单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1541 - 1560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2025-10-05 |
STmiR: A Novel XGBoost-based framework for spatially resolved miRNA activity prediction in cancer transcriptomics
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322082
PMID:40924781
|
研究论文 | 开发了一种基于XGBoost的空间miRNA活性预测框架STmiR，用于分析癌症转录组中的miRNA空间动态 | 首次将XGBoost模型应用于空间转录组数据中的miRNA活性预测，整合bulk RNA-seq和空间转录组数据建模非线性miRNA-mRNA相互作用 | 依赖于现有空间转录组技术的限制，可能无法完全捕捉miRNA的复杂空间动态 | 开发空间分辨的miRNA活性预测方法以解析癌症中miRNA介导的调控机制 | 多种癌症类型（乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌等）的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学，bulk RNA-seq | XGBoost | 转录组数据，空间表达数据 | 九种癌症的10X Visium ST数据集，涵盖四种主要癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10X Visium | 10X Visium空间转录组平台 |
| 1542 | 2025-10-05 |
Updates on Parkinson's Disease
2025, Neuropsychiatric disease and treatment
IF:2.5Q2
DOI:10.2147/NDT.S540718
PMID:40926796
|
综述 | 本文综述了帕金森病的最新研究进展，包括发病机制、诊断方法和治疗策略 | 整合α-突触核蛋白种子扩增检测与多模态神经影像技术实现92%的前驱期诊断准确率；开发闭环深部脑刺激系统实现63%的优效症状控制；利用单细胞空间转录组学识别多巴胺能神经元脆弱特征 | 生物标志物在不同种族队列中存在30%的α-突触核蛋白阈值变异性；非运动症状管理仍是当前挑战 | 推动帕金森病从对症治疗向精准靶向干预的转变 | 帕金森病患者及疾病机制 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞空间转录组学，数字表型分析，神经影像技术 | NA | 生物分子数据，影像数据，临床数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 1543 | 2025-10-05 |
Identification of Potential Targets for EGFR-Regulated Nucleus Pulposus Degeneration Using Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S530776
PMID:40927356
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别了EGFR调控椎间盘髓核细胞退变的关键下游靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法识别EGFR在髓核细胞退变中的下游调控靶点JAK1 | 样本量有限，仅包含6个严重椎间盘退变样本 | 识别EGFR在髓核细胞退变过程中的关键下游调控分子 | 椎间盘髓核细胞 | 机器学习 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析，加权基因共表达网络分析 | Lasso，XGBoost，随机森林 | 单细胞RNA测序数据 | 6个严重椎间盘退变样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1544 | 2025-10-05 |
Integrated Single-Cell and Transcriptome Analysis with Experimental Validation Reveals PANoptosis-Related Gene Signatures in the Immune Microenvironment of Autoimmune Thyroiditis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S525270
PMID:40927355
|
研究论文 | 通过整合单细胞和转录组分析结合实验验证，揭示自身免疫性甲状腺炎免疫微环境中PANoptosis相关基因特征 | 首次在自身免疫性甲状腺炎中研究PANoptosis的作用，识别了5个关键PANoptosis相关基因并验证其诊断价值 | 研究样本量有限，需要更大规模验证 | 阐明PANoptosis基因与自身免疫性甲状腺炎免疫微环境的关系 | 自身免疫性甲状腺炎患者和动物模型 | 生物信息学 | 自身免疫性甲状腺炎 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, RT-qPCR, 免疫组织化学染色, ELISA | WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 公共数据库中的AIT数据及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1545 | 2025-10-05 |
PRMT1-Mediated PARP1 Methylation Drives Lung Metastasis and Chemoresistance via P65 Activation in Triple-Negative Breast Cancer
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0854
PMID:40927753
|
研究论文 | 本研究揭示PRMT1通过甲基化PARP1激活P65，驱动三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药的新机制 | 首次发现PRMT1通过甲基化PARP1调控NF-κB信号通路，增强肿瘤细胞干性并诱导肿瘤微环境免疫抑制 | PRMT1在肺转移和化疗耐药中的具体作用机制仍需进一步验证 | 探究PRMT1在三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药中的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 质谱分析, 免疫共沉淀, ELISA | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1546 | 2025-10-05 |
Multi-Omics and Clinical Validation Identify Key Glycolysis- and Immune-Related Genes in Sepsis
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S539158
PMID:40927774
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和临床验证识别了脓毒症中关键的糖酵解和免疫相关基因 | 整合多组学数据、孟德尔随机化和机器学习算法识别脓毒症中与免疫重塑相关的五个关键糖酵解基因 | 研究样本量有限，需要更大规模的临床验证 | 阐明脓毒症中糖酵解重编程与免疫功能障碍的分子机制 | 脓毒症患者外周血样本和转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, ssGSEA, WGCNA, 孟德尔随机化, 机器学习, RT-qPCR, scRNA-seq, CIBERSORT | LASSO, SVM-RFE, Boruta | 基因表达数据, 临床数据 | 临床脓毒症队列的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1547 | 2025-10-05 |
Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification
2024-12-31, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae239
PMID:39498803
|
研究论文 | 本研究揭示了YTHDF1通过m6A修饰调控PIEZO2表达的转录后机制在心脏纤维化中的作用 | 首次发现YTHDF1通过识别PIEZO2 mRNA的m6A修饰位点peak_26355调控其翻译，并影响心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新表观转录组机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究机械敏感性离子通道Piezo家族在心脏纤维化中的分子机制 | 小鼠心脏成纤维细胞和实验性心脏纤维化模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | RNA-seq，单细胞测序，组织学分析，生化分析 | NA | 基因表达数据，组织学图像，生化数据 | 实验小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1548 | 2025-10-05 |
Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.15.628587
PMID:39763751
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和免疫组化方法分析了视网膜神经节细胞的多样性、空间分布及其与血管的关联 | 首次结合MERFISH空间转录组学和免疫组化共染技术，系统揭示了视网膜神经节细胞在二维空间中的非均匀分布模式及其与血管微环境的关联 | 研究主要基于小鼠视网膜，人类样本验证有限，且机制研究有待深入 | 探索视网膜神经节细胞的空间分布规律及其与血管微环境的关系 | 小鼠和人类视网膜神经节细胞 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | MERFISH空间转录组学，免疫组化共染 | 计算配准方法 | 空间转录组数据，图像数据 | 45种视网膜神经节细胞类型中的34种 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 成像基础的空间转录组学技术 |
| 1549 | 2025-10-05 |
Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice
2024-12-14, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae210
PMID:39373248
|
研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在肥胖糖尿病小鼠心脏功能障碍、纤维化和肥厚中的关键作用 | 首次在肥胖糖尿病模型中证明成纤维细胞特异性TGF-β/Smad3信号通路是心脏病理变化的核心机制 | 体外实验显示血栓反应蛋白-4对心脏成纤维细胞无显著激活作用，与预期结果存在矛盾 | 研究TGF-β诱导的成纤维细胞活化在糖尿病心肌病发病机制中的作用 | 肥胖db/db糖尿病小鼠模型，特别是成纤维细胞特异性TbR2缺失和Smad3破坏的小鼠 | 心血管疾病研究 | 糖尿病心肌病 | 转录组学研究，单细胞RNA测序，体外实验，Ingenuity通路分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，功能评估数据 | db/db小鼠模型及相关基因修饰小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1550 | 2025-10-05 |
Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation
2024-Dec-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1
PMID:39711563
|
研究论文 | 本研究通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂恢复肿瘤线粒体功能，诱导神经母细胞瘤分化并抑制增殖 | 首次提出通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用来恢复肿瘤线粒体数量和质量，从而逆转Warburg效应并驱动肿瘤分化 | 研究主要聚焦于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性需要进一步验证 | 探索通过恢复线粒体功能诱导肿瘤分化的治疗策略 | 神经母细胞瘤细胞和原位异种移植模型 | 癌症生物学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪，线粒体功能分析 | NA | 基因表达数据，代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1551 | 2025-10-05 |
Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis
2024-11-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae154
PMID:39041203
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞RNA测序比较人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化的免疫细胞组成和激活状态 | 首次通过整合人类和小鼠单细胞RNA测序数据揭示物种间免疫细胞组成的显著差异，挑战标准小鼠模型的转化价值 | 研究主要关注颈动脉粥样硬化，结果可能不适用于其他血管部位；样本数量相对有限 | 比较人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的表型和激活状态差异 | 人类颈动脉粥样硬化斑块和小鼠动脉粥样硬化血管组织中的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，多色流式细胞术 | 生物信息学整合分析 | 单细胞转录组数据 | 人类颈动脉斑块样本（验证队列43例患者）+7个小鼠单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1552 | 2025-10-05 |
Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo
2024-11-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae187
PMID:39189621
|
研究论文 | 本研究揭示了肝激酶B1通过调控Ptbp1依赖的丙酮酸激酶肌肉亚型选择性剪接来控制血管平滑肌细胞可塑性的机制 | 首次发现Lkb1通过调控Ptbp1-PKM选择性剪接轴控制血管平滑肌细胞命运决定，并证明PKM2激活剂可逆转血管病变 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究控制血管平滑肌细胞可塑性的关键分子机制 | 血管平滑肌细胞 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，谱系追踪，基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据，影像数据 | Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2基因工程小鼠和人类主动脉瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1553 | 2025-10-05 |
A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624552
PMID:39605470
|
研究论文 | 提出一种名为ZiPo的深度神经网络，用于去除单细胞RNA测序数据中的噪声 | 引入尺度不变损失项使权重稀疏化，提高模型生物学可解释性；结合文库大小预测和残差连接等新策略提升整体性能 | 处理时间与细胞数量成正比，未在大规模数据集上验证效率 | 解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器, 深度人工神经网络 | 基因表达数据 | 三个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1554 | 2025-10-05 |
Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype
2024-11-05, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae153
PMID:39229899
|
研究论文 | 本研究探讨了表达Olfr2的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源 | 首次揭示Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，具有原位增殖能力并呈现促炎性泡沫样表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 研究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和细胞起源 | Apoe-/-小鼠主动脉中的Olfr2+巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术, 过继转移实验 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | Apoe-/-小鼠模型，WD喂养12周 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1555 | 2025-10-05 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性 | 首次结合无偏和靶向抗原发现方法，识别出识别EB病毒抗原和新型模拟表位的MS来源CD8+ T细胞克隆型 | 样本仅来自未接受治疗的MS患者，需要更大样本验证 | 探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性 | 多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液样本 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 未治疗MS患者和对照参与者队列（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1556 | 2025-10-05 |
Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response
2024-10-04, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843
PMID:39365874
|
研究论文 | 本研究通过邻近标记技术识别了驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞 | 首次使用LIPSTIC单细胞转录组学技术追踪树突状细胞与T细胞的相互作用，揭示了肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中少数超活化树突状细胞的关键作用 | 未明确说明样本规模和研究模型的具体限制 | 探究树突状细胞在肿瘤免疫应答中的具体作用机制 | 树突状细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞 | 单细胞生物学 | 肿瘤免疫 | LIPSTIC邻近标记、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1557 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies interferon-inducible monocytes/macrophages as a cellular target for mitigating the progression of abdominal aortic aneurysm and rupture risk
2024-09-21, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae117
PMID:38836630
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞是减轻腹主动脉瘤进展和破裂风险的细胞靶点 | 首次通过单细胞RNA测序在腹主动脉瘤中发现独特的干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞亚群，并揭示其在疾病进展中的关键作用 | 研究基于AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，人类样本验证尚需进一步研究 | 探索腹主动脉瘤发展和进展中涉及的细胞类型和信号通路 | AngII灌注的ApoE-/-小鼠腹主动脉标本 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同病理特征的腹主动脉标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1558 | 2025-10-05 |
Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing
2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608852
PMID:39229107
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序检测人类结核肉芽肿中结核分枝杆菌的RNA转录本 | 在针对真核mRNA设计的单细胞RNA测序文库中成功捕获并分析了结核分枝杆菌的转录本，揭示了细菌转录本的序列变异模式 | 仅包含经医院病理实验室确认的结核感染患者的细菌序列数据，样本来源有限 | 探索结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的转录特征和序列变异 | 来自巴布亚新几内亚莫尔兹比港总医院结核病诊所患者的细针穿刺样本 | 数字病理 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 经抗酸显微镜和/或GeneXpert分析确认的结核感染患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序转录组学流程，使用poly-T引物在约30微米珠上启动mRNA扩增 |
| 1559 | 2025-10-05 |
Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603936
PMID:39071425
|
荟萃分析 | 通过单细胞RNA测序荟萃分析揭示免疫疾病中基于趋化因子的细胞通讯机制 | 首次通过跨疾病跨组织的单细胞RNA测序荟萃分析系统揭示免疫细胞趋化与外渗模式 | 基于公开数据库的二次分析，受原始数据质量和覆盖范围限制 | 解析免疫疾病中细胞间通讯与免疫细胞迁移机制 | 多种免疫疾病患者组织样本（皮肤、肺、结肠、肾脏） | 生物信息学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 配体-受体相互作用分析 | 单细胞转录组数据 | 多种免疫疾病公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1560 | 2025-10-05 |
Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability
2023-12-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278144.123
PMID:37973195
|
研究论文 | 本研究通过分析小鼠单细胞转录组数据，发现细胞年龄能够解释年龄相关转录组变异的大部分差异 | 提出了一个新颖的启发式模型来解释不同细胞类型衰老速率差异的原因 | 研究仅基于小鼠数据，需要在人类和其他物种中进一步验证 | 理解为什么某些细胞类型的转录组会显示衰老迹象而其他细胞类型不会 | 小鼠多种组织和年龄的单细胞转录组数据 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 启发式模型 | 单细胞转录组数据 | 多种小鼠组织和年龄的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |