单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1541	2025-05-14	Specific immune landscape of heatstroke distinguished from sepsis and aseptic inflammation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.108212 PMID:40084252	研究论文	本研究通过比较热射病、败血症和无菌性炎症的免疫特征，揭示了热射病特有的免疫景观	首次详细描述了热射病的特异性免疫特征，并发现TLR4单核细胞在热射病中的相对丰度显著高于其他组	样本量相对较小（每组40例），且仅基于血液样本分析	探索热射病的特异性免疫特征，并与败血症和无菌性炎症进行区分	热射病患者、败血症患者、心肺转流术诱导的无菌性炎症患者及健康对照	免疫学	热射病	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、蛋白质芯片检测	NA	血液样本	40例热射病患者，以及相同数量的年龄和性别匹配的健康对照、败血症患者或无菌性炎症患者
1542	2025-05-14	What single-cell RNA sequencing taught us about MGMT expression in glioblastoma 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf058 PMID:40351834	research paper	该研究利用单细胞RNA测序技术探讨了胶质母细胞瘤中MGMT基因的表达情况及其与MGMT启动子甲基化状态的关系	首次在单细胞水平上评估MGMT表达与MGMT启动子甲基化状态的关系，并发现MGMT表达呈现连续谱特征	部分样本的MGMT表达与甲基化状态不符，可能由于技术不准确或方法未明确说明	探究胶质母细胞瘤中MGMT基因表达特征及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	glioblastoma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自3项研究的公开数据（包括CPTAC、Neftel和Wang研究）
1543	2025-05-14	Recombinant interleukin-7 treatment of refractory Mycobacterium avium complex lung disease (IMPULSE-7): a pilot phase II, single-center, randomized, clinical trial 2025 Jan-Dec, Therapeutic advances in infectious disease IF:3.8Q2 DOI:10.1177/20499361251339300 PMID:40351870	研究论文	评估重组白细胞介素-7（IL-7）治疗难治性鸟分枝杆菌复合体肺病（MAC-LD）的疗效和安全性	首次在难治性MAC-LD患者中评估IL-7的治疗效果，并探索其潜在的分子机制	样本量小，未能实现痰培养转阴的主要终点	评估IL-7在难治性MAC-LD患者中的治疗效果和安全性	难治性鸟分枝杆菌复合体肺病（MAC-LD）患者	临床医学	肺部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据	8名参与者
1544	2025-05-14	Single-cell combined transcriptome probes prognostic mechanisms of sialylation-related genes in cervical cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1534247 PMID:40352586	research paper	本研究通过单细胞转录组分析，探索了宫颈癌中唾液酸化相关基因的预后机制，并构建了一个预后模型	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组数据分析宫颈癌中唾液酸化相关基因的预后价值，并识别出三个关键预后基因	研究仅基于有限的转录组数据集（4个）和110个唾液酸化相关基因，可能未涵盖所有相关基因和通路	开发基于唾液酸化相关特征的宫颈癌患者预后模型，并研究唾液酸化相关基因在宫颈癌中的变化	宫颈癌患者和正常组织的转录组及单细胞RNA测序数据	digital pathology	cervical cancer	scRNA-seq, qRT-PCR, LASSO Cox回归分析	LASSO, Cox回归模型, nomogram模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	4个转录组数据集（包括scRNA-seq数据）和临床样本
1545	2025-05-14	Overexpression of MMP14 is associated with poor prognosis and immune cell infiltration in colon cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1564375 PMID:40352589	研究论文	本研究探讨了MMP14在结肠癌中的过度表达与不良预后及免疫细胞浸润的关系	首次将MMP14的过度表达与结肠癌的免疫细胞浸润及不良预后联系起来，并构建了一个基于MMP14共表达基因的风险预测模型	样本量较小，需要更多的体外和体内实验来验证研究结果	研究MMP14在结肠癌中的调控作用及其对预后的影响	结肠癌患者和COLO205细胞	肿瘤学	结肠癌	转录组测序、单细胞转录组分析、qRT-PCR、Western blotting、免疫荧光、HE染色	Cox回归模型	mRNA表达谱、临床数据、单细胞转录组数据	4对结肠癌患者的肿瘤和癌旁组织样本
1546	2025-05-14	RGS14 binds to GNAI3 and regulates the proliferation and apoptosis of human spermatogonial stem cells by affecting PLPP2 expression and MAPK signaling 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1593595 PMID:40352663	研究论文	本研究探讨了RGS14通过结合GNAI3调控人类精原干细胞增殖和凋亡的分子机制，及其在非梗阻性无精子症中的作用	揭示了RGS14-GNAI3-PLPP2调控轴在精原干细胞稳态中的关键作用，为男性不育治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要进一步体内验证	探究非梗阻性无精子症中精原干细胞功能异常的分子机制	人类精原干细胞	生殖医学	男性不育/非梗阻性无精子症	单细胞RNA测序，免疫荧光，RNA测序分析，蛋白质相互作用分析，共免疫沉淀	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据	非梗阻性无精子症患者与正常睾丸组织的精原干细胞样本
1547	2025-05-14	The miR-941/FOXN4/TGF-β feedback loop induces N2 polarization of neutrophils and enhances tumor progression of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561081 PMID:40352924	研究论文	该研究揭示了miR-941/FOXN4/TGF-β反馈环路在肺腺癌（LUAD）中诱导中性粒细胞N2极化并促进肿瘤进展的关键作用	首次发现miR-941通过FOXN4/TGF-β反馈信号环路参与N2-TAN极化并驱动LUAD进展	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究肿瘤相关中性粒细胞（TANs）中miRNA调控网络在肺腺癌进展中的作用机制	肺腺癌患者的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及A549、H1299细胞系	肿瘤微环境	肺腺癌	单细胞RNA测序、qPCR、荧光素酶报告实验、WB、ELISA	异种移植小鼠模型	基因表达数据	未明确说明患者样本量（使用公共单细胞RNA测序数据）及细胞/动物实验样本量
1548	2025-05-14	Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55164-3 PMID:39738047	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠中衰老如何通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进黑色素瘤转移	发现了衰老通过下调S1pr1受体驱动γδ17T细胞扩增，进而招募促肿瘤中性粒细胞抑制CD8+T细胞功能的机制	研究仅针对雄性小鼠模型，未涵盖雌性个体	探究衰老免疫系统促进肿瘤转移的分子机制	雄性小鼠的肺免疫微环境	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量（基于年轻与老年雄性小鼠对比）
1549	2025-05-14	Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory 2024-12, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012 PMID:39181419	research paper	研究Pax3/7基因在Oikopleura dioica中对其房屋制造区域Fol的功能支持，提出其可能具有神经上皮样起源	首次通过CRISPR-Cas9突变株和scRNA-seq数据分析，揭示了pax37B而非pax37A在Fol区域细胞分化中的关键作用，并提出了Fol区域高度特化的分泌上皮细胞可能维持或进化出神经上皮特征的新观点	研究仅限于Oikopleura dioica这一特定物种，结论在其他物种中的普适性有待验证	探究Pax3/7基因在Oikopleura dioica房屋制造上皮（OE）发育中的作用	Oikopleura dioica的pax37A和pax37B基因及其在OE发育中的功能	发育生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和CRISPR-Cas9突变株的Oikopleura dioica样本
1550	2025-05-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制eQTL图谱，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序方法，用于在酵母中绘制eQTL图谱，并揭示了基因变异对基因表达和下游性状的精细影响	研究仅限于酵母，可能无法直接推广到其他生物系统	探究基因变异如何通过影响基因表达进而影响生物性状	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
1551	2025-05-14	Early transcriptional similarities between two distinct neural lineages during ascidian embryogenesis 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.005 PMID:38878991	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了两种不同神经谱系在胚胎发育过程中的早期转录相似性	首次在基因组水平上揭示了两种不同发育来源的神经祖细胞的转录动态	转录因子结合位点富集分析显示两种神经谱系间共享的转录调控证据有限	探究不同神经谱系在逐步谱系限制过程中转录状态的相似程度	海鞘胚胎中两种不同神经谱系的前体细胞及其姐妹细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PCA分析、层次聚类	单细胞转录组数据	覆盖从16细胞期到神经板期五个连续细胞周期的高时间分辨率样本
1552	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and cellular communication in human fetal heart development 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.004 PMID:38876166	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胎儿心脏发育过程中的基因表达谱和细胞间通讯	首次利用单细胞RNA测序技术全面描绘了人类胎儿心脏在不同妊娠周数（GW8、GW10、GW11、GW17）的基因表达景观，并识别了11种主要细胞类型及其差异表达基因和信号通路	研究仅覆盖了妊娠8至17周的心脏发育阶段，未涵盖更早期或更晚期的发育过程	解析人类胎儿心脏发育过程中的细胞分化和基因调控机制	人类胎儿心脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个时间点（GW8、GW10、GW11、GW17）的人类胎儿心脏样本
1553	2025-05-14	Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis 2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.23.590827 PMID:38712255	研究论文	本文提出了一种名为ONTraC的策略，用于通过基于图神经网络的建模框架构建微环境轨迹，以分析组织微环境中的空间连续变化	ONTraC是一种新的计算方法，优于现有方法在重建空间轨迹方面的表现，并能检测组织微环境依赖的基因调控网络和细胞间相互作用活动的变化	NA	开发一种计算方法来系统表征组织微环境的结构和功能组织	组织微环境的空间连续变化	计算生物学	NA	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	公共空间转录组数据集
1554	2025-05-14	Single-cell transcriptome sequencing analysis reveals intra-tumor heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Apr-04, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24243 PMID:38572681	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性	利用单细胞转录组测序技术深入探索食管鳞状细胞癌肿瘤微环境的分子机制，并成功构建预后风险模型和筛选关键基因UPF3A	样本量相对较小，仅包含60个肿瘤样本和4个癌旁样本	研究食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性及其分子机制	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤和癌旁组织样本	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	LASSO分析	基因表达数据	60个肿瘤样本和4个癌旁样本
1555	2025-05-14	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术深入研究了哺乳动物心脏发育的复杂过程	揭示了心脏发育过程中的时空转录组景观，发现了新的心脏祖细胞群和腔室特异性发育特征	NA	探索心脏发育的基本机制及其相关复杂疾病	人类和小鼠心脏发育过程中的细胞群	基因组学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1556	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660 PMID:39916961	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病患者外周血单个核细胞的功能失调特征	首次利用scRNA-seq技术对T2DM患者PBMCs进行转录组分析，揭示了免疫细胞的异常功能和潜在分子机制	样本量较小（仅3名健康参与者和3名T2DM患者），可能影响结果的普遍性	探索T2DM患者外周血免疫细胞的功能异常及其分子机制	2型糖尿病患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	digital pathology	diabetes mellitus	scRNA-seq, Ficoll密度梯度离心法	NA	RNA-seq数据	3名健康参与者和3名T2DM患者
1557	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing highlights the influence of innate and adaptive immune response mechanisms in psoriatic arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1490051 PMID:40084238	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了银屑病关节炎（PsA）患者与健康对照之间以及不同PsA临床表型之间的基因表达差异	首次在单细胞水平上比较了伴有和不伴有皮肤银屑病的PsA患者的免疫细胞基因表达谱，揭示了先天和适应性免疫反应机制的差异	未发现PsA-only和PsA/PsC患者之间的差异表达基因，样本量相对有限（70例患者和10例对照）	探索PsA患者不同临床表型与免疫发病机制之间的关联	银屑病关节炎患者（70例）和健康对照（10例）的外周血单个核细胞	单细胞组学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNAseq），BD Rhapsody™单细胞分析系统	差异表达分析（DE），基因集富集分析（GSEA）	单细胞转录组数据	80例（70例PsA患者和10例健康对照）
1558	2025-05-14	Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447 PMID:37453069	研究论文	本文提出了一种用于空间注释单细胞测序的协议，旨在通过深度单细胞RNA测序和单细胞分辨率来剖析肿瘤内异质性	结合活细胞成像和光图案化照明技术，实现对体外肿瘤模型中感兴趣区域的细胞进行标记和单细胞RNA测序	该协议目前主要应用于体外肿瘤模型，尚未在临床组织样本中广泛验证	开发一种空间注释单细胞测序技术，用于研究肿瘤内异质性	体外肿瘤模型中的细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNAseq), 活细胞成像, 光图案化照明	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	适用于多种细胞系，未来可扩展至组织切片
1559	2025-05-14	Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387 PMID:37379219	研究论文	提出一种计算工作流程，用于研究单细胞RNA测序数据中跨多个时间点和细胞类型的高度可变基因	开发了一种新的计算框架，用于分析跨多个时间点和细胞类型的单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	未提及具体的技术限制或数据局限性	研究单细胞RNA测序数据中高度可变基因的动态表达水平	登革热病毒和COVID-19数据集中的免疫细胞类型	生物信息学	登革热和COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据集中的多个免疫细胞类型
1560	2025-05-14	Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383 PMID:37393609	研究论文	提出了一种从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离和剖析活肿瘤细胞的单细胞转录组学方案	开发了一种全面的方法，包括手术组织收集、培养、荧光细胞分选和群体富集的单细胞RNA测序，用于单细胞水平的脑肿瘤生物学研究	未提及具体样本量或实验验证的局限性	深入理解脑肿瘤生物学在单细胞水平上的特征	人源体外胶质母细胞瘤培养物中的活肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光细胞分选	NA	转录组数据	NA