单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1521	2025-05-25	Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis 2025-May-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025 PMID:40410053	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了系统性硬化症中成纤维细胞与巨噬细胞的动态相互作用	首次系统性描绘了系统性硬化症皮肤组织中成纤维细胞与巨噬细胞的空间调控网络，并发现ACKR3在肌成纤维细胞前体中的选择性表达机制	样本量相对有限（14例皮肤活检），且部分发现仅在动物模型中验证	解析系统性硬化症的纤维化微环境形成机制	系统性硬化症患者皮肤组织、小鼠模型和驯鹿伤口愈合模型	数字病理学	系统性硬化症	空间转录组学（10× Visium平台）、Stereo-seq转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据	14例皮肤活检（10例患者+4例对照）
1522	2025-05-25	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞邻域中的分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间及细胞与ECM的相互作用，以指导微环境靶向治疗	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	空间转录组学（ST）、ECM成像	NA	3D组织切片数据	一例临床肺癌样本
1523	2025-05-25	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	research paper	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer图像数据框架，能够将现有计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的测序数据领域	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的框架，用于可视化和对齐空间转录组学数据集	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片的空间测序数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	NA	image	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
1524	2025-05-25	Identification of cell specific biomarkers for intellectual disability via single cell RNA sequencing and transcriptomic bioinformatics approaches 2025-May-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85162-4 PMID:40399537	研究论文	通过单细胞RNA测序和转录组生物信息学方法，识别与智力障碍相关的T细胞特异性生物标志物	利用单细胞RNA测序和转录组数据比较分析，发现与T细胞相关的潜在生物标志物，并识别了多个关键转录因子和microRNAs	未提及具体样本量，且研究结果需要进一步验证	寻找与智力障碍诊断和评估相关的T细胞生物标志物	智力障碍患者的T细胞（CD4和CD8）	生物信息学	智力障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组数据分析	NA	RNA测序数据	NA
1525	2025-05-25	Inflammatory metabolite 7α,25-OHC promotes TIMP1 expression in COVID-19 monocytes through synergy effect of SMARCC1/JUND/H3K27ac 2025-May-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05721-w PMID:40399563	研究论文	本研究揭示了炎症代谢物7α,25-OHC通过SMARCC1/JUND/H3K27ac的协同效应促进COVID-19单核细胞中TIMP1表达的机制	首次发现7α,25-OHC通过增强SMARCC1-JUND相互作用调控TIMP1表达，揭示了COVID-19炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏体内实验验证	探究COVID-19患者单核细胞中炎症反应的分子机制	COVID-19患者的单核细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、ChIP-qPCR、免疫共沉淀	NA	单细胞测序数据	COVID-19患者的单核细胞样本（具体数量未提及）
1526	2025-05-25	RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study 2025-May-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02162-z PMID:40399884	研究论文	介绍了一个名为RNAcare的计算平台，旨在整合临床数据和转录组学数据，以类风湿性关节炎为例进行研究	RNAcare平台提供了一个交互式且可重复的解决方案，专门设计用于在临床背景下分析患者样本的转录组学数据，并整合临床特征	平台可能仍需要一定的技术背景才能充分利用其功能，且目前仅以类风湿性关节炎为例进行了验证	开发一个能够整合临床数据和转录组学数据的计算平台，以帮助研究人员分析基因表达与临床特征之间的关系	类风湿性关节炎患者的转录组学数据和临床数据	生物信息学	类风湿性关节炎	RNA-Seq	机器学习	转录组学数据和临床数据	NA
1527	2025-05-25	Targeting CD74 in microglia to modulate experimental cerebral ischemia and reperfusion injury: insights from Single-Cell and bulk transcriptomics 2025-May-21, Molecular brain IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s13041-025-01197-8 PMID:40400029	研究论文	本研究探讨了CD74在小胶质细胞中的作用，以调节实验性脑缺血和再灌注损伤	首次发现CD74在小胶质细胞中的上调与神经炎症相关，并通过靶向敲低CD74减轻了脑损伤和神经功能缺陷	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索CD74在缺血性中风中的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞和CD74基因	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序和批量RNA测序	CX3CR1Cre/ERT2小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
1528	2025-05-25	Dissecting key contributions of Th2 and Th17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007 PMID:40409379	研究论文	探讨Th2和Th17细胞因子在特应性皮炎(AD)病理生理学中的关键作用	揭示了IL-22在Th2驱动的急性AD病理生理中的重要作用，并强调了联合药物治疗在AD靶向治疗中的潜力	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂情况	阐明AD相关细胞因子如何驱动特定的表皮疾病特征	原代和永生化角质形成细胞来源的人类表皮等效物	皮肤病学	特应性皮炎	单细胞空间转录组学	体外细胞模型	转录组数据	NA
1529	2025-05-25	Human Airway Epithelial BAFF is Reduced in Early Life but Virally-induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	research paper	研究人类气道B细胞群的发展动态以及病毒性呼吸道感染如何影响气道上皮细胞（AECs）产生的B细胞存活和成熟因子	首次发现BAFF/BAFF受体轴在早期生命阶段对B细胞成熟和存活的关键作用，以及病毒刺激通过JAK/STAT信号通路诱导婴儿AECs产生BAFF的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	探究人类气道B细胞群的发展动态及其与气道上皮细胞的相互作用	人类气道B细胞和气道上皮细胞（AECs）	免疫学	呼吸道感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	婴儿（<12个月）和较大儿童的气道样本
1530	2025-05-25	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文介绍了一种名为gsMap的方法，该方法通过整合空间转录组学数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状（包括疾病）进行映射	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状进行映射，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组学数据集，可能无法完全代表成年人的情况	开发一种方法，用于空间解析映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状相关的细胞，特别是与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	NA	空间转录组学数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组学数据集
1531	2025-05-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	research paper	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次结合单细胞和空间转录组学，构建了水稻叶片的全面图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应	研究仅针对水稻叶片细胞，未涉及其他组织或植物种类	探究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	236,708个单细胞转录组
1532	2025-05-25	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	研究论文	研究哈洛芬酮通过mTOR-eIF2α-ATF4轴破坏胶原沉积，增强卵巢癌化疗敏感性的机制	发现22基因基质组特征可预测卵巢癌化疗反应和生存率，并鉴定出哈洛芬酮作为靶向COL1A1的天然化合物	研究未涉及哈洛芬酮在人体内的长期安全性和有效性	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和细胞外基质(ECM)	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
1533	2025-05-25	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了蛋白质精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在内皮细胞（ECs）中的作用，特别是在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的影响	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞（ECs）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
1534	2025-05-25	Targeting KIT With Antibody-Drug Conjugates in Chromophobe Renal Cell Carcinoma 2025-Apr-15, Clinical genitourinary cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.clgc.2025.102359 PMID:40408838	research paper	该研究探讨了在嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）中靶向KIT的抗体-药物偶联物（ADC）的治疗潜力	首次在ChRCC中测试了靶向KIT的ADC，并证实其有效性	研究未涉及临床患者试验，仅限于体外和数据库分析	探索KIT作为ChRCC治疗靶点的可行性	嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）及其细胞系	肿瘤学	肾细胞癌	抗体-药物偶联物（ADC）、单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	15例转移性ChRCC标本、5个ChRCC细胞系
1535	2025-05-25	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	该研究构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类，基于单细胞RNA测序数据	通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了首个全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性及其在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	数据库的覆盖范围可能受限于现有的单细胞RNA测序数据，且技术限制可能影响EV分析的准确性	构建一个全面的数据库以探索TcEV的表达和聚类，促进基于EV的诊断和治疗研究	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	包含277,265个EV液滴，来自51种T细胞类型，覆盖221个样本和21个项目，涉及9种组织来源和23种疾病状态
1536	2025-05-25	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-02-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	research paper	本文探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用，并探索了针对这些细胞的新型治疗策略	研究主要基于动物模型，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	研究心脏纤维化的发病机制并探索新的治疗靶点	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	动物模型（具体数量未提及）
1537	2025-05-25	A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.636192 PMID:40027755	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中的抑制性神经元转录组图谱，揭示了多样化的扩展和收缩模式	开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源	稀有抑制性神经元类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能影响发育轨迹的深入理解	探究大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制	小鼠和人类胎儿皮层中的SST+抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	超过51,000个小鼠SST+神经元
1538	2025-05-25	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中发现两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并阐明其空间分布特征及与肿瘤干细胞的互作网络	样本量相对有限（33例胶质瘤），且仅关注了IDH野生型与突变型之间的差异	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
1539	2025-05-25	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了从斑马鱼胚胎视网膜中分离和制备单细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种可重复生成高质量单细胞悬浮液的方法，适用于斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织的scRNA-Seq实验	方法主要针对斑马鱼胚胎视网膜细胞，可能不直接适用于其他物种或组织类型	开发适用于斑马鱼眼睛单细胞RNA测序的高质量单细胞悬浮液制备方法	斑马鱼胚胎视网膜细胞	单细胞测序	NA	scRNA-Seq, 10× Genomics v3.1系统	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎视网膜细胞（具体数量未提及）
1540	2025-05-25	Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes 2025, Cell signaling DOI:10.46439/signaling.3.053 PMID:40401196	评论	探讨早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因	利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据集分析痤疮患者的细胞通讯，识别与炎症反应和角化过度相关的失调基因	NA	探索早期痤疮的发病机制和潜在治疗靶点	痤疮患者的主要皮肤细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞	生物医学研究	痤疮	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA