单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15241	2024-08-07	Mex3a Marks a Slowly Dividing Subpopulation of Lgr5+ Intestinal Stem Cells 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.02.007 PMID:28285904	研究论文	本文报道了Lgr5+肠道干细胞群中存在意想不到的异质性，并发现Mex3a蛋白标记了一群缓慢分裂的Lgr5+肠道干细胞亚群，这些细胞对所有肠道谱系有不同的贡献	首次揭示了Lgr5+肠道干细胞群中的异质性，并识别出由Mex3a标记的缓慢分裂的干细胞亚群	NA	研究Lgr5+肠道干细胞的异质性及其对肠道再生的影响	Lgr5+肠道干细胞及其亚群	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
15242	2024-08-07	Normalizing single-cell RNA sequencing data: challenges and opportunities 2017-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4292 PMID:28504683	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据标准化过程中存在的问题，并提出了新的方法和建议	提出了适用于单细胞RNA测序数据的新标准化方法	目前使用的标准化方法主要针对批量RNA测序或微阵列数据，不适用于单细胞测序	探讨单细胞RNA测序数据标准化的挑战与机遇	单细胞RNA测序数据	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
15243	2024-08-07	SC3: consensus clustering of single-cell RNA-seq data 2017-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4236 PMID:28346451	研究论文	本文介绍了一种名为SC3的单细胞RNA测序数据共识聚类工具，该工具通过结合多种聚类解决方案来实现高精度和鲁棒性的无监督聚类	SC3通过共识方法结合多个聚类解决方案，提高了聚类的准确性和鲁棒性	NA	开发一种用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	共识聚类	转录组数据	来自患者的肿瘤细胞转录组数据
15244	2024-08-07	Power analysis of single-cell RNA-sequencing experiments 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4220 PMID:28263961	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中多种协议的灵敏度和准确性	开发了一个灵活的工具用于计数独特分子标识符（UMI），并提供了一个综合框架来比较scRNA-seq协议	NA	比较不同scRNA-seq协议在检测和准确量化基因表达方面的能力	scRNA-seq协议的灵敏度和准确性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	15种计算比较的协议和4种实验比较的协议
15245	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of fish immune cells provides insight into the evolution of vertebrate immune cell types 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207704.116 PMID:28087841	研究论文	本文通过单细胞转录组分析鱼类免疫细胞，探讨脊椎动物免疫细胞类型的进化	首次在非哺乳动物物种中获得特定免疫细胞类型的转录组，并发现了新的免疫细胞特异性基因和免疫球蛋白样受体	NA	验证在人类和老鼠中发现的免疫细胞类型基因保守性在远缘脊椎动物物种中的适用性	鱼类免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	zebrafish中的多个细胞样本
15246	2024-08-07	Pooling across cells to normalize single-cell RNA sequencing data with many zero counts 2016-Apr-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0947-7 PMID:27122128	研究论文	本文提出了一种新的方法，通过将细胞池中的表达值求和并用于归一化，来消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	本文提出了一种基于细胞池的归一化方法，并通过解卷积得到细胞特异性因子，该方法在模拟数据和真实数据中均优于现有方法	NA	消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	多个细胞池
15247	2024-08-07	OncoNEM: inferring tumor evolution from single-cell sequencing data 2016-Apr-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0929-9 PMID:27083415	研究论文	本文介绍了OncoNEM方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内进化谱系树	OncoNEM是一种概率方法，用于从单细胞的体细胞单核苷酸变异中推断肿瘤内的进化谱系树，能够识别同质细胞亚群并推断其基因型及其进化关系	NA	开发一种新方法，从单细胞测序数据中推断肿瘤进化	单细胞测序数据中的肿瘤进化	数字病理学	膀胱癌, 血小板增多症	单细胞测序	概率模型	单细胞测序数据	NA
15248	2024-08-07	Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data 2016-Feb-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0888-1 PMID:26887813	研究论文	本文提出了一种通用方法，用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据并检测低质量细胞	该方法通过使用超过20种生物和技术特征的精选集，提高了分类准确性，相较于传统方法提升了30%以上	NA	确保在下游分析中仅包含单个活细胞，避免受损细胞对数据解释的影响	单细胞RNA测序数据中的低质量细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	超过5,000个细胞，包括CD4+ T细胞、骨髓树突状细胞和鼠胚胎干细胞
15249	2024-08-07	Corrigendum: Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression 2016-Jan-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms10415 PMID:26752026	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15250	2024-08-07	Single-cell sequencing in cancer research 2016, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1586/14737159.2016.1115345 PMID:26594792	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在肿瘤研究中的应用及其对癌症治疗和诊断的潜在影响	单细胞测序技术能够揭示肿瘤内细胞的遗传、表观遗传和转录交互的复杂变异性，有助于设计更精确的抗癌治疗方案	临床应用前仍需克服技术、生物学和计算方面的难题	增强对肿瘤生物学表型的理解，并改进癌症治疗和诊断方法	肿瘤内的单个细胞及其遗传和表观遗传特征	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA和RNA	NA
15251	2024-08-07	A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor 2016, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.9501.2 PMID:27909575	研究论文	本文描述了一种基于开源Bioconductor项目的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据低级分析的计算工作流程	该工作流程专门针对scRNA-seq数据的分析，能够利用细胞分辨率并考虑技术噪声	NA	提供一种适用于scRNA-seq数据低级分析的计算工作流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因水平计数数据	涉及造血干细胞、脑源性细胞、T辅助细胞和小鼠胚胎干细胞的多个公开数据集
15252	2024-08-07	BASiCS: Bayesian Analysis of Single-Cell Sequencing Data 2015-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004333 PMID:26107944	研究论文	BASiCS是一个综合的贝叶斯分层模型，用于分析单细胞测序数据，能够估计细胞特异性归一化常数，量化技术变异性，并分解表达计数的总变异性为技术和生物成分	BASiCS模型通过引入人工合成的spike-in基因来量化技术变异性，并提供了一个直观的检测标准来识别高度或低度变异的基因	NA	开发和验证一个用于分析单细胞mRNA测序数据的新方法，以识别细胞间基因表达的真实异质性	单细胞mRNA测序数据中的基因表达变异性	生物信息学	NA	单细胞测序	贝叶斯分层模型	基因表达数据	使用了来自小鼠胚胎干细胞的基因表达测量数据
15253	2024-08-07	Dynamics of genomic clones in breast cancer patient xenografts at single-cell resolution 2015-Feb-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature13952 PMID:25470049	研究论文	本文通过深度基因组和单细胞测序方法，研究了免疫缺陷小鼠中人类乳腺癌原发和转移性肿瘤的克隆动力学	首次系统地检查了移植和传播对肿瘤基因组克隆结构的影响，并展示了单细胞测序在理解克隆复杂性和快速进化案例中的应用	研究仅限于15个案例，可能需要更多的样本以验证结果的普遍性	探讨人类乳腺癌在免疫缺陷小鼠中的克隆动力学及其对肿瘤进化的影响	人类乳腺癌的原发和转移性肿瘤	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	15例人类乳腺癌样本
15254	2024-08-07	An Analysis Regarding the Association Between DAZ Interacting Zinc Finger Protein 1 (DZIP1) and Colorectal Cancer (CRC) 2024-Feb-09, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01065-1 PMID:38334905	研究论文	本研究探讨了DAZ相互作用锌指蛋白1（DZIP1）与结直肠癌（CRC）之间的关联	首次揭示了DZIP1在CRC中的作用，包括其在纤维母细胞恶性转化中的上调以及对上皮-间质转化（EMT）的促进作用	研究主要基于细胞和动物模型，需要在人体临床试验中进一步验证	揭示DZIP1在结直肠癌中的作用机制，为治疗提供新途径	DZIP1在结直肠癌中的表达及其对纤维母细胞和肿瘤细胞的影响	数字病理学	结直肠癌	scrna-seq	NA	临床样本数据	涉及细胞和异种移植裸鼠模型
15255	2024-08-05	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize the molecular and cellular architecture of the ischemic mouse brain 2024-Feb-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg1323 PMID:38324639	研究论文	本研究利用空间转录组学研究小鼠缺血半球的分子和细胞结构	本研究首次揭示了缺血大脑中非神经元细胞的分子和空间特征，以及细胞类型间的相互作用	对缺血大脑中其他细胞类型的研究较为有限	研究缺血后小鼠大脑的分子和细胞架构	小鼠缺血半球及其相关细胞类型	数字病理学	缺血性脑卒中	空间转录组学	NA	转录组	19777个点
15256	2024-08-05	The unfolded protein response pathway as a possible link in the pathogenesis of COVID-19 and sepsis 2024-Jan-08, Archives of virology IF:2.5Q3 DOI:10.1007/s00705-023-05948-7 PMID:38191819	研究论文	本研究揭示了在单细胞水平上COVID-19和脓毒症的发病机制中未折叠蛋白反应（UPR）通路的重要性	提供了COVID-19与脓毒症之间的共同发病机制的新分子视角	未在研究中提及具体的生物标志物或临床数据的长时间追踪	探讨COVID-19与脓毒症之间的潜在联系及其共同的发病机制	COVID-19和脓毒症病例的单细胞RNA-seq数据及转录组数据	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA-seq	机器学习模型	转录组数据	NA
15257	2024-08-05	Single-Cell Suspension Preparation from Nile Tilapia Intestine for Single-Cell Sequencing 2023-02-10, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/64688 PMID:36847395	研究论文	本研究展示了一种优化的鲤鱼肠道单细胞悬浮液制备协议	提出并优化了针对尼罗河罗非鱼肠道的单细胞悬浮液制备方法	该方法主要针对特定鱼类的肠道，其他组织或鱼种可能需要进一步优化	开发高质量单细胞悬浮液制备方案以支持单细胞层级研究	尼罗河罗非鱼的肠道细胞	数字病理学	NA	胶原酶/解聚酶	NA	细胞悬浮液	NA
15258	2024-08-07	Characterizing allele- and haplotype-specific copy numbers in single cells with CHISEL 2021-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0661-6 PMID:32879467	research paper	本文介绍了一种名为CHISEL的方法，用于在单细胞和细胞亚群中推断等位基因和单体型特异性的拷贝数	CHISEL方法通过聚合数百或数千个单个细胞的稀疏信号，能够推断出等位基因和单体型特异性的拷贝数，这在低序列覆盖率的情况下尤为重要	NA	研究目的是开发一种方法来推断单细胞中的等位基因和单体型特异性拷贝数，特别是在低序列覆盖率的情况下	研究对象是乳腺癌患者的单细胞序列数据	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing	NA	genome	约2,000个细胞，来自两名乳腺癌患者
15259	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了肺腺癌中的肿瘤内异质性，并开发了一个有效的预后指数。	本文首次在单细胞水平上分析了肺腺癌的肿瘤内异质性，并开发了一个跨多个队列的有效预后指数。	NA	探索肺腺癌的肿瘤内异质性，并开发个性化治疗策略。	肺腺癌的肿瘤内异质性及其对预后的影响。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了1458个样本，包括TCGA-LUAD（503个），GSE68465（442个），GSE72094（398个）和GSE26939（115个）。
15260	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the impact of mechanical loading on knee tibial cartilage in osteoarthritis 2024-Feb-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111496 PMID:38224628	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了机械负荷对膝骨关节炎患者膝关节胫骨软骨中软骨细胞亚群的影响	首次识别出一种新的软骨细胞亚群HTC-C，并分析了其在不同机械负荷条件下的功能和细胞间相互作用	研究仅限于KOA患者的膝关节胫骨软骨，且样本量未具体说明	探究机械负荷对膝骨关节炎发展中软骨细胞亚群的影响及其分子机制	膝骨关节炎患者的膝关节胫骨软骨	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本量未提及