单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 15221 - 15240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15221 | 2024-08-07 |
Discovery of a CD10-negative B-progenitor in human fetal life identifies unique ontogeny-related developmental programs
2019-09-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2019001289
PMID:31383639
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研究论文 | 本文提供了人类胎儿B细胞发育层次的综合分析，报道了胎儿组织中两种不同的CD19 B祖细胞，即成人型CD10+ ProB祖细胞和新的CD10- PreProB祖细胞，并描述了它们的分子和功能特征。 | 发现了人类胎儿生命中CD10阴性的B祖细胞，并描述了其独特的发育程序，这些程序与成人的PreProB祖细胞不同。 | NA | 理解胎儿B淋巴细胞生成及其在早期生命中白血病启动的关键作用。 | 人类胎儿B细胞发育层次及其分子和功能特征。 | NA | NA | 单细胞转录组学和功能分析 | NA | 转录组数据 | 胎儿骨髓中的B祖细胞 |
| 15222 | 2024-08-07 |
Defining the Identity and Dynamics of Adult Gastric Isthmus Stem Cells
2019-09-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.07.008
PMID:31422913
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研究论文 | 本研究通过无偏倚的遗传标记和生物物理建模，揭示了胃体腺被分为两个独立区域，慢周期干细胞维持基部，而快速周期干细胞通过“点状”中性漂移动态维持坑-峡-颈部区域。 | 首次通过单细胞RNA测序分析定义了单个周期性峡部干细胞的分子身份和谱系关系。 | NA | 确定成年胃峡部干细胞的身份和动态。 | 胃体峡部干细胞及其与其他干细胞群体的相互作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 单个周期性峡部干细胞 |
| 15223 | 2024-08-07 |
The Eleventh ENBDC Workshop: Advances in Technology Help to Unveil Mechanisms of Mammary Gland Development and Cancerogenesis
2019-09, Journal of mammary gland biology and neoplasia
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10911-019-09436-0
PMID:31494779
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研讨会报告 | 第十一届欧洲乳腺发育与癌症网络研讨会，主题为乳腺生物学和乳腺癌研究中的高分辨率基因组学和蛋白质组学方法 | 介绍了单细胞RNA测序、遗传条形码、谱系追踪、空间转录组学、光遗传学、遗传小鼠模型和类器官等创新方法 | NA | 探讨乳腺发育和癌症发生机制 | 乳腺发育和乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、遗传条形码、空间转录组学、光遗传学 | 遗传小鼠模型、类器官 | 基因组学、蛋白质组学 | NA |
| 15224 | 2024-08-07 |
Intrinsic Resistance to Immune Checkpoint Blockade in a Mismatch Repair-Deficient Colorectal Cancer
2019-08, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-18-0683
PMID:31217164
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研究论文 | 本文描述了一例MSI-H结直肠癌患者在接受免疫检查点抑制剂治疗后出现疾病进展的情况，并通过基因组、转录组和病理学特征分析了其内在抗药性 | 研究揭示了MSI-H肿瘤对免疫检查点抑制剂的抗药性机制，并提出了针对结直肠癌的免疫治疗策略 | 研究仅基于单一病例，可能需要更多样本验证结果 | 探讨MSI-H结直肠癌对免疫检查点抑制剂的内在抗药性 | MSI-H结直肠癌患者的肿瘤及其免疫微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组分析，多重免疫荧光 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 数百个结直肠癌样本 |
| 15225 | 2024-08-07 |
In silico error correction improves cfDNA mutation calling
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty1004
PMID:30520956
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PCR错误校正（PEC）的算法，用于识别和校正短读序数据中的错误，利用PCR扩增过程中的冗余来提高循环肿瘤DNA（ctDNA）分析的突变检测准确性 | PEC算法通过利用PCR扩增过程中的冗余，显著提高了突变检测的准确性，且性能与需要额外步骤和校准DNA数据集的更复杂策略相当 | NA | 提高循环肿瘤DNA分析中的突变检测准确性 | 循环肿瘤DNA（ctDNA） | 生物信息学 | 癌症 | PCR | 算法 | 短读序数据 | NA |
| 15226 | 2024-08-07 |
Spatially constrained tumour growth affects the patterns of clonal selection and neutral drift in cancer genomic data
2019-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1007243
PMID:31356595
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研究论文 | 本文通过空间随机细胞自动机模型模拟肿瘤生长，研究空间约束对肿瘤基因组数据中克隆选择和遗传漂变模式的影响 | 提出了一个统计推断框架，该框架考虑了肿瘤生长中的空间效应，有助于从基因组数据中推断进化动力学 | 测量癌症进化使用下一代测序技术时，考虑到众多混杂因素仍然具有挑战性 | 量化空间肿瘤采样对下一代测序数据中检测到的突变模式的影响 | 研究空间结构对固体癌症中克隆选择和遗传漂变的检测影响 | 数字病理学 | NA | 下一代测序 | 细胞自动机模型 | 基因组数据 | 多区域采样数据 |
| 15227 | 2024-08-07 |
New insights into hematopoietic differentiation landscapes from single-cell RNA sequencing
2019-03-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2018-08-835355
PMID:30728144
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在解析造血分化景观中的应用 | 探讨了单细胞分子 profiling 如何在高分辨率下绘制时间解析的分化轨迹，并挑战了我们对干细胞和祖细胞类型及其组织的先前认知 | 依赖于对转录组景观的推断，并基于某些假设 | 深入理解造血层次结构 | 造血分化过程及其相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15228 | 2024-08-07 |
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2018-09-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.06.011
PMID:30172840
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研究论文 | 本文介绍了一种扩展BASiCS统计框架的方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取不受平均表达影响的变异性残差测量，并提供了一种在没有技术 spike-in 分子的情况下量化技术噪声的稳健程序。 | 本文提出的方法能够有效地消除平均表达与变异性之间的混杂关系，从而实现不同细胞群体间表达变异性的有意义比较。 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术变异和平均表达与变异性之间混杂关系的问题，以更好地理解细胞间转录变异性的生物学意义。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间转录变异性。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BASiCS统计框架 | RNA测序数据 | NA |
| 15229 | 2024-08-07 |
Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data
2018-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05083-x
PMID:29991676
|
研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题，并开发了一种算法来排除交换的分子 | 本文使用两种统计方法量化了交换读取的比例，并开发了一种算法来消除10x Genomics实验中的交换分子 | 本文仅研究了两个基于板的单细胞RNA测序数据集，未涵盖所有类型的数据集 | 研究条形码交换对单细胞RNA测序数据的影响，并开发解决方案 | 单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 两个基于板的单细胞RNA测序数据集 |
| 15230 | 2024-08-07 |
Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors
2018-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4091
PMID:29608177
|
research paper | 本文提出了一种基于高维表达空间中互最近邻（MNNs）检测的批量效应校正策略，用于大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集 | 本文的方法不依赖于预定义或跨批次的等同群体组成，只需要部分群体在批次间共享 | NA | 解决不同实验室和时间产生的大规模单细胞RNA测序数据集中的批量效应问题 | 单细胞RNA测序数据集中的批量效应 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | expression data | 多个基于液滴的单细胞RNA测序数据集，涉及大量细胞 |
| 15231 | 2024-08-07 |
A single-cell hematopoietic landscape resolves 8 lineage trajectories and defects in Kit mutant mice
2018-05-24, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2017-12-821413
PMID:29588278
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了44,802个小鼠骨髓造血干细胞和祖细胞，揭示了8种不同血细胞谱系的转录图谱，并在c-Kit突变小鼠模型中发现了特定的细胞谱系缺陷。 | 首次提供了全面的单细胞水平上的造血干细胞和祖细胞的转录图谱，并揭示了c-Kit突变小鼠模型中的细胞谱系缺陷。 | NA | 解析造血干细胞和祖细胞的分化路径及其在疾病中的作用。 | 小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 44,802个骨髓造血干细胞和祖细胞样本，以及13,815个c-Kit突变小鼠的造血干细胞和祖细胞样本。 |
| 15232 | 2024-08-07 |
Defining the earliest step of cardiovascular lineage segregation by single-cell RNA-seq
2018-03-09, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aao4174
PMID:29371425
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠心血管前体细胞（CPs）在胚胎发育早期的分子特征和谱系分化 | 首次揭示了CPs在早期区域和谱系分化的分子过程，并确定了Mesp1在退出多能状态和诱导心血管基因表达程序中的作用 | NA | 探究小鼠心血管前体细胞在胚胎发育早期的谱系分化和区域分化的分子机制 | 小鼠心血管前体细胞（CPs）及其在胚胎发育早期的分子特征 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 野生型和基因敲除的小鼠心血管前体细胞 |
| 15233 | 2024-08-07 |
scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells
2018-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03149-4
PMID:29472610
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scNMT-seq的单细胞方法，能够同时分析染色质可及性、DNA甲基化和转录组 | scNMT-seq方法通过使用GpC甲基转移酶标记开放染色质，随后进行亚硫酸氢盐和RNA测序，实现了三者的并行分析 | NA | 研究调控关系，特别是表观基因组与转录组之间的相互作用 | 单细胞中的染色质可及性、DNA甲基化和转录组 | 数字病理学 | NA | GpC甲基转移酶、亚硫酸氢盐测序、RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 小鼠胚胎干细胞 |
| 15234 | 2024-08-07 |
Defining murine organogenesis at single-cell resolution reveals a role for the leukotriene pathway in regulating blood progenitor formation
2018-02, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-017-0013-z
PMID:29311656
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，对小鼠发育至E8.25后的20,000多个细胞进行了转录组学分析，揭示了白三烯途径在调控血液祖细胞形成中的作用。 | 首次在单细胞分辨率下定义了小鼠器官发生的关键发育阶段，并发现了白三烯途径在血液祖细胞形成中的新作用。 | 研究主要集中在小鼠发育的特定阶段，可能不适用于其他物种或发育阶段。 | 探索小鼠器官发生过程中细胞类型和分子调控机制。 | 小鼠发育至E8.25后的细胞，特别是血液祖细胞的形成机制。 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过20,000个细胞 |
| 15235 | 2024-08-07 |
Maturing Human CD127+ CCR7+ PDL1+ Dendritic Cells Express AIRE in the Absence of Tissue Restricted Antigens
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02902
PMID:30692988
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研究论文 | 本研究在人类扁桃体中鉴定出表达AIRE的细胞，并通过流式细胞术、CyTOF和单细胞RNA测序对其进行了详细分析 | 发现AIRE在人体外周表达并不与组织限制性抗原（TRAs）的丰富表达相关，这一意外发现可能解释了缺乏功能性AIRE的APECED患者的非自身免疫症状 | NA | 鉴定并分析人体中表达AIRE的细胞来源及其功能 | 人类扁桃体中的AIRE+树突状细胞（DCs） | 免疫学 | NA | 流式细胞术，CyTOF，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 15236 | 2024-08-07 |
Antibody Tumor Targeting Is Enhanced by CD27 Agonists through Myeloid Recruitment
2017-Dec-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2017.11.001
PMID:29198913
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研究论文 | 研究探讨了通过CD27激动剂增强抗体肿瘤靶向性的治疗潜力 | 首次证明结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体可以提供治愈效果，特别是在淋巴瘤模型中 | NA | 研究结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体的治疗潜力 | 淋巴瘤模型中的肿瘤治疗效果 | 免疫学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括huCD27转基因小鼠在内的多个淋巴瘤模型 |
| 15237 | 2024-08-07 |
Mosaic autosomal aneuploidies are detectable from single-cell RNAseq data
2017-Nov-25, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-017-4253-x
PMID:29178830
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研究论文 | 本文开发了一种利用单细胞RNA测序数据中的染色体范围表达不平衡来识别非整倍体的方法 | 该方法提供了定量的非整倍体检测，并集成到一个R软件包中，相比传统的单细胞DNA测序技术，成本大幅降低 | 该方法不适用于基因表达高度可变的数据 | 开发一种快速、经济的方法来检测单细胞RNA测序数据中的非整倍体 | 非整倍体及其对细胞行为的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 15238 | 2024-08-07 |
Assessing the reliability of spike-in normalization for analyses of single-cell RNA sequencing data
2017-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.222877.117
PMID:29030468
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研究论文 | 本文评估了使用spike-in RNA进行归一化在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性 | 通过混合实验量化了板式协议中每个孔添加的spike-in RNA量的变异，并展示了这对下游分析的影响较小 | 文章未明确提及具体的局限性 | 评估spike-in RNA归一化方法在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的技术噪声和细胞特异性偏差 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了两个不同的spike-in RNA集进行混合实验 |
| 15239 | 2024-08-07 |
Single-Cell Landscape of Transcriptional Heterogeneity and Cell Fate Decisions during Mouse Early Gastrulation
2017-08-01, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2017.07.009
PMID:28768204
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地分析了小鼠早期原肠胚形成过程中转录异质性和细胞命运决定的分子机制 | 本研究首次系统地绘制了小鼠早期原肠胚形成过程中的转录噪声图谱，并揭示了与早期谱系决定相关的分子过程 | NA | 探究小鼠早期原肠胚形成过程中转录调控的基本原理 | 小鼠早期原肠胚形成过程中的细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从E3.5到E6.5的概念体 |
| 15240 | 2024-08-07 |
Overcoming confounding plate effects in differential expression analyses of single-cell RNA-seq data
2017-Jul-01, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxw055
PMID:28334062
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序数据中，由于细胞分组与系统性板效应混杂，导致差异表达分析中未能考虑板效应的问题，并提出了一种解决方案 | 提出了一种通过汇总每个板中所有细胞的计数来进行差异表达分析的方法，该方法在模拟数据和真实数据中均能恢复类型I错误控制并提高相关基因的排名 | NA | 解决单细胞RNA测序数据差异表达分析中板效应混杂的问题 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个板中的多个细胞 |