单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 15421 - 15440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15421 | 2024-08-07 |
Engineering a niche supporting hematopoietic stem cell development using integrated single-cell transcriptomics
2022-03-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28781-z
PMID:35332125
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了从胚胎动脉血管中的造血内皮细胞向造血干细胞过渡的转录组特征，并识别了支持造血干细胞成熟和自我更新的信号分子。 | 本文通过伪时间排序揭示了造血内皮细胞向造血干细胞过渡过程中的基因表达动态，并识别了特定表达于发育中的造血干细胞的表面受体及其相应的配体。 | NA | 研究造血干细胞发育所需的信号交互作用，并推进造血干细胞在治疗应用中的工程化目标。 | 造血干细胞（HSCs）及其发育过程中的信号分子。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 胚胎动脉血管区域（AGM）来源的细胞 |
| 15422 | 2024-08-05 |
Comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods for ex vivo drug screening
2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae001
PMID:38288374
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研究论文 | 本研究比较了三种高通量单细胞RNA测序方法用于药物筛选的效果 | 该研究展示了一种集成实验系统，能够在一次单细胞测序实验中实现多种药物条件的条形码标记 | 本文未提及不同药物条件下的具体影响以及所使用细胞系的局限性 | 优化基于癌细胞特征的个性化药物选择 | 研究重点为糖皮质激素耐药的急性淋巴细胞白血病E/R+ Reh细胞系 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 27,327个细胞 |
| 15423 | 2024-08-05 |
DMT-EV: An Explainable Deep Network for Dimension Reduction
2024-Mar, IEEE transactions on visualization and computer graphics
IF:4.7Q1
DOI:10.1109/TVCG.2022.3223399
PMID:36409811
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研究论文 | DMT-EV是一种可解释的深度网络，用于进行维度减少。 | 提出了一种新方法DMT-EV，结合了优秀的结构保持性能和可解释性。 | 未提及具体的局限性 | 探索和改进维度减少技术的性能和可解释性。 | 高维数据的嵌入过程和结构保持。 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | NA | 高维数据 | NA |
| 15424 | 2024-08-07 |
Thrombospondin 2 is a key determinant of fibrogenesis in non-alcoholic fatty liver disease
2024-Feb, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15792
PMID:38010940
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研究论文 | 本研究旨在确定非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中表达血栓调节蛋白2（THBS2/TSP2）的特定细胞，并探讨THBS2/TSP2上调的潜在机制 | 首次揭示了THBS2/TSP2在NAFLD患者肝星状细胞（HSCs）中的高表达，并发现其与纤维化进程的相关性 | NA | 研究THBS2/TSP2在NAFLD中的表达及其对纤维化的影响 | 非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者的肝细胞和肝星状细胞（HSCs） | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量聚合酶链反应（qPCR） | NA | 基因数据 | 分析了包含1433个可变基因的遗传数据集，使用了来自NAFLD患者的肝脏组织和LX-2细胞 |
| 15425 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell, fibroblast, and key gene alterations in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2024-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52341-8
PMID:38280891
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞、成纤维细胞及关键基因的改变 | 首次在单细胞水平上揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞和成纤维细胞的动态变化及关键基因WFDC2和CCL26的作用 | NA | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉发展过程中上皮细胞和成纤维细胞的变化及其关键基因 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的上皮细胞、成纤维细胞及关键基因 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 15426 | 2024-08-07 |
A resource of single-cell gene expression profiles in a planarian Dugesia japonica
2024-Jan, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12893
PMID:37779230
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研究论文 | 本文收集了Dugesia japonica细胞并进行了单细胞RNA测序分析，通过一种新颖的自动迭代细胞聚类策略，生成了包含3,404个细胞的数据集，这些细胞可根据基因表达谱分为63种细胞类型 | 引入了一种新颖的自动迭代细胞聚类策略，生成了包含3,404个细胞的数据集，并展示了该数据集在功能相关基因表达分析中的应用 | NA | 研究Dugesia japonica中的干细胞和再生机制 | Dugesia japonica的单细胞基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 3,404个细胞 |
| 15427 | 2024-08-07 |
Intratumor APOL3 delineates a distinctive immunogenic ferroptosis subset with prognosis prediction in colorectal cancer
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16009
PMID:37986654
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研究论文 | 本研究探讨了APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3被发现促进免疫活性微环境，通过促进铁死亡、下调巨噬细胞和上调CD8+ T细胞浸润，作为独立预后因子和预测标志物 | NA | 研究APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3在结直肠癌中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录数据, 蛋白质表达 | 911个肿瘤微阵列样本, 412个转录数据样本, 30个单细胞RNA测序样本 |
| 15428 | 2024-08-07 |
Identification of target cells of human papillomavirus 18 using squamocolumnar junction organoids
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15988
PMID:37996972
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研究论文 | 本研究通过建立HPV18LCR-GFP载体并将其转导至患者来源的鳞状柱状交界处类器官，以识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | 本研究建立了一种新的实验模型，用于识别HPV18早期启动子活性的相关基因，这些分子可能作为HPV18感染宫颈病变的治疗靶点 | NA | 识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | HPV18感染的细胞及其复制机制 | NA | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | GFP阳性细胞和GFP阴性细胞 |
| 15429 | 2024-08-07 |
A novel iTreg-related signature for prognostic prediction in lung adenocarcinoma
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16015
PMID:38015097
|
研究论文 | 本研究探讨了诱导性调节T细胞（iTregs）相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后价值和治疗效果 | 构建了一个基于七个iTreg相关基因的预后风险特征，用于预测肺腺癌患者的预后和化疗敏感性 | NA | 识别肺腺癌的新型预后生物标志物 | 肺腺癌患者及其iTreg相关基因 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | RNA测序数据 | 数据来自The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus和Tumor Immune Single-cell Hub 2数据库的LUAD患者 |
| 15430 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of corneal organoids during development
2023-12-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.022
PMID:38039970
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的角膜类器官在1至4个月发育过程中的细胞异质性 | 首次详细描述了角膜类器官在成熟过程中的细胞组成和分化动态 | NA | 研究角膜类器官在不同发育阶段的细胞异质性及其与胎儿角膜发育的比较 | 人诱导多能干细胞衍生的角膜类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1至4个月大的角膜类器官样本 |
| 15431 | 2024-08-05 |
SINGLE CELL DISSECTION OF DEVELOPMENTAL ORIGINS AND TRANSCRIPTIONAL HETEROGENEITY IN B-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA
2023-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569954
PMID:38106088
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的发育起源和转录异质性 | 首次直接分析肿瘤内异质性与细胞起源，提供了对B-ALL样本发育状态组成的推断 | 未阐明单细胞分析的所有适用情况，可能存在样本量和种类的限制 | 利用scRNA-seq探索B-ALL的转录程序变异和发育状态 | 89个B-ALL样本 | 数字病理学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 89个B-ALL样本 |
| 15432 | 2024-08-07 |
Exploring the role of LIAS-related cuproptosis in systemic lupus erythematosus
2023-Dec, Lupus
IF:1.9Q3
DOI:10.1177/09612033231211429
PMID:37903189
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研究论文 | 本研究探讨了LIAS相关铜死亡在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 首次深入研究了铜死亡相关基因在系统性红斑狼疮中的分子机制 | 研究主要基于RNA测序数据，可能需要更多实验验证 | 探索铜死亡及其相关基因在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | NA | RNA | 系统性红斑狼疮患者和健康个体的外周血单个核细胞样本 |
| 15433 | 2024-08-05 |
CellTICS: an explainable neural network for cell-type identification and interpretation based on single-cell RNA-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad449
PMID:38061196
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研究论文 | CellTICS是一个用于基于单细胞RNA-seq数据的细胞类型识别和解释的可解释神经网络 | CellTICS通过优先考虑细胞特异性表达的标记基因和生物路径层次结构，提供了一种生物学上可解释的方法，并能揭示定义细胞类型的通路 | 目前尚未提及该方法的具体局限性 | 旨在理解细胞类型的功能单位及其共享功能的生物学基础 | 研究对象是细胞类型及相关的生物路径 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA-seq数据 | NA |
| 15434 | 2024-08-07 |
Tick extracellular vesicles impair epidermal homeostasis through immune-epithelial networks during hematophagy
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566612
PMID:37986907
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研究论文 | 研究通过结合单细胞RNA测序、流式细胞术、小鼠遗传学和活体显微镜等方法，探讨了蜱虫外泌体如何通过干扰组织修复相关网络来破坏表皮稳态。 | 首次揭示了蜱虫外泌体通过影响表皮γδ T细胞频率和共受体表达，进而影响角质形成细胞功能，从而干扰组织修复过程。 | 研究主要集中在小鼠模型和特定的蜱虫种类，可能不完全适用于所有蜱虫种类或人类。 | 探讨蜱虫外泌体如何影响表皮稳态和组织修复过程。 | 蜱虫外泌体、表皮稳态、组织修复过程、γδ T细胞、角质形成细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术、活体显微镜 | NA | RNA | 涉及三种具有医学重要性的蜱虫种类和野生型动物的皮肤表皮样本 |
| 15435 | 2024-08-05 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SAHMI的计算资源，用于从哺乳动物组织的转录组测序中识别真实存在的微生物核酸并过滤掉污染物和虚假的分类分配 | 提出了一种新的计算工具SAHMI，能够有效区分真菌和污染物，从而改善微生物信号的识别 | 可能需要进一步验证SAHMI在不同组织和样本类型中的普适性 | 研究如何从单细胞测序中去噪稀疏的微生物信号 | 哺乳动物组织中的微生物和宿主细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组测序 | 计算资源 | 基因组数据 | 多种组织中的已知微生物感染 |
| 15436 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of ADSC Interactions with Fibroblasts and Endothelial Cells in Scleroderma Skin
2023-07-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12131784
PMID:37443817
|
研究论文 | 本文通过模拟ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用，旨在揭示其抗纤维化和抗炎作用的机制。 | 本文利用单细胞RNA测序数据和生物信息学工具，探索了ADSCs与成纤维细胞和内皮细胞的配体-受体相互作用，并发现了与炎症和细胞外基质相互作用相关的差异表达基因。 | 本文主要基于模拟和数据分析，尚未进行实验验证，因此其发现的机制需要进一步的实验支持。 | 揭示ADSCs在硬皮病皮肤中的抗纤维化和抗炎作用机制。 | ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用。 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 3名瘦患者和10名对照组及12名硬皮病患者 |
| 15437 | 2024-08-07 |
scViewer: An Interactive Single-Cell Gene Expression Visualization Tool
2023-05-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12111489
PMID:37296611
|
研究论文 | 介绍了一个名为scViewer的交互式单细胞基因表达可视化工具，该工具基于R/Shiny应用程序，旨在简化scRNA-seq数据的分析和可视化 | scViewer提供了一个用户友好的图形用户界面，支持细胞类型特异性基因表达、基因共表达分析以及考虑细胞和样本水平变化的差异表达分析 | NA | 开发一个易于探索的单细胞基因表达可视化工具，以促进scRNA-seq数据的多条件比较分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了一个公开的阿尔茨海默病研究中的脑细胞数据集 |
| 15438 | 2024-08-07 |
Impact of ferroptosis-related risk genes on macrophage M1/M2 polarization and prognosis in glioblastoma
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1294029
PMID:38283752
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研究论文 | 研究铁死亡相关风险基因对胶质母细胞瘤中巨噬细胞M1/M2极化及患者预后的影响 | 首次探讨了十四种铁死亡相关风险基因在胶质母细胞瘤中的作用，并阐明了这些基因对M1/M2巨噬细胞极化和患者预后的影响 | NA | 探索铁死亡对胶质母细胞瘤中巨噬细胞极化和患者预后的影响 | 铁死亡相关风险基因、巨噬细胞M1/M2极化、患者预后 | 数字病理学 | 脑癌 | LASSO Cox回归模型、CIBERSORTx反卷积算法、qPCR、western blot | NA | 基因表达数据 | 包括来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)、中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)和一个单细胞RNA测序数据集(GSE84465)的样本 |
| 15439 | 2024-08-07 |
SCIFER: approach for analysis of LINE-1 mRNA expression in single cells at a single locus resolution
2022-Aug-26, Mobile DNA
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13100-022-00276-0
PMID:36028901
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研究论文 | 介绍了一种名为SCIFER的方法，用于在单细胞RNA测序数据集中以单个位点分辨率量化移动元素的表达 | SCIFER通过唯一地比对单细胞RNA测序读取到基因组并提取单细胞的比对，提高了L1位点识别的准确性 | NA | 研究L1 mRNA在单细胞中的表达模式，特别是在单个位点分辨率下 | L1 mRNA在单细胞中的表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了来自人类和小鼠的睾丸的单细胞RNA测序数据集 |
| 15440 | 2024-08-07 |
A single-cell landscape of high-grade serous ovarian cancer
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0926-0
PMID:32572264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了11名高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者腹水样本中的约11,000个细胞，全面表征了HGSOC腹水生态系统 | 发现了腹水细胞组成的显著患者间变异性，包括免疫调节性成纤维细胞亚群和二分法巨噬细胞群体，并揭示了恶性细胞的异质性部分由异质性拷贝数改变模式或干细胞程序表达所解释 | NA | 全面表征高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）腹水生态系统 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的腹水细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 22个腹水样本，11名患者 |