单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 15401 - 15420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15401 | 2024-08-07 |
Immune characteristics of kidney transplant recipients with acute respiratory distress syndrome induced by COVID-19 at single-cell resolution
2024-Jan-18, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02682-9
PMID:38238762
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，构建了肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞免疫图谱，以探讨COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在KTRs中的免疫微环境异质性 | 本研究首次在单细胞分辨率下探讨了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征，揭示了KTRs在病毒感染和免疫抑制双重影响下的免疫微环境异质性 | 研究样本量较小，仅包括八名COVID-19诱导的ARDS患者和五名KTRs，可能影响结果的普遍性 | 旨在深入理解COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征 | 肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 八名COVID-19诱导的ARDS患者，五名KTRs，五名健康个体 |
| 15402 | 2024-08-05 |
Multipotent progenitors instruct ontogeny of the superior colliculus
2024-Jan-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.009
PMID:38096816
|
研究论文 | 这篇文章探讨了哺乳动物上丘的多能前体细胞如何指导细胞类型的多样性生成 | 首次建立了单细胞水平上哺乳动物上丘发育的新框架 | 目前尚不清楚其他因素如何进一步影响上丘细胞的多样性 | 研究上丘细胞类型多样性的生成原理 | 主要研究了上丘的放射胶质前体细胞的多能性 | 数字病理学 | NA | 基因马赛克分析和单细胞测序 | NA | 细胞谱系数据 | 使用了多个标记的遗传马赛克小鼠 |
| 15403 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics
2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.07.574209
PMID:38249519
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研究论文 | 本文应用空间转录组学和蛋白质组学选择胰腺癌表面受体靶点进行分子成像和治疗诊断。 | 创新点在于提议了紧密连接蛋白claudin-4作为胰腺癌的新治疗诊断靶点，且其在癌组织中的表达量明显增加。 | 本研究的局限性在于尚未进行临床验证和长期效果评估。 | 研究旨在通过数据驱动的方法选择用于胰腺癌的分子靶点。 | 研究对象为胰腺癌的表面受体标记和相关免疫细胞或成纤维细胞标记。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | RNA和蛋白质数据 | NA |
| 15404 | 2024-08-05 |
Towards high-throughput parallel imaging and single-cell transcriptomics of microbial eukaryotic plankton
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0296672
PMID:38241213
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研究论文 | 该文章探讨了微生物真核浮游生物的单细胞转录组学，应用了一种新技术用于高通量成像。 | 首次将微阵列单细胞测序技术应用于微生物真核生物，并展示了其在不同细胞结构的微生物群体中的应用潜力。 | 在研究较小的硅藻细胞时，无法有效分离单细胞转录组与背景噪音，信噪比尚需提高。 | 探索微生物真核生物的转录组特征并揭示其对生态系统的影响。 | 研究三种重要浮游生物：纤毛虫Tetrahymena thermophila、硅藻Phaeodactylum tricornutum和甲藻Heterocapsa sp。 | 数字病理学 | NA | 微阵列单细胞测序技术 (MASC-seq) | NA | 图像和转录组数据 | 三种浮游生物物种的多个单细胞样本 |
| 15405 | 2024-08-05 |
Cross-species single-cell landscape of vertebrate pineal gland
2024-Jan, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.12927
PMID:38018267
|
研究论文 | 本研究详细分析了从鱼类到哺乳动物的松果体进化过程 | 揭示了松果体细胞在不同物种间的独特转录变化和配体-受体相互作用 | 研究样本主要局限于斑马鱼、老鼠和猴子，结果的普遍性需进一步验证 | 探讨松果体从鱼类到哺乳动物的进化及其功能多样性 | 斑马鱼、老鼠和猴子的松果体单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共计22,431个细胞 |
| 15406 | 2024-08-07 |
sc2MeNetDrug: A computational tool to uncover inter-cell signaling targets and identify relevant drugs based on single cell RNA-seq data
2024-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011785
PMID:38181047
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研究论文 | 开发了一种名为sc2MeNetDrug的计算工具，用于基于单细胞RNA测序数据揭示细胞间信号传导目标并识别相关药物 | sc2MeNetDrug工具专门设计用于识别疾病微环境中的细胞类型，揭示单个细胞类型内的功能障碍信号通路及不同细胞类型间的相互作用，并预测可能破坏细胞间信号传导的有效药物 | NA | 开发一种新的计算工具，帮助研究人员基于单细胞RNA测序数据发现新的细胞间信号传导和治疗方案 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间信号传导和相关药物 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 15407 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis in developmental bone biology
2023-Dec, The Japanese dental science review
DOI:10.1016/j.jdsr.2023.10.006
PMID:38022387
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研究论文 | 本文探讨了单细胞组学和多组学在骨生物学中的应用，揭示了骨细胞的多样性和动态过程 | 发现了新的骨骼干细胞亚型，并通过单细胞多组学提供了对细胞未来状态及其分化潜力的预测 | 需要通过组织学方法进行体内验证以解释计算预测 | 研究骨生物学中细胞的分化及其在骨生长和再生中的作用 | 骨骼干细胞及其在复杂组织结构中的动态交互 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达，染色质可及性 | NA |
| 15408 | 2024-08-05 |
THItoGene: a deep learning method for predicting spatial transcriptomics from histological images
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad464
PMID:38145948
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研究论文 | THItoGene是一种深度学习方法，用于从组织学图像预测空间转录组信息 | 该文章创新性地引入了动态卷积和胶囊网络的混合神经网络，以适应性地感知组织学图像中的潜在分子信号 | 当前方法在提取病理图像的深层信息方面存在不足 | 研究旨在通过人工智能提供一种经济实惠的方式预测空间基因表达 | 研究对象为人类乳腺癌和鳞状细胞癌的数据集 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 人工智能，深度学习 | 混合神经网络 | 图像 | NA |
| 15409 | 2024-08-05 |
Advancing single-cell RNA-seq data analysis through the fusion of multi-layer perceptron and graph neural network
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad481
PMID:38171931
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研究论文 | 本文提出了一种名为scMPN的新方法，结合多层感知器和图神经网络来分析单细胞RNA测序数据。 | 该方法通过整合多层感知器和图神经网络，包括注意力网络，提升了基因插补和细胞聚类的任务效果 | 尚未提及该方法在不同类型单细胞数据中的通用性和适应性 | 提升单细胞RNA测序数据的分析效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据以及其在基因插补和细胞聚类中的应用 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多层感知器和图神经网络 | 基因表达数据 | 四个具有金标准细胞标签的数据集 |
| 15410 | 2024-08-07 |
Identifying phenotype-associated subpopulations through LP_SGL
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad424
PMID:38008419
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研究论文 | 本文提出了一种名为LP_SGL的方法，通过整合单细胞RNA测序、批量表达和批量表型数据，结合细胞群结构来识别与表型相关的亚群 | LP_SGL方法考虑了细胞间相互作用导致的分组效应，提高了模型鲁棒性，并能更有效地识别癌症细胞、T细胞和肿瘤相关细胞 | NA | 开发一种新的工具来识别与疾病相关的细胞亚群 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 数字病理学 | 肺癌, 黑色素瘤, 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及肺癌、黑色素瘤和肝癌的数据集，具体样本数量未详述 |
| 15411 | 2024-08-07 |
Clustering malignant cell states using universally variable genes
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad460
PMID:38084922
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研究论文 | 本文介绍了一种通过识别普遍变异基因（UVGs）来减少样本特异性聚类，从而在恶性细胞中识别潜在分子特征的新方法 | 提出了一种新的方法，通过标准化基因表达变异来识别普遍变异基因（UVGs），以减少样本特异性聚类的形成，并更好地检测与不同恶性细胞状态相对应的聚类 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中样本特异性基因组改变导致的患者特异性聚类难以解释的问题 | 恶性细胞的异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 15412 | 2024-08-07 |
Model-based evaluation of spatiotemporal data reduction methods with unknown ground truth through optimal visualization and interpretability metrics
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad455
PMID:38113074
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研究论文 | 本文提出了一种名为MIBCOVIS的框架，用于评估和优化时空数据缩减方法，通过集成多种鲁棒性指标来增强高维数据的视觉呈现和可解释性，无需依赖真实数据。 | MIBCOVIS框架通过集成五种鲁棒性指标，包括一种新的基于时间顺序的马尔可夫结构指标，以及采用半监督层次贝叶斯模型，不依赖真实数据来评估方法的准确性。 | 文章未明确提及现有研究的局限性。 | 优化和基准测试动态或空间可视化和解释（DSVI）的数据缩减方法。 | 研究对象包括四种不同的动态和空间生物过程，通过三种单细胞数据模式（CyTOF、scRNA-seq和CODEX）捕获。 | 计算机视觉 | NA | 单细胞数据分析 | 半监督层次贝叶斯模型 | 单细胞数据 | 涉及三种单细胞数据模式，具体样本数量未明确提及。 |
| 15413 | 2024-08-07 |
CAKE: a flexible self-supervised framework for enhancing cell visualization, clustering and rare cell identification
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad475
PMID:38145950
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研究论文 | 本研究开发了一种名为CAKE的新型自监督聚类方法，用于增强细胞可视化、聚类和稀有细胞识别 | CAKE方法包括一个对比学习模型和一个混合邻域增强技术，用于细胞表示学习，以及一个自知识蒸馏模型，用于聚类结果的细化，提供了更浓缩和聚类友好的细胞表示 | NA | 提高细胞异质性分析中的聚类性能和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习模型 | RNA测序数据 | 多个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 15414 | 2024-08-07 |
A critical assessment of clustering algorithms to improve cell clustering and identification in single-cell transcriptome study
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad497
PMID:38168839
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研究论文 | 本文对七种先进的细胞聚类算法进行了关键评估，以提高单细胞转录组研究中的细胞聚类和识别 | 首次系统评估了多种单细胞RNA测序数据的聚类算法，并比较了它们在细胞类型识别和捕获细胞异质性方面的性能 | 研究中提到的某些算法在不同数据集上的性能表现不一，表明其对特定数据集特征的敏感性 | 评估和比较不同聚类算法在单细胞转录组数据分析中的性能 | 七种先进的聚类算法，包括四种基于深度学习的算法和常用的Seurat、CosTaL及SC3 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度学习 | 转录组数据 | 涉及10个不同的scRNA-seq基准数据集 |
| 15415 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals LRRC75A-Expressing Cell Population Involved in VEGF Secretion of Multipotent Mesenchymal Stromal/Stem Cells Under Ischemia
2023-06-15, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szad029
PMID:37263619
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研究论文 | 本研究揭示了在缺血条件下与VEGF分泌相关的LRRC75A表达细胞群。 | 通过单细胞RNA测序分析，识别出功能性细胞亚群体，并确定LRRC75A在VEGF分泌中的调控作用。 | 研究集中于特定的骨髓源性间充质干细胞，结果可能不适用于其他类型的间充质干细胞。 | 识别功能性细胞亚群体以预测骨髓源性间充质干细胞的血管生成治疗效能。 | 研究对象为从11名供体来源的骨髓源性间充质干细胞（BM-MSC）系。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 11个供体来源的BM-MSC细胞系 |
| 15416 | 2024-08-07 |
Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.29.534769
PMID:37034687
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术比较了四种遗传工程小鼠模型中的间充质细胞与野生型对照，以及相应基因型的人类肿瘤，揭示了肿瘤间质在前列腺癌进展中的作用 | 发现了8种转录和功能上不同的间质细胞群，这些细胞群负责常见的和特定于小鼠模型的转录程序，并构建了一个可以预测前列腺癌患者转移进展的基因特征 | NA | 探讨肿瘤间质在前列腺癌进展和转移潜力中的分子基础 | 间充质细胞、遗传工程小鼠模型、人类前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四种遗传工程小鼠模型和相应基因型的人类肿瘤 |
| 15417 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of the cellular landscape of vulvar melanoma provides new insight for immunotherapy administration
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-11839-0
PMID:38233802
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了外阴黑色素瘤的细胞景观，为免疫治疗提供了新的见解 | 发现了CD8+ T细胞激活在外阴黑色素瘤中的作用，以及抗原呈递分子功能在黑色素瘤转移中的参与 | 研究样本仅来自一位68岁女性患者，可能影响结果的普遍性 | 阐明外阴黑色素瘤中紊乱的免疫微环境在癌症进展中的作用 | 外阴黑色素瘤的细胞景观及其在免疫治疗中的潜在应用 | 数字病理学 | 外阴黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 12,243个单细胞 |
| 15418 | 2024-08-07 |
Splenic monocytes drive pathogenic subretinal inflammation in age-related macular degeneration
2024-Jan-17, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03011-z
PMID:38233865
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研究论文 | 本文研究了年龄相关性黄斑变性（AMD）中脾脏单核细胞在病理性视网膜下炎症中的作用 | 首次展示了血管紧张素II能够动员ATR1脾脏单核细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了其转录特征，这些细胞在功能上与骨髓单核细胞不同 | NA | 探讨脾脏单核细胞在年龄相关性黄斑变性中的作用及其潜在的治疗策略 | 年龄相关性黄斑变性中的脾脏单核细胞 | NA | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 15419 | 2024-08-07 |
Heterogeneous Expression Patterns of the Minichromosome Maintenance Complex Members in Retinoblastoma Unveil Its Clinical Significance
2024-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.1.31
PMID:38231525
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研究论文 | 研究探讨了微染色体维持（MCM）复合体成员在视网膜母细胞瘤（RB）中的表达模式及其临床意义 | 首次在单细胞水平上整合了来自正常视网膜、眼内和眼外RB样本的单细胞RNA测序数据，以表征MCM复合体成员的表达模式 | NA | 探索MCM复合体成员在视网膜母细胞瘤中的表达模式及其临床意义 | MCM复合体成员在视网膜母细胞瘤中的表达 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五个正常视网膜样本、六个眼内RB样本和五个眼外RB样本 |
| 15420 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals variations in monocytes and Tregs between gout flare and remission
2023-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171417
PMID:38063198
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研究论文 | 这项研究揭示了痛风发作与缓解过程中单细胞转录组中单核细胞和调节性T细胞的变化 | 识别了与痛风发作相关的HLA-DQA1+非经典单核细胞，上调与抗原处理和呈递相关 | 缺乏对痛风发作机制的全面理解与其他炎性疾病的比较 | 研究痛风发作与缓解中免疫细胞反应和系统性炎症模式 | 对比分析了痛风发作和缓解阶段的单核细胞及调节性T细胞 | 数字病理学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用独立验证队列进行分析 |