单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 15321 - 15340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15321 | 2024-08-04 |
A cofunctional grouping-based approach for non-redundant feature gene selection in unannotated single-cell RNA-seq analysis
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad042
PMID:36754847
|
研究论文 | 本研究开发了一种新颖的计算方法GeneClust，用于选择scRNA-seq细胞聚类的特征基因 | 该方法通过基因表达谱对基因进行分组，并旨在最大化相关性、最小化冗余和保持互补性 | 未提及研究限制 | 研究目标是改善单细胞RNA测序分析中的细胞聚类性能 | 研究对象是在未注释的单细胞RNA测序数据集中的特征基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 15322 | 2024-08-07 |
IBRAP: integrated benchmarking single-cell RNA-sequencing analytical pipeline
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad061
PMID:36847692
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为IBRAP的综合基准单细胞RNA测序分析管道，该管道包含一系列可互换的分析组件和多种基准测试指标，使用户能够比较结果并确定其数据的最佳管道组合 | IBRAP允许用户在管道中互换分析组件，并提供多种基准测试指标，以比较不同工具在不同数据类型和复杂性下的性能 | NA | 开发一个综合的单细胞RNA测序分析管道，以帮助用户选择最适合其数据的最佳分析工具组合 | 单细胞RNA测序数据分析中的预处理、质量控制、归一化、降维、整合和聚类等关键步骤 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用胰腺组织、癌细胞系和模拟数据进行分析 |
| 15323 | 2024-08-04 |
Spatial Gene Expression Changes in the Mouse Heart After Base-Targeted Irradiation
2023-02-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2022.08.031
PMID:35985456
|
研究论文 | 本研究旨在利用空间转录组学表征小鼠心脏在靶向辐射后基部区域的基因表达变化 | 这是首个报告在照射组织中空间分辨基因表达变化的研究 | 只在小鼠模型中进行研究，可能不完全适用于人类 | 探索辐射对心脏基部区域的基因表达变化及其对心脏放射敏感性的影响 | 老年女性C57BL/6小鼠 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 2只小鼠，一只辐射，另一只为假辐射对照 |
| 15324 | 2024-08-07 |
Implanted Tissue-Engineered Vascular Graft Cell Isolation with Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-02, Tissue engineering. Part C, Methods
DOI:10.1089/ten.TEC.2022.0189
PMID:36719780
|
研究论文 | 本文介绍了一种简单且商业可用的方法，用于从组织工程血管移植物（TEVG）中分离细胞，以便进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，并揭示了参与TEVG早期新生组织重塑阶段的细胞亚群。 | 首次描述了植入的组织工程血管移植物在单细胞基因表达水平上的细胞组成，并展示了磁性细胞分离技术在生成高质量细胞悬液用于scRNA-Seq分析中的有效性。 | 该方法主要针对使用可生物降解合成材料作为支架成分的其他可植入材料，其广泛适用性尚需进一步验证。 | 利用单细胞RNA测序技术深入了解组织工程血管移植物的细胞组成和基因表达异质性，特别是在新生组织形成和重塑过程中的应用。 | 组织工程血管移植物（TEVG）中的细胞分离和单细胞RNA测序分析。 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 15325 | 2024-08-04 |
Integration of Single-Cell RNA-Sequencing and Network Analysis to Investigate Mechanisms of Drug Resistance
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3163-8_7
PMID:37191792
|
研究论文 | 本研究探讨了抗癌药物耐药机制的单细胞RNA测序与网络分析的结合 | 提出了一种通过单细胞RNA测序结合网络分析的新方法，以识别与药物耐药相关的通路 | 未在摘要中提供具体的实验数据或样本限制信息 | 探索抗癌药物耐药的机制以发展替代治疗方法 | 药物敏感和耐药变体的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | PANDA | 表达数据 | NA |
| 15326 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing of neurofibromas reveals a tumor microenvironment favorable for neural regeneration and immune suppression in a neurofibromatosis type 1 porcine model
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1253659
PMID:37817770
|
研究论文 | 本研究揭示了神经纤维瘤的细胞组成和信号传导，强调其肿瘤微环境对神经再生及免疫抑制的影响 | 首次在神经纤维瘤动物模型中观察到肿瘤相关的树突状细胞，并识别到新的成纤维细胞和免疫细胞群体 | 尚未探索成熟、非皮肤神经纤维瘤中的细胞信号网络 | 旨在探讨神经纤维瘤的细胞组成及其与正常组织的信号传导对比 | 研究对象为猪模型中的成熟神经纤维瘤及其相邻正常组织 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病1型 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 猪模型中的多个成熟神经纤维瘤样本 |
| 15327 | 2024-08-07 |
Immunological Analysis of Cryptococcal Meningoencephalitis in a Murine Model
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3199-7_5
PMID:37145276
|
研究论文 | 本文描述了一种诱导产生与人类隐球菌病免疫病理学多个方面相符的C. neoformans中枢神经系统感染小鼠模型的方法，并进行了详细的免疫学分析 | 结合基因敲除小鼠、抗体阻断、细胞转移以及单细胞RNA测序等高通量技术，该模型为揭示隐球菌中枢神经系统疾病的发病机制提供了新见解 | NA | 研究隐球菌性脑膜脑炎的免疫学机制，以开发更有效的治疗策略 | 隐球菌性脑膜脑炎的免疫病理学和小鼠模型的建立 | NA | 隐球菌性脑膜脑炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 小鼠模型 |
| 15328 | 2024-08-07 |
Multi-omics segregate different transcriptomic impacts of anti-IL-17A blockade on type 17 T-cells and regulatory immune cells in psoriasis skin
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1250504
PMID:37781383
|
研究论文 | 本研究探讨了系统性IL-17A阻断对银屑病皮肤中1型17 T细胞和调节性免疫细胞转录组的影响 | 首次通过多组学方法整合免疫细胞富集的scRNA-seq、微阵列和免疫组化数据，揭示了系统性IL-17A阻断在银屑病皮肤中对T17轴和调节性DC转录组的调控作用 | 研究样本量有限，且仅限于银屑病患者的皮肤样本，可能限制了结果的普遍性 | 寻找系统性IL-17A阻断促进银屑病皮肤免疫细胞亚群调节性转录组修饰的转化证据 | 银屑病患者的皮肤样本，包括治疗前后的6mm穿刺活检组织 | 数字病理学 | 银屑病 | scRNA-seq, 微阵列, 免疫组化 | NA | RNA | scRNA-seq样本18个，微阵列样本61个，免疫组化样本61个，正常对照皮肤scRNA-seq样本10个，微阵列样本8个 |
| 15329 | 2024-08-07 |
Notch-dependent cooperativity between myeloid lineages promotes Langerhans cell histiocytosis pathology
2022-12-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.add3330
PMID:36525505
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和蛋白质分析技术，探讨了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）的病理机制，揭示了LCH细胞的异质性及其与正常单核吞噬细胞的区别 | 发现了LCH的两个主要谱系，即DC2和DC3/单核细胞样表型，并验证了它们在多个病理组织位点的存在；揭示了Notch依赖的DC2和DC3/单核细胞谱系之间的协同作用 | 未详细说明Notch依赖的协同作用的具体机制 | 探讨LCH的病理机制及其细胞来源 | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）及其细胞谱系 | NA | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序，蛋白质分析，高含量成像 | NA | RNA-seq数据，蛋白质数据 | 多个病理组织位点的样本 |
| 15330 | 2024-08-07 |
Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice
2022-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI159672
PMID:36519543
|
研究论文 | 研究纤维网状细胞（FRCs）在心脏移植小鼠模型中如何促进抗CD40L诱导的耐受性，并探讨淋巴结（LN）靶向纳米递送抗CD40L的效果。 | 首次证明FRCs在促进共刺激阻断中的关键作用，并展示了淋巴结靶向纳米递送抗CD40L的有效性。 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证。 | 探讨FRCs在心脏移植中的作用及淋巴结靶向纳米递送抗CD40L的效果。 | 纤维网状细胞（FRCs）、淋巴结（LN）、心脏移植小鼠模型。 | NA | NA | 单细胞RNA测序、纳米颗粒（NPs）递送技术。 | NA | RNA测序数据 | 小鼠心脏移植模型 |
| 15331 | 2024-08-07 |
Mapping single-cell transcriptomes in the intra-tumoral and associated territories of kidney cancer
2022-12-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.001
PMID:36423636
|
研究论文 | 研究通过分析超过270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，探索肾癌肿瘤内部及周围区域的细胞相互作用和微环境特征 | 首次通过单细胞RNA测序数据进行从头突变调用，推断基质细胞的克隆性并追踪髓系细胞的发育 | NA | 理解肿瘤行为与癌细胞及其多细胞相互作用的关系 | 肾癌患者的肿瘤核心、肿瘤-正常组织界面、周围正常组织及外周血的组织样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，来自12名患者 |
| 15332 | 2024-08-07 |
Mouse primordial germ-cell-like cells lack piRNAs
2022-12-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.004
PMID:36473462
|
research paper | 研究通过单细胞RNA测序和RT-qPCR分析，发现体外分化的第6天小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）中piRNA途径因子未完全表达，且未检测到piRNAs。 | 首次揭示了体外分化的mPGCLCs中piRNA途径因子表达的缺失，以及piRNAs的检测缺失。 | 研究仅限于第6天的mPGCLCs，未涉及更晚期的细胞状态。 | 探讨体外分化的mPGCLCs中piRNA途径的表达情况。 | 小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）及其piRNA途径。 | NA | NA | 单细胞RNA测序，RT-qPCR，小RNA测序 | NA | RNA | 多个第6天的mPGCLC细胞系 |
| 15333 | 2024-08-07 |
Targeting cancer glycosylation repolarizes tumor-associated macrophages allowing effective immune checkpoint blockade
2022-11-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abj1270
PMID:36322632
|
研究论文 | 本文研究了肿瘤糖基化对肿瘤相关巨噬细胞的影响，并探讨了通过靶向去除Siglec配体来增强免疫检查点阻断疗法的效果。 | 首次展示了肿瘤唾液酸化与特定免疫状态和生存率降低的相关性，并证明了使用抗体-唾液酸酶偶联物靶向去除肿瘤微环境中的Siglec配体可以增强抗肿瘤免疫并阻止肿瘤进展。 | NA | 探讨肿瘤糖基化对肿瘤相关巨噬细胞的影响，并寻找增强免疫检查点阻断疗法效果的新方法。 | 肿瘤糖基化、肿瘤相关巨噬细胞、免疫检查点阻断疗法。 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个小鼠模型 |
| 15334 | 2024-08-07 |
Anti-CTLA-4 antibodies drive myeloid activation and reprogram the tumor microenvironment through FcγR engagement and type I interferon signaling
2022-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-022-00447-1
PMID:36302895
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了抗CTLA-4抗体通过FcγR结合和I型干扰素信号传导重编程肿瘤微环境的影响 | 发现FcγR结合和I型干扰素信号传导在抗CTLA-4治疗中的重要作用，支持开发具有这些特性的优化免疫治疗剂 | NA | 探讨抗CTLA-4抗体的作用机制及其对肿瘤微环境的影响 | 抗CTLA-4抗体、FcγR结合、I型干扰素信号传导、肿瘤微环境 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 15335 | 2024-08-07 |
Elevated pentose phosphate pathway flux supports appendage regeneration
2022-10-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111552
PMID:36288713
|
research paper | 本文研究了Xenopus tropicalis附肢再生过程中的代谢重编程，特别是戊糖磷酸途径（PPP）的作用。 | 首次详细描述了再生组织中葡萄糖流向PPP的增加，以及PPP在促进细胞增殖和再生中的关键作用。 | NA | 探究再生过程中支持快速生长的代谢途径。 | Xenopus tropicalis的附肢再生过程。 | NA | NA | 液相色谱-质谱联用（LC-MS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 代谢物、RNA | NA |
| 15336 | 2024-08-07 |
Biological Misinterpretation of Transcriptional Signatures in Tumor Samples Can Unknowingly Undermine Mechanistic Understanding and Faithful Alignment with Preclinical Data
2022-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1102
PMID:35792866
|
研究论文 | 本文探讨了肿瘤样本中转录组特征的生物学误解可能无意中削弱对疾病机制的理解，并影响与临床前数据的准确对应 | 开发了ConfoundR资源，允许用户测试基因/特征在多种癌症数据集中受基质影响的程度 | 研究主要集中在结直肠癌，可能需要进一步研究其他癌症类型 | 评估广泛使用的基因表达特征（GES）在肿瘤组织中受基质成分影响的程度 | 结直肠癌样本及其基因表达特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 激光捕获显微切割、流式细胞术、单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多区域活检临床样本 |
| 15337 | 2024-08-07 |
'Youthful' phenotype of c-Kit+ cardiac fibroblasts
2022-Jul-16, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04449-1
PMID:35841449
|
研究论文 | 本文研究了c-Kit阳性心脏成纤维细胞的'年轻'表型，探讨了c-Kit在心脏成纤维细胞中的生物学意义及其与DDR2标记的关系。 | 首次评估了c-Kit在DDR2阳性心脏成纤维细胞中的生物学特性，并揭示了其与'年轻'细胞表型的关联。 | NA | 探讨c-Kit在心脏成纤维细胞中的生物学意义及其对心肌生物学、病理损伤反应和生理衰老的影响。 | c-Kit阳性心脏成纤维细胞及其与DDR2标记的关系。 | NA | NA | 流式细胞术、免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及约8%的总心脏间质细胞 |
| 15338 | 2024-08-07 |
Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101266
PMID:35391938
|
研究论文 | 本文提供了一个全面的分析协议，使用SingCellaR工具在R语言环境中处理多个单细胞RNA测序数据集 | 介绍了使用SingCellaR工具进行单细胞转录组分析的新方法 | NA | 开发和验证一个用于处理和分析单细胞RNA测序数据集的计算平台 | 人类造血干细胞和祖细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个数据集 |
| 15339 | 2024-08-07 |
In vivo labeling reveals continuous trafficking of TCF-1+ T cells between tumor and lymphoid tissue
2022-06-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210749
PMID:35472220
|
研究论文 | 本文通过光转换技术研究肿瘤免疫细胞的动态迁移，揭示了TCF-1+ T细胞在肿瘤和淋巴组织之间的持续循环 | 首次使用光转换技术结合单细胞转录组学和流式细胞术，揭示了CD8 T细胞在肿瘤内的快速耗竭过程及其在肿瘤和淋巴组织间的动态循环 | NA | 提高免疫检查点疗法的疗效，深入理解免疫细胞在肿瘤中的招募和维持机制 | TCF-1+ T细胞在肿瘤和淋巴组织间的迁移及其动态变化 | 免疫学 | NA | 光转换技术，单细胞转录组学，流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 15340 | 2024-08-07 |
Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01093-1
PMID:34782740
|
研究论文 | 研究使用CELLO-seq技术在单细胞水平上测量转座元件在特定位点的表达 | CELLO-seq技术结合长读长单细胞RNA测序和计算分析，能够测量转座元件在特定位点的表达 | 研究指出只有少数非常年轻的元素在老鼠中无法高置信度地映射回参考序列 | 探索转座元件在单细胞中的位点特异性表达及其与潜在调控因子的关系 | 转座元件在两细胞期小鼠胚胎和人类诱导多能干细胞中的表达 | 基因组学 | NA | CELLO-seq | NA | RNA序列 | 两细胞期小鼠胚胎和人类诱导多能干细胞 |