单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15281	2024-08-07	Opposing Wnt signals regulate cervical squamocolumnar homeostasis and emergence of metaplasia 2021-02, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-00619-0 PMID:33462395	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了鳞状和柱状上皮过渡区的上皮亚群及其基质成分，揭示了两种上皮由不同的宫颈驻留干细胞群通过对抗性的Wnt信号调控产生，并探讨了宫颈化生过程中基质重塑的机制	首次揭示了宫颈鳞状和柱状上皮由不同的干细胞群通过对抗性的Wnt信号调控产生，并展示了化生过程中基质重塑的详细机制	NA	探讨宫颈鳞状和柱状上皮过渡区的上皮组织维持机制及化生过程中的基质重塑	宫颈鳞状和柱状上皮过渡区的上皮亚群及其基质成分	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15282	2024-08-07	Gut CD4+ T cell phenotypes are a continuum molded by microbes, not by TH archetypes 2021-02, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-00836-7 PMID:33462454	研究论文	本研究通过单细胞转录组和染色质分析，探讨了在无菌或有菌小鼠以及感染不同微生物后的小鼠结肠中CD4效应淋巴细胞（T细胞）的实际状态	研究发现T细胞的转录组和染色质结构无法解析出符合经典辅助T细胞（T）亚群的离散簇，而是呈现连续分布，且这种分布与感染的微生物有关，而非传统的细胞因子产生	NA	确定T细胞在活体前线组织中实际采用的状态	CD4效应淋巴细胞（T细胞）在不同微生物环境下的状态	免疫学	NA	单细胞转录组分析，染色质分析	NA	转录组数据	无菌或有菌小鼠以及感染不同微生物后的小鼠的结肠T细胞
15283	2024-08-07	Differential encoding in prefrontal cortex projection neuron classes across cognitive tasks 2021-01-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.046 PMID:33338423	研究论文	本文研究了小鼠前额叶皮层（PFC）投射神经元的特定转录组类型如何与轴突投射和编码特性在多个认知任务中的关系	首次将单细胞转录组学与系统神经科学结合，分析了特定分子-解剖特征的细胞在认知任务中的编码特性	仅限于小鼠模型，且研究集中在特定的神经元类型和任务上	探讨前额叶皮层投射神经元的不同转录组类型在认知任务中的编码特性	小鼠前额叶皮层投射神经元的转录组类型及其在认知任务中的行为	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个小鼠样本
15284	2024-08-07	Co-stimulation with opposing macrophage polarization cues leads to orthogonal secretion programs in individual cells 2021-01-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20540-2 PMID:33436596	research paper	本研究使用单细胞RNA测序探索在同时刺激炎症因子LPS和IFN-γ以及解决性细胞因子IL-4的情况下，单个巨噬细胞的响应机制	研究发现，负交叉调控导致单个共刺激巨噬细胞中T细胞极化细胞因子基因Il6和Il12b与IL-4相关因子Arg1和Chil3的互斥表达	NA	探讨巨噬细胞在同时接受不同刺激信号时的转录响应和功能多样性	巨噬细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单个巨噬细胞
15285	2024-08-07	Cardiomyocytes stimulate angiogenesis after ischemic injury in a ZEB2-dependent manner 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20361-3 PMID:33398012	研究论文	本文研究了转录因子ZEB2在心肌细胞中的作用，特别是在缺血损伤后促进血管生成的能力	首次揭示了ZEB2在心肌细胞中的增加及其通过调节心肌细胞与内皮细胞间的对话来增强缺血后血管生成的机制	NA	探索增强心脏修复和恢复血管网络的因素	心肌细胞中的转录因子ZEB2及其在缺血损伤后的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
15286	2024-08-07	Cholesterol-Induced Phenotypic Modulation of Smooth Muscle Cells to Macrophage/Fibroblast-like Cells Is Driven by an Unfolded Protein Response 2021-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315164 PMID:33028096	research paper	研究胆固醇诱导的血管平滑肌细胞向巨噬细胞/成纤维细胞样细胞表型转变的分子途径	揭示了未折叠蛋白反应（UPR）在胆固醇诱导的血管平滑肌细胞表型转变中的必要性和充分性	NA	探究胆固醇诱导血管平滑肌细胞表型转变的分子机制	血管平滑肌细胞（SMCs）及其在胆固醇暴露下的表型变化	NA	心血管疾病	NA	NA	RNA sequencing	NA
15287	2024-08-07	The T-box transcription factor Eomesodermin governs haemogenic competence of yolk sac mesodermal progenitors 2021-01, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-00611-8 PMID:33420489	研究论文	本文通过胚胎干细胞模型研究了T-box转录因子Eomesodermin（Eomes）在调控卵黄囊中胚层前体细胞造血能力中的作用	本研究发现Eomes在早期血液形成中的转录调控层次中处于顶端，并表明造血能力在胚胎发育早期就已赋予，这一发现比先前认识的更早	NA	探究特定外胚层中胚层子集如何被赋予造血命运	Eomesodermin在胚胎干细胞中的表达及其对造血前体细胞形成的影响	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15288	2024-08-07	Ndufs1 Deficiency Aggravates the Mitochondrial Membrane Potential Dysfunction in Pressure Overload-Induced Myocardial Hypertrophy 2021, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2021/5545261 PMID:33763166	研究论文	本研究通过生物信息学分析scRNA-seq和微阵列数据，探讨了Ndufs1缺乏在压力超负荷诱导的心肌肥大中的作用及其机制。	首次揭示了Ndufs1在压力超负荷诱导的心肌肥大中的关键作用，并通过动物实验和细胞模型验证了其对线粒体功能的影响。	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中进行验证。	探讨Ndufs1缺乏在压力超负荷诱导的心肌肥大中的作用及其机制。	Ndufs1在心肌肥大中的作用及其对线粒体功能的影响。	NA	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列	NA	基因表达数据	使用TAC小鼠模型和Ang II诱导的心肌细胞模型进行研究。
15289	2024-08-07	Loss of Claudin-3 Impairs Hepatic Metabolism, Biliary Barrier Function, and Cell Proliferation in the Murine Liver 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.003 PMID:33866021	研究论文	本文研究了紧密连接蛋白claudin-3在小鼠肝脏中的细胞类型特异性表达及其对肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖的影响	首次探讨了claudin-3在肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖中的具体作用	NA	探究紧密连接蛋白claudin-3在肝脏中的功能及其对代谢和屏障功能的影响	小鼠肝脏中的紧密连接蛋白claudin-3及其相关代谢和屏障功能	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	Cldn3-/-和Cldn3+/+小鼠的肝脏样本
15290	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immunological Profiles of Renal Allograft Rejection in Mice 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.693608 PMID:34367152	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞特征	首次揭示了从小鼠急性排斥到慢性排斥过程中免疫细胞类型的变化及其对排斥过程的影响	NA	研究肾移植排斥过程中的免疫细胞特征及其变化	小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10,921个白细胞
15291	2024-08-07	Integrated Systems Analysis of the Murine and Human Pancreatic Cancer Glycomes Reveals a Tumor-Promoting Role for ST6GAL1 2021, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2021.100160 PMID:34634466	研究论文	本文通过系统方法整合了KC小鼠和人类胰腺癌患者的糖组分析，识别了在癌症形成中可能起作用的糖类	创建了一种新型小鼠模型，通过胰腺特异性遗传删除ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1酶，研究其对胰腺癌的影响	某些人类糖组变化在KC小鼠模型中未观察到	识别在胰腺癌形成中起作用的糖类，并开发针对这些糖类的治疗方法	小鼠和人类胰腺癌样本的糖组	数字病理学	胰腺癌	糖组分析	NA	序列数据	包括KC小鼠模型和人类胰腺癌患者样本
15292	2024-08-07	Deep Parallel Characterization of AAV Tropism and AAV-Mediated Transcriptional Changes via Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.730825 PMID:34759919	研究论文	本文开发了一种实验和计算相结合的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，用于高分辨率地表征编码rAAV池的趋向性和响应	首次采用scRNA-seq技术并行表征AAV的趋向性和转录变化，发现了未被识别的AAV衣壳靶向偏差和细胞类型特异性的短暂反应	NA	旨在开发安全且精确的基因递送载体，并展示在单细胞水平上理解基因疗法响应的重要性	重组腺相关病毒（rAAV）的趋向性和转录变化	基因疗法	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及多种细胞和组织类型
15293	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling Identifies Phagocytosis-Related Dual-Feature Cells in A Model of Acute Otitis Media in Rats 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.760954 PMID:34759932	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，在急性中耳炎的大鼠模型中识别出与吞噬作用相关的双特征细胞	首次在急性中耳炎模型中发现具有吞噬作用相关双特征的稀有细胞群，并揭示了巨噬细胞在炎症反应中的关键作用	NA	探究急性中耳炎发展的分子机制及多细胞生态系统中的细胞间对话	大鼠急性中耳炎模型中的中耳黏膜细胞	数字病理学	耳部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	共测序了来自炎症中耳黏膜的7023个细胞和健康中耳黏膜的5258个细胞
15294	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals B Cells Are Important Regulators in Fracture Healing 2021, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2021.666140 PMID:34819916	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了B细胞在骨折愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了骨折愈合过程中B细胞的数量变化及其对骨形成和吸收活动的影响	研究主要集中在小鼠模型上，对人类骨折愈合过程中B细胞的作用描述较少	探讨B细胞在骨折愈合中的作用及其机制	骨折组织中的免疫细胞，特别是B细胞	数字病理学	骨折	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括中性粒细胞、单核细胞、T细胞、B细胞和浆细胞等多种免疫细胞
15295	2024-08-04	A Comprehensive Comparison between Primary Liver Cancer and Liver Metastases through scRNA-Seq Data Analysis 2024-Jan-26, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14020090 PMID:38392982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据比较原发性肝癌与肝转移癌的差异	本研究综合分析了原发性肝癌与肝转移癌之间的细胞类型、比例及相互作用的细节	缺乏临床样本的验证与更广泛的数据集支持	探讨原发性肝癌和结直肠肝转移癌之间的生物学差异	原发性肝癌及肝转移癌细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型的样本
15296	2024-08-07	Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies 2024-Jan-23, Biology DOI:10.3390/biology13020067 PMID:38392286	综述	本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展	介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法（如RiboTag和bacTRAP）及其在神经退行性疾病研究中的应用	转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少，且存在一定的局限性	探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性，以推进治疗策略的发展	研究对象包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）、亨廷顿病（HD）、阿尔茨海默病（AD）以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症（FFI）和遗传性克雅氏病（gCJD）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RiboTag、bacTRAP	NA	转录组数据	NA
15297	2024-08-07	Single-cell multi-omic analysis of the vestibular schwannoma ecosystem uncovers a nerve injury-like state 2024-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42762-w PMID:38216553	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析前庭神经鞘瘤的生态系统，揭示了神经损伤样状态	首次通过单细胞RNA测序和配对的单细胞ATAC测序以及外显子测序，深入分析了前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境，发现了与神经损伤修复相关的细胞类型和分子途径	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境对其发病机制的影响	前庭神经鞘瘤及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、外显子测序	NA	RNA表达数据	15个前庭神经鞘瘤样本，其中6个样本进行了配对的单细胞ATAC测序，12个样本进行了外显子测序
15298	2024-08-04	IL-21R signal reprogramming cooperates with CD40 and BCR signals to select and differentiate germinal center B cells 2023-02-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add1823 PMID:36800413	研究论文	本文研究了IL-21R信号如何与CD40和BCR信号共同作用，选择并分化生发中心B细胞	发现IL-21R与CD40信号的协同作用引导生发中心B细胞（GCBCs）走向特定命运，揭示了第二条正选择通路	研究主要基于体外和体内的细胞分选和转录组测序，可能未能完全模拟体内复杂的微环境	阐明IL-21R信号在生发中心B细胞命运决定中的作用	生发中心B细胞，特别是受IL-21R和CD40共同信号影响的细胞	免疫学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	细胞，转录组数据	具体细胞数量未在摘要中提供
15299	2024-08-07	Identifying molecular subtypes and tumor microenvironment infiltration signatures in kidney renal clear cell carcinoma based on stemness-associated disulfidptosis genes by integrating machine learning, single-cell analyses and experimental validation 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26094 PMID:38390172	研究论文	本研究通过整合机器学习、单细胞分析和实验验证，基于干细胞相关硫化物死亡基因识别肾透明细胞癌的分子亚型和肿瘤微环境浸润特征	首次识别出与硫化物死亡相关的两种分子亚型，并构建了包含九个基因的SADG特征，这些基因与肿瘤干细胞性和肿瘤微环境高度相关	NA	旨在阐明硫化物死亡在肾透明细胞癌进展中的作用	肾透明细胞癌患者及其分子亚型和肿瘤微环境特征	机器学习	肾癌	非负矩阵分解(NMF)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对收缩和选择算子(LASSO) Cox回归分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用了三个独立的外部验证数据集和临床样本进行验证
15300	2024-08-04	Integrating single-cell and spatially resolved transcriptomic strategies to survey the astrocyte response to stroke in male mice 2024-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45821-y PMID:38383565	研究论文	本研究描述了一种平台，结合空间解析单细胞转录组和蛋白质组的方法，以调查小鼠对中风的星形胶质细胞反应	创新点在于整合了Visium和10X Chromium的数据集，并采用tDISCO技术来确定星形胶质细胞的空间边界和分子特征	本研究主要集中在雄性小鼠的星形胶质细胞反应，结果可能不适用于其他性别或物种	本研究旨在探讨星形胶质细胞在缺血性中风中的异质性及其反应	研究对象为雄性小鼠中的星形胶质细胞	数字病理学	脑卒中	tDISCO、Visium、10X Chromium	NA	转录组数据、蛋白组数据	NA