单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15521	2024-08-05	Time-resolved single-cell transcriptomics defines immune trajectories in glioblastoma 2024-01-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.032 PMID:38134933	研究论文	此研究介绍了一种新技术Zman-seq，该技术记录了胶质母细胞瘤中免疫细胞的转录动态。	Zman-seq技术引入时间戳以捕获单细胞转录组学动态，解决了当前缺乏能够记录细胞动态变化的体内基因组技术的问题	NA	本研究旨在揭示胶质母细胞瘤中的免疫适应过程中的细胞状态转变	研究对象为在胶质母细胞瘤微环境中变化的免疫细胞，特别是细胞毒性自然杀伤细胞和单核细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	Zman-seq	NA	转录组数据	NA
15522	2024-08-07	CD317+ MSCs expanded with chemically defined media have enhanced immunological anti-inflammatory activities 2024-01-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03618-8 PMID:38169422	研究论文	本研究探讨了使用化学定义培养基扩增的CD317+ MSCs在免疫抗炎活性方面的增强作用	发现CD317+ MSCs具有改善的分化能力和增强的免疫抑制活性，其抗炎功能增强与TSG6水平升高有关	研究主要集中在体外和体内实验，临床应用的实际效果和安全性需要进一步验证	探索MSCs在治疗免疫相关疾病中的应用潜力	CD317+ MSCs及其在免疫抗炎活性中的作用	细胞生物学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自脐带的MSCs样本
15523	2024-08-05	Spatiotemporal transcriptome atlas reveals the regional specification of the developing human brain 2023-12-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.016 PMID:38091994	research paper	本研究构建了人脑发育的时空转录组图谱，揭示了不同功能区域的特征	本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序，探索了人脑发育期间的区域特异性，对于人脑发育的理解具有创新性	研究主要集中在妊娠6-23周的时间段，可能未覆盖更早或更晚的发育阶段	旨在揭示人脑发育过程中不同区域的特异性	研究对象包括在妊娠6-23周内发育的多个人脑区域	数字病理学	NA	空间转录组学（scStereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	6-23周妊娠的多个人脑区域样本
15524	2024-08-05	Choroid plexus mast cells drive tumor-associated hydrocephalus 2023-12-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.001 PMID:38056463	研究论文	本研究揭示了脉络丛肥大细胞在肿瘤相关性脑积水中的作用	首次确定脉络丛肥大细胞通过特定途径影响脑脊液生成，并提出针对该途径的治疗方法	研究主要集中在小鼠模型和类人胚胎干细胞衍生的脉络丛类器官上，缺乏大规模临床试验数据	探究导致肿瘤相关性脑积水的具体机制	脉络丛肥大细胞及其在肿瘤相关性脑积水中的作用	数字病理学	脑转移癌	单核RNA测序和空间转录组学	生物模型	生物样本	包含小鼠模型和人类脉络丛的样本
15525	2024-08-07	Molecular signatures define subtypes of auditory afferents with distinct peripheral projection patterns and physiological properties 2023-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2217033120 PMID:37487063	研究论文	本文通过生成表达CreERT2的鼠标线，研究了螺旋神经节神经元（SGNs）的分子亚型与生理亚型之间的关系	首次展示了不同分子亚型的SGNs在生理特性和外周投射模式上的差异	使用现有工具严格划分所有SGNs为三个分子亚类并不明显	探讨螺旋神经节神经元的分子亚型与生理亚型之间的对应关系	螺旋神经节神经元的分子亚型和生理亚型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用表达CreERT2的鼠标线进行研究
15526	2024-08-07	Development and validation of a ligand-receptor pairs signature to predict outcome and provide a therapeutic strategy in gastric cancer 2023 Jul-Dec, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2023.2219843 PMID:37248704	研究论文	本文开发并验证了一种基于配体-受体对（LR-pairs）的特征，用于预测胃癌（GC）的预后并提供治疗策略	本文首次基于LR-pairs构建了细胞通信网络，并提出了一个新的分子亚型模型，用于区分胃癌的不同亚型及其预后和免疫治疗反应	NA	开发和验证一种新的预测模型，用于胃癌的分子亚型分类、靶点和通路筛选、预后判断及免疫治疗反应预测	胃癌患者的肿瘤微环境（TME）和LR-pairs的表达模式	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LR.Score模型	细胞数据, 基因表达数据	44,953个细胞来自9名胃癌患者，1159名胃癌患者的bulk RNA-seq数据
15527	2024-08-07	Challenges facing minimal residual disease testing for acute myeloid leukemia and promising strategies to overcome them 2023 Jul-Dec, Expert review of hematology IF:2.3Q2 DOI:10.1080/17474086.2023.2285985 PMID:37978882	研究论文	本文总结了急性髓系白血病（AML）微小残留病（MRD）检测技术面临的挑战及其临床应用，并讨论了克服这些挑战的策略	提出了基于白血病干细胞的多参数流式细胞术（MFC）MRD方法，单细胞DNA测序或单细胞RNA测序用于研究残留白血病细胞的生物学特性，以及omics技术在MRD检测中的潜力	需要前瞻性临床试验来回答与AML患者MRD相关的临床问题	探讨提高AML患者MRD检测技术的特异性和敏感性	急性髓系白血病患者及其MRD检测	NA	急性髓系白血病	多参数流式细胞术（MFC），实时定量聚合酶链反应，下一代测序	NA	NA	NA
15528	2024-08-07	Multiomics Data Reveal the Important Role of ANXA2R in T Cell-mediated Rejection After Renal Transplantation 2024-Feb-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004754 PMID:37677931	研究论文	本研究通过多组学数据分析，揭示了ANXA2R在肾移植后T细胞介导的排斥反应中的重要作用	首次发现ANXA2R作为T细胞受体相关的新关键基因，在T细胞介导的排斥反应中具有重要作用	NA	阐明T细胞介导的排斥反应中的T细胞受体谱景观，并识别新的潜在靶点	肾移植后T细胞介导的排斥反应中的T细胞受体谱	数字病理学	肾移植	多组学数据分析	TRUST4算法	转录组数据	12个多组学数据集和23个病理切片
15529	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of peripheral blood mononuclear cells indicates impaired immune and inflammatory responses in alcohol-associated hepatitis 2024-Jan, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2023.110735 PMID:38040543	研究论文	这篇文章探讨了酒精相关肝炎中外周血单核细胞的单细胞转录组学，揭示了免疫和炎症反应受损的情况	利用单细胞RNA测序技术，文章首次表明酒精相关肝炎患者PBMC的特定亚型在免疫和炎症反应中涉及不同机制	由于样本复杂性和异质性，可能无法完全揭示所有潜在的分子机制	旨在更好地理解酒精相关肝炎患者的系统免疫反应	研究对象为酒精相关肝炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	酒精相关肝炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	外周血单核细胞样本
15530	2024-08-07	Increased expression of CXCL6 in secretory cells drives fibroblast collagen synthesis and is associated with increased mortality in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-01, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00088-2023 PMID:37918852	研究论文	本研究探讨了在特发性肺纤维化（IPF）中，气道上皮细胞表达的趋化因子CXCL6对纤维母细胞胶原蛋白合成的影响及其与患者生存率的关系	发现CXCL6在IPF患者的远端肺部气道上皮细胞中表达增加，并与患者的不良生存率相关	NA	探究趋化因子CXCL6在特发性肺纤维化中的作用及其对患者生存率的影响	特发性肺纤维化患者的肺部组织和纤维母细胞	NA	肺纤维化	转录组学分析、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质水平数据	179名特发性肺纤维化患者
15531	2024-08-07	Unraveling dedifferentiation and metastasis traces in pancreatic ductal adenocarcinoma ductal cells: Insights from single-cell RNA sequencing analysis of ITGB4 and C19orf33 2024-Jan, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2023.155012 PMID:38071887	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）中ITGB4和C19orf33基因的表达模式，揭示了这些基因在肿瘤发生和转移中的潜在作用	首次发现ITGB4和C19orf33在PDAC样本中具有差异表达，并且它们的表达模式与肿瘤的转移机制相关	研究仅限于特定的细胞系和化疗药物处理，可能需要进一步的临床样本验证	探讨胰腺导管腺癌中ITGB4和C19orf33基因的表达及其在肿瘤发生和转移中的作用	胰腺导管腺癌的导管细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及MIA PaCa-2和PANC-1两种胰腺导管腺癌细胞系，以及PDAC样本与邻近正常组织的比较
15532	2024-08-07	Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease 2023-Nov-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43224-z PMID:37981650	研究论文	本文研究了帕金森病小鼠模型中α-突触核蛋白通过CD11c+细胞从大脑到肠道的转运机制	首次展示了α-突触核蛋白在小鼠模型中从大脑到回肠的转运，并揭示了这一过程涉及CD11c细胞	NA	理解α-突触核蛋白聚集体的传播机制，以开发疾病修饰疗法	帕金森病小鼠模型中的α-突触核蛋白转运	神经科学	帕金森病	免疫组织化学，单细胞RNA测序	NA	图像	雄性小鼠
15533	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human epidermis identifies Lunatic fringe as a novel regulator of the stem cell compartment 2023-11-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.09.007 PMID:37832539	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康成人表皮数据集，确认了基底层细胞的异质性，并识别出三个非分裂细胞亚群	发现Lunatic fringe（LFNG）作为干细胞区室的新调控因子，并展示了其在培养的角质形成细胞中的过表达效应	NA	验证体外实验模型的观察结果，并提出可测试的新假设	人类表皮细胞及其分子调控机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康成人表皮细胞数据集
15534	2024-08-07	Identification of glioblastoma stem cell-associated lncRNAs using single-cell RNA sequencing datasets 2023-11-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.004 PMID:37922916	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据集，识别与胶质母细胞瘤干细胞相关的长非编码RNA（lncRNA）	首次进行了全面的单细胞分析，以识别胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）中高度表达的lncRNA，并揭示了特定lncRNA在GSCs中的功能	NA	识别与胶质母细胞瘤干细胞相关的lncRNA，并探讨其在胶质母细胞瘤病理中的作用及作为生物标志物或治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞及其相关的lncRNA	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	包括成人胶质母细胞瘤肿瘤、胶质母细胞瘤类器官、GSC富集的胶质母细胞瘤肿瘤和发育中的人脑样本
15535	2024-08-05	Integrated Machine Learning and Bioinformatic Analyses Constructed a Network Between Mitochondrial Dysfunction and Immune Microenvironment of Periodontitis 2023-Oct, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01851-0 PMID:37311930	研究论文	这项研究揭示了线粒体功能障碍与牙周炎免疫微环境之间的相互作用	首次通过集成机器学习和生物信息学分析建立了线粒体功能障碍与牙周炎免疫微环境之间的网络	研究依赖公共数据库，可能受到数据质量和选择的限制	揭示线粒体功能障碍与牙周炎免疫微环境的交互作用	重点研究牙周炎患者中的线粒体功能障碍与免疫细胞浸润	生物信息学	牙周炎	单细胞测序，集成机器学习算法，人工神经网络	人工神经网络	公共数据，单细胞测序数据	NA
15536	2024-08-07	Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Apr-21, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02419-0 PMID:37085855	研究论文	研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中肺成纤维细胞从正常状态向促纤维化状态转变的早期事件	首次发现全局性核糖体蛋白下调和大多数铜结合蛋白（包括MOXD1）显著上调标记了IPF的转变	未发现IPF上叶和下叶样本在基因表达上有显著差异	探究IPF中成纤维细胞从正常到促纤维化状态转变的早期病理途径	健康对照组和IPF患者的肺部成纤维细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康对照组和IPF患者的肺部样本
15537	2024-08-07	HIV Infection Elicits Differential Transcriptomic Remodeling in CD4+ T Cells with Variable Proliferative Responses to the T Cell Receptor Stimulus 2023-Mar-24, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens12040511 PMID:37111397	研究论文	研究了HIV感染初期在不同增殖反应的CD4+ T细胞中引起的转录组重塑	识别了HIV感染初期在不同增殖状态细胞中引起的转录变化，这些变化可能与潜伏感染细胞的标记物一致	研究仅限于特定细胞类型和感染初期的转录变化，未涵盖整个潜伏库	为了更好地理解潜伏建立前的细胞环境，研究HIV感染初期在不同增殖反应的CD4+ T细胞中引起的转录组重塑	CD4+ T细胞在HIV感染初期的转录组变化	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同增殖状态的CD4+ T细胞
15538	2024-08-05	Comparative analysis between single-cell RNA-seq and single-molecule RNA FISH indicates that the pyrimidine nucleobase idoxuridine (IdU) globally amplifies transcriptional noise 2023-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.14.532632 PMID:36993609	研究论文	这篇文章比较了单细胞RNA测序和单分子RNA FISH，表明嘧啶核苷酸类似物IdU可全局放大转录噪声	研究表明IdU作为全局穿透性的噪声增强分子，能够推动对转录噪声生理影响的研究	单细胞RNA测序的技术缺陷可能掩盖IdU诱导的转录噪声放大的结果	量化IdU诱导噪声放大在全局与部分渗透性之间的差异	对来自全转录组的多个基因进行的RNA噪声量化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单分子RNA FISH (smFISH)	NA	RNA数据	大约90%的基因
15539	2024-08-07	Establishment of an Inactivation Method for Ebola Virus and SARS-CoV-2 Suitable for Downstream Sequencing of Low Cell Numbers 2023-Feb-17, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens12020342 PMID:36839614	research paper	本文介绍了一种适用于低细胞数量下游测序的埃博拉病毒和SARS-CoV-2灭活方法	开发了一种使用TCL缓冲液和热处理的方法，能够有效灭活埃博拉病毒和SARS-CoV-2，同时保持RNA质量和下游测序结果	NA	研究适用于高生物安全级别实验室的病毒灭活方法，以便进行下游测序分析	埃博拉病毒和SARS-CoV-2	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	低细胞数量
15540	2024-08-07	Tipping the balance between erythroid cell differentiation and induction of anemia in response to the inflammatory pathology associated with chronic trypanosome infections 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1051647 PMID:36420267	研究论文	本研究通过筛选10个不同毒力的野外分离株，建立了一个模拟慢性动物锥虫病的实验疾病模型，并深入分析了脾脏巨噬细胞在调节脾脏髓外造血中的作用。	本研究揭示了组织驻留巨噬细胞（TRMs）在调节脾脏髓外造血中的双重作用，并展示了在慢性感染过程中，巨噬细胞激活状态的复杂性。	NA	研究慢性锥虫感染引起的炎症病理与红细胞分化及贫血诱导之间的平衡。	慢性锥虫感染的实验模型及脾脏巨噬细胞在其中的作用。	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	10个不同毒力的野外分离株