单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1521	2025-07-25	Bidirectional mendelian randomization and single-cell sequencing reveal T cell-mediated causal links between COPD and lung adenocarcinoma 2025-Jul-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002448 PMID:40676822	研究论文	通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，研究T细胞介导的慢性阻塞性肺病（COPD）与肺腺癌（LA）之间的因果关系	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示CXCR4基因在CD4+T细胞中对肺腺癌的保护作用及其与免疫细胞的相互作用	研究样本量有限，且仅关注了CD4+T细胞亚群，未全面考察其他免疫细胞类型	探索COPD与肺腺癌之间的潜在机制联系	COPD和肺腺癌患者的CD4+T细胞	生物医学研究	肺腺癌, 慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 孟德尔随机化（MR）, 表达数量性状位点（eQTL）, 全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	COPD和肺腺癌患者的外周血单细胞RNA测序数据
1522	2025-07-25	Mapping Genetic Associations With Functional Brain Area Alterations in Schizophrenia and Implications for Cortical Development 2025-Jul, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70688 PMID:40685676	研究论文	本研究通过识别精神分裂症患者中受影响的Brodmann区域（BAs），探索相关遗传变异及其在皮质发育中的潜在作用	首次将精神分裂症的灰质体积变化与特定脑功能区域及遗传因素联系起来，并通过单细胞RNA测序和原位杂交分析揭示相关基因在皮质发育中的表达模式	样本量相对较小（194名精神分裂症患者和330名健康对照），且主要来自台湾老龄化精神疾病队列，可能限制结果的普遍性	探索精神分裂症患者灰质体积变化的遗传基础及其在皮质发育中的作用	194名精神分裂症患者和330名健康对照	神经科学	精神分裂症	GWAS、单细胞RNA测序、原位杂交	NA	MRI图像、遗传数据	524人（194名患者和330名对照）
1523	2025-07-25	Dissecting Sex-Specific Pathology in K18-hACE2 Transgenic Mice Infected With Different SARS-CoV-2 Variants 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70506 PMID:40686017	research paper	该研究通过K18-hACE2转基因小鼠模型，探究了不同SARS-CoV-2变体感染后性别特异性的病理差异	揭示了不同SARS-CoV-2变体感染后性别特异性病理反应的差异，特别是Delta变体在雄性小鼠中引起的更严重炎症反应	研究仅使用了转基因小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解COVID-19结局中性别偏见的差异与不同SARS-CoV-2变体的关系	K18-hACE2转基因小鼠的肺和鼻腔组织	病理学	COVID-19	空间转录组学	K18-hACE2转基因小鼠模型	组织病理学数据和转录组数据	年龄匹配的雌性和雄性K18-hACE2转基因小鼠
1524	2025-07-25	Genetic Associations of Clonal Hematopoiesis With Cardioembolic Stroke: Insights From Genome-Wide Mendelian Randomization, Bulk RNA, Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70515 PMID:40702735	研究论文	本研究通过基因组范围的孟德尔随机化、批量RNA和单细胞RNA测序，探索了克隆造血与心源性栓塞性中风的遗传关联	首次通过多组学整合方法揭示了CHIP与心源性栓塞性中风的因果关系，并鉴定了关键治疗靶点PARP1和CD3G	样本量相对有限，且机制研究主要基于生物信息学分析	阐明克隆造血与缺血性中风之间的机制联系	克隆造血(CHIP)患者与心源性栓塞性中风(CES)患者	基因组学	心血管疾病	GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, 孟德尔随机化	机器学习	基因组数据	GWAS队列数据(具体数量未明确说明)
1525	2025-07-25	S-Propargyl-Cysteine Attenuates Stroke Heterogeneity via Promoting Protective Autophagy Across Multiple Neural Cell Types: Insights From Single-Cell Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70399 PMID:40702904	research paper	本研究探讨了S-炔丙基半胱氨酸（SPRC）在缺血性中风中的神经保护作用及其机制，重点关注H2S与自噬在中风后脑微环境调控中的相互作用	首次揭示了SPRC在脑缺血再灌注损伤中以不依赖经典酶CBS/3-MST的方式提供神经保护，并发现其可能通过激活保护性自噬发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探究SPRC在缺血性中风中的神经保护机制	缺血性脑组织、神经元、大鼠和小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序、脑缺血再灌注损伤模型构建、基因敲除技术	动物模型（大鼠和小鼠）	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GSE174574数据集和大鼠/小鼠模型
1526	2025-07-25	APOBEC3C-Mediated NF-κB Activation Promotes Malignant Progression of Gliomas 2025-Jul, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70224 PMID:40704619	研究论文	分析APOBEC3C在胶质瘤中的临床病理特征、免疫学特性及预后价值，并验证其介导胶质瘤恶性进展的具体机制	发现APOBEC3C是胶质瘤间质亚型的潜在生物标志物，并通过NF-κB信号通路抑制胶质瘤细胞的EMT过程	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索APOBEC3C在胶质瘤恶性进展中的作用及其潜在机制	胶质瘤患者及胶质瘤细胞	肿瘤学	胶质瘤	mRNA-seq、单细胞测序、Western blot、Transwell实验、细胞划痕实验	NA	测序数据、蛋白质数据、细胞实验数据	来自CGGA数据库的693例胶质瘤患者和TCGA数据库的697例胶质瘤患者，以及CGGA数据库的单细胞测序数据
1527	2025-07-25	Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.21.660851 PMID:40667360	研究论文	本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素	揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现及其与微环境局部特征的关联	早期疾病的详细空间分析仍然有限	揭示黑色素瘤起始、进展和免疫监视的基本机制	原发性皮肤黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学	NA	图像、转录组数据	多个原发性癌症样本，每个癌症中的100-300细胞微区域
1528	2025-07-25	Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning 2025-Jun-21, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.048 PMID:40550384	研究论文	本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析，识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物，并构建疾病评估预测模型	识别了五个新的免疫相关生物标志物，并验证了它们在神经鞘瘤进展中的生物学意义	预测模型的AUC值为0.67，可能还需要进一步优化以提高准确性	识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建预测模型	良性神经鞘瘤的转录组数据和单细胞数据	机器学习	神经鞘瘤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO、SVM、随机森林算法	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	GSE108524数据集中的样本，以及NF2敲除小鼠模型
1529	2025-07-25	Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions 2025-Jun-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060470 PMID:40699869	综述	本文探讨了人工智能（AI）与下一代测序（NGS）的协同关系，及其在基因组研究和临床应用中的变革性影响	AI驱动的工具（如机器学习和深度学习）优化了NGS工作流程的各个方面，从实验设计到生物信息学分析，并在变异检测、表观基因组分析等领域超越了传统方法	存在数据异质性、模型可解释性及伦理问题等挑战	探索AI在NGS中的应用及其对基因组学和精准医学的推动作用	基因组数据及其在癌症研究和药物发现中的应用	机器学习	癌症	NGS, TGS	CNN, RNN, 混合架构	基因组数据	NA
1530	2025-07-25	Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions 2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology DOI:10.1016/j.beha.2025.101634 PMID:40701740	review	本文综述了异基因造血细胞移植（allo-HCT）和CAR-T疗法后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略	总结了当前关于免疫重建动力学的知识，并评估了不同移植和CAR-T设置的影响，讨论了优化免疫监测和治疗方法的个性化策略	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨异基因造血细胞移植和CAR-T疗法后的免疫重建过程及其临床意义	接受异基因造血细胞移植和CAR-T疗法的患者	免疫学	白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1531	2025-07-25	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex-expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	通过高分辨率单细胞转录组学比较研究不同果蝇物种中表达doublesex基因的神经元，揭示性行为神经回路在进化中的保守性和多样性	首次系统性比较多个果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型，揭示了细胞类型在进化中的高度独立性以及神经调节信号通路的物种差异	研究仅关注表达doublesex基因的神经元，可能忽略了其他参与性行为调控的神经元群体	探究神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为多样性	多种果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个果蝇物种的雄性个体（具体数量未明确说明），并包括一个雌性果蝇数据集
1532	2025-07-25	Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics 2025-Apr-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47040256 PMID:40699655	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对健康人类牙龈组织中小细胞外囊泡（sEVs）的分泌潜力进行了定位分析	首次在sEVs生物发生的特定背景下对牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了牙龈组织中不同结构在sEVs生物发生中的作用	研究仅基于公开可用的转录组数据，未进行实验验证	探索健康人类牙龈组织中sEVs的生物发生机制	健康人类牙龈组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	公开可用的牙龈转录组数据
1533	2025-07-25	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习识别糖尿病肾病中的足细胞分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，揭示了糖尿病肾病中足细胞的异质性和功能差异，并鉴定了ARHGEF26作为潜在的诊断生物标志物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于晚期病例	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
1534	2025-07-25	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	整合了组织透明化技术与空间转录组学和AI分析工具，实现了全面的三维分子图谱	未提及具体实验数据或样本量的详细信息	促进对女性生殖系统功能的理解，并探索早期诊断子宫和卵巢病理的潜在策略	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶包埋方法）、光片显微镜、多光子显微镜	NA	三维图像数据	NA
1535	2025-07-25	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现一种与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生（BPH）相关	首次将年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并揭示了Granzyme K在促进前列腺基质成纤维细胞炎症反应中的作用	研究样本量较小，且主要关注老年男性，可能限制了结果的普遍性	探讨年龄相关免疫细胞变化对BPH症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺组织及BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺组织（小≤40g和大≥90g）及3例年轻器官捐赠者的前列腺组织
1536	2025-07-25	Cross-talk of m6A methylation modification and the tumor microenvironment composition in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572810 PMID:40692788	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化修饰与食管癌肿瘤微环境组成之间的相互作用，并开发了一个m6A评分系统来预测免疫治疗反应	首次揭示了m6A甲基化在食管癌肿瘤微环境中的关键作用，并开发了新型m6A评分系统作为预测免疫治疗反应的生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明m6A甲基化修饰对食管癌肿瘤微环境的影响并开发预测性生物标志物	食管癌患者样本和肿瘤微环境	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, 共识聚类算法, 主成分分析	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的食管癌数据集
1537	2025-07-25	Integrating GEO Database, Mendelian Randomization, and Molecular Docking to Identify HLA-C as a Potential Therapeutic Target for Periodontitis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9163431 PMID:40692979	研究论文	本研究通过整合GEO数据库、孟德尔随机化和分子对接技术，识别HLA-C作为牙周炎的潜在治疗靶点	首次结合多种生物信息学方法和分子对接技术，系统性地探索牙周炎的分子机制并验证HLA-C作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索牙周炎的分子机制并识别关键治疗靶点	牙周炎相关基因表达数据和HLA-C分子	生物信息学	牙周炎	GEO数据库分析、孟德尔随机化(MR)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接(MD)	NA	基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序数据	GSE10334微阵列数据集（具体样本数量未明确说明）
1538	2025-07-25	Tumor-associated bacteria activate PRDX1-driven glycolysis to promote immune evasion and PD-1 antibody resistance in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1599691 PMID:40693141	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关细菌通过激活PRDX1驱动的糖酵解促进肝细胞癌免疫逃逸和PD-1抗体耐药性的机制	首次将肿瘤内细菌与PD-1耐药性通过氧化还原调节代谢联系起来，并提出PRDX1和肠道菌群双重靶向作为一种新型组合免疫治疗策略	研究样本量较小（29例HCC临床样本和8只小鼠每组），需要更大规模的验证	探索细菌感染如何重塑肿瘤代谢从而削弱抗PD-1治疗的疗效	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的微生物、代谢和免疫相互作用	肿瘤免疫学	肝细胞癌	16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	原位HCC小鼠模型	基因测序数据、流式细胞数据	29例HCC临床样本和12,487个细胞的单细胞RNA测序数据，每组8只小鼠的动物模型
1539	2025-07-25	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	review	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，以及单细胞和空间转录组学在这些模型中的应用	结合最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究，总结了这些模型中的主要发现	没有模型是完美的，这些模型仍存在局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
1540	2025-07-25	NOVEL ACTIVE PROTEINS FOR SEPSIS PROGNOSIS REVEALED THROUGH ScRNA-seq AND QUANTITATIVE PROTEOMICS 2024-12-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002408 PMID:38888471	研究论文	通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白	首次结合scRNA-seq和定量蛋白质组学技术，识别出与脓毒症预后相关的活性蛋白，并揭示了不同患者群体的通路差异	样本量相对较小（脓毒症患者53例，对照16例），且仅分析了外周血样本	探索影响脓毒症预后的关键活性蛋白及其作用机制	脓毒症患者（NS=26，SV=27）和健康对照（Con=16）的外周血样本	生物医学研究	脓毒症	scRNA-seq, DIA蛋白质组学, Viper算法	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	69例（53例脓毒症患者+16例对照）