单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 38777 篇文献,本页显示第 1521 - 1540 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1521 2026-04-07
Subcellular transcriptome sequencing with single cell APEX-seq identifies regulators of cell-cell interactions
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为单细胞APEX-seq(scAPEX-seq)的新方法,用于在单细胞分辨率下绘制亚细胞转录组图谱,并应用于肿瘤-巨噬细胞和CAR T细胞共培养系统,以揭示细胞间相互作用的调控因子 开发了基于邻近标记的单细胞APEX-seq方法,首次实现了亚细胞转录组在单细胞水平的高通量映射,特别关注内质网相关转录本,克服了传统单细胞RNA测序在解析细胞表面和分泌转录本方面的不足 方法主要针对内质网相关转录本,可能未全面覆盖其他亚细胞区域的RNA定位;依赖于特定的探针设计和RNA回收优化,技术门槛较高 研究细胞间相互作用的调控机制,通过亚细胞转录组分析揭示细胞状态和转录特征 肿瘤细胞(包括HER2+肿瘤细胞)、巨噬细胞和人类嵌合抗原受体(CAR)T细胞 单细胞测序技术 癌症 单细胞RNA测序,邻近标记技术,APEX-seq NA RNA序列数据 数千个单个细胞 NA 单细胞RNA-seq,基于液滴的RNA-seq NA NA
1522 2026-04-07
A Rare T-Cell Factor 4 Lineage-negative Epithelial Stem Cell Supports Wound Repair and APC-deletion-induced Colon Tumorigenesis
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过小鼠谱系追踪、免疫组化和单细胞测序技术,鉴定了一种罕见的非CBC、Tcf4谱系阴性干细胞群,该细胞群在伤口修复和APC缺失诱导的结肠肿瘤发生中发挥关键作用 首次发现并鉴定了一种新的Tcf4谱系阴性干细胞群,揭示了其在肠道屏障修复和特定基因背景下的结肠肿瘤起源中的独特功能 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证;单细胞测序样本量有限 探索结肠上皮干细胞异质性及其在组织稳态和肿瘤发生中的作用 小鼠结肠上皮细胞,特别是Tcf4谱系阴性和阳性干细胞群 单细胞生物学 结肠肿瘤 谱系追踪,免疫组织化学,单细胞测序 NA 单细胞测序数据,组织图像数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1523 2026-04-07
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为Binary-SPA的计算框架,用于高分辨率空间转录组学数据的细胞类型注释,无需依赖外部参考数据 开发了一种两阶段参考自由注释方法,结合二进制分类和内部参考锚点标记转移,克服了传统标记依赖和参考数据匹配的限制 未明确说明方法在极低表达或高度异质性组织中的性能限制 解决高分辨率空间转录组学中细胞类型注释的准确性和覆盖范围问题 高分辨率空间转录组学数据中的细胞 空间转录组学 NA 空间转录组学 二进制分类模型 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1524 2026-04-07
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为PalmaClust的图融合聚类框架,用于在单细胞RNA测序数据中稳健检测超罕见细胞类型 创新性地将社会学中的Palma比率(一种对尾部敏感的度量指标)重新用于识别由极端稀疏性驱动的标记基因,并通过融合多个K近邻图来提升罕见细胞检测性能 未在摘要中明确说明 开发一种可扩展、统计基础的方法,以灵敏检测罕见细胞群体,同时提供校准的置信度和可解释的分子特征 单细胞RNA测序数据中的罕见细胞类型,如瞬时祖细胞、耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 单细胞分析 NA 单细胞RNA测序 图融合聚类框架 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1525 2026-04-07
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了NUP98-KDM5A融合蛋白通过结合高密度H3K4me3区域形成凝胶样凝聚物,从而特异性驱动白血病基因表达的分子机制 首次阐明了NUP98-KDM5A融合蛋白通过局部H3K4me3密度依赖的定量靶向机制形成染色质相关凝聚物,解释了其在广泛H3K4me3背景下特异性靶向HOX基因簇的机制 研究主要基于NUP98-KDM5A模型,其他NUP98融合蛋白的机制可能有所不同;患者单细胞测序数据的相关性分析需要更大样本验证 探究NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚物形成机制 NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病发生中的作用 表观遗传学与分子生物学 白血病 细胞成像、重构实验、基因组学分析、单细胞测序 NA 成像数据、基因组数据、单细胞测序数据 患者单细胞测序数据(具体数量未明确说明) NA 单细胞测序 NA NA
1526 2026-04-07
Melanocyte loss dominates the vitiligo transcriptome: a rank-based meta-analysis
2026-Mar-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 通过对六项独立的转录组学研究进行基于排序的荟萃分析,确定了白癜风皮损中稳健的黑色素细胞丢失特征 首次通过基于排序的荟萃分析方法整合多种转录组学平台数据,揭示了白癜风中一个跨研究一致的、稳健的黑色素细胞丢失特征,并识别出新的候选黑色素细胞标记物 研究中观察到的免疫反应激活具有异质性,可能受采样方法和疾病特征影响,需要进一步研究 识别白癜风皮损皮肤中的共识转录特征 白癜风患者的皮损皮肤样本 生物信息学 白癜风 微阵列,bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq 稳健排序聚合分析 转录组数据 115个样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 NA NA
1527 2026-04-07
SR2P: an efficient stacking method to predict protein abundance from gene expression in spatial transcriptomics data
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为SR2P的堆叠机器学习框架,用于从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度 SR2P通过集成11种互补的预测模型,在多个空间多组学基准测试中持续优于现有方法,首次实现了从仅含RNA的空间数据中推断蛋白质丰度 技术仍受限于仅基于RNA表达进行预测,可能无法完全捕捉蛋白质-RNA丰度不一致性,且依赖于现有空间多组学数据进行训练 开发一种高效方法,从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度,以增强对肿瘤微环境中免疫细胞状态的分析能力 空间转录组学数据,特别是头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境 机器学习 头颈鳞状细胞癌 空间转录组学,空间多组学分析 堆叠机器学习框架,集成11种预测模型 基因表达数据,蛋白质丰度数据 NA NA 空间转录组学,空间多组学 NA NA
1528 2026-04-07
Selective B-cell subset depletion underlies increased infection risk in patients with MM treated with anti-BCMA vs anti-GPRC5D bsAbs
2026-Mar-05, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了抗BCMA双特异性抗体在治疗多发性骨髓瘤时导致感染风险增加的机制,即其选择性耗竭B细胞亚群 首次发现抗BCMA双特异性抗体不仅靶向浆细胞,还耗竭从small pre-B阶段开始的B细胞亚群,包括成熟B细胞和正常浆细胞,而抗GPRC5D双特异性抗体则选择性靶向浆细胞 样本量相对较小(如单细胞RNA测序仅涉及11名患者和8名健康供者),且主要基于观察性研究,需要进一步验证 探究抗BCMA和抗GPRC5D双特异性抗体在治疗多发性骨髓瘤时导致不同感染率和严重程度的机制 多发性骨髓瘤患者和健康供者的骨髓样本,以及MIcγ1小鼠模型 单细胞组学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序, 下一代流式细胞术免疫分析, 流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 11名多发性骨髓瘤患者和8名健康供者的骨髓样本用于单细胞RNA测序;62名复发多发性骨髓瘤患者用于流式细胞术免疫分析;31名患者用于额外流式细胞术;8名患者用于额外单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA NA
1529 2026-04-07
Multi-omics analysis of NEDD1 in hepatocellular carcinoma: biological function, prognostic value, and clinical significance
2026-Mar-03, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过多组学分析探讨了NEDD1在肝细胞癌中的致癌作用、调控机制及与肿瘤微环境的相互作用 首次在肝细胞癌中系统整合多组学数据(包括表观遗传、翻译后修饰、单细胞和空间转录组学)揭示NEDD1的生物学功能,并提出了NEDD1-MZT2B模块在肿瘤细胞和免疫抑制性巨噬细胞中动态运作的新模型 研究主要基于公共数据集和内部临床样本,部分机制仍需进一步实验验证,且样本量可能有限 探索NEDD1在肝细胞癌中的致癌角色、调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用 肝细胞癌组织、公共数据集(TCGA、GEO)、内部临床样本、HCC细胞系及皮下异种移植模型 数字病理学 肝细胞癌 多组学分析、DNA甲基化分析、磷酸化分析、单细胞RNA-seq、空间转录组学 NA 基因表达数据、表观遗传数据、翻译后修饰数据、单细胞数据、空间转录组数据 公共数据集(TCGA、GEO)及内部临床样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1530 2026-04-07
Multiscale confidence quantification for virtual spatial transcriptomics with UTOPIA
2026-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为UTOPIA的模型无关框架,用于虚拟空间转录组学预测的多尺度置信度量化 开发了首个模型无关的多尺度置信度量化框架,能够为从单基因到元基因、从特定细胞类型到广泛细胞类别的预测提供统计校准的置信度评分,并控制错误发现率 未明确说明框架的计算复杂度或在实际大规模数据集上的运行效率 解决虚拟空间转录组学方法预测结果的统计可靠性问题 组织学图像与基因表达或细胞类型预测 数字病理学 NA 虚拟空间转录组学 模型无关框架 组织学图像、基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1531 2026-04-07
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Mar-02, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2
研究论文 本研究探讨卵巢激素缺乏如何通过转录组和代谢改变加剧木烟暴露引起的免疫功能障碍 首次在单细胞水平揭示卵巢激素缺乏与木烟暴露协同作用导致骨髓免疫细胞转录程序和代谢重编程的机制 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;单细胞分析仅聚焦卵巢切除背景 识别木烟暴露免疫毒性的易感因素,特别是卵巢激素缺乏的作用 卵巢切除小鼠的骨髓免疫细胞和骨髓来源巨噬细胞 单细胞组学 免疫功能障碍 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 卵巢切除和假手术小鼠的骨髓细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1532 2026-04-07
Unraveling the carcinogenic mechanisms of benzo[a]pyrene in prostate cancer: a multi-omics approach
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
研究论文 本研究通过整合网络毒理学、单细胞转录组学、分子对接、孟德尔随机化等多种方法,揭示了苯并[a]芘在前列腺癌中的致癌机制 首次采用多组学方法系统研究苯并[a]芘在前列腺癌中的具体作用机制,并识别出TP53等关键基因的诊断和因果相关性 研究主要基于生物信息学分析和已有数据,缺乏实验验证,且样本来源和具体技术细节未明确说明 阐明苯并[a]芘在前列腺癌中的致病机制 苯并[a]芘靶点基因与前列腺癌相关基因 生物信息学 前列腺癌 网络毒理学、单细胞转录组学、差异基因表达分析、分子对接、孟德尔随机化、文献计量学 NA 基因表达数据、文献数据 NA NA 单细胞转录组学 NA NA
1533 2026-04-07
Unraveling the ferroptosis landscape in intervertebral disc degeneration through integrated bioinformatics and single-cell sequencing
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
研究论文 本研究通过整合生物信息学和单细胞RNA测序分析,系统揭示了铁死亡在椎间盘退变中的关键基因网络和细胞分布,并探索了白藜芦醇作为潜在治疗药物的可能性 首次在椎间盘退变中整合转录组和单细胞RNA测序数据,系统识别了铁死亡相关的核心枢纽基因网络,并揭示了这些基因在12种主要细胞亚群中的异质性表达模式,同时通过药物预测和体外实验验证了白藜芦醇的治疗潜力 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;单细胞测序样本量未明确说明;药物作用机制仍需进一步深入探究 阐明铁死亡在椎间盘退变发病机制中的作用,并探索潜在的治疗干预策略 椎间盘退变患者样本、髓核细胞 生物信息学 椎间盘退变 单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析、分子对接、CCK-8检测、RT-qPCR NA 基因表达数据、单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1534 2026-04-07
Microglial CR3-mediated synaptic pruning in the dmPFC promotes the generation and maintenance of chronic muscle pain via glutamatergic dysfunction
2026-Mar, Experimental & molecular medicine
研究论文 本研究揭示了背内侧前额叶皮层(dmPFC)中,小胶质细胞通过补体受体3(CR3)介导的突触修剪抑制谷氨酸能神经元兴奋性,从而促进慢性肌肉疼痛(CMP)发生和维持的机制 首次阐明了dmPFC中,小胶质细胞CR3依赖的突触修剪通过抑制谷氨酸能神经元兴奋性和突触可塑性,在慢性肌肉疼痛及其共病情感障碍中的关键作用,并揭示了新的小胶质细胞-神经元相互作用机制 研究主要基于大鼠模型,其在人类中的直接适用性尚需验证;机制探索集中于dmPFC的谷氨酸能系统,其他脑区或神经递质系统的作用可能未被充分评估 探究慢性肌肉疼痛(CMP)发生和维持的神经机制,并寻找潜在的治疗靶点 慢性肌肉疼痛大鼠模型,重点关注其背内侧前额叶皮层(dmPFC)的谷氨酸能神经元和小胶质细胞 神经科学 慢性肌肉疼痛 单细胞RNA测序,光纤光度法,膜片钳,在体场电位记录,流式细胞术,免疫荧光,光化学遗传学激活 NA 基因表达数据,电生理数据,行为学数据,细胞计数数据,荧光成像数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1535 2026-04-07
Circulating tumor cells in myeloma are a compound biomarker for bone marrow high-risk genomic alterations and tumor load
2026-Feb-26, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和全基因组测序分析,揭示了多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞(CTC)水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷的关联 首次在单克隆水平上证明CTC与配对骨髓细胞转录相似,并发现高CTC水平患者骨髓细胞增殖增加和基因组事件不平衡,同时开发了预测遗传改变和肿瘤负荷对CTC水平影响的模型 研究主要基于新诊断多发性骨髓瘤患者,可能不适用于复发或难治性病例,且样本量有限,需进一步验证 探究CTC水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷之间的机制关联 新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本 数字病理学 多发性骨髓瘤 单细胞转录组学, 全基因组测序, 全外显子测序, 批量RNA测序 预测模型 转录组数据, 基因组数据 来自新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本,并利用Multiple Myeloma Research Foundation CoMMpass数据集及内部数据集进行验证 NA 单细胞RNA-seq, 全基因组测序, 全外显子测序, 批量RNA-seq NA NA
1536 2026-04-07
Deciphering the Impact of RAC1-SPTAN1 in ARPKD Cystogenesis Using Multifaceted Models
2026-Feb-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过多层面模型揭示了SPTAN1在常染色体隐性多囊肾病(ARPKD)囊肿发生中的关键作用,并探索了表观基因组编辑作为潜在治疗策略 首次将SPTAN1确定为ARPKD中RAC1激活和囊肿病理的关键调节因子,并利用CRISPR激活技术在PKHD1缺陷型类器官中恢复SPTAN1表达以缓解囊肿表型 研究主要基于模型系统(类器官和小鼠),仍需在更多患者样本中验证,且表观基因组编辑的治疗策略尚未进行临床试验 阐明ARPKD囊肿发生的分子机制并识别潜在治疗靶点 ARPKD患者肾脏样本、转基因小鼠、肾脏类器官芯片模型 数字病理学 常染色体隐性多囊肾病 单细胞RNA测序、转录组学、活体成像、CRISPR激活 NA 基因表达数据、图像数据 未明确具体样本数量,但包括患者肾脏样本、转基因小鼠和肾脏类器官 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1537 2026-04-07
Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma
2026, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序识别了与多发性骨髓瘤髓外进展相关的预后生物标志物 利用单细胞RNA测序数据结合LASSO方法开发了一个基于七个特征基因的风险评分模型,并揭示了CD4+ T细胞在多发性骨髓瘤进展中的关键作用 研究依赖于公共数据库的数据,未进行独立的前瞻性验证,且样本来源和临床信息可能有限 探究多发性骨髓瘤髓外进展的克隆进化特征,识别新的预后生物标志物 多发性骨髓瘤患者 数字病理学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序,转录组分析 LASSO回归模型 单细胞RNA测序数据,转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1538 2026-04-07
Functional characterization of a human epilepsy-associated gene network reveals metabolic regulation as a critical factor underlying seizure susceptibilities
2026-01-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1
研究论文 本研究利用果蝇全脑单细胞RNA测序技术,验证并表征了一个人类癫痫相关基因共表达网络,揭示了代谢调控在癫痫易感性中的关键作用 首次结合果蝇单细胞表达数据和行为学分析,验证人类癫痫基因网络,并发现AMPK介导的代谢通路作为癫痫易感性的新调控机制 研究基于果蝇模型,结果向人类直接转化需进一步验证;样本规模相对有限 揭示癫痫的分子机制,特别是代谢调控在癫痫易感性中的作用 人类癫痫相关基因网络及其在果蝇中的同源基因 单细胞测序 癫痫 单细胞RNA测序 基因敲低模型 RNA测序数据 涉及26个基因的果蝇全脑单细胞数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1539 2026-04-07
ANGPTL3 in Podocytes Contributes to the Pathogenesis of Lupus Nephritis by Activating MSR1 in Macrophages
2026 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
研究论文 本研究揭示了ANGPTL3在足细胞中通过激活巨噬细胞上的MSR1受体,驱动狼疮肾炎中干扰素偏向性炎症的关键机制 首次鉴定出ANGPTL3作为MSR1的配体,并揭示了其在狼疮肾炎中连接足细胞损伤与巨噬细胞驱动的炎症的新信号轴 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证相对有限,且未深入探讨ANGPTL3-MSR1轴在其他肾脏疾病中的普适性 探究ANGPTL3在足细胞中是否通过激活巨噬细胞的MSR1受体,驱动狼疮肾炎的干扰素偏向性炎症 狼疮肾炎的足细胞与巨噬细胞相互作用 NA 狼疮肾炎 分泌组蛋白-蛋白相互作用筛选、共免疫沉淀、RNA测序、siRNA沉默、单细胞RNA-seq NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA-seq数据 使用pristane诱导的狼疮小鼠模型、人类LN肾脏标本及Nephroseq数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1540 2026-04-07
Identification and Validation of a Novel Theranostic Target in Triple Negative Breast Cancer with Transcriptomics and Protein Analyses
2026, Breast cancer (Dove Medical Press)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质分析,识别并验证了三阴性乳腺癌中潜在的治疗靶点LY6E 首次结合单细胞RNA测序和蛋白质验证,在三阴性乳腺癌中识别出LY6E作为新型治疗靶点 研究样本量有限,且主要基于体外细胞系和异种移植模型,需要进一步临床验证 识别三阴性乳腺癌的潜在治疗靶点,以改善其成像和治疗策略 三阴性乳腺癌患者样本、正常乳腺组织、TNBC细胞系及小鼠异种移植肿瘤 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质印迹分析 NA 转录组数据, 蛋白质表达数据 8名TNBC患者和11名正常患者的单细胞RNA测序数据,TCGA队列中162个TNBC和113个正常乳腺组织的批量RNA测序数据 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
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