单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30126 篇文献，本页显示第 1521 - 1540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1521 | 2025-07-15 |
NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia
2025-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00256-w
PMID:40494896
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研究论文 | 本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制 | 首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的关键作用，并验证了p-NRF2作为预测生物标志物的潜力 | 样本量相对有限（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行 | 阐明口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的分子机制 | 口腔白斑患者样本（PDT敏感型和耐药型）和4NQO诱导的小鼠模型 | 分子病理学 | 口腔白斑 | 单细胞RNA测序 | 4NQO诱导的小鼠模型 | 基因表达数据 | 117例患者样本（3例PDT敏感型+3例PDT耐药型用于测序，117例用于验证） |
| 1522 | 2025-07-15 |
Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa
2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14131948
PMID:40647957
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和AspWood数据库的交叉分析，识别了杨树中潜在的木质部纤维主导表达基因，并验证了这些基因启动子在转基因杨树中的组织表达活性 | 首次在杨树中鉴定并验证了木质部纤维主导表达的基因启动子，为林木育种中特定基因在木材纤维中的表达提供了新工具 | 研究仅针对杨树(Populus trichocarpa)进行，结果在其他树种中的适用性需要进一步验证 | 开发适用于林木育种的纤维特异性基因表达工具 | 杨树(Populus trichocarpa)的木质部纤维 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、激光捕获显微切割技术、RT-qPCR、启动子-GUS报告系统 | NA | 基因表达数据 | 32个候选基因(最终验证9个基因的启动子) |
| 1523 | 2025-07-15 |
Cellular senescence and its association with aldose reductase promote cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease
2025-Jun-25, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.05.027
PMID:40578685
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研究论文 | 本研究探讨了细胞衰老及其与醛糖还原酶的关联在常染色体显性多囊肾病(ADPKD)中促进囊肿生长的作用 | 首次揭示了细胞衰老在ADPKD中的直接促囊肿作用，并鉴定AKR1B1(醛糖还原酶)作为Pkd1基因突变相关的SASP因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类ADPKD肾脏样本验证有限 | 探究细胞衰老在ADPKD发病机制中的作用并开发潜在治疗策略 | Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏 | 肾脏病学 | 常染色体显性多囊肾病(ADPKD) | 单细胞RNA测序 | INK-ATTAC转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏样本 |
| 1524 | 2025-07-15 |
Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation
2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556
PMID:40545037
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研究论文 | 本文研究了肝细胞载脂蛋白J（ApoJ）通过激活STAT3信号通路加速肝纤维化的机制 | 揭示了ApoJ通过RanBP2介导的STAT3 SUMO化促进肝纤维化的新机制，并提出了针对ApoJ/STAT3/RanBP2轴的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要在人类患者中进行进一步验证 | 探究肝细胞ApoJ如何通过STAT3通路调控肝星状细胞激活从而介导肝纤维化 | 肝细胞、肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化过程 | 分子生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、基因敲除和过表达小鼠模型 | 基因修饰小鼠模型 | RNA测序数据、组织病理学数据 | 肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型 |
| 1525 | 2025-07-15 |
A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618577
PMID:39463993
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meta-analysis | 该研究评估了单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，以提高DEGs的预测能力 | 开发了基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了差异表达基因的预测能力 | 研究中AD和SCZ数据集的基因预测能力较差，可能影响部分结果的可靠性 | 评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发改进的元分析方法 | 阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq, snATAC-seq | SumRank | 基因表达数据 | 多个已发表研究的单细胞转录组数据集 |
| 1526 | 2025-07-15 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体（TCR），并应用于结核病（TB）患者和健康个体的研究 | 开发了PDI-TCR方法，结合细胞扩增、TCR测序和统计分析，能够区分抗原特异性TCR与非特异性旁观者激活的TCR | 未提及具体样本量限制或技术局限性 | 识别和监测抗原特异性T细胞，研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者和结核分枝杆菌（Mtb）致敏的健康个体的T细胞 | 免疫学 | 结核病 | PDI-TCR检测、单细胞RNA测序 | NA | TCR序列数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 1527 | 2025-07-15 |
Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.652066
PMID:40654880
|
研究论文 | 本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据集，表征了新生小鼠在超氧条件下诱导的衰老肺巨噬细胞的基因表达谱 | 首次详细描述了超氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性、组织区室和代谢失调特征 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究支气管肺发育不良(BPD)发病机制中衰老肺巨噬细胞的特征 | 新生小鼠的肺巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自GSE207866数据集的单细胞RNA测序数据（具体样本数量未明确说明） |
| 1528 | 2025-07-15 |
Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651361
PMID:40654923
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间多组学数据，揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控因子及其与肿瘤生长的关系 | 首次整合空间转录组学、成像质谱细胞术和质谱成像技术，揭示了胶质瘤边缘与核心区域的代谢差异及其与细胞状态的关系 | 样本量相对有限，且仅针对特定WHO分级的胶质瘤进行研究 | 探索弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢依赖性及其与肿瘤恶性行为的关系 | WHO 2-4级弥漫性浸润性胶质瘤患者肿瘤组织的核心和边缘区域 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 空间转录组学(stRNAseq)、成像质谱细胞术(IMC)、质谱成像(MSI) | NA | 空间转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者(包括IDH突变型少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤) |
| 1529 | 2025-07-15 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
|
research paper | 提出一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式 | SPLISOSM利用多元测试考虑点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论基础的性能 | 未明确提及具体限制 | 研究转录多样性的空间协调及其调控机制 | 小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤 | computational biology | neuropsychiatric disorders, glioblastoma | spatial transcriptomics | multivariate statistical modeling | spatial transcriptomics data | 小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤样本 |
| 1530 | 2025-07-15 |
INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651831
PMID:40654897
|
研究论文 | 开发了一种名为INLAomics的多变量层次贝叶斯框架，用于整合空间转录组学和基于抗体的蛋白质组学数据 | INLAomics通过利用组织学特征和从空间转录组数据推断的潜在空间因素，克服了现有方法忽视空间背景、可解释性差和可扩展性挑战的问题 | 未明确提及具体局限性 | 解决空间多组学数据整合中的可扩展性和可解释性问题 | 空间转录组学和抗体蛋白质组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学、抗体蛋白质组学 | 多变量层次贝叶斯框架 | 空间多组学数据 | 多样本数据集（未明确数量） |
| 1531 | 2025-07-15 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 本研究通过时空分析揭示了热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响 | 结合单细胞核基因组学和空间转录组学平台，首次在区域和细胞类型特异性分辨率上阐明热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究热量限制延缓大脑衰老的分子和细胞机制 | 小鼠大脑 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、空间转录组数据 | 36个小鼠大脑的超过500,000个细胞，以及12个老年小鼠脑切片 |
| 1532 | 2025-07-15 |
CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.651929
PMID:40654604
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研究论文 | 本文通过系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别与血细胞性状相关的基因调控方面的结果，揭示了这两种方法的互补性和独特性 | 首次系统比较了CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果，揭示了它们在基因调控研究中的互补性 | 研究主要关注血细胞性状相关的基因组区域，结果可能不适用于其他性状或疾病 | 比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果 | 与血细胞性状相关的数百个基因组区域 | 基因组学 | NA | CRISPRi扰动筛选，单细胞转录组测序，eQTL分析 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 数百个与血细胞性状相关的基因组区域 |
| 1533 | 2025-07-15 |
Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651528
PMID:40654992
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研究论文 | 研究探讨了老年人对流感疫苗的B细胞、CD4 T细胞和髓系细胞反应的差异 | 揭示了老年人中髓系细胞转录编程改变导致抗病毒T细胞反应减弱的机制 | 研究主要基于体外和离体实验，未涉及体内免疫反应的全貌 | 评估老年人对流感疫苗的免疫反应，特别是B细胞、CD4 T细胞和髓系细胞的反应 | 老年人和年轻人的免疫细胞反应 | 免疫学 | 流感 | 单细胞转录组学 | NA | 人类样本数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及老年人和年轻人的比较 |
| 1534 | 2025-07-15 |
Cross-species analysis of experimental PH at single cell resolution reveals prominent contributions Ednrb + EC and Dhcr24 + macrophage populations
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651587
PMID:40655025
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研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率分析实验性肺动脉高压（PH）的跨物种关系，揭示了Ednrb+内皮细胞和Dhcr24+巨噬细胞亚群的重要贡献 | 发现了一种新型Dhcr24高表达巨噬细胞亚群，以及Ednrb+和Nox2+内皮细胞亚群，这些亚群在多种PH模型中一致增加，并可能通过特定信号通路参与人类疾病 | 研究主要基于动物模型和有限的人类数据，可能需要进一步验证这些发现在更广泛的人类PH患者中的普遍性 | 阐明实验性PH动物模型与人类疾病在单细胞水平上的关系 | 小鼠、大鼠的PH模型以及人类特发性肺动脉高压（IPAH）患者 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多种PH模型动物（缺氧或Sugen/缺氧处理的小鼠、野百合碱处理的大鼠）及对照组的肺组织样本，整合了人类肺细胞图谱（HLCA）和IPAH单细胞数据集 |
| 1535 | 2025-07-15 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.01.651492
PMID:40654906
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research paper | 研究Meis1和Meis2转录因子在小鼠视网膜祖细胞晚期阶段对时间模式和神经发生的影响 | 揭示了Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的不同作用，尽管它们不足以完全重编程这些细胞 | 未能完全重编程晚期祖细胞，且对早期出生细胞类型的诱导效果有限 | 探究Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的作用及其对时间模式和神经发生的影响 | 小鼠视网膜祖细胞 | 发育生物学 | NA | 电穿孔和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1536 | 2025-07-15 |
Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer
2025-May, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70033
PMID:40416408
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研究论文 | 本文系统评估了公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集，提出了改进数据存储实践的建议框架 | 首次系统评估儿科癌症scRNA-seq数据的公开可用性，并提出标准化数据存储实践的建议框架 | 研究仅关注儿科癌症领域，未涉及其他疾病类型的scRNA-seq数据 | 提高公共存储库中scRNA-seq数据集的有效利用，加速儿科癌症研究 | 公开可用的儿科癌症scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | 儿科癌症 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 488个临床样本，超过130万个细胞 |
| 1537 | 2025-07-15 |
Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.25.650540
PMID:40654702
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了13线地松鼠锥体主导视网膜发育的分子机制 | 发现13线地松鼠锥体光感受器不仅来源于早期神经源性祖细胞，还来源于晚期神经源性祖细胞，这一现象由转录因子表达的异时性变化驱动 | 未明确说明研究中使用的样本数量，且部分转录因子名称未在摘要中完整列出 | 探索锥体主导视网膜发育的调控基础 | 13线地松鼠的视网膜发育过程 | 发育生物学 | NA | scRNA-Seq, scATAC-Seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA |
| 1538 | 2025-07-15 |
Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Apr-25, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10427-1
PMID:40278950
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研究论文 | 本研究探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)中胆汁酸诱导的胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的机制 | 揭示了NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制损伤可能是ICP胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的原因 | 研究主要基于体外细胞模型，需要更多临床样本验证 | 探究ICP中胆汁酸诱导的线粒体功能障碍机制，为ICP治疗提供精准靶点 | 人类胎盘组织和ICP细胞模型 | 生殖医学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞测序、荧光共聚焦显微镜、电子显微镜 | ICP细胞模型 | 基因表达数据、显微镜图像 | 未明确说明样本数量的人类胎盘组织和建立的ICP细胞模型 |
| 1539 | 2025-07-15 |
Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome
2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
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研究论文 | 研究人类基因组中性别对基因表达和功能变异的影响 | 通过单细胞RNA-seq技术识别出1200个具有显著性别偏向表达的基因，并发现79%的性别偏向基因是性别偏向表达转录因子的靶标 | 独立数据集中sb-eQTL的复制证据较为有限 | 探索性别对人类基因组基因表达和功能变异的遗传影响及其与疾病的关联 | 480个淋巴母细胞系 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA-seq | 机器学习与线性建模 | 基因表达数据 | 480个淋巴母细胞系 |
| 1540 | 2025-07-15 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含超过51,000个SST+神经元的小鼠转录组数据资源Dev-SST-Atlas，揭示了抑制性神经元在发育过程中的三种多样化模式 | 开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并首次描述了SST+抑制性神经元的三种多样化轨迹 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及胎儿期，可能无法完全代表人类发育过程 | 探索大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿中的SST+抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 计算分析流程 | 转录组数据 | 超过51,000个小鼠SST+神经元 |