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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1521 - 1540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1521 | 2025-10-05 |
A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics
2025-Jul, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935
PMID:40926859
|
研究论文 | 开发混合1DCNN-GRU深度学习模型，利用单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞生育潜力进行分类 | 首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类，结合1DCNN和GRU的混合架构 | 需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证 | 开发基于单细胞转录组数据的颗粒细胞生育潜力分类方法 | 山羊颗粒细胞 | 机器学习 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | 1DCNN-GRU混合模型 | 基因表达数据 | 公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1522 | 2025-10-05 |
Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661157
PMID:40667113
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研究论文 | 本研究探讨了生殖器疱疹病毒脱落期间对宫颈阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学和免疫荧光成像技术，揭示了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞空间定位和基因表达的变化特征 | 研究样本量相对有限，且主要关注宫颈阴道组织，未全面评估其他生殖道部位 | 研究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫系统的影响机制 | 232名HSV-2血清阳性和血清阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 空间转录组学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术, 免疫荧光成像, 可溶性免疫因子分析, 空间转录组学 | NA | 组织样本, 血液样本, 图像数据, 基因表达数据 | 232名参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1523 | 2025-10-05 |
Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658502
PMID:40501632
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研究论文 | 本研究识别并表征了早期肝脏发育过程中一种先前未被认识的原始肝母细胞群 | 发现了一种表达典型肝母细胞标志物和原始特异性间充质标志物的新型原始肝母细胞群 | 原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中贡献度下降 | 探索早期肝脏发育过程中的谱系异质性 | 小鼠和人类原始肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传学研究 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1524 | 2025-10-05 |
Orchestration of Skin Pathology in Cutaneous Lupus Erythematosus by HLA Class I Down-Regulated Senescent Epidermal Basal Cells
2025-May-19, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43244
PMID:40386939
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研究论文 | 本研究通过分析皮肤红斑狼疮患者样本和系统性红斑狼疮小鼠模型，揭示了衰老表皮基底细胞通过调控HLA I类分子表达在疾病发病机制中的关键作用 | 首次发现衰老表皮基底细胞通过异质性HLA I类分子表达调控CD8阳性T细胞毒性，创建了促进正常表皮细胞凋亡的微环境 | 样本量相对有限（CLE患者n=68，对照组n=4），且主要依赖公共数据库数据 | 探究衰老表皮基底细胞在皮肤红斑狼疮发病机制中的作用 | 皮肤红斑狼疮患者皮肤样本、系统性红斑狼疮小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤红斑狼疮 | 单细胞RNA测序，基因芯片分析，体外实验 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | CLE患者68例，对照组4例；单细胞测序CLE患者7例，对照组14例；SLE患者17例 | NCBI | 单细胞RNA-seq，基因芯片 | GEO数据库 | GSE184989基因芯片数据，GSE186476单细胞RNA测序数据，AMP Phase 1-Metro数据集 |
| 1525 | 2025-10-05 |
scDILT: A Model-Based and Constrained Deep Learning Framework for Single-Cell Data Integration, Label Transferring, and Clustering
2025 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3553068
PMID:40811359
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研究论文 | 开发了一种基于条件自编码器和深度嵌入聚类的单细胞数据整合工具scDILT，用于数据整合、标签转移和聚类分析 | 首次提出同时使用同质约束和异质约束来保持参考数据集细胞聚类模式并将新数据集细胞映射到注释聚类 | NA | 开发能够同时实现单细胞数据整合、标签转移和聚类的计算框架 | 单细胞RNA测序数据和多组学单细胞数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞多组学 | 条件自编码器，深度嵌入聚类 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 1526 | 2025-10-05 |
Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids
2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.13.612950
PMID:39345362
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研究论文 | 本研究通过患者来源类器官模型揭示2型糖尿病血浆外泌体通过改变肿瘤微环境促进乳腺癌侵袭性的新机制 | 首次开发了保留天然肿瘤浸润淋巴细胞的乳腺癌患者来源类器官模型，并发现2型糖尿病外泌体通过扩增免疫抑制性T细胞和增强肿瘤异质性驱动癌症进展 | 研究样本量有限，外泌体作用的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究2型糖尿病血浆外泌体对乳腺癌肿瘤微环境免疫细胞功能的影响 | 乳腺癌患者来源类器官和血浆外泌体 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 患者来源类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1527 | 2025-10-05 |
Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.02.621562
PMID:40291654
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研究论文 | 本研究通过全基因组和单细胞RNA测序分析串联重复序列对免疫细胞类型特异性基因表达的影响 | 首次在单细胞水平系统分析串联重复序列对免疫细胞类型特异性基因表达的调控作用，发现超过62,000个单细胞表达数量性状串联重复位点 | 研究主要基于血液来源细胞，可能不适用于其他组织类型；串联重复序列的准确识别仍存在技术挑战 | 探索串联重复序列变异对免疫细胞类型特异性基因表达的调控机制 | 1,925名个体的血液来源细胞，涵盖28种不同的免疫细胞类型 | 基因组学 | 免疫介导性疾病，血液系统疾病 | 全基因组测序，单细胞RNA测序 | 数量性状位点分析，精细定位 | 基因组序列数据，单细胞基因表达数据 | 超过540万个血液来源细胞，来自1,925名个体 | NA | 单细胞RNA-seq，全基因组测序 | NA | NA |
| 1528 | 2025-10-05 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.03.631250
PMID:39803530
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据和数学模型研究细胞间信号传导如何影响癌细胞表型可塑性和肿瘤内异质性 | 开发了基于多尺度推断的方法，首次系统揭示细胞间信号传导在小细胞肺癌中强化表型转换并维持群体水平异质性的机制 | 研究方法主要基于计算推断和数学模型，需要进一步实验验证 | 探索细胞间通讯在癌症表型可塑性和肿瘤内异质性中的作用机制 | 小细胞肺癌和其他多种癌症类型的癌细胞 | 计算生物学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | 多尺度推断模型、动力系统模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1529 | 2025-10-05 |
Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2410095122
PMID:40067893
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CCR2缺陷型DMD小鼠模型中骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病激活机制 | 首次证明在抑制炎性巨噬细胞浸润条件下，骨骼肌驻留巨噬细胞通过增殖发生扩增并获得致病性激活 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类DMD患者中验证 | 探究Duchenne肌营养不良症中巨噬细胞亚群的动态变化及其致病机制 | mdx5cv/Ccr2-/- DMD模型小鼠的骨骼肌组织 | 单细胞生物学 | Duchenne肌营养不良症 | 单细胞RNA测序，基于Cre-loxP的谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种基因型小鼠的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1530 | 2025-10-05 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643803
PMID:40166160
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺细胞中母乳寡糖的生物合成程序 | 首次在单细胞水平识别HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并揭示HMO合成与乳脂合成基因共表达有限 | 母乳寡糖生物合成途径在哺乳期乳腺中的复杂机制仍未被完全阐明 | 解析人类母乳寡糖在乳腺细胞中的生物合成机制 | 人类乳腺上皮细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，浓度测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1531 | 2025-10-05 |
Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas
2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.13.643116
PMID:40161601
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研究论文 | 本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的价值 | 首次揭示AIMP蛋白家族与胶质瘤血管生成的关联，发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物 | 回顾性研究设计，需要前瞻性验证 | 研究AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其治疗预测价值 | 胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序，多组学分析，甲基化分析 | Cox比例风险模型，Kaplan-Meier分析 | 转录组数据，表观遗传数据，蛋白质组数据 | 多个队列的胶质瘤样本（TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验） | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1532 | 2025-10-05 |
Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.01.640701
PMID:40297507
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了眼睛对葡萄膜炎原性T细胞的独特调控机制 | 首次在分子水平揭示了眼内T细胞分化为调节性T细胞和无能细胞的平行分化路径 | 研究基于体内免疫特权模型，临床转化需要进一步验证 | 探究眼内免疫特权对T细胞命运的调控机制 | 视网膜特异性T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞转录组测序 | 轨迹分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1533 | 2025-10-05 |
Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.640006
PMID:40093165
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，开发了ConnectionMiner计算工具来解析果蝇腿部运动神经回路发育机制 | 开发了ConnectionMiner工具，首次将scRNAseq数据与电子显微镜连接组数据整合，通过概率方法优化细胞类型注释并识别与突触连接强度相关的基因表达特征 | 研究仅聚焦于果蝇腿部运动神经系统，尚未验证其他神经系统的普适性 | 解析运动神经回路在发育过程中的建立机制 | 果蝇腿部运动神经元和前置运动神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 电子显微镜 | 概率模型 | 基因表达数据, 连接组数据 | 多个时间点的腿部运动神经元单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1534 | 2025-10-05 |
Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components
2025-Feb-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1
PMID:40034445
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研究论文 | 本研究首次在小鼠腭裂模型中应用单细胞空间转录组学技术，揭示了Pax9基因与细胞外基质成分模式化和组织的关联 | 首次在腭裂模型中实施单细胞空间RNA测序研究，采用新兴的Visium HD平台实现真正的单细胞分辨率空间转录组分析 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索腭裂的基因组基础，识别关键分子靶点以开发有效治疗方法 | 小鼠胚胎腭部组织，在多个发育时间点进行研究 | 空间转录组学 | 腭裂 | 单细胞空间RNA测序，原位mRNA空间分析，RNAscope多重检测 | NA | 空间基因表达数据 | 多个发育时间点的小鼠胚胎腭部组织样本 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学，空间转录组学 | Visium HD, Xenium | Visium HD平台使用2×2 μm空间基因表达数据的自定义分箱，Xenium原位mRNA空间分析 |
| 1535 | 2025-10-05 |
SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634756
PMID:39975319
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研究论文 | 提出一种通过风格迁移学习利用单细胞RNA测序数据增强空间转录组数据的新方法 | 首创将风格迁移学习应用于空间转录组数据插补，通过分离数据无关内容和数据特定风格实现跨技术数据整合 | 未明确说明方法对特定组织类型或技术平台的适用性限制 | 解决空间转录组技术中基因信号稀疏和检测能力有限的问题 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组技术 | 风格迁移学习模型 | 基因表达数据 | 53个不同的空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 涵盖测序基和成像基空间技术 |
| 1536 | 2025-10-05 |
Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity
2025-Jan-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1
PMID:39975899
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研究论文 | 本研究通过同位素编码空间生物学技术追踪阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成与成熟过程 | 首次结合质谱成像与稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记，实现斑块老化的空间追踪 | 研究基于Aβ敲入小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证 | 阐明阿尔茨海默病中Aβ斑块形成与成熟导致神经毒性的机制 | Aβ敲入小鼠模型中的淀粉样斑块 | 空间生物学 | 阿尔茨海默病 | 质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学、高光谱共聚焦显微镜 | NA | 质谱成像数据、空间转录组数据、显微镜图像 | 10至18月龄小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学、质谱成像 | NA | NA |
| 1537 | 2025-10-05 |
Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages
2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.19.607962
PMID:39416055
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研究论文 | 介绍EukPhylo v1.0工具包，用于真核生物系统发育基因组学数据管理和分析 | 开发了模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息指导的污染去除和改进的同源基因家族估计方法 | 未明确说明样本来源限制或特定技术局限性 | 解决真核生物系统发育基因组学分析中的数据污染和可重复性问题 | 真核生物、细菌和古菌的多样化谱系 | 生物信息学 | NA | 系统发育基因组学、单细胞测序、同源基因家族分析 | NA | 基因组序列数据、多序列比对、基因树 | 1,000种真核生物、细菌和古菌物种，分析500个保守基因家族 | NA | 单细胞测序、基因组学分析 | NA | NA |
| 1538 | 2025-10-05 |
TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5584635/v1
PMID:39877090
|
研究论文 | 提出TrimNN方法用于识别空间转录组和蛋白质组数据中的细胞群落基序，研究复杂组织中多细胞拓扑结构 | 采用自下而上的图神经网络方法识别保守的细胞组织模式，将细胞生态位区分为可计数的拓扑块，具有可解释性和通用性 | NA | 研究不同细胞类型在组织空间模式中的拓扑协调规则 | 复杂组织中的细胞空间排列 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 图神经网络 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1539 | 2025-10-05 |
GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells
2025-Jan-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1
PMID:39877092
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研究论文 | 提出基于图的机器学习方法GraphVelo，用于从单细胞高通量数据中准确推断多组学速度和分子机制 | 利用现有方法推断的RNA速度作为输入，在单细胞数据形成的低维流形切空间中推断速度向量，保留向量大小和方向信息 | 需要依赖现有RNA速度推断方法的结果作为输入 | 扩展RNA速度分析方法到多模态数据，揭示基因、病毒与宿主细胞以及不同基因调控层之间的定量非线性调控关系 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，多组学分析 | 图神经网络 | 单细胞多模态组学数据 | 多个合成和实验scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，多组学 | NA | NA |
| 1540 | 2025-10-05 |
Prognostic model construction and immune microenvironment analysis of pyroptosis-related genes in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1595539
PMID:40918134
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析免疫微环境 | 首次在单细胞分辨率下系统研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义，并构建了结合肿瘤分期和焦亡特征的临床预测工具 | 样本量相对有限，需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析其与免疫微环境的关系 | 肝细胞癌患者肿瘤组织和配对癌旁组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，RT-PCR，免疫组化分析 | LASSO-Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据，临床数据 | 10例HCC肿瘤及配对癌旁组织（60,496个细胞），TCGA-LIHC队列365例，ICGC队列231例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |