元电生理的计算模型库 | 首次利用单细胞转录组数据构建心脏内神经系统神经元的电生理模型，填补了分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白 | 模型依赖于转录组数据的阈值选择，可能影响离子通道组合的准确性 | 研究心脏内神经系统在心脏调节和病理中的功能作用 | 心脏内神经系统（ICNS）神经元 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 神经元电生理模型 | 转录组数据 | NA |
| 1555 | 2025-04-03 |
Myeloid-derived suppressor cell inhibits T-cell-based defense against Klebsiella pneumoniae infection via IDO1 production
2025-Mar, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012979
PMID:40096073
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研究论文 | 本研究探讨了高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）感染通过IDO1产生抑制T细胞防御的机制 | 首次揭示了hvKp感染通过促进色氨酸代谢和IDO1产生增强MDSCs的免疫抑制活性，从而抑制T细胞防御的机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证 | 探究hvKp感染导致高死亡率的机制，并开发新的免疫治疗策略 | 高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）和髓系来源的抑制细胞（MDSCs） | 免疫学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | 小鼠菌血症模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本量，但使用了小鼠模型 |
| 1556 | 2025-04-03 |
Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells
2025-Mar, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013
PMID:40160807
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research paper | 研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果 | 首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验 | 阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果 | 椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠 | NA | 椎间盘退变 | 单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色 | 大鼠椎间盘退变模型 | 分子生物学数据、影像学数据 | NA |
| 1557 | 2025-04-03 |
Exploring the regulatory role of CNPY3 as a prognostic biomarker on human glioma cell migration, invasion and immune infiltration
2025-Mar, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251328162
PMID:40171811
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research paper | 本研究探讨了CNPY3作为预后生物标志物在人类胶质瘤细胞迁移、侵袭和免疫浸润中的调控作用 | 首次揭示了CNPY3在胶质瘤中的调控作用及其与免疫微环境和预后的关联 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索CNPY3在胶质瘤中的调控机制及其作为预后生物标志物的潜力 | 人类胶质瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 胶质瘤 | 生物信息学分析、COX回归分析、GO分析、KEGG分析、TIMER、CIBERSORT、Pearson相关分析、GSVA分析、单细胞测序、细胞划痕实验、transwell实验 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | 公共数据库中的胶质瘤样本及U87MG细胞系 |
| 1558 | 2025-04-03 |
Cross-cellular analysis of chromatin accessibility markers H3K4me3 and DNase in the context of detecting cell-identity genes: An "all-or-nothing" approach
2025-Feb, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720025400025
PMID:40169369
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研究论文 | 本研究探讨了染色质可及性标记H3K4me3和DNase在不同细胞系中与细胞特异性基因状态关联的可能性，并提出了一种称为跨细胞染色质开放性（CCO）水平的测量方法 | 提出了一种新的测量方法CCO水平，用于预测基因的必要性状态，并与现有的scRNA-Seq和bulk RNA-Seq方法进行了比较 | 数据可能难以获取，特别是对于全新的生物样本 | 研究染色质可及性标记与细胞特异性基因状态之间的关联 | 染色质可及性标记H3K4me3和DNase，以及细胞特异性基因 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq, bulk RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1559 | 2025-04-03 |
A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing
2025-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84323-1
PMID:39870652
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研究论文 | 开发了一种名为OmicSense的定量预测方法，利用全组学数据进行生物传感预测 | 使用混合高斯分布作为概率分布，提高了对多维和噪声数据的鲁棒性，并优先利用网络中的中心节点 | 未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求 | 开发一种能够充分利用组学数据进行生物标志物预测的定量方法 | 转录组、代谢组和微生物组数据集 | 机器学习 | NA | 全组学数据分析 | 混合高斯分布模型 | 转录组、代谢组和微生物组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 1560 | 2025-04-03 |
Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86052-5
PMID:39814835
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研究论文 | 本研究探讨了嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联 | 揭示了嘧啶代谢相关基因在前列腺癌P2亚组中的显著上调，以及其与免疫细胞调控和药物敏感性的潜在联系 | NA | 研究嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其治疗意义 | 前列腺癌样本 | NA | 前列腺癌 | 转录组和单细胞RNA测序分析 | NA | 转录组数据 | NA |