单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15441	2024-08-05	SORC: an integrated spatial omics resource in cancer 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad820 PMID:37811897	研究论文	本文开发了一个集成的癌症空间组学资源（SORC），用于交互式可视化和分析癌症中的空间转录组数据	SORC整合了17种癌症的空间转录组数据，并提供了多种分析模块以满足空间转录组学分析的关键需求	目前的空间转录组数据主要集中在17种癌症，可能不代表所有癌症类型	研究肿瘤细胞与微环境之间的相互作用，以揭示癌症的复杂动态	手动整理的空间转录组数据和引用的单细胞RNA测序数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	NA	空间转录组数据	722899个点和269个切片的数据，涉及334379个细胞和46种不同的细胞类型
15442	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomic Sequencing Reveals Tissue Architecture and Deciphers Pathological Reprogramming During Retinal Ischemia in Macaca fascicularis 2024-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.1.27 PMID:38214685	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了猕猴视网膜缺血过程中的组织结构变化和病理重编程	首次使用单细胞RNA测序技术研究急性视网膜动脉缺血疾病的分子复杂性	NA	旨在理解急性视网膜动脉缺血疾病的分子机制	猕猴视网膜在缺血条件下的细胞和分子变化	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两例猕猴的视网膜样本
15443	2024-08-05	Alzheimer's Disease and Aging Association: Identification and Validation of Related Genes 2024, The journal of prevention of Alzheimer's disease DOI:10.14283/jpad.2023.101 PMID:38230733	研究论文	本研究旨在通过生物信息学分析识别与阿尔茨海默病相关的潜在衰老基因	本文创新性地结合了衰老相关基因和差异表达基因，以识别新的生物标志物和潜在药物	使用的数据集可能存在偏倚，结果的泛化能力需在更大样本中验证	研究衰老与阿尔茨海默病之间的关系，识别相关基因	选取与阿尔茨海默病相关的衰老基因	数字病理学	阿尔茨海默病	生物信息学分析	NA	基因表达数据	共计582个样本来自GSE36980和GSE5281数据集
15444	2024-08-05	Single-cell RNA-Seq Elucidates the Crosstalk Between Cancer Stem Cells and the Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.92185 PMID:38230205	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序阐明了肝细胞癌中癌症干细胞与肿瘤微环境之间的相互作用	本文创新性地揭示了癌症干细胞和肿瘤微环境中基质细胞或免疫细胞之间的相互作用机制，并建立了一种预后风险模型	缺乏对CSC与TME中特定细胞类型间更细致的交互作用的研究	探讨肝细胞癌中癌症干细胞与肿瘤微环境的相互作用及其影响机制	研究对象为16例肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习算法	基因组数据	16名肝细胞癌患者的样本
15445	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Data Analysis Unveiled HDAC1 as the Therapeutic Target for Chronic Pancreatitis 2024-Jan, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-023-00718-x PMID:37022596	研究论文	本研究揭示了HDAC1作为慢性胰腺炎的治疗靶点	通过单细胞测序数据发现HDAC1的过表达，并验证其在小鼠模型中的功能	缺乏临床试验数据来支持HDAC1作为靶点的有效性	探索慢性胰腺炎的治疗生物标志物	主要研究特发性慢性胰腺炎患者的基因表达变化	数字病理学	胰腺炎	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	208个特发性慢性胰腺炎患者的基因
15446	2024-08-07	Whole-embryo scRNA-seq of mouse development 2024-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-023-01633-2 PMID:38110717	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15447	2024-08-07	Exploring the resistance mechanism of triple-negative breast cancer to paclitaxel through the scRNA-seq analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0297260 PMID:38227591	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析探索三阴性乳腺癌对紫杉醇的耐药机制。	识别了与紫杉醇耐药相关的三个关键转录因子和它们的抑制剂，为临床治疗提供了新的分子基础和指导。	研究仅基于从GEO数据库下载的数据，可能需要进一步的实验验证。	揭示三阴性乳腺癌对紫杉醇的耐药机制，寻找新的治疗靶点。	三阴性乳腺癌细胞对紫杉醇的耐药性。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	2798个细胞
15448	2024-08-07	Characterization of the Immune Microenvironment and Identification of Biomarkers in Chronic Rhinosinusitis with Nasal Polyps Using Single-Cell RNA Sequencing and Transcriptome Analysis 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S440409 PMID:38229690	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和转录组分析技术，研究慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）的免疫微环境，并鉴定相关的生物标志物	本研究首次整合单细胞RNA测序和全转录组测序技术，筛选并鉴定了与CRSwNP进展相关的树突状细胞（DC）相关生物标志物	NA	阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的病理机制，并探索相关的生物标志物	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻黏膜免疫防御机制	数字病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
15449	2024-08-05	Decoding mTOR signalling heterogeneity in the tumour microenvironment using multiplexed imaging and graph convolutional networks 2023-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.30.573693 PMID:38234756	研究论文	这篇文章探讨了肿瘤微环境中mTOR信号的异质性及其对患者预后的影响	使用高度多重化的数据集和图卷积网络揭示了mTOR信号在肿瘤和免疫区室中的异质激活模式	本文未提及任何限制	研究肿瘤微环境中mTOR信号对结直肠肿瘤患者预后的影响	746个结直肠肿瘤样本	数字病理学	结直肠癌	多重成像	图神经网络	标记数据	746个肿瘤样本
15450	2024-08-05	Personalized Immunotherapy of Patients: Defining by Single-cell RNA-seq with Artificial Intelligence 2023-Aug, Medical research archives DOI:10.18103/mra.v11i8.4293 PMID:37736242	研究论文	这篇文章探讨了使用单细胞RNA测序和人工智能来个性化患者的免疫疗法	结合机器学习模型的单细胞RNA测序数据，用于评估个体患者的最佳免疫疗法和药物组合	研究中可能缺乏与其他疗法直接比较的长期临床数据	旨在提高临床免疫疗法的有效性，降低不良反应和临床应用成本	研究了肿瘤浸润淋巴细胞的基因组学，包括详述的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因组数据	包括多种免疫细胞治疗相关的数据和临床试验数据
15451	2024-08-05	Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551187 PMID:37577686	研究论文	本文探讨了空间组学数据与图基深度学习在癌症病理分析中的结合	提出了一种对比性交叉模态预训练机制，利用空间转录组学数据来生成深度学习模型	未提及具体的样本数量和数据来源限制	旨在改善图基深度学习模型在病理切片分析中的表现	利用空间转录组学数据与组织学成像数据进行癌症分期和预后预测	数字病理学	癌症	空间转录组学	图基深度学习	图像	NA
15452	2024-08-05	A spatially resolved single cell genomic atlas of the adult human breast 2023-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.22.537946 PMID:37163043	研究论文	本文构建了一个成人人的乳腺单细胞基因组图谱	首次以单细胞和空间分辨率构建了全面的人类乳腺细胞图谱	对非上皮细胞类型的研究仍然相对不足	研究成人正常乳腺组织，以了解乳腺生物学和相关疾病状态	535,941个细胞和120,024个细胞核的数据来自62名和20名女性	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	535,941个细胞和120,024个细胞核
15453	2024-08-07	Gastric Stem Cell Biology and Helicobacter pylori Infection 2023, Current topics in microbiology and immunology DOI:10.1007/978-3-031-47331-9_1 PMID:38231213	研究论文	研究幽门螺杆菌感染对胃干细胞生物学的影响及其在胃癌发展中的作用	利用细胞系追踪、类器官和单细胞RNA测序技术，深入了解正常稳态和感染状态下上皮和间质细胞亚型的分子“身份”，并揭示了幽门螺杆菌感染下干细胞（微环境）行为的原理	NA	探讨幽门螺杆菌感染如何影响胃干细胞行为及其在胃癌发展中的作用	胃干细胞、幽门螺杆菌感染、胃癌发展	数字病理学	胃癌	细胞系追踪、类器官、单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
15454	2024-08-07	Targeting epigenetic modifiers to reprogramme macrophages in non-resolving inflammation-driven atherosclerosis 2021-Sep, European heart journal open DOI:10.1093/ehjopen/oeab022 PMID:35919269	综述	本文综述了表观遗传修饰在非消退性炎症驱动下的动脉粥样硬化中重编程巨噬细胞的作用	探讨了表观遗传修饰在动脉粥样硬化和相关炎症中的作用，并提出了针对这些修饰的潜在抗炎治疗策略	对表观遗传修饰在动脉粥样硬化中的研究仍处于初级阶段	探讨表观遗传修饰在动脉粥样硬化发病和进展中非控制性炎症的机制	动脉粥样硬化中的巨噬细胞及其表观遗传修饰	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
15455	2024-08-05	Spatial transcriptomic interrogation of the tumour-stroma boundary in a 3D engineered model of ameloblastoma 2024-Feb, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2023.100923 PMID:38226014	研究论文	本文研究了在3D设计的肿瘤-基质模型中，肿瘤-基质边界的空间转录组学特征	首次展示了肿瘤细胞基因表达如何受到不同基质细胞存在的影响	研究可能限制在特定类型的基质细胞与肿瘤细胞之间的相互作用	研究肿瘤微环境中基质细胞对肿瘤行为的影响	使用工程化的多腔肿瘤体进行研究，以探讨不同基质对肿瘤细胞的影响	数字病理学	NA	空间转录组学	多腔肿瘤体	基因表达数据	多个工程化肿瘤模型样本
15456	2024-08-05	SORCS2 activity in pancreatic α-cells safeguards insulin granule formation and release from glucose-stressed β-cells 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108725 PMID:38226160	研究论文	研究了SORTS2在胰腺α细胞中的作用，保护胰腺β细胞在葡萄糖压力下的胰岛素颗粒形成和释放	首次揭示SORTS2在胰腺中的作用及其对胰腺β细胞的保护机制	研究仅限于SORCS2缺失小鼠，可能无法完全代表人类胰腺功能	探讨SORTS2在胰腺尤其是胰岛α细胞中的生理功能	SORCS2缺失小鼠及其胰腺组织	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	胰腺组织	SORCS2缺失小鼠的胰腺组织
15457	2024-08-05	Bisphenol A Analogues Induce Neuroendocrine Disruption via Gut-Brain Regulation in Zebrafish 2024-Jan-16, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.3c05282 PMID:38165294	研究论文	本研究探讨了双酚A及其类似物通过肠脑调节导致神经内分泌干扰的机制	揭示了双酚G和双酚AF对神经内分泌系统的不同影响机制	尚未充分了解这些物质在更复杂生物系统中的长期影响	揭示双酚化合物对神经内分泌功能的影响机制	斑马鱼胚胎和转基因斑马鱼	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物学数据	斑马鱼胚胎和幼鱼，具体数量未说明
15458	2024-08-07	Single-cell insights into development of the bovine placenta† 2024-Jan-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioad123 PMID:37707543	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析（scRNA-seq）探索了牛胎盘发育的细胞和分子机制	首次通过单细胞转录组分析揭示了牛胎盘发育过程中的细胞类型及其发育轨迹，并识别了调控胎盘发育的关键转录因子	研究仅限于特定发育阶段的样本，可能无法全面反映整个胎盘发育过程	揭示牛胎盘发育的细胞和分子机制	牛胎盘的细胞类型及其发育轨迹	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	17天、24天、30天和50天的牛胚胎样本，每组3-4个样本
15459	2024-08-05	CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad782 PMID:37791883	研究文章	本文介绍了CROST，一个综合的空间转录组数据库	建立了一个包括182个空间转录组数据集的数据库，并提供在线工具供用户分析数据	当前数据库的可用性有限，可能无法涵盖所有相关数据	旨在提供一个全面的平台来访问和分析空间转录组数据	涉及来自不同物种、器官和疾病的高质量空间转录组样本	数字病理学	肿瘤	空间转录组测序	NA	转录组数据	包含182个空间转录组数据集和1033个子数据集
15460	2024-08-07	scPlantDB: a comprehensive database for exploring cell types and markers of plant cell atlases 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad706 PMID:37638765	research paper	本文介绍了一个名为scPlantDB的植物单细胞数据库的构建方法	scPlantDB整合了来自17种植物的67个高质量数据集，约250万个细胞的单细胞转录组数据，提供了单细胞水平的基因表达交互可视化	NA	构建一个全面的植物单细胞数据库，以探索植物细胞图谱中的细胞类型和标记	植物细胞类型和标记	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	约250万个细胞