单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 41493 篇文献，本页显示第 1541 - 1560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2026-06-25 |
Transcriptional and functional profiling reveals unique activation of Adapter CAR T cells in acute myeloid leukemia
2026-Jun-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08461-y
PMID:42316369
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研究论文 | 本文通过功能分析和单细胞RNA测序系统研究了急性髓系白血病模型中适配体浓度对适配体CAR T细胞激活、转录状态和功能的影响，并鉴定出关键基因特征 | 首次系统揭示了适配体浓度如何调控适配体CAR T细胞的激活动力学、转录状态和代谢重编程，并识别出跨不同适配体和靶细胞的标志基因特征 | 未提及具体限制 | 阐明适配体浓度对适配体CAR T细胞反应的调控机制，为优化适配体剂量以增强可调控CAR T细胞疗法的安全性和有效性提供见解 | 适配体CAR T细胞和急性髓系白血病模型 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 1542 | 2026-06-25 |
Single-cell transcriptome profiling of primordial germ cells reveals differences between right and left gonads in chickens
2026-Jun-10, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2026.107247
PMID:42335766
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示鸡胚胎左右性腺中原始生殖细胞的差异 | 首次在单细胞水平上揭示了鸡胚左右性腺原始生殖细胞在早期分化阶段的转录差异，并发现从DNA损伤/细胞周期程序到衰老相关程序的阶段性转变以及右侧特有的NOTCH信号相互作用 | 仅分析了两个发育时间点（HH29和HH34），缺乏更早或更晚时间点的动态变化数据；qPCR验证仅限于部分基因，缺乏功能验证实验 | 探究雌性鸡胚左右性腺中原始生殖细胞在早期性腺分化过程中的差异及其调控机制 | 雌性鸡胚左右性腺中的原始生殖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序、qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | HH29和HH34阶段的雌性鸡胚左右性腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1543 | 2026-06-25 |
Multi-Dimensional Transcriptomics Reveals the Prominent Role of Neuroinflammation in Alzheimer's Disease
2026-Jun-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27115020
PMID:42278544
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综述文章 | 本文综述了多组学转录组学技术在揭示阿尔茨海默病神经炎症中的关键作用 | 系统性地整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术，刻画了阿尔茨海默病神经炎症的细胞和分子图谱，揭示了微胶质细胞和星形胶质细胞的状态特异性转变及区域异质性 | 仅基于现有研究进行综述，未提出新实验数据 | 探讨阿尔茨海默病中神经炎症的机制，概述单细胞和空间组学平台的技术演进与比较能力 | 阿尔茨海默病动物模型和人类脑组织样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 1544 | 2026-06-25 |
Identification of Polyamine Metabolism-Related Biomarkers in Psoriasis: A Study Based on Transcriptomics and Single-Cell Sequencing
2026-Jun, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70289
PMID:42223029
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research paper | 基于转录组学和单细胞测序技术鉴定银屑病中多胺代谢相关生物标志物 | 首次综合运用转录组学与单细胞RNA测序技术，结合多种机器学习算法和诊断列线图，系统鉴定出五个多胺代谢相关基因（PSME2、PSMB5、PSMC4、PSMB10和SMOX）作为银屑病的新型生物标志物，并深入揭示其在树突状细胞分化中的动态表达 | 研究主要基于公开数据集和体外实验验证，缺乏临床样本的进一步验证及多中心研究支持 | 鉴定银屑病中多胺代谢相关基因作为生物标志物并阐明其机制 | 银屑病患者的皮肤组织样本及相关细胞类型 | machine learning | psoriasis | RNA-seq, scRNA-seq | CNN | transcriptomics, single-cell sequencing data | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1545 | 2026-06-25 |
Exploring the potential targets and mechanisms of artemisinin in the treatment of diabetic kidney disease using network pharmacology and molecular docking
2026-Jun-01, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-01894-0
PMID:42223693
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研究论文 | 利用网络药理学和分子对接技术探索青蒿素治疗糖尿病肾病（DKD）的潜在靶点与机制 | 首次通过网络药理学、转录组数据、三种机器学习算法及单细胞测序分析，识别出FLT1为青蒿素治疗DKD的关键靶点，并通过体外实验验证了青蒿素通过恢复FLT1表达缓解高糖诱导的肾小球内皮细胞损伤 | 研究仅限于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证；FLT1的上下游信号通路机制尚未完全阐明 | 探讨青蒿素对DKD的潜在治疗作用及其分子机制 | 人肾小球内皮细胞（HRGECs）在高糖损伤模型下的反应 | 机器学习, 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 网络药理学, 分子对接, RNA-seq, 单细胞测序, Western blot, MTT, TUNEL, ELISA | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 64个共同靶点；人类肾小球内皮细胞（HRGECs） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1546 | 2026-06-25 |
The role of stem cells in pituitary tumour formation
2026-Jun-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-26-0171
PMID:42227347
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综述 | 总结干细胞在垂体肿瘤形成中的作用及当前研究证据 | 系统总结垂体干细胞和肿瘤干细胞样群体在垂体肿瘤生物学中的潜在作用，包括肿瘤起始、维持和进展，并提供了已发表的单细胞RNA测序研究的策划概述 | 研究证据主要来自有限的动物模型和体外实验，缺乏大规模临床验证 | 阐明垂体干细胞在垂体肿瘤形成中的作用及转化意义 | 垂体干细胞和肿瘤干细胞样群体 | 机器学学习 | 垂体肿瘤 | NA | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1547 | 2026-06-25 |
CCR5+ CD8+ T Cells Are Associated with Poor Response to PD-1 Blockade Therapy
2026-May-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27114963
PMID:42278489
|
研究论文 | 分析了非小细胞肺癌和黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据，发现CCR5+ CD8+ T细胞与PD-1阻断疗法的不良反应相关 | 首次系统揭示了CCR5+ CD8+ T细胞的转录组特征与PD-1/PD-L1阻断疗法低应答率之间的关联，并识别了CCL3/4-CCR5轴作为候选通路 | 基于公开数据集的分析，需要进一步的空间、功能和实验验证来确认CCL3/4-CCR5轴的作用机制 | 探究趋化因子受体表达与PD-1阻断疗法反应性之间的关联 | 非小细胞肺癌和黑色素瘤患者队列中的CD8+ T细胞，以及肝细胞癌和结直肠癌数据集的探索性分析 | 机器学习 | 非小细胞肺癌, 黑色素瘤, 肝细胞癌, 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 公开数据集中非小细胞肺癌和黑色素瘤患者样本，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1548 | 2026-06-25 |
The role of the sex determination cascade in the development of caste polyphenisms
2026-May-29, Current opinion in insect science
IF:5.8Q1
DOI:10.1016/j.cois.2026.101551
PMID:42217621
|
综述 | 综述性决定级联在蜜蜂和蚂蚁等社会性昆虫的等级多态性发展中的作用 | 强调性决定通路与胰岛素和保幼激素信号等保守发育通路的整合，以及选择性剪接和时空基因表达在调控塑性表型中的关键作用 | 研究偏向蜜蜂和雌性，缺乏对无刺蜂、社会寄生蜂和雄性等代表性不足群体的比较进化发育框架，知识空白显著 | 理解性决定级联如何调控等级分化，以及发育可塑性如何驱动与社会复杂性相关的等级特异性特征的进化 | 蚂蚁和蜜蜂，特别是corbiculate蜜蜂 | 机器学习 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 长读长转录组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 1549 | 2026-06-25 |
CCL19+ fibroblasts define a proliferative niche in chronic lymphocytic leukemia
2026-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.15.623868
PMID:42244527
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了CCL19+成纤维细胞在慢性淋巴细胞白血病增殖中心中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序管道深入表征反应性和CLL淋巴结，发现CCL19+成纤维细胞形成特异性的增殖微环境，并识别出多个关键的配体-受体相互作用 | 未明确说明 | 深入表征慢性淋巴细胞白血病淋巴结的细胞组成和微环境特征，揭示增殖中心的功能机制 | 慢性淋巴细胞白血病患者的淋巴结和反应性淋巴结 | 自然语言处理 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序管道 |
| 1550 | 2026-06-25 |
A direct SCN-to-DMH output pathway organizes circadian behavioral timing
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.21.726959
PMID:42239300
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研究论文 | 本研究结合多种技术手段，鉴定并验证了从视交叉上核（SCN）到背内侧下丘脑（DMH）的直接输出通路在组织昼夜行为节律中的关键作用 | 首次通过联合神经元消融、局部分子时钟破坏、逆行追踪、单细胞RNA测序和交叉光遗传学技术，明确鉴定出SCN中一群分子特性独特的神经元直接投射至DMH，并证明该通路足以驱动昼夜运动节律的组织 | 未能阐明DMH下游如何进一步将信号传递给控制实际行为输出的运动系统，且SCN-DMH通路在调节非运动行为（如进食、睡眠）中的具体作用尚待探索 | 解析SCN如何将通过时间维持信号传递至下游脑区以组织昼夜行为节律 | 小鼠的视交叉上核（SCN）和背内侧下丘脑（DMH） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1551 | 2026-06-25 |
Transient cell states encode positional information to direct asymmetric growth
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.21.726925
PMID:42239415
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研究论文 | 利用空间单细胞转录组学和多组学揭示顶部钩中瞬时细胞状态编码位置信息并指导不对称生长 | 发现了顶部钩中先前未被识别的瞬时细胞状态群体，并确定GATA2作为通过赤霉素信号促进细胞伸长的中心调节因子 | NA | 研究组织如何从时空限制信号中生成不对称生长的机制 | 植物顶部钩及其中细胞状态 | 机器学习 | NA | 空间单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1552 | 2026-06-25 |
scMVAF: a multi-view adaptive fusion clustering approach for single-cell RNA-sequencing data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf169
PMID:42218719
|
研究论文 | 提出了一种针对单细胞RNA测序数据的多视图自适应融合聚类方法scMVAF，通过整合多个细胞视图的特征信息以学习更具判别性的嵌入表示，从而提升聚类性能 | 首次在多视图框架中结合基于去噪零膨胀负二项模型的自编码器与多视图融合模块，自动从不同细胞视图中学习统一特征空间，并通过伪标签迭代优化嵌入表示 | 未明确说明数据集规模限制或对高噪声数据的鲁棒性边界，且方法依赖于下采样特征生成视图，可能丢失部分全局信息 | 解决单细胞RNA-seq数据高维稀疏、含零计数误差导致的聚类难题，通过多视图信息融合提升细胞亚群识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器（基于去噪零膨胀负二项模型） | 基因表达数据 | 16个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1553 | 2026-06-25 |
USADAE: a deep learning approach to disentangle hidden covariates in RNA-seq data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag261
PMID:42218722
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研究论文 | 提出一种名为USADAE的深度学习框架，用于在RNA-seq数据中分离隐藏协变量与生物信号 | 利用对抗学习与自编码器结合，实现无监督的隐藏协变量解耦，突破传统线性方法的局限 | 未详细说明计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 解决RNA-seq数据整合分析中隐含技术变异和非线性混杂因素的分离问题 | RNA-seq数据中的生物信号与隐藏协变量 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | 自编码器、对抗学习 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1554 | 2026-06-25 |
MMP3C v2: a network-based framework decoding metabolic plasticity in rheumatoid arthritis, enabling accurate diagnosis and uncovering cell-type-specific metabolic rewiring
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag307
PMID:42289053
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研究论文 | 提出MMP3C v2网络框架，通过代谢可塑性分析实现类风湿关节炎精准诊断并揭示细胞类型特异性代谢重编程 | 首次引入网络框架量化代谢通路间的定向可塑性，结合大规模组学数据和机器学习构建跨平台稳健诊断模型，并解析单细胞水平代谢重塑特征 | 未提及 | 开发可扩展方法量化类风湿关节炎中的代谢通路交叉对话，实现精准诊断和细胞类型特异性代谢重编程解析 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者、系统性红斑狼疮患者及健康对照组的血液和滑膜组织 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞转录组学 | 集成分类器（逐步前向选择+岭回归） | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 约3400例批量转录组样本和约228000个单细胞转录组样本 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1555 | 2026-06-25 |
Reflections on the use of LLMs for cell annotation
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag312
PMID:42289049
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评论 | 对基于大型语言模型进行细胞注释的AICellType平台的评论，重点关注其依赖专有商业模型的问题 | 提出开源生物医学大语言模型、多模态视觉语言模型、本地部署、可重复性、隐私保护和监管合规的重要性 | 未提供具体实验或数据支持，仅为观点性评论 | 探讨基于LLM的细胞注释方法的透明性、可靠性和可持续性改进方向 | AICellType平台及基于LLM的细胞注释技术 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、大语言模型 | LLM (Claude 3.5 Sonnet、开源生物医学LLM) | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1556 | 2026-06-25 |
Comprehensive analysis of fatty acid desaturase 3 in clear cell renal cell carcinoma: insights into tumor progression, immune microenvironment, and clinical outcomes
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817492
PMID:42220493
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研究论文 | 综合分析脂肪酸去饱和酶3在透明细胞肾细胞癌中的作用，揭示其在肿瘤进展、免疫微环境和临床预后的关联 | 首次系统揭示FADS3在透明细胞肾细胞癌中通过激活PI3K/Akt等致瘤信号通路促进肿瘤进展，并重塑肿瘤免疫微环境 | 研究主要依赖公共数据库和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证及大规模临床队列的进一步确认 | 探究脂肪代谢相关基因FADS3在透明细胞肾细胞癌进展、预后及肿瘤免疫微环境调控中的作用 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤组织、肿瘤微环境细胞（如肿瘤相关巨噬细胞）及ccRCC细胞系 | 机器学习 | 肾癌 | RNA-seq, qRT-PCR, western blotting, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自TCGA、GEO和GTEx数据库的多个ccRCC转录组数据集，未具体说明样本数量 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1557 | 2026-06-25 |
Immunometabolic reprogramming and glycolysis-associated signatures in sepsis: insights from single-cell RNA sequencing and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817391
PMID:42220506
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习整合分析，揭示脓毒症中免疫代谢重编程与糖酵解相关特征及潜在生物标志物 | 首次整合单细胞RNA测序和机器学习的多种算法（LASSO、随机森林、Boruta）筛选糖酵解相关枢纽基因，并揭示TGFBI在单核细胞为中心的细胞通讯网络中的核心作用 | 主要基于公开数据集和动物模型验证，缺乏大规模临床队列的外部验证 | 探索脓毒症中免疫代谢重编程的糖酵解相关生物标志物及其细胞类型背景 | 脓毒症患者外周血样本和盲肠结扎穿孔小鼠模型 | 自然语言处理 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、微阵列芯片、定量逆转录聚合酶链反应 | LASSO回归、随机森林、Boruta、配体-受体分析 | 单细胞基因表达数据、全血微阵列基因表达数据、定量PCR数据 | 单细胞RNA测序数据集GSE175453（人数未明确）和微阵列队列GSE100159（人数未明确），以及小鼠模型（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1558 | 2026-06-25 |
Diagnostic value and immune microenvironment regulatory network of metabolic reprogramming in chronic rhinosinusitis with nasal polyps identified by multidimensional transcriptome integration and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1808799
PMID:42266688
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研究论文 | 通过多维转录组整合和机器学习，鉴定慢性鼻窦炎伴鼻息肉中代谢重编程的诊断价值及其免疫微环境调控网络 | 首次结合多维转录组数据、机器学习算法、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，系统识别与代谢重编程相关的关键基因，并构建高诊断性能的预测模型（AUC=0.979） | 未提及具体局限性 | 探索代谢重编程在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的分子机制、诊断价值和免疫微环境相互作用 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者和健康对照的组织样本及公共数据库数据 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR | 机器学习算法 | 转录组数据 | 多个GEO数据库数据集及独立样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1559 | 2026-06-25 |
Holistic Invariant Retracing for Distortion-Resilient Multi-Modal Learning in Spatial Transcriptomics
2026, IEEE transactions on image processing : a publication of the IEEE Signal Processing Society
IF:10.8Q1
DOI:10.1109/TIP.2026.3700912
PMID:42275334
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研究论文 | 提出了一种名为HiraST的框架，通过全息不变回溯和整体原型学习，解决空间转录组学中多模态数据由于技术获取和处理限制导致的表示扭曲问题 | 提出跨视图不变回溯和整体原型学习两种互补机制，显式纠正扭曲的多视图表征，提升对分布偏移和语义冲突的鲁棒性 | 未提及 | 解决空间转录组学中多模态学习时由扭曲视图引起的语义冲突和表征扭曲问题 | 空间转录组数据集和不完整多视图聚类基准测试中的细胞或组织区域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达谱、空间坐标、组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1560 | 2026-06-25 |
Single-cell transcriptomics identifies ergothioneine as a mitochondrial protector to prevent AKI-to-CKD progression
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0351630
PMID:42335181
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学探究麦角硫因（EGT）在减轻急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）进展中的保护作用及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示EGT通过改善线粒体稳态（如氧化磷酸化和电子传递链通路）来阻止AKI向CKD转化 | 主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类，且体外实验中EGT的保护作用尚需更多临床验证 | 研究EGT在阻止AKI向CKD进展中的作用和分子机制 | 顺铂诱导的AKI-CKD转化小鼠模型及受损的肾小管上皮细胞 | 机器学习 | 肾病 | scRNA-seq | NA | 图像、文本 | 小鼠模型（具体样本数未提及）及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |