单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15301	2024-08-07	Virally encoded interleukin-6 facilitates KSHV replication in monocytes and induction of dysfunctional macrophages 2023-Oct, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011703 PMID:37883374	研究论文	本研究探讨了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）通过其编码的病毒性白细胞介素-6（vIL-6）在单核细胞中促进病毒复制和诱导功能失调的巨噬细胞的机制	首次展示了vIL-6在KSHV感染单核细胞中的关键作用，以及其如何通过诱导功能失调的巨噬细胞来维持病毒池	NA	揭示KSHV如何通过vIL-6增加感染细胞数量，为治疗KSHV相关疾病提供关键机制	KSHV感染的单核细胞及其向巨噬细胞的分化	NA	卡波西肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
15302	2024-08-07	Cellular heterogeneity of the developing worker honey bee (Apis mellifera) pupa: a single cell transcriptomics analysis 2023-09-30, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkad178 PMID:37548242	研究论文	本研究使用单细胞转录组学分析方法，探讨了工蜂（Apis mellifera）蛹发育阶段的细胞异质性	这是首次对蜜蜂在任何发育阶段的完整单细胞图谱进行研究，展示了在细胞水平上进一步研究其生物学的潜力	NA	旨在通过单细胞转录组学分析，揭示工蜂蛹发育阶段的细胞类型及其基因表达特征	工蜂（Apis mellifera）蛹的细胞类型及其基因表达	NA	NA	scRNA-Seq	NA	转录组	涉及11天龄的预蛹和15天龄的蛹，共识别出63个不同的细胞簇，其中17个在两个阶段都可识别
15303	2024-08-07	Nuclear corepressors NCOR1 and NCOR2 entrain thymocyte signaling, selection, and emigration 2023-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.27.559810 PMID:37808728	研究论文	本文研究了核共抑制因子NCOR1和NCOR2在胸腺细胞信号传导、选择和迁移中的作用	首次揭示了NCOR1和NCOR2在胸腺细胞发育中的多个关键作用，包括影响T细胞受体信号传导、CD4/CD8谱系决定和胸腺细胞迁移	NA	探讨NCOR1和NCOR2在胸腺细胞发育中的作用	胸腺细胞的发育过程	NA	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞和RNA	使用小鼠模型进行实验
15304	2024-08-05	SpaRx: elucidate single-cell spatial heterogeneity of drug responses for personalized treatment 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad338 PMID:37798249	研究论文	本研究展示了如何利用SpaRx模型揭示肿瘤中单细胞对药物反应的空间异质性	提出了一种基于图的领域适应模型SpaRx，以识别药物抵抗的空间定位细胞异质性	未提及具体的样本或实验条件限制	研究单细胞空间转录组学中药物反应的异质性，以个性化治疗	肿瘤细胞对不同位置的药物反应能力	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	图形领域适应模型	转录组数据	NA
15305	2024-08-04	Single-cell profiling reveals inflammatory polarization of human carotid versus femoral plaque leukocytes 2023-09-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171359 PMID:37471165	研究论文	该研究探讨了人类颈动脉与股动脉斑块内白细胞的炎症极化特征	通过单细胞RNA测序揭示了股动脉和颈动脉斑块中免疫细胞的不同转录组特征	主要集中于49名患者的数据，样本量较小且仅限于特定地区的斑块分析	比较不同血管部位的动脉粥样硬化斑块及其微环境的免疫特征	49名接受股动脉或颈动脉内膜切除术的患者的斑块内白细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、流式细胞术（flow cytometry）、免疫组化（IHC）	NA	细胞数据	49名患者（股动脉斑块23名，颈动脉斑块26名）
15306	2024-08-04	Control of energy homeostasis by the lateral hypothalamic area 2023-09, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2023.05.010 PMID:37353461	综述	这篇综述文章探讨了外侧下丘脑区域在能量平衡中的控制作用。	文章突出了外侧下丘脑不同神经元群体如何通过与其他脑区的复杂连接调节能量平衡的最新发现	许多LHA细胞类型的功能仍然不清楚，研究覆盖面可能有限	研究外侧下丘脑在能量平衡及其调节中的作用	探讨不同的外侧下丘脑神经元类型及其对能量平衡的影响	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
15307	2024-08-04	Spatial transcriptomics: Technologies, applications and experimental considerations 2023-09, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110671 PMID:37353093	综述	本文概述了空间转录组技术的现状及其应用	强调了商业化空间转录组技术的发展以及实验的注意事项	未充分探讨所有类型的空间转录组技术	旨在理解基因在细胞中的空间表达及其对细胞功能的影响	空间转录组技术与其在生物医学研究中的应用	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
15308	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals peripheral blood mononuclear immune cell landscape associated with operational tolerance in a kidney transplant recipient 2023-09, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2023.04.035 PMID:37201755	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肾移植后操作性耐受患者的免疫细胞景观	首次使用单细胞分析技术评估肾移植后操作性耐受患者的免疫景观	研究样本量较小，需要在大规模队列中进行进一步验证	探究肾移植后操作性耐受患者的细胞和分子通路	肾移植后操作性耐受患者的周围单核细胞	数字病理学	肾移植	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括一名操作性耐受的肾移植受者、两名健康个体和一名接受标准免疫抑制治疗的肾移植受者
15309	2024-08-07	Vaccine adjuvant-elicited CD8+ T cell immunity is co-dependent on T-bet and FOXO1 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112911 PMID:37516968	研究论文	本研究探讨了疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫中T-bet和FOXO1转录因子的协同作用	研究发现，与感染反应不同，疫苗佐剂引发的CD8 T细胞反应需要T-bet和FOXO1转录程序的协调调控	NA	研究疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫中T-bet和FOXO1的作用	CD8+ T细胞在疫苗佐剂引发的免疫反应中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
15310	2024-08-07	The pseudokinase Trib1 regulates the transition of exhausted T cells to a KLR+ CD8+ effector state, and its deletion improves checkpoint blockade 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112905 PMID:37527035	研究论文	本文研究了伪激酶Trib1在调节耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态转变中的作用，并发现其缺失能增强检查点阻断疗法的效果	首次揭示了Trib1在调节CD8 T细胞中的重要作用，并证明了其作为靶点可以增强T细胞效应状态及改善检查点抑制剂疗法	NA	探讨Trib1在调节耗竭T细胞向效应状态转变中的作用及其对检查点阻断疗法的影响	耗竭的CD8 T细胞及伪激酶Trib1	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA速度分析、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）	NA	单细胞RNA序列、T细胞受体序列	未具体说明样本数量
15311	2024-08-04	Key patient demographics shape innate immune topography in noncritical hypoxic COVID-19 pneumonia 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.166110 PMID:37606044	研究论文	这篇文章研究了人口特征如何影响非危重状态COVID-19肺炎患者的先天免疫特征	揭示了人口特征对免疫细胞反应的影响，尤其是在老年和男性患者中	样本量有限，仅涉及38名患者，可能未能全面代表所有风险群体	研究与人口风险因素相关的免疫异质性	住院的COVID-19肺炎患者，氧饱和度低于94%的群体	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	文本和单细胞基因表达数据	38名COVID-19肺炎患者
15312	2024-08-04	Transcriptomic forecasting with neural ordinary differential equations 2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2023.100793 PMID:37602211	研究论文	本文提出了一种基于神经常微分方程的RNA表达预测方法RNAForecaster	创新点在于开发了一种能在嵌入无关的方式下预测单细胞基因表达状态的方法	NA	研究单细胞基因表达的动态过程	针对单细胞转录组数据的发展进行预测	数字病理学	NA	RNA-seq	神经常微分方程	单细胞转录组数据	在模拟数据和一项3天的实验中使用了多个单细胞样本
15313	2024-08-04	Multi-transcriptomics reveals brain cellular responses to peripheral infection in Alzheimer's disease model mice 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112785 PMID:37436901	研究论文	本研究揭示了外周感染对阿尔茨海默病模型小鼠大脑细胞反应的影响	通过多转录组技术，识别了与脑屏障功能和神经炎症相关的细胞类型和空间特异性转录变化	研究主要集中于特定的感染模型，可能限制了结果的广泛适用性	探讨外周轻度感染如何影响阿尔茨海默病相关的脑转录组和病理变化	APP/PS1小鼠模型，及其在遭受金黄色葡萄球菌感染后的反应	数字病理学	阿尔茨海默病	转录组测序	NA	转录组数据	NA
15314	2024-08-04	A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle 2023-Jul-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221249120 PMID:37410813	研究论文	本文生成了严重肌营养不良小鼠模型的高分辨率细胞和分子空间图谱	通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，提供了一个无偏聚类的独特细胞群体分布和表型数据，以揭示延续的肌肉再生机制	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类DMD的病理情况	研究肌营养不良症的生物机制及治疗靶点	使用D2-mdx小鼠模型	数字病理学	肌营养不良症	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15315	2024-08-07	Functional interrogation of lymphocyte subsets in alopecia areata using single-cell RNA sequencing 2023-07-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2305764120 PMID:37428932	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑秃（Alopecia areata, AA）中皮肤浸润免疫细胞的异质性，并探讨了特定细胞类型在AA中的功能作用	首次系统地揭示了AA中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病发展中的关键作用，为AA的治疗策略提供了新的框架	研究主要基于C3H/HeJ小鼠模型，未来研究需要进一步验证在人类AA中的发现	深入理解斑秃的免疫学基础，为开发新的治疗策略提供依据	斑秃中的淋巴细胞亚群及其功能	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及C3H/HeJ小鼠模型及人类AA皮肤样本
15316	2024-08-04	Disentangling brain vasculature in neurogenesis and neurodegeneration using single-cell transcriptomics 2023-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2023.04.007 PMID:37210315	评论	这篇文章主要探讨了利用单细胞转录组学研究脑血管在神经发生和神经退行性疾病中的作用	创新点在于利用单细胞转录组学揭示了血管细胞的亚型及其在胚胎和成年大脑中的组织和分区	该文章没有提供具体实验证据来支持所讨论的观点	研究神经血管相互作用在健康和疾病中的影响	主要研究胚胎和成年大脑中的血管细胞及其功能	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
15317	2024-08-04	Spatial single-cell sequencing of meiosis I arrested oocytes indicates acquisition of maternal transcripts from the soma 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112544 PMID:37227820	研究论文	本研究探讨了在减数分裂I期被抑制的卵母细胞中母源转录本的获得	揭示了邻近体细胞转录本的获取作为减数分裂I期抑制期间转录本增加的机制	未确定环境或激素信号对处于减数分裂I期抑制的卵母细胞是否可以启动新转录	研究减数分裂I期被抑制的卵母细胞的转录本获取机制	C. elegans 减数分裂I期抑制的卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15318	2024-08-07	Transcriptional dynamics of delaminating neuroblasts in the mouse otic vesicle 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112545 PMID:37227818	研究论文	本文通过高深度单细胞RNA测序分析了E10.5小鼠耳泡及其周围组织，揭示了耳泡标记物和基因表达变化，从神经母细胞脱离到CVG发育的过程。	提供了关于CVG发育机制的新数据集，有助于进一步识别与CVG发育相关的机制。	NA	深入理解参与CVG发育的转录级联反应，为治疗内耳功能障碍提供见解。	小鼠耳泡中的CVG前体神经母细胞和新兴的CVG神经元。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	E10.5小鼠耳泡及其周围组织的细胞样本
15319	2024-08-07	Dynamic interplay between IL-1 and WNT pathways in regulating dermal adipocyte lineage cells during skin development and wound regeneration 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112647 PMID:37330908	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了发育中或受伤的小鼠皮肤中的真皮成纤维细胞（dFBs），并探讨了IL-1和WNT信号通路在调控真皮脂肪细胞谱系细胞中的作用	首次详细描述了IL-1和WNT信号通路在真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性中的分子机制	NA	揭示真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性背后的分子机制，并为缺陷性伤口愈合和瘢痕形成定义潜在的治疗靶点	真皮成纤维细胞（dFBs）及其在皮肤发育和伤口再生中的分化和去分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠皮肤样本
15320	2024-08-04	Inhibition of a signaling modality within the gp130 receptor enhances tissue regeneration and mitigates osteoarthritis 2023-03-22, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abq2395 PMID:36947594	研究论文	该研究探讨了gp130受体内一种信号方式的抑制如何促进组织再生并减轻骨关节炎	通过对gp130的Y814位点的遗传和药理干预，首次明确了其在组织再生中的关键作用	研究主要集中于小鼠和大鼠，可能无法完全应用于人体	旨在探讨如何增强组织再生能力和减轻骨关节炎的机制	研究对象为gp130受体及其在小鼠和大鼠模型中的作用	数字病理学	骨关节炎	药理调节和基因编辑	小鼠模型和大鼠模型	单细胞测序数据	小鼠和大鼠的样本数量未具体说明