单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15401	2024-08-07	Trajectory inference across multiple conditions with condiments 2024-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-44823-0 PMID:38280860	研究论文	本文介绍了一种名为condiments的方法，用于在多条件下推断和解释细胞轨迹	condiments方法能够在多条件下整合数据集，并比较不同条件下的细胞轨迹、细胞群和基因表达水平	NA	研究如何在多生物组或条件下处理细胞轨迹推断和比较	单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA
15402	2024-08-05	Analysis of the potential biological value of pyruvate dehydrogenase E1 subunit β in human cancer 2024-Jan-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v16.i1.144 PMID:38292838	研究论文	本研究通过生物信息学方法综合分析了丙酮酸脱氢酶E1亚单位β（PDHB）在不同癌症中的潜在生物价值。	本研究首次系统性探讨了PDHB在各种癌症中的诊断、预后及免疫相关性，并发现其在肝癌细胞中的调节作用。	该研究大部分分析依赖于现有数据库，缺乏广泛的临床实验验证。	研究PDHB在癌症中的生物学作用及其作为肿瘤标志物的潜力。	本研究的对象主要为不同类型的癌症样本和肝癌细胞。	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及多种癌症的大量样本，具体数字未提供
15403	2024-08-05	DiSignAtlas: an atlas of human and mouse disease signatures based on bulk and single-cell transcriptomics 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad961 PMID:37930831	研究论文	DiSignAtlas是一个基于转录组学的人类和小鼠疾病特征图谱	本研究提供了一个综合性的疾病特征库，涵盖了广泛的疾病类型和转录组特征	没有提到具体的局限性	建立全面的疾病特征数据库	涵盖1836种非冗余疾病类型的人类和小鼠转录组数据	数字病理学	NA	转录组学	NA	转录组数据	181434个转录组特征，包含10306个比较数据集
15404	2024-08-05	SCAN: Spatiotemporal Cloud Atlas for Neural cells 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad895 PMID:37930842	研究论文	本文提出了一种新的数据库SCAN，旨在系统性地解析神经系统的细胞异质性和空间位置	创新点在于整合了大量的单细胞RNA测序和空间转录组学数据，提供了新的交互式数据探索平台	数据整合和分析的效率仍然是一个挑战	研究目标是解密神经系统的细胞异质性并促进神经疾病的诊断策略发展	研究对象包括10679684个神经系统细胞以及900多种生物的多组学数据	数字病理学	阿尔茨海默病，帕金森病，唐氏综合症等神经疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	细胞数据，组学数据	10679684个细胞
15405	2024-08-05	TFAP2 paralogs regulate midfacial development in part through a conserved ALX genetic pathway 2024-Jan-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202095 PMID:38063857	研究论文	这篇文章展示了TFAP2家族成员在脊椎动物中调控中面部发育的作用	研究首次揭示了TFAP2家族成员通过激活ALX转录因子基因表达来参与中面部发育的调控	在晚期迁移阶段进行的实验可能未能捕捉到更早期基因调控网络的变化	探究TFAP2家族成员如何影响中面部发育的机制	小鼠和斑马鱼的神经嵴细胞	数字病理学	NA	RNA-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	包括小鼠和斑马鱼的多样本
15406	2024-08-05	Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining 2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:38160301	研究论文	本研究探讨了通过常规染色的组织切片推断空间转录组学信息，以增强对皮肤光老化的大规模分子评估	创新点在于利用常规H&E染色切片推断空间转录组学信息，克服了当前方法的局限性	当前方法依赖于10x Genomics空间转录组学实验的高成本和患者间的变异性，限制了大规模分子流行病学研究的范围	研究皮肤光老化的空间转录组学特征，以改进评估和疗法发展	研究对象为来自261个皮肤样本的四名患者的组织切片	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学	机器学习模型	基因表达数据	四名患者的261个皮肤样本
15407	2024-08-07	Identification of Cancer Stem Cell-related Gene by Single-cell and Machine Learning Predicts Immune Status, Chemotherapy Drug, and Prognosis in Lung Adenocarcinoma 2024, Current stem cell research & therapy IF:2.1Q4 DOI:10.2174/1574888X18666230714151746 PMID:37455453	研究论文	本研究旨在基于癌症干细胞相关基因识别肺腺癌的分子类型和预后模型	本研究首次构建了一个基于8个基因的预后模型，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	NA	识别肺腺癌的分子类型和预后模型	肺腺癌的分子类型和预后模型	数字病理学	肺腺癌	RNA-seq	LASSO Cox回归分析	单细胞RNA测序数据	使用了来自TCGA数据库的肺腺癌临床信息和RNA-seq数据，以及来自GEO数据库的scRNA数据集GSE131907和5个GSE数据集
15408	2024-08-07	Identification of Stem Cell-related Gene Markers by Comprehensive Transcriptome Analysis to Predict the Prognosis and Immunotherapy of Lung Adenocarcinoma 2024, Current stem cell research & therapy IF:2.1Q4 DOI:10.2174/1574888X18666230821104844 PMID:37605423	研究论文	本研究通过综合转录组分析识别与肺腺癌预后和免疫治疗相关的干细胞相关基因标记	开发了一种新的癌症干细胞评估指标和一个4基因标记，用于评估肺腺癌对免疫检查点阻断疗法或抗肿瘤治疗的反应	NA	评估肺腺癌细胞的干细胞特性及其对预后和免疫治疗的影响	肺腺癌中的癌症干细胞及其相关基因标记	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	LASSO和COX回归分析	基因表达数据	4个样本，共3455个恶性细胞
15409	2024-08-07	Biallelic COQ4 Variants in Hereditary Spastic Paraplegia: Clinical and Molecular Characterization 2024-Jan, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society IF:7.4Q1 DOI:10.1002/mds.29664 PMID:38014483	研究论文	本研究旨在确认双等位COQ4突变在遗传性痉挛性截瘫（HSP）中的致病作用，并阐明COQ4相关HSP的临床、遗传和功能分子特征	首次确认了双等位COQ4突变在HSP中的致病作用，并揭示了这些突变与线粒体功能障碍和疾病表型严重性之间的关系	NA	确认双等位COQ4突变在HSP中的致病作用，并阐明COQ4相关HSP的临床、遗传和功能分子特征	310名原因不明的HSP患者及其临床数据，以及COQ4突变的功能分子特征	NA	遗传性痉挛性截瘫	全外显子测序、单细胞RNA测序、生物化学细胞系分析、诱导多能干细胞衍生的锥体神经元和斑马鱼模型	NA	基因序列、临床数据、细胞和动物模型	310名HSP患者，6个无关家族中的7名患者，以及多种细胞和动物模型
15410	2024-08-07	Single cell RNA sequencing reveals endothelial cell killing and resolution pathways in experimental malaria-associated acute respiratory distress syndrome 2024-Jan, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011929 PMID:38236930	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了实验性疟疾相关急性呼吸窘迫综合征（MA-ARDS）中内皮细胞杀伤和解决途径	本研究首次通过单细胞RNA测序分析了MA-ARDS中内皮细胞的杀伤和解决途径，并利用MultiNicheNet交互组分析确定了疾病解决过程中配体-受体交互的重要变化	本研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究疟疾相关急性呼吸窘迫综合征的解决机制，以促进内皮细胞增殖和限制炎症	疟原虫感染的小鼠模型及其肺部内皮细胞	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA	P. berghei NK65感染的C57BL/6小鼠
15411	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomics and In Vitro Lineage Tracing Reveals Differential Susceptibility of Human iPSC-Derived Midbrain Dopaminergic Neurons in a Cellular Model of Parkinson's Disease 2023-12-18, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12242860 PMID:38132179	研究论文	本研究生成了一种能够纯化和追踪人类中脑多巴胺前体细胞及其分化后代的iPSC系。	使用CRISPR/Cas9技术将蓝色荧光蛋白(BFP)和Cre基因插入安全栖息地位点AAVS1，实现中脑多巴胺谱系标记。	未提及其他细胞类型的影响或长时间的体内模型验证，可能限制模型的真实性。	研究不同人类iPSC衍生的中脑多巴胺能神经元在帕金森病模型中的易感性。	人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经细胞。	干细胞技术	帕金森病	CRISPR/Cas9	NA	单细胞RNA测序	NA
15412	2024-08-07	Exploring the Functional Heterogeneity of Directly Reprogrammed Neural Stem Cell-Derived Neurons via Single-Cell RNA Sequencing 2023-12-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12242818 PMID:38132138	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探索了直接重编程神经干细胞衍生神经元的功能异质性	本文首次通过单细胞RNA测序分析了直接重编程神经干细胞及其衍生神经元的功能异质性，并揭示了细胞命运调控因子	本文未详细讨论直接重编程神经干细胞在临床应用中的具体挑战和解决方案	研究直接重编程神经干细胞衍生神经元的功能异质性，以提高其在神经退行性疾病治疗中的应用质量	直接重编程神经干细胞及其衍生神经元	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及人纤维母细胞、直接重编程神经干细胞及其衍生神经元的单细胞RNA测序数据
15413	2024-08-07	Effect of stretching on inflammation in a subcutaneous carrageenan mouse model analyzed at single-cell resolution 2023-12, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31133 PMID:37909412	研究论文	研究了拉伸对小鼠皮下卡拉胶炎症模型中单细胞分辨率下炎症反应的影响	首次在单细胞水平上分析了拉伸对小鼠皮下卡拉胶炎症模型的影响，揭示了拉伸对炎症反应和细胞间通讯的具体作用机制	NA	探索拉伸在细胞和分子水平上对小鼠皮下卡拉胶炎症模型的影响	小鼠皮下卡拉胶炎症模型中的炎症反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15414	2024-08-05	Spatial Transcriptomics Reveals Signatures of Histopathological Changes in Muscular Sarcoidosis 2023-11-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12232747 PMID:38067175	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了肌肉肉芽肿病的组织病理学变化特征	首次探索了肉芽肿与骨骼肌之间的相互作用，提供了有关免疫细胞对肌肉影响的新见解	研究对象仅包括两名患者，样本量较小，结果的普适性有待验证	揭示肉芽肿免疫细胞对骨骼肌的影响及其病理机制	研究对象为两名肌肉肉芽肿病患者	数字病理学	肌肉肉芽肿病	空间转录组学	NA	转录组数据	2名肌肉肉芽肿病患者
15415	2024-08-05	Sex and Age Impact CD4+ T Cell Susceptibility to HIV In Vitro through Cell Activation Dynamics 2023-11-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12232689 PMID:38067117	研究论文	本研究探讨了性别和年龄如何通过细胞激活动态影响CD4+ T细胞对HIV的易感性	首次在体外验证了性别和年龄对CD4+ T细胞对HIV易感性的影响，并进行了深入的表面标记物表达评估	研究中未观察到根据性别区分的细胞亚型富集	研究细胞级别的因素如何影响HIV复制，特别是与性别和年龄相关的因素	从二十名供体提取的初级CD4+ T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	20名供体的CD4+ T细胞
15416	2024-08-05	Macrophage and neutrophil heterogeneity at single-cell spatial resolution in human inflammatory bowel disease 2023-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40156-6 PMID:37495570	研究论文	该文章研究了在人类炎症性肠病中单细胞水平的巨噬细胞和中性粒细胞异质性	本研究首次应用单细胞RNA测序结合空间转录组技术揭示了慢性肠病中巨噬细胞和中性粒细胞的亚群及其在组织中的空间定位	尚未探讨异质性在治疗反应中的具体影响	研究人类炎症性肠病中免疫细胞的异质性	聚焦于人类患有溃疡性结肠炎和克罗恩病的患者的免疫细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	组织样本	NA
15417	2024-08-07	Ribonucleotide reductase regulatory subunit M2 drives glioblastoma TMZ resistance through modulation of dNTP production 2023-05-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ade7236 PMID:37196077	研究论文	研究通过体内单细胞RNA测序分析，探讨了胶质母细胞瘤（GBM）在标准治疗药物替莫唑胺（TMZ）治疗期间细胞可塑性诱导的适应性变化	发现了核糖核苷酸还原酶调节亚基M2（RRM2）通过调节dNTP生产在TMZ治疗期间对DNA损伤反应的重要性，并提出了RRM2抑制剂3-AP增强TMZ疗效的新策略	NA	探究胶质母细胞瘤在替莫唑胺治疗期间细胞可塑性诱导的适应性变化	胶质母细胞瘤（GBM）患者来源的异种移植瘤（PDX）在治疗前、中、后的单细胞转录组	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组和代谢组数据	患者来源的异种移植瘤（PDX）模型
15418	2024-08-07	Profiles of Wnt pathway gene expression during tooth morphogenesis 2023, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2023.1316635 PMID:38274045	研究论文	本研究通过荧光多重杂交和单细胞RNA测序技术，分析了Wnt信号通路基因在牙齿形态发生过程中的表达模式	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了Wnt信号通路基因在牙齿发育不同阶段的表达模式，并揭示了其在牙本质和牙釉质矿化后的表达变化	研究主要集中在小鼠和人类牙齿发育的特定阶段，可能无法完全代表所有牙齿发育过程	探讨Wnt信号通路基因在牙齿形态发生中的作用及其表达模式	Wnt信号通路基因在小鼠和人类牙齿发育中的表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类牙齿发育的不同阶段样本
15419	2024-08-07	A glycosylation-related gene signature predicts prognosis, immune microenvironment infiltration, and drug sensitivity in glioma 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1259051 PMID:38293671	研究论文	本研究通过分析糖基化相关基因在胶质瘤中的表达，预测患者的预后、免疫微环境浸润及药物敏感性	首次利用糖基化相关基因构建预测胶质瘤预后和免疫反应的基因签名，并分析其对药物敏感性的影响	NA	研究糖基化相关基因在胶质瘤中的作用，预测患者的预后和免疫反应	胶质瘤患者的预后、免疫微环境浸润及药物敏感性	数字病理学	脑瘤	RNA测序	LASSO-regularized Cox模型	RNA-seq数据	使用了来自TCGA、CGGA、GEO和Rembrandt数据库的临床信息、bulk RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据，以及来自GTEx数据库的正常脑组织RNA测序数据
15420	2024-08-07	Long read single cell RNA sequencing reveals the isoform diversity of Plasmodium vivax transcripts 2022-12, PLoS neglected tropical diseases IF:3.4Q1 DOI:10.1371/journal.pntd.0010991 PMID:36525464	研究论文	本研究利用Pacific Biosciences化学方法对单细胞寄生虫进行scRNA-seq库测序，以表征全长Plasmodium vivax转录本	首次使用长读长测序技术在单细胞水平上表征Plasmodium vivax的转录本多样性	NA	旨在揭示Plasmodium vivax转录本的异构体多样性	Plasmodium vivax转录本的异构体多样性	测序技术	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Pacific Biosciences（PacBio）化学	NA	转录组数据	多个单细胞寄生虫样本