单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15341	2024-08-05	Analysis of brain and blood single-cell transcriptomics in acute and subacute phases after experimental stroke 2024-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01711-x PMID:38177281	研究论文	本研究探讨了缺血性中风后脑部和血液单细胞转录组学的变化	首次揭示了缺血性中风后微胶质细胞、单核细胞来源的巨噬细胞和中性粒细胞的时间动态和多样性	对外周白细胞和脑内常驻细胞的具体动态变化尚不够了解	研究缺血性中风后脑细胞和血细胞的转录组动态	小鼠在缺血性中风后2天和14天的脑和血液细胞	数字病理学	脑卒中	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本，具体数量未提供
15342	2024-08-05	Single-cell transcriptomics analysis of cellular heterogeneity and immune mechanisms in neurodegenerative diseases 2024-Feb, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.16242 PMID:38221677	综述	本文章主要分析了单细胞转录组学在神经退行性疾病中的细胞异质性和免疫机制方面的应用	强调了单细胞转录组技术在揭示神经退行性疾病中细胞异质性和免疫机制方面的重要性	未明确提及具体的实验研究或数据支持	探讨神经退行性疾病的发病机制及开发新的治疗方法	神经退行性疾病中的单细胞转录组和免疫细胞	数字病理	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
15343	2024-08-07	Association of HBsAg levels with differential gene expression in NK, CD8 T, and memory B cells in treated patients with chronic HBV 2024-Feb, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100980 PMID:38314025	研究论文	本研究探讨了在慢性HBV感染治疗过程中，循环HBsAg水平对NK、CD8 T和记忆B细胞基因表达的影响。	首次发现HBsAg对NK、CD8 T和记忆B细胞亚群在血液和肝脏中有特定影响。	研究样本量较小，且仅限于接受NUC治疗的慢性HBV感染患者。	旨在研究高和低循环HBsAg水平对免疫调节的影响，以增进对HBV免疫反应的理解。	慢性HBV感染治疗中的NK、CD8 T和记忆B细胞。	免疫学	肝炎	10x Genomics单细胞RNA测序	NA	RNA	18名接受tenofovir/entecavir治疗的慢性HBV感染患者
15344	2024-08-05	The molecular mechanism of "Dahuang-Shengjiang-Banxia decoction" in the treatment of diabetic kidney disease was verified based on network pharmacology and molecular docking 2024-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24776 PMID:38312712	研究论文	探索大黄生姜半夏汤在糖尿病肾病中的分子机制	利用网络药理学和分子对接技术，揭示了大黄生姜半夏汤对糖尿病肾病的多成分、多途径和多靶点效应	未提及具体的临床试验数据支持所述结果	研究大黄生姜半夏汤治疗糖尿病肾病的分子机制	大黄生姜半夏汤及其在糖尿病肾病中的有效成分和靶点	数字药理学	糖尿病肾病	网络药理学、分子对接	NA	靶点数据、成分数据	共筛选出177种大黄生姜半夏汤成分和2906种糖尿病肾病靶点
15345	2024-08-07	Taste receptor type 1 member 3 is required for the fertility of male mice 2024-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24577 PMID:38312691	research paper	本文研究了味觉受体类型1成员3（TAS1R3）在雄性小鼠生育中的作用	首次揭示了TAS1R3通过PKA/CREB/StAR信号通路在雄性生育中的关键作用	NA	探究TAS1R3对雄性小鼠生殖功能的影响	野生型和敲除（KO）小鼠	NA	男性不育	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型和敲除小鼠
15346	2024-08-05	Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish 2024-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45029-0 PMID:38280871	研究论文	本研究分析了斑马鱼中嗜酸性粒细胞的分化、分布和调节	建立了一个特异性标记嗜酸性粒细胞谱系的斑马鱼报告线，并揭示了Cebp1和Cebpβ转录轴在嗜酸性粒细胞分化中的作用	未明确提到本研究的限制	研究嗜酸性粒细胞的发育模式和调节机制	斑马鱼嗜酸性粒细胞谱系及其发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了特异性标记的嗜酸性粒细胞谱系细胞
15347	2024-08-05	Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52710-3 PMID:38273071	研究论文	本文探讨了肿瘤坏死因子相关的凋亡诱导配体(TRAIL)在骨髓细胞中的缺失如何加重胆汁淤积性肝损伤。	研究发现TRAIL源自招募的巨噬细胞，并抑制DR细胞扩展，从而限制胆汁淤积性肝损伤。	本文并未涉及湿剂量的不同或不同动物模型的比较，可能限制了其结果的广泛适用性。	研究TRAIL在骨髓细胞中的作用及其在胆汁淤积性肝损伤中的影响。	涉及Wild type (WT)、Trail和骨髓特异性Trail缺失的小鼠模型。	数字病理学	肝病	高维量子显微技术，空间转录组分析	小鼠模型	生物样本	包括Wild type、Trail和Trail缺失小鼠的多组小鼠
15348	2024-08-05	scCAN: Clustering With Adaptive Neighbor-Based Imputation Method for Single-Cell RNA-Seq Data 2024 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3337231 PMID:38285569	研究论文	提出了一种新的适应性邻域聚类基础的缺失值插补方法scCAN，用于单细胞RNA测序数据	本研究创新性地设计了一个方法，通过不断更新细胞相似性信息来改善缺失值的插补	未提及具体的局限性	研究单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	使用模拟和真实单细胞RNA测序数据进行研究	计算机视觉	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	四个模拟和八个真实的单细胞RNA-seq数据
15349	2024-08-05	Presence of onco-fetal neighborhoods in hepatocellular carcinoma is associated with relapse and response to immunotherapy 2024-Jan, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00672-2 PMID:38168935	研究论文	本文研究了肝细胞癌中的肿瘤生态系统的癌胎编程及其与免疫治疗反应和复发的关系	首次提出POSTN外源性基质癌相关成纤维细胞作为关键的癌胎相互作用中心，并探讨其在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的影响	未明确阐述样本量与研究设计的具体限制	研究肝细胞癌中的癌胎邻域与复发及免疫治疗反应的关系	研究特定细胞亚群，包括POSTN CAFs、FOLR2巨噬细胞和PLVAP内皮细胞在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、整体RNA测序	NA	NA	NA
15350	2024-08-05	An emerging biomarker for the diagnosis and treatment of esophageal squamous cell carcinoma - Aurora A 2024-01, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107759 PMID:38043467	研究论文	研究表明Aurora A在食管鳞状细胞癌中是一种潜在的预后和治疗生物标志物	本研究首次揭示了Aurora A在食管鳞状细胞癌中的作用及其对细胞增殖和药物敏感性的影响	本研究仅基于公共数据库的数据，可能存在数据集的局限性	探讨Aurora A在食管鳞状细胞癌中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	研究对象为食管鳞状细胞癌患者的RNA-seq数据	数字病理学	食管癌	RNA-seq	NA	文本	来自公共数据库的RNA-seq数据集，具体样本量未明确提供
15351	2024-08-07	Genetic variants in BCL-2 family genes influence the risk of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate 2024-Jan, Birth defects research IF:1.6Q4 DOI:10.1002/bdr2.2288 PMID:38108593	研究论文	本研究探讨了BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联	发现了位于增强子区域的rs3943258与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂的风险相关，并表现出BCL2的eQTL效应	NA	研究BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联	BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险	遗传学	口腔疾病	多标记基因组注释的多标记分析（Multi-marker Analysis of GenoMic Annotation）、批量RNA测序、单细胞RNA测序	逻辑回归模型	基因组数据、RNA测序数据	第一阶段队列包括565例病例和1269例对照，候选SNPs通过额外的dbGaP病例-父母三联体进行复制
15352	2024-08-07	Gclc as a Marker for Injured Distal Nephron in Ischemia-Reperfusion Induced Acute Kidney Injury 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S451402 PMID:38313210	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和转录组学分析，探讨了缺血-再灌注诱导的急性肾损伤中远端肾小管的作用，并验证了Gclc作为损伤远端肾小管的潜在标志物。	首次识别了LOH-Inj和DCT-Inj亚型，并发现Gclc在多种急性肾损伤模型中的高表达，特别是在损伤的远端肾小管中。	NA	理解远端肾小管在急性肾损伤中的作用，并识别损伤远端肾小管的标志物，以揭示肾脏损伤机制并寻找新的治疗靶点。	远端肾小管在急性肾损伤中的作用及损伤标志物Gclc。	NA	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了缺血-再灌注、单侧输尿管阻塞、顺铂、草酸钠和脂多糖诱导的AKI小鼠模型及肾脏转录组样本。
15353	2024-08-05	Identification and targeting of cancer-associated fibroblast signature genes for prognosis and therapy in Cutaneous melanoma 2023-12, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107597 PMID:37875042	研究论文	本研究探讨了与皮肤黑素瘤相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）标志基因，并提出潜在的治疗靶点	首次识别了FBLN1和COL5A1作为皮肤黑素瘤的CAF特异性生物标志物，提供了新的治疗方向	尚需更多临床数据验证所识别的CAF标志基因与预后的相关性	探索皮肤黑素瘤中CAF标志基因的潜力并提出治疗靶点	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	皮肤黑素瘤	加权基因共表达网络分析、单细胞测序分析、空间转录组分析	NA	基因表达数据	NA
15354	2024-08-07	BHLHE40 drives protective polyfunctional CD4 T cell differentiation in the female reproductive tract against Chlamydia 2023-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.02.565369 PMID:37961221	研究论文	研究探讨了BHLHE40蛋白在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用	首次揭示了BHLHE40在调节CD4 T细胞多功能性分化中的关键作用	NA	研究BHLHE40在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用	BHLHE40蛋白在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用	免疫学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序结合TCR分析	NA	RNA	使用BHLHE40缺陷小鼠进行实验
15355	2024-08-05	Exercise Training Reduces the Inflammatory Response and Promotes Intestinal Mucosa-Associated Immunity in Lynch Syndrome 2023-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0088 PMID:37724990	研究论文	本研究评估了一项为期12个月的有氧运动干预对林奇综合症患者免疫系统的影响	首次明确了运动对高癌症风险群体免疫系统的生物学影响	研究为非随机和序贯干预分配，样本量较小	探讨运动干预在林奇综合症患者中的潜在益处	21名患有林奇综合症的患者	数字病理学	结直肠癌	代谢组学、mRNA测序、空间转录组学	NA	生物标志物数据	21名患者
15356	2024-08-07	Multi-dimensional single-cell characterization revealed suppressive immune microenvironment in AFP-positive hepatocellular carcinoma 2023-Jun-19, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00563-x PMID:37336873	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了AFP阴性和阳性肝细胞癌及其邻近正常组织的特征，揭示了AFP阳性肝细胞癌中抑制性免疫微环境的机制	本研究首次揭示了AFP阳性肝细胞癌中TAM-SPP1的富集及其在调节免疫微环境中的作用，并提出SPP1-CD44轴作为治疗靶点	NA	旨在识别AFP阴性和阳性肝细胞癌的特征及其潜在治疗靶点	AFP阴性肝细胞癌（ANHC）、AFP阳性肝细胞癌（APHC）及其邻近正常组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	6个ANHC样本、6个APHC样本和4个邻近正常组织样本，以及30个HCC样本和59个HCC样本用于进一步验证
15357	2024-08-07	EPISCORE: cell type deconvolution of bulk tissue DNA methylomes from single-cell RNA-Seq data 2020-09-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02126-9 PMID:32883324	研究论文	本文介绍了一种名为EPISCORE的计算算法，用于从单细胞RNA测序数据中对大量组织DNA甲基化数据进行细胞类型反卷积	EPISCORE算法通过应用概率性的表观遗传模型，利用单细胞RNA测序组织图谱生成组织特异性的DNA甲基化参考矩阵，从而实现对大量组织数据的细胞类型比例和细胞类型特异性差异甲基化信号的量化	NA	开发一种算法，用于解决细胞类型异质性对表观基因组数据解释的挑战	大量组织DNA甲基化数据和单细胞RNA测序数据	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	概率性表观遗传模型	DNA甲基化数据	多个表观基因组研究和组织类型
15358	2024-08-07	MYC Drives Temporal Evolution of Small Cell Lung Cancer Subtypes by Reprogramming Neuroendocrine Fate 2020-07-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2020.05.001 PMID:32473656	研究论文	本研究通过时间序列单细胞转录组分析，揭示了MYC在小细胞肺癌亚型动态演化中的驱动作用	首次揭示了MYC通过激活Notch信号通路，促使小细胞肺癌从ASCL1到NEUROD1再到YAP1状态的时间性转变	NA	探讨MYC在小细胞肺癌亚型演化中的作用机制	小细胞肺癌的分子亚型及其动态演化	数字病理学	肺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用小鼠和人类模型进行研究
15359	2024-08-07	Nuclear MYH9-induced CTNNB1 transcription, targeted by staurosporin, promotes gastric cancer cell anoikis resistance and metastasis 2020, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.46001 PMID:32685004	研究论文	本文通过多种技术手段研究了MYH9在胃癌细胞中的表达及其对细胞凋亡抵抗和转移的影响，并探讨了staurosporin对其的抑制作用。	首次揭示了核定位的MYH9通过促进CTNNB1转录来增强胃癌细胞的凋亡抵抗和转移能力，并发现staurosporin可以作为潜在的治疗药物。	NA	探讨MYH9在胃癌转移中的作用及其潜在的治疗策略。	胃癌细胞及胃癌患者的转移组织。	数字病理学	胃癌	2-DIGE, MALDI-TOF/TOF MS, 单细胞转录组, 免疫荧光, 免疫透射电子显微镜, 染色质分离, 共免疫沉淀, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告, 琼脂糖-寡核苷酸拉下, 流式细胞术, 细胞凋亡检测	NA	蛋白质, 转录组	包括正常胃黏膜、原发性胃癌及腹膜转移组织，以及胃癌细胞系和裸鼠模型。
15360	2024-08-07	Bulk RNA-sequencing, single-cell RNA-sequencing analysis, and experimental validation reveal iron metabolism-related genes CISD2 and CYP17A1 are potential diagnostic markers for recurrent pregnancy loss 2024-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148168 PMID:38244949	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，结合实验验证，发现铁代谢相关基因CISD2和CYP17A1可能是复发性流产的潜在诊断标志物	首次揭示CISD2和CYP17A1基因在复发性流产中的作用，并验证了它们作为诊断和治疗标志物的潜力	NA	探索复发性流产的潜在诊断和治疗标志物	复发性流产患者的铁代谢相关基因	数字病理学	生殖系统疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及520个铁代谢相关基因，具体样本数量未详细说明