单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15481	2024-08-05	Neural tube-associated boundary caps are a major source of mural cells in the skin 2023-Dec-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.69413 PMID:38095361	研究论文	本文研究了神经管相关的边界帽细胞在皮肤血管中作为重要的壁细胞来源的作用	揭示了边界帽细胞衍生物的多样性及其在小鼠皮肤中的壁细胞来源的潜力	研究主要基于小鼠模型，结果的普遍适用性仍需进一步验证	探讨边界帽细胞在皮肤血管发育中的作用	小鼠中的边界帽细胞衍生物	NA	NA	Cre基础报告细胞追踪和单细胞转录组学	NA	NA	小鼠模型中涉及的数量未具体说明
15482	2024-08-07	Multimodal single-cell datasets characterize antigen-specific CD8+ T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection 2023-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01608-9 PMID:37735591	研究论文	本研究利用多模态测序技术对mRNA疫苗BNT162b2接种前后循环人白细胞进行纵向分析，以表征和量化T细胞反应	本研究定义了CD8 T细胞的转录组、可及染色质景观和免疫表型，并识别了每种模态中的独特生物标志物	NA	研究SARS-CoV-2感染或疫苗接种后抗原特异性CD8+ T细胞的特征	SARS-CoV-2疫苗接种和感染后的抗原特异性CD8+ T细胞	数字病理学	COVID-19	多模态测序技术	NA	单细胞RNA测序数据	接种mRNA疫苗BNT162b2前后收集的循环人白细胞样本
15483	2024-08-05	Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551188 PMID:37577612	研究论文	本文探讨了如何通过常规染色法推断空间转录组学信息，以增强皮肤光老化的大规模分子评估	提出了一种利用常规H&E染色切片推断空间转录组学信息的新方法，以提高评估光老化的可靠性	使用最先进的空间转录组学技术成本高，且不同患者间存在变异性，限制了大规模分子流行病学研究的范围	研究空间转录组学在皮肤光老化评估中的应用潜力	分析261个皮肤标本中4位患者的基底细胞和鳞状细胞肿瘤切片	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学	机器学习模型	基因表达数据	261个皮肤标本，分析4位患者的切片
15484	2024-08-05	Single-cell transcriptomics uncovers cellular architecture and developmental trajectories in hepatoblastoma 2023-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32775 PMID:36059151	研究论文	本研究揭示了肝母细胞瘤的细胞结构和发育轨迹	利用单细胞转录组分析，建立了肝母细胞瘤的细胞层级和亚型分类方法	基于仅五名患者的样本，样本量较小	探讨肝母细胞瘤的肿瘤发生机制及其异质性	肝母细胞瘤患者的肿瘤及配对远端肝组织样本	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	五名肝母细胞瘤患者的样本
15485	2024-08-05	Single-cell sequencing dissects the transcriptional identity of activated fibroblasts and identifies novel persistent distal tubular injury patterns in kidney fibrosis 2023-May-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2880248/v1 PMID:37293022	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了肾纤维化中活化成纤维细胞的转录特征，并识别了新的持久远端小管损伤模式	首次确定了三种具有特定转录特征的成纤维细胞簇，并识别了肾小管损伤的新空间模式	研究未提及样本数量及其具体来源	深入理解肾纤维化的分子机制和促进靶向策略的开发	分析了两种与临床相关的肾纤维化模型中的单细胞转录组特征	数字病理学	慢性肾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
15486	2024-08-07	RhoA GEF Mcf2lb regulates rosette integrity during collective cell migration 2023-Apr-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.19.537573 PMID:37131612	研究论文	本文研究了RhoA GEF Mcf2lb在多细胞迁移过程中对花环结构完整性的调控作用	首次揭示了Mcf2lb通过激活RhoA调控细胞顶端收缩，从而影响花环结构的形成和维持	NA	探究花环结构形成和维持的分子机制	RhoA GEF Mcf2lb在多细胞花环结构中的作用	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序，原位杂交	NA	图像	约150个细胞组成的斑马鱼后侧线原基(pLLP)
15487	2024-08-07	Self-organized BMP signaling dynamics underlie the development and evolution of digit segmentation patterns in birds and mammals 2024-Jan-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304470121 PMID:38175868	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间基因表达分析，结合数学模型，研究了鸟类和哺乳动物趾部分节模式的发育和进化机制	首次揭示了BMP信号通路中的自组织Turing系统如何形成周期性的关节模式，并能重现体内观察到的时空基因表达动态	NA	探讨BMP信号通路在鸟类和哺乳动物趾部分节模式发育中的作用	鸟类和哺乳动物的趾部分节模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	NA
15488	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling of Pancreatic Islets From Early Diabetic Mice Identifies Anxa10 for Ca2+ Allostasis Toward β-Cell Failure 2024-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0212 PMID:37871012	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了早期糖尿病小鼠胰腺胰岛的转录组，发现Anxa10基因在钙离子异稳态中的作用及其与β细胞功能障碍的关系	发现了糖尿病特异性的内分泌和非内分泌细胞类型的转录组景观，并识别了一个新的前糖尿病基因Anxa10，该基因在代谢应激下诱导并调节钙离子流入	NA	揭示2型糖尿病中β细胞功能障碍的全面机制	早期糖尿病小鼠的胰腺胰岛	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	糖尿病db/db小鼠的胰腺胰岛
15489	2024-08-07	Phospholipase A2 Group IIA Is Associated with Inflammatory Hepatocellular Adenoma 2023-Dec-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16010159 PMID:38201587	研究论文	本研究旨在全面调查肝细胞腺瘤（HCA）的亚型分类，并比较分析HCA和肝细胞癌（HCC）组织之间的基因表达谱	发现磷脂酶A2组IIA（PLA2G2A）mRNA在炎症性HCA中特异性表达，这可能有助于炎症性HCA的新定义	研究结果需要通过其他新鲜HCA样本进行验证	研究HCA的亚型分类及其与HCC的基因表达差异	炎症性HCA、非B非C HCC、乙型肝炎病毒相关HCC及正常肝组织	NA	肝细胞腺瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	1个炎症性HCA，3个非B非C HCC，2个乙型肝炎病毒相关HCC，1个正常肝组织样本
15490	2024-08-07	A new insight of immunosuppressive microenvironment in osteosarcoma lung metastasis 2023-06, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.1177/15353702231171900 PMID:37439349	研究论文	本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据，揭示了骨肉瘤肺转移的免疫抑制微环境的复杂性	首次详细分类了骨肉瘤肺转移中的17个细胞集群，并发现CD63在决定T细胞和恶性细胞浸润中的关键作用	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏倚	探讨骨肉瘤肺转移的免疫抑制微环境，为精准治疗提供依据	骨肉瘤肺转移的细胞集群及其免疫特性	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	75,317个细胞，来自两个骨肉瘤肺转移和五个正常肺组织
15491	2024-08-07	Uncovering cell identity through differential stability with Cepo 2021-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00172-2 PMID:38217190	研究论文	本文介绍了Cepo方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因来定义细胞身份	Cepo方法在多个数据集上表现优于现有方法，提高了细胞身份分配和相关应用的准确性	NA	探索细胞身份的定义	单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个数据集
15492	2024-08-07	Modeling gene regulatory networks using neural network architectures 2021-Jul, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00099-8 PMID:38217125	研究论文	本文提出了一种名为DeepSEM的深度生成模型，用于联合推断基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的生物学意义表示	开发了一种神经网络版本的结构方程模型（SEM），明确模拟基因间的调控关系	NA	研究目的是开发一种新方法来分析单细胞RNA测序数据并推断基因调控网络	基因调控网络和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	RNA测序数据	NA
15493	2024-08-07	Enabling single-cell trajectory network enrichment 2021-Feb, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00025-y PMID:38217228	研究论文	本文开发了一种名为Scellnetor的网络约束时间序列聚类算法，用于单细胞测序数据分析，以揭示细胞分化过程中的基因表达网络模式	Scellnetor算法能够提取解释两个发育轨迹调控差异的时间差异基因表达网络模式，将单细胞测序数据分析提升到系统生物学水平	NA	开发新的工具以增强单细胞测序数据在系统生物学层面的分析能力	单细胞测序数据中的细胞分化过程及其基因表达网络模式	系统生物学	NA	scRNA-seq	网络约束时间序列聚类算法	基因表达数据	使用已知特征的实验模型系统进行验证
15494	2024-08-07	HAMSAB diet ameliorates dysfunctional signaling in pancreatic islets in autoimmune diabetes 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108694 PMID:38213620	研究论文	本文研究了HAMSAB饮食对自身免疫性糖尿病中胰腺胰岛功能障碍信号的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了HAMSAB饮食对胰腺胰岛细胞基因表达的影响	研究主要在NOD小鼠模型中进行，需要进一步在人类患者中验证	探讨HAMSAB饮食对改善1型糖尿病血糖控制的作用机制	胰腺胰岛细胞及其中免疫细胞的基因表达	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NOD小鼠
15495	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed T cell marker genes based molecular sub-types and a prognostic signature in lung adenocarcinoma 2024-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50787-w PMID:38200058	研究论文	本研究揭示了基于T细胞标记基因的肺腺癌分子亚型和预后特征	提出了一种基于T细胞标记基因的预后签名，具有预测肺腺癌患者免疫治疗结果的潜力	该研究的特定T细胞贡献尚未得到充分探讨	旨在基于T细胞标记基因 delineate 分子亚型和预后指标	研究肺腺癌（LUAD）中T细胞的作用及其相关基因	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Cox分析	单细胞数据和批量RNA测序数据	NA
15496	2024-08-07	Identification of CD8+ T-cell exhaustion signatures for prognosis in HBV-related hepatocellular carcinoma patients by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Jan-10, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11804-3 PMID:38200408	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别了与HBV相关肝细胞癌患者预后相关的CD8+ T细胞耗竭特征。	建立了新的CD8+ T细胞耗竭指数（TEI）模型，该模型有望预测HBV相关肝细胞癌患者的临床预后和潜在的免疫治疗效果。	NA	研究CD8+ T细胞耗竭特征在HBV相关肝细胞癌患者中的预后价值及免疫治疗反应。	HBV相关肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	NA
15497	2024-08-07	Identifying immune signatures of sepsis to increase diagnostic accuracy in very preterm babies 2024-Jan-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44387-5 PMID:38195661	研究论文	本研究通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和血浆分析，对极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液进行纵向分析，识别出败血症的动态变化的血液免疫特征。	本研究首次识别出即使在C反应蛋白未升高的情况下也能表征败血症的血液免疫特征，并通过单细胞RNA测序验证了败血症期间白细胞中amphiregulin的上调。	NA	研究早期生命败血症相关的免疫途径，并识别可能作为标准测试辅助诊断的免疫分析物。	极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液免疫特征。	数字病理学	新生儿疾病	多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	血液样本	极早产儿（<32周妊娠）的血液样本
15498	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Sequence Profiling on the Morphogenesis of Secondary Hair Follicles in Ordos Fine-Wool Sheep 2024-Jan-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25010584 PMID:38203755	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生过程中的分子机制	首次揭示了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生的分子机制，并通过伪时间分析构建了真皮系细胞和表皮系细胞的分化轨迹	NA	旨在分析Ordos细毛羊毛囊形成过程中的分子机制，以改善其纤维直径和羊毛产量	Ordos细毛羊的次级毛囊形态发生	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
15499	2024-08-05	Integrated Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data Constructs and Validates a Prognostic Model for Non-small Cell Lung Cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90768 PMID:38213729	研究论文	本研究整合了传统的肿瘤大块RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了非小细胞肺癌的预后模型	该研究创新性地将单细胞RNA-seq数据与大块RNA-seq数据相结合，并纳入临床特征来构建预后模型	研究未提及样本的长期随访数据与模型的外部验证	研究旨在为非小细胞肺癌患者开发精确的预后模型	研究对象为非小细胞肺癌患者的数据，包括基因表达和临床特征	数字病理学	肺癌	RNA-seq	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	参与研究的样本数量未明确提及
15500	2024-08-05	Batch correction of single-cell sequencing data via an autoencoder architecture 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad186 PMID:38213820	研究论文	本文开发了一种基于自编码器的批次校正方法，用于整合单细胞测序数据集	提出了一种半监督深度学习架构，能有效去除批次效应并保持生物信号	未提及特定的限制	解决单细胞测序数据集中批次效应的问题	多个来自不同来源的单细胞测序数据集	数字病理学	NA	深度学习	自编码器	基因表达数据	四个单细胞测序数据集