单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15461	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Combined with Transcriptome Sequencing Constructs a Predictive Model of Key Genes in Multiple Sclerosis and Explores Molecular Mechanisms Related to Cellular Communication 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S442684 PMID:38226354	研究论文	本研究结合单细胞测序和转录组测序构建了多发性硬化症中关键基因的预测模型，并探索了与细胞通信相关的分子机制	创新点在于通过单细胞分析与转录组数据相结合，发现新的关键基因并构建了有效的预测模型	本研究的样本数量和数据来源可能限制了结果的普遍性	研究旨在为多发性硬化症的早期诊断和治疗提供新的生物标志物和机制理解	研究对象是多发性硬化症患者的基因表达和免疫细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞测序和转录组测序	LASSO回归	基因表达数据	从基因表达综合数据库中获取的多发性硬化症患者基因表达谱
15462	2024-08-05	Exploring the efficacious constituents and underlying mechanisms of sini decoction for sepsis treatment through network pharmacology and multi-omics 2024-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2023.155212 PMID:38029626	研究论文	本研究通过网络药理学分析探讨了传统中药处方四逆汤在治疗脓毒症的治疗机制	研究首次识别CX3CR1作为影响脓毒症预后的关键分子，并揭示了四逆汤活性成分通过相关途径调节血红素代谢、减少炎症和改善免疫功能的机制	研究可能存在个体差异对四逆汤效果的影响，且未完全阐明所有机制	探讨四逆汤在治疗脓毒症中的治疗机制	以脓毒症患者为研究对象，分析其基因表达和免疫细胞相互作用	数字病理学	脓毒症	网络药理学，单细胞测序	无监督聚类分析	基因表达数据，药物成分数据	脓毒症患者的多个基因模块和免疫细胞群体
15463	2024-08-05	Targeting neuropilin-1 abolishes anti-PD-1-upregulated regulatory T cells and synergizes with 4-1BB agonist for liver cancer treatment 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000320 PMID:36811396	研究论文	本研究探讨了神经元细胞膜蛋白-1对抗PD-1上调的调节性T细胞的影响，并与4-1BB激动剂协同用于肝癌治疗	揭示了抗PD-1治疗通过神经元细胞膜蛋白-1调节肝细胞癌中的调节性T细胞积累的潜在机制	研究可能未对所有肝癌模型进行广泛验证，可能限制了结果的普遍性	探讨调节性T细胞在肝细胞癌治疗中的作用及其与抗PD-1和4-1BB激动剂的协同效果	主要研究肝细胞癌（HCC）中的调节性T细胞及其与抗PD-1治疗的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	人源化肝细胞癌模型	基因组数据	NA
15464	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of liver fine-needle aspirates captures immune diversity in the blood and liver in chronic hepatitis B patients 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000438 PMID:37158243	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，通过肝细针穿刺获取慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本，比较了两种单细胞RNA测序技术（Seq-Well S3和10× Chromium）在捕捉肝脏细胞多样性方面的效果，并分析了不同细胞类型在血液和肝脏中的转录组差异。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，系统比较了慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性，并发现Seq-Well S3技术能有效捕捉到10× Chromium技术未能捕捉到的中性粒细胞。	研究主要依赖于两种特定的单细胞RNA测序技术，可能存在技术偏倚；此外，样本量未在摘要中明确提及，可能影响研究结果的普遍性。	克服肝脏采样的实际障碍，通过细针穿刺和单细胞RNA测序技术，全面比较慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性。	慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本。	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本量未在摘要中提及
15465	2024-08-07	Identification and characterization of a hepatic IL-13-producing ILC3-like population potentially involved in liver fibrosis 2023-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000350 PMID:37029085	研究论文	本文详细研究了人体肝脏中的固有淋巴细胞（ILCs）在健康和纤维化肝脏中的组成及其在慢性肝病中的潜在作用	发现了一种先前未被描述的IL-13产生型ILC3样细胞亚群，该细胞在人体肝脏中富集，可能参与调节慢性肝病	NA	研究肝脏中固有淋巴细胞的组成及其在慢性肝病中的作用	肝脏中的固有淋巴细胞（ILCs）	NA	肝纤维化	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	总共分析了50个肝脏样本（非纤维化=22，纤维化=29），以及结肠和扁桃体组织（各14个）和外周血（32个）
15466	2024-08-07	A neuroepithelial wave of BMP signalling drives anteroposterior specification of the tuberal hypothalamus 2023-02-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.83133 PMID:36718990	研究论文	本研究结合实验和生物信息学方法，探讨了胚胎期鸡的管状下丘脑前-后方向的生成机制	首次揭示了神经上皮来源的BMP信号波在胚胎发育中驱动管状下丘脑前-后方向特化的过程	NA	阐明管状下丘脑在胚胎发育中的细胞和信号通路特化机制	管状下丘脑的生成过程及其调控机制	NA	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	胚胎期鸡
15467	2024-08-07	Development and Optimization of a Prognostic Model Associated with Stemness Genes in Hepatocellular Carcinoma 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/9168441 PMID:36246969	研究论文	本研究旨在开发一种基于干细胞相关基因的预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）患者的预后，以优化治疗方案	本研究通过单细胞测序数据筛选与干细胞相关的差异表达基因，并利用LASSO回归分析构建了一个包含18个干细胞相关基因的预测模型，该模型能有效预测HCC患者的总体生存率	NA	开发和优化与干细胞基因相关的肝细胞癌预后模型	肝细胞癌（HCC）患者的预后评估	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO回归	基因表达数据	使用了TCGA和GSE14520两个队列的数据
15468	2024-08-05	Single-cell multi-omics in the study of digestive system cancers 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.007 PMID:38223343	review	本文全面回顾了单细胞组学技术在消化系统癌症研究中的进展	文章创新性地总结了单细胞多组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用及其未来发展趋势	文章未提及具体的实验数据或样本量	研究消化系统癌症的单细胞组学技术的应用	消化系统癌症	数字病理学	消化系统癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
15469	2024-08-07	T proliferating cells derived autophagy signature associated with prognosis and immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108701 PMID:38222108	研究论文	本研究通过手动整理自噬基因集，并在TCGA队列中比较恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌自噬特征，该特征源自T增殖细胞，并通过多个单细胞RNA测序数据集进行验证	首次揭示了泛癌自噬特征与免疫治疗抵抗和预后之间的关系，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞间相互作用	NA	探讨自噬特征在泛癌中的免疫治疗预测作用及其机制调控	泛癌自噬特征及其与免疫治疗抵抗和预后的关联	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及转移性肾细胞癌、非小细胞肺癌、膀胱癌和黑色素瘤等多个队列
15470	2024-08-07	Expression of PD-1 mitigates phagocytic activities TAM in osteosarcoma 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23498 PMID:38223729	研究论文	本研究探讨了程序性死亡1（PD-1）在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的表达及其对骨肉瘤（OS）转移的影响	首次揭示了PD-1在TAMs中的表达抑制其吞噬能力，从而促进骨肉瘤转移的机制	NA	研究PD-1在TAMs中的表达对骨肉瘤转移的影响及其机制	骨肉瘤肺转移中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	15500个来自人骨肉瘤肺转移病变的单个细胞
15471	2024-08-05	What role does GPR65 play in the progression of osteosarcoma? Its mechanism and clinical significance 2024-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03216-5 PMID:38218960	研究论文	本研究旨在探讨GPR65在骨肉瘤的微环境、增殖及迁移中的作用	首次阐明GPR65在骨肉瘤发展中的作用及其机制，强调其作为预后生物标志物的潜力	研究样本均为术后标本，可能影响结果的普适性	探索GPR65在骨肉瘤进展中的机制及其临床意义	97名骨肉瘤患者的转录组数据及六个术后标本的单细胞测序数据	数字病理学	骨肉瘤	RNA-seq, 单细胞测序	NA	生物样本数据	97名骨肉瘤患者和六个手术标本
15472	2024-08-05	BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data 2024-Jan-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44560-w PMID:38218939	研究论文	本研究提出了一种名为BIDCell的自监督深度学习框架，用于亚细胞空间转录组数据的分割	BIDCell引入了生物学启发的损失函数，通过学习空间分布的基因表达与细胞形态之间的关系，克服了传统方法在细胞分割中的挑战	未提及具体的局限性	提高单细胞空间表达分析的精确度	使用来自公共库的单细胞转录组数据和细胞形态信息进行细胞分割	数字病理学	NA	自监督深度学习	NA	空间转录组数据	NA
15473	2024-08-05	Zhilong Huoxue Tongyu capsule alleviates myocardial fibrosis by improving endothelial cell dysfunction 2024-Jan, Journal of traditional and complementary medicine IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.jtcme.2023.07.001 PMID:38223805	研究论文	该论文研究了智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的影响	首次提供了智龙活血通瘀胶囊通过调节内皮-间质转化和MHC-II表达来改善心肌纤维化的证据	缺乏对长期疗效和作用机制的深入探讨	研究智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的治疗效果	心肌纤维化过程中受到影响的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	免疫荧光染色、组织染色	小鼠模型	生物标志物、心脏超声波和组织学数据	使用异丙肾上腺素注射建立的小鼠模型
15474	2024-08-07	Single-cell transcriptomes of kidneys in a 6-month-old boy with Denys-Drash syndrome reveal stromal cell heterogeneity in the tumor microenvironment 2024-Jan, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad277 PMID:38223339	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索了Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞异质性	发现了一个新的WT1基因突变，并通过单细胞RNA测序揭示了Wilms肿瘤和肾脏组织中的细胞成分异质性	NA	探索Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞成分和相互作用	Denys-Drash综合征患者的肾脏组织	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	31,135个细胞
15475	2024-08-07	Multi-context genetic modeling of transcriptional regulation resolves novel disease loci 2022-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33212-0 PMID:36171194	研究论文	本文介绍了一种名为CONTENT的新方法，该方法利用多上下文表达研究中的个体内部相关性，通过跨上下文的错误发现校正提高功率，并生成上下文特定和上下文共享的表达成分。	CONTENT方法通过利用跨上下文的相关结构，提高了遗传预测基因的数量，并在转录组关联研究中增加了位点-表型关联的发现数量。	NA	提高转录组关联研究（TWAS）的解释和发现与复杂性状相关基因的能力。	多组织和单细胞RNA-seq数据集。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多组织和单细胞数据集，具体样本数量未详细说明。
15476	2024-08-07	Spatial transcriptomic reconstruction of the mouse olfactory glomerular map suggests principles of odor processing 2022-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01030-8 PMID:35314823	research paper	本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习技术，生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的地图	本研究首次生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的详细地图，并提出了可能的组织原则，有助于大脑进行气味解码	研究仅限于小鼠嗅球中的glomeruli位置，未涉及其他物种或更广泛的嗅觉系统功能	探究小鼠嗅球中glomeruli位置与气味辨别之间的关系	小鼠嗅球中的glomeruli位置及其在气味处理中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	机器学习	转录组数据	未具体说明样本数量
15477	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023 2024-Jan-13, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad077 PMID:37934608	综述	本文概述了2023年单细胞RNA测序技术的发展与应用	提出了多种单细胞RNA测序技术的比较及其在干细胞研究中的重要性	未具体讨论各技术在不同实验场景下的优缺点	提供单细胞RNA测序技术的全景视图及其在细胞生物学和疾病机制研究中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术	数字病理学	NA	RNA测序	NA	NA	NA
15478	2024-08-05	Update on Biomarkers in Renal Cell Carcinoma 2024-Jan, American Society of Clinical Oncology educational book. American Society of Clinical Oncology. Annual Meeting DOI:10.1200/EDBK_430734 PMID:38207251	研究论文	该文章更新了肾细胞癌生物标志物的相关进展	本文创新性地探索了宿主因素及其对免疫系统的深入特征化，并提出了新技术以克服现有技术面临的挑战	尽管对肿瘤内在特征进行了广泛研究，但尚未提供明确和可靠的预测生物标志物	本文旨在识别能够预测治疗反应和耐药性的生物标志物	研究对象主要是肾细胞癌及其相关的生物标志物	肿瘤病理学	肾癌	NA	NA	NA	NA
15479	2024-08-07	A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection 2024-Jan, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029 PMID:38056513	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析，发现钙结合蛋白S100A8/S100A9在主动脉夹层中作为新的治疗靶点	首次确定S100A8/S100A9作为主动脉夹层的治疗靶点，并通过药物ABR-25757验证其安全性和有效性	NA	发现主动脉夹层的新治疗靶点	主动脉夹层患者和对照组的升主动脉样本	心血管疾病	主动脉夹层	蛋白质组学分析	NA	蛋白质数据	NA
15480	2024-08-05	Pancancer analysis reveals the role of disulfidptosis in predicting prognosis, immune infiltration and immunotherapy response in tumors 2023-Dec-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036830 PMID:38206694	研究论文	本研究构建了多组学数据分析，揭示了二硫化死亡在肿瘤中的作用。	提出了二硫化死亡作为癌症治疗的新策略，并系统分析了其在多种肿瘤中的作用。	样本规模和数据库选择可能影响结果的普遍性。	探讨二硫化死亡在预测肿瘤预后、免疫浸润和免疫治疗反应中的作用。	33种肿瘤的数据以及与二硫化死亡相关的基因。	数字病理学	NA	多组学数据分析	NA	基因表达数据	33种肿瘤