单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15361	2024-08-07	Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Apr-21, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02419-0 PMID:37085855	研究论文	研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中肺成纤维细胞从正常状态向促纤维化状态转变的早期事件	首次发现全局性核糖体蛋白下调和大多数铜结合蛋白（包括MOXD1）显著上调标记了IPF的转变	未发现IPF上叶和下叶样本在基因表达上有显著差异	探究IPF中成纤维细胞从正常到促纤维化状态转变的早期病理途径	健康对照组和IPF患者的肺部成纤维细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康对照组和IPF患者的肺部样本
15362	2024-08-07	HIV Infection Elicits Differential Transcriptomic Remodeling in CD4+ T Cells with Variable Proliferative Responses to the T Cell Receptor Stimulus 2023-Mar-24, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens12040511 PMID:37111397	研究论文	研究了HIV感染初期在不同增殖反应的CD4+ T细胞中引起的转录组重塑	识别了HIV感染初期在不同增殖状态细胞中引起的转录变化，这些变化可能与潜伏感染细胞的标记物一致	研究仅限于特定细胞类型和感染初期的转录变化，未涵盖整个潜伏库	为了更好地理解潜伏建立前的细胞环境，研究HIV感染初期在不同增殖反应的CD4+ T细胞中引起的转录组重塑	CD4+ T细胞在HIV感染初期的转录组变化	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同增殖状态的CD4+ T细胞
15363	2024-08-05	Comparative analysis between single-cell RNA-seq and single-molecule RNA FISH indicates that the pyrimidine nucleobase idoxuridine (IdU) globally amplifies transcriptional noise 2023-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.14.532632 PMID:36993609	研究论文	这篇文章比较了单细胞RNA测序和单分子RNA FISH，表明嘧啶核苷酸类似物IdU可全局放大转录噪声	研究表明IdU作为全局穿透性的噪声增强分子，能够推动对转录噪声生理影响的研究	单细胞RNA测序的技术缺陷可能掩盖IdU诱导的转录噪声放大的结果	量化IdU诱导噪声放大在全局与部分渗透性之间的差异	对来自全转录组的多个基因进行的RNA噪声量化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单分子RNA FISH (smFISH)	NA	RNA数据	大约90%的基因
15364	2024-08-07	Establishment of an Inactivation Method for Ebola Virus and SARS-CoV-2 Suitable for Downstream Sequencing of Low Cell Numbers 2023-Feb-17, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens12020342 PMID:36839614	research paper	本文介绍了一种适用于低细胞数量下游测序的埃博拉病毒和SARS-CoV-2灭活方法	开发了一种使用TCL缓冲液和热处理的方法，能够有效灭活埃博拉病毒和SARS-CoV-2，同时保持RNA质量和下游测序结果	NA	研究适用于高生物安全级别实验室的病毒灭活方法，以便进行下游测序分析	埃博拉病毒和SARS-CoV-2	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	低细胞数量
15365	2024-08-07	Tipping the balance between erythroid cell differentiation and induction of anemia in response to the inflammatory pathology associated with chronic trypanosome infections 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1051647 PMID:36420267	研究论文	本研究通过筛选10个不同毒力的野外分离株，建立了一个模拟慢性动物锥虫病的实验疾病模型，并深入分析了脾脏巨噬细胞在调节脾脏髓外造血中的作用。	本研究揭示了组织驻留巨噬细胞（TRMs）在调节脾脏髓外造血中的双重作用，并展示了在慢性感染过程中，巨噬细胞激活状态的复杂性。	NA	研究慢性锥虫感染引起的炎症病理与红细胞分化及贫血诱导之间的平衡。	慢性锥虫感染的实验模型及脾脏巨噬细胞在其中的作用。	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	10个不同毒力的野外分离株
15366	2024-08-07	Deletion of Abi3 gene locus exacerbates neuropathological features of Alzheimer's disease in a mouse model of Aβ amyloidosis 2021-Nov-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe3954 PMID:34731000	研究论文	本研究探讨了ABI3基因缺失对5XFAD小鼠模型中阿尔茨海默病病理特征的影响	首次提供了ABI3功能丧失可能通过影响Aβ积累和神经炎症增加阿尔茨海默病风险的体内功能证据	NA	探究ABI3基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用	5XFAD小鼠模型中的ABI3基因缺失对阿尔茨海默病病理特征的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15367	2024-08-05	Exosomal lncCRLA is predictive for the evolvement and development of lung adenocarcinoma 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216588 PMID:38097132	研究论文	本研究揭示了lncCRLA在肺腺癌发展中的预测作用	发现plasmatic lncCRLA作为一种新型循环生物标志物，能够预测肺腺癌的发生和演变	研究主要集中在lncCRLA的作用机制，缺乏对其长期临床应用的验证	探讨lncCRLA在肺腺癌进展中的作用及其作为生物标志物的潜力	主要研究对象为肺腺癌细胞及其相关lncRNA	数字病理学	肺癌	单细胞测序、RNA-Mutect技术和空间转录组学	转基因小鼠模型	细胞和组织样本	使用了少量的肺腺癌细胞和转基因小鼠
15368	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling of primary tumors and paired organoids of pancreatobiliary cancer 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216586 PMID:38081505	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了原发性胰胆道癌及其配对的类器官的转录组特征	揭示了原发肿瘤和其配对类器官在转录组水平上的异同，并确认了类器官模型在胰胆道癌研究中的应用前景	尚不清楚类器官是否能忠实反映原发胰胆道癌的异质性	探讨类器官模型在胰胆道癌的适用性	来自一例胆道癌和两例胰腺导管腺癌患者的原发肿瘤及其配对类器官	数字病理学	胰胆道癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	类器官模型	转录组数据	3个患者（1个胆管癌和2个胰腺导管腺癌）
15369	2024-08-07	Single-Cell Mapping of Large and Small Arteries During Hypertensive Aging 2024-Feb-01, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glad188 PMID:37531301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了高血压老化过程中大动脉和小动脉的细胞组成和动脉重塑的变化	首次系统地描绘了高血压老化过程中血管壁细胞多样性和细胞间通讯动态变化的综合细胞图谱，并鉴定了骨桥蛋白（OPN）作为高血压老化过程中血管重塑的潜在调控因子	NA	探讨高血压老化过程中血管老化与高血压之间的相互作用	雄性Wistar Kyoto大鼠和雄性自发性高血压大鼠的主动脉、股动脉和肠系膜动脉	数字病理学	高血压	单细胞RNA测序	NA	RNA	12个数据集，包括16周和72周龄的雄性Wistar Kyoto大鼠和雄性自发性高血压大鼠的动脉样本
15370	2024-08-07	Deciphering the immune modulation through deep transcriptomic profiling and therapeutic implications of DNA damage repair pattern in hepatocellular carcinoma 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216594 PMID:38135208	研究论文	本研究通过深度转录组分析和机器学习框架，探讨了DNA损伤修复（DDR）在肝细胞癌（HCC）中的免疫调节作用及其治疗意义	引入了一种创新的深度机器学习框架，用于精确评估DDR，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA-seq数据	NA	深入理解DDR在HCC中的作用及其对肿瘤微环境的影响，探索免疫调节机制	肝细胞癌（HCC）中的DNA损伤修复（DDR）及其对免疫细胞和免疫调节途径的影响	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA-seq，反相蛋白阵列（RPPA）	机器学习模型	RNA-seq数据	总共分析了85,628个细胞，包括1027名患者的数据和22个肝癌细胞系的RNA-seq数据
15371	2024-08-05	Single-cell Technologies Provide Novel Insights into Liver Physiology and Pathology 2024-Jan-28, Journal of clinical and translational hepatology IF:3.1Q2 DOI:10.14218/JCTH.2023.00224 PMID:38250462	综述	本文全面总结了单细胞技术在肝脏生理和病理中的应用	创新点在于总结了多种单细胞技术，并探讨了其在肝脏疾病免疫治疗中的潜在应用	未具体提及研究样本的数量和种类	研究肝脏生理和病理机制，以实现肝脏疾病的精确个体化治疗	单细胞群体及其分子特征与肝脏疾病的相关性	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
15372	2024-08-05	IRGM is a novel regulator of PD-L1 via promoting S6K1-mediated phosphorylation of YBX1 in hepatocellular carcinoma 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216495 PMID:37993085	研究论文	本研究揭示了IRGM在肝细胞癌中作为PD-L1新调节因子的作用	首次发现IRGM通过促进S6K1介导的YBX1磷酸化来调节PD-L1的表达	研究中对IRGM在其他类型癌症中的作用和机制缺乏探讨	探讨IRGM在肝细胞癌发展中的作用及其机制	肝细胞癌患者及其肿瘤细胞模型	数字病理学	肝癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱分析	NA	NA	NA
15373	2024-08-05	Immuno-genomic analysis reveals eosinophilic feature and favorable prognosis of female non-smoking esophageal squamous cell carcinomas 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216499 PMID:38013050	研究论文	本研究分析了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的免疫基因组特征及其预后。	首次揭示了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的年龄相关突变特征和特定的肿瘤免疫微环境。	对仅有20个非吸烟女性病例的分析样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。	明确非吸烟女性食管鳞状细胞癌的基因组和免疫特征。	分析了94例食管鳞状细胞癌患者的全基因组或转录组测序数据。	数字病理学	食管癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	94例食管鳞状细胞癌样本，其中包括20例非吸烟女性病例
15374	2024-08-05	Deciphering the tumor-suppressive role of PSMB9 in melanoma through multi-omics and single-cell transcriptome analyses 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216466 PMID:37944578	研究论文	通过多组学和单细胞转录组分析揭示PSMB9在黑色素瘤中的肿瘤抑制作用	确定了PSMB9作为潜在的黑色素瘤抑制因子，并建立了一个基于机器学习的IFN-g敏感性特征	仅关注了PSMB9的作用，未探讨其他可能影响肿瘤异质性的因素	揭示PSMB9在黑色素瘤免疫治疗中的作用和潜在的预后价值	黑色素瘤患者的组织样本以及两种SKCM细胞系	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA-seq，RNA-seq，机器学习	NA	组织样本，细胞系	10个探针特征的甲基化和表达队列，以及两个SKCM细胞系
15375	2024-08-05	Targeting TAM-secreted S100A9 effectively enhances the tumor-suppressive effect of metformin in treating lung adenocarcinoma 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216497 PMID:38008395	研究论文	本研究探讨了TAM分泌的S100A9在增强MET抑制肺腺癌中的作用	研究首次揭示了TAM在米非司酮作用中的关键作用和S100A9的影响机制	研究可能受到样本量和模型选择的限制	阐明米非司酮在肺腺癌中的作用机制	主要研究TAM和S100A9在肺腺癌中的作用	数字病理学	肺癌	10X Genomics单细胞测序，转录组测序，ChIP-Seq	细胞衍生异种移植模型（CDX），患者衍生异种移植模型（PDX）	基因组数据	涉及小鼠和患者样本
15376	2024-08-07	The spatial and single-cell analysis reveals remodeled immune microenvironment induced by synthetic oncolytic adenovirus treatment 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216485 PMID:38008394	研究论文	本研究通过空间转录组测序和单细胞RNA测序，揭示了合成溶瘤腺病毒治疗后肿瘤微环境的重组特征	首次通过合成溶瘤腺病毒治疗，观察到肿瘤微环境的重组，包括免疫细胞和间质细胞的状态转变，以及细胞间通讯的增强	研究主要集中在小鼠肝细胞癌模型和I期临床试验，需要进一步在更广泛的模型和临床试验中验证	探讨合成溶瘤腺病毒治疗后肿瘤微环境的细胞和分子特征	肝细胞癌及其微环境	数字病理学	肝癌	空间转录组测序和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型和I期临床试验中的肝细胞癌患者
15377	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the role of mitochondrial dysfunction in the cardiogenic toxicity of perfluorooctane sulfonate in human embryonic stem cells 2024-Jan-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115945 PMID:38183750	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了全氟辛烷磺酸（PFOS）对人类胚胎干细胞心肌分化的影响，并检测了细胞凋亡、线粒体膜电位和ATP水平。	首次通过单细胞RNA测序揭示了PFOS通过干扰线粒体功能影响心肌分化的具体机制。	研究仅限于体外实验，未来需进一步验证在体内的效果和机制。	探讨PFOS对人类胚胎干细胞心肌分化的毒性作用及其机制。	人类胚胎干细胞的心肌分化过程。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
15378	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis to evaluate antimony exposure effects on cell-lineage communications within the Drosophila testicular niche 2024-Jan-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115948 PMID:38184976	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了锑暴露对果蝇睾丸微环境中细胞系通讯的影响	首次揭示了锑暴露通过表皮生长因子受体（EGFR）和WNT信号通路影响果蝇睾丸微环境中的细胞间通讯	NA	探究锑暴露对果蝇睾丸微环境中细胞系通讯的影响机制	果蝇睾丸中的细胞系通讯	数字病理学	生殖健康	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
15379	2024-08-07	SUV39H1 Ablation Enhances Long-term CAR T Function in Solid Tumors 2024-01-12, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1350 PMID:37934001	研究论文	本文研究了通过表观遗传学调控组蛋白3赖氨酸9三甲基化（H3K9me3）途径，增强基于41BB（BBz）的嵌合抗原受体（CAR）T细胞在实体瘤中的长期功能	通过失活H3K9三甲基转移酶SUV39H1，增强了BBz-CAR T细胞的长期持久性，保护小鼠免受肿瘤复发和再挑战	NA	优化BBz-CAR T细胞的长期功能持久性，减少肿瘤复发	BBz-CAR T细胞在实体瘤中的长期功能	数字病理学	实体瘤	单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质分析	NA	单细胞转录组数据，染色质开放数据	涉及小鼠模型中的肿瘤浸润CAR T细胞
15380	2024-08-07	An inappropriate decline in ribosome levels drives a diverse set of neurodevelopmental disorders 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.09.574708 PMID:38260472	研究论文	本文探讨了核糖体水平下降如何导致多种神经发育障碍，并发现了一种新的机制，即核糖体水平的改变与早期大脑发育中细胞命运指定的时间有关。	发现了核糖体水平变化与早期大脑发育中细胞命运指定时间之间的未被重视的机制，并提出了通过增强mTOR活性来改善与智力障碍相关的发育缺陷的治疗方法。	NA	揭示蛋白质合成缺陷相关的人类大脑发育障碍的细胞和分子起源。	核糖体生物发生因子的新等位变异及其在神经发育障碍中的作用。	神经科学	神经发育障碍	蛋白质组学分析，单细胞转录组分析，单个类器官的翻译组分析	NA	蛋白质组，转录组	多个发育阶段的人类大脑类器官