单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15241	2024-08-05	DNA damage response-related signatures characterize the immune landscape and predict the prognosis of HCC via integrating single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112475 PMID:38909498	研究论文	本文探讨了与DNA损伤反应相关的标志物如何影响肝细胞癌（HCC）的免疫特征和预后	创新性地整合了单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型	NA	探讨与DNA损伤反应相关的生物标记，以帮助预测HCC的预后和免疫特征	肝细胞癌患者的肿瘤和正常样本	数字病理学	肝癌	RNA测序	Cox和LASSO回归模型	基因表达数据	使用了单细胞RNA测序数据集GSE242889以及对应的肝细胞癌样本
15242	2024-08-05	Identification of oxidative stress signatures of lung adenocarcinoma and prediction of patient prognosis or treatment response with single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112495 PMID:38901238	研究论文	本研究系统地调查了肺腺癌中的氧化应激调控模式和其与肿瘤微环境的关系	首次全面分析了肺腺癌中的氧化应激，建立了预后相关的预测模型	没有涉及氧化应激对其他肺癌亚型的影响	探讨肺腺癌中的氧化应激信号及其对患者预后或治疗反应的预测能力	针对肺腺癌患者的氧化应激相关基因进行研究	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和总体RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	NA
15243	2024-08-05	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to unveil oxidative stress following intracerebral hemorrhage 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112449 PMID:38865753	研究论文	本研究通过机器学习算法整合了大规模和单细胞RNA数据，以揭示脑内出血后氧化应激的变化	首次结合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，以识别与脑内出血后的氧化应激相关的核心基因	研究主要基于动物实验，可能限制结果在临床上的推广性	识别与脑内出血后氧化应激相关的最佳基因，增强对该过程的理解	研究了氧化应激在脑内出血后在不同细胞层中的异质性	机器学习	脑内出血	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	机器学习算法（如极端梯度提升、Boruta、随机森林、最小绝对收缩和选择算子）	RNA数据	涉及脑内出血动物实验的样本
15244	2024-08-04	HEARTSVG: a fast and accurate method for identifying spatially variable genes in large-scale spatial transcriptomics 2024-Jul-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49846-1 PMID:38972896	研究论文	本文提出了一种新的方法HEARTSVG，用于快速准确地识别大规模空间转录组中的空间变异基因	HEARTSVG是一种无分布假设的基于检验的方法，能够以更高的准确性和计算效率识别空间变异基因	未提及具体的局限性	理解疾病和组织结构的时空特征，识别空间变异基因	大规模空间转录组数据中的空间变异基因	数字病理学	结直肠癌	空间转录组技术	NA	真实数据集	分析了来自不同空间转录组技术的十二个真实数据集
15245	2024-08-04	Genomic structural variation contributes to evolved changes in gene expression in high-altitude Tibetan sheep 2024-Jul-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2322291121 PMID:38913905	研究论文	本研究探讨了基因组结构变异对高原藏羊基因表达变化的影响	首次表征了区分藏羊和低海拔胡羊的基因组结构变异，并揭示了与心脏功能和循环相关基因的表达差异	未详细探讨每种基因变异对功能表型的直接影响	研究高海拔适应的遗传机制	高原藏羊与低海拔胡羊	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	462个基因的高频结构变异
15246	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Microglia Dissected the Energy Metabolism and Revealed Potential Biomarkers in Amyotrophic Lateral Sclerosis 2024-Jul, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03806-w PMID:38102515	研究论文	该研究分析了肌萎缩侧索硬化症患者小胶质细胞的RNA测序，揭示了能量代谢的作用及潜在生物标志物	首次探讨了ALS患者非神经元细胞中差异表达基因的能量代谢功能及其与小胶质细胞的相互作用	本研究仅限于小样本规模，可能无法全面代表ALS的病理特征	研究ALS的发病机制、早期诊断及潜在治疗策略	ALS患者的非神经元细胞、SOD1突变ALS小鼠的脑干及ALS患者的全血组织	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括ALS患者和ALS小鼠的多个样本
15247	2024-08-07	Response to Comment on Hu et al. Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy. Diabetes 2022;71:762-773 2024-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi24-0024 PMID:38900952	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15248	2024-08-04	scHolography: a computational method for single-cell spatial neighborhood reconstruction and analysis 2024-06-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03299-3 PMID:38915088	研究论文	本文介绍了一种名为scHolography的方法，该方法用于重建单细胞空间邻域并进行分析	提出了一种基于机器学习的方法，用于重构单细胞的空间邻域并促进3D组织可视化	NA	旨在提高对组织复杂性，特别是在单细胞分辨率下的组织结构分析	研究对象包括人类和小鼠的空间转录组学数据	数字病理学	肿瘤免疫微环境	空间转录组测序和单细胞RNA测序	机器学习模型	基因组数据	人类和小鼠的数据集
15249	2024-08-05	MOXD1 is a lineage-specific gene and a tumor suppressor in neuroblastoma 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1583 PMID:38905335	研究论文	本研究分析了神经母细胞瘤样本的RNA测序数据，以探讨MOXD1基因在肿瘤发展中的作用	发现MOXD1作为一种谱系特异性的肿瘤抑制基因，在神经母细胞瘤中具有重要作用	对早期肿瘤驱动事件的深入研究有限，模型缺乏	研究神经母细胞瘤的胚胎起源及早期肿瘤发展事件	人类神经母细胞瘤细胞及胎儿肾上腺的单细胞RNA测序数据	数字病理学	神经母细胞瘤	RNA测序	斑马鱼，雏鸡，小鼠	RNA测序数据	人类神经母细胞瘤样本和胎儿肾上腺细胞
15250	2024-08-04	Spatial transcriptomics analysis identifies a tumor-promoting function of the meningeal stroma in melanoma leptomeningeal disease 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101606 PMID:38866016	研究论文	该文章研究了脑膜病中的肿瘤微环境，揭示了脑膜基质在黑色素瘤脑膜病中的肿瘤促进作用	文章创新性地确定了脑膜基质在黑色素瘤脑膜病中的肿瘤促进作用，并提供了克服微环境介导的药物抵抗的机制	样本数量有限，仅包含两个患者的九个临床标本	探讨黑色素瘤脑膜病的肿瘤微环境及其与基质的相互作用	研究对象为黑色素瘤脑膜病及与之匹配的额外颅外转移组织	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	组织样本	两名患者的九个组织样本
15251	2024-08-04	Glycoengineering-based anti-PD-1-iRGD peptide conjugate boosts antitumor efficacy through T cell engagement 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101590 PMID:38843844	研究论文	该文章介绍了一种通过糖工程方法合成的抗PD-1-iRGD肽共轭物，能够增强抗肿瘤效能	通过双重靶向同时激活肿瘤细胞和PD-1 T细胞，实现肿瘤特异性T细胞激活和增殖，具有创新性	在研究中没有提及具体的临床应用或长期安全性评估	研究目标是提升肿瘤免疫治疗的效果	主要研究对象为抗PD-1-iRGD肽共轭物及其在小鼠模型中的应用	肿瘤学	癌症	糖工程	NA	流式细胞术和单细胞RNA-seq数据	在多个同系小鼠模型中进行了实验
15252	2024-08-04	Single-cell multiomics profiling reveals heterogeneous transcriptional programs and microenvironment in DSRCTs 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101582 PMID:38781959	研究论文	本研究揭示了DSRCT肿瘤细胞的异质转录程序和微环境特征	首次利用单细胞多组学分析展示了DSRCT细胞在转录程序上的多样性及其与微环境的关系	样本数量有限，仅研究了五位患者的12个样本，可能影响结果的广泛适用性	探讨DSRCT肿瘤细胞的转录程序多样性及其微环境影响	对DSRCT患者的肿瘤细胞进行单细胞多组学分析	数字病理学	肿瘤	单细胞多组学	NA	转录组数据	来自五位患者的12个肿瘤样本
15253	2024-08-04	Distinctive multicellular immunosuppressive hubs confer different intervention strategies for left- and right-sided colon cancers 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101589 PMID:38806057	研究论文	本文探讨了左侧和右侧结肠癌的免疫抑制特征和干预策略的差异	提出了左侧和右侧结肠癌特定的转录组表达元程序，揭示了其独特的细胞相互作用	研究可能未考虑所有潜在的肿瘤微环境因素的影响	研究左侧和右侧结肠癌在临床和分子特征上的差异	分析了来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞转录组数据	数字病理学	结肠癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞
15254	2024-08-05	Venetoclax acts as an immunometabolic modulator to potentiate adoptive NK cell immunotherapy against leukemia 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101580 PMID:38776913	研究论文	这篇文章报告了venetoclax作为免疫代谢调节剂的作用，通过增强NK细胞对急性髓性白血病的细胞毒性来提升NK细胞免疫疗法的效果	发现venetoclax不仅抑制BCL-2，还能激活NK细胞并提高其对AML细胞的亲和力	未足够探讨venetoclax在不同类型肿瘤中的应用和长期效果	研究venetoclax如何通过调节NK细胞功能来增强癌症免疫疗法的效果	NK细胞和急性髓性白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓性白血病	bulk和单细胞RNA测序，亲和力测量和功能测试	NA	细胞	NA
15255	2024-08-05	scRank infers drug-responsive cell types from untreated scRNA-seq data using a target-perturbed gene regulatory network 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101568 PMID:38754419	研究论文	本文介绍了scRank，它通过未处理的单细胞转录组数据推断药物响应性细胞类型	创新性地采用目标扰动基因调控网络，通过 in silico 药物扰动排名药物响应性细胞群体	未提及具体的模型限制	旨在识别药物响应性细胞群体以阐明药物作用机制	药物响应性细胞类型以及其在不同疾病中的作用	数字病理学	脑瘤，重度抑郁障碍，心肌梗死	单细胞转录组测序	NA	未处理的单细胞转录组数据	模拟数据集和真实数据集，包括脑瘤和重度抑郁障碍的样本
15256	2024-08-05	Single-cell signatures identify microenvironment factors in tumors associated with patient outcomes 2024-Jun-17, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100799 PMID:38889686	研究论文	本文介绍了一种工具scBeacon，通过单细胞RNA测序数据识别肿瘤微环境因素与患者结果的关系	创新点在于通过整合和聚类多个单细胞RNA测序数据集提取细胞类型特征，进而解构无关肿瘤数据集	本文未提及具体的局限性	研究肿瘤及其微环境在患者生存和治疗反应中的作用	重点研究TCGA（癌症基因组图谱）队列中的肿瘤样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
15257	2024-08-05	GENIX enables comparative network analysis of single-cell RNA sequencing to reveal signatures of therapeutic interventions 2024-Jun-17, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100794 PMID:38861988	研究论文	该文章介绍了GENIX，这一计算框架超越了差异表达分析，能够构建基因关联网络并识别拓扑特征基因	GENIX能够识别经典差异表达分析遗漏的特征基因，扩展了精准医疗中的目标基因发现范围	可能未提及具体的算法细节和真实数据集限制	研究单细胞RNA测序对治疗干预的细胞反应的理解	利用GENIX分析合成和实验数据集，包括从康复COVID-19患者的外周血单核细胞中分析流感疫苗诱导的免疫反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	网络模型	数据集	使用合成和实验数据集
15258	2024-08-04	Characterizing efficient feature selection for single-cell expression analysis 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae317 PMID:38975891	研究论文	本文系统地比较了11种特征选择方法在单细胞RNA-seq数据分析中的表现	提出了使用细胞聚类准确性作为特征选择方法评估的标准，并发现低表达基因在高性能方法中往往被排除	未具体提及研究的局限性	评估不同特征选择方法在单细胞表达分析中的有效性	对比11种特征选择方法的性能	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
15259	2024-08-04	Cell specification and functional interactions in the pig blastocyst inferred from single-cell transcriptomics and uterine fluids proteomics 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110780 PMID:38211822	研究论文	本文通过单细胞转录组学和子宫液体蛋白组学探讨了猪囊胚的细胞特征和功能相互作用	发现了两种之前未知的滋养外胚层亚群，包括可能代表祖细胞的LRP2表达细胞和与Rauber层相关的表达凋亡标志物的细胞	目前未提及本文的具体局限性	旨在深入理解猪囊胚在早期和孵化阶段的生物学特性	研究对象为早期和孵化的囊胚、球形和卵形胚胎及对应的子宫液体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质数据	大规模单细胞RNAseq数据集和对应的蛋白质组学数据集
15260	2024-08-05	A risk-reward examination of sample multiplexing reagents for single cell RNA-Seq 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110793 PMID:38220132	研究论文	本研究比较了不同的样本复用试剂对单细胞RNA测序的影响	提出通过优化实验室工作流程和选择合适的复用试剂提升单细胞RNA测序的性能	研究中不同样本类型的信噪比问题影响了数据质量	旨在提高单细胞RNA测序实验的准确性和成本效益	研究对象包括人外周血单核细胞、鼠胚胎脑和患者来源的异种移植物	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	NA	包括人PBMC、鼠脑和患者来源的异种移植物等多种样本类型