单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 15201 - 15220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15201 | 2024-08-07 |
Single-cell and spatial architecture of primary liver cancer
2023-11-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05455-0
PMID:37985711
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和批量多组学技术，详细阐述了三种原发性肝癌（肝细胞癌、肝内胆管癌和混合型肝细胞-胆管癌）的分子结构 | 揭示了混合型肝细胞-胆管癌细胞内部不一致的表型，以及肝内胆管癌和肝细胞癌的特定肿瘤特征，并发现了肿瘤-肿瘤周围交界区存在的多种中间状态细胞 | NA | 探索原发性肝癌的同质性和异质性，并揭示其分子特征 | 原发性肝癌的三种类型：肝细胞癌、肝内胆管癌和混合型肝细胞-胆管癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学 | NA | 转录组数据 | 三种原发性肝癌类型的样本 |
| 15202 | 2024-08-07 |
scMD: cell type deconvolution using single-cell DNA methylation references
2023-Aug-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.03.551733
PMID:37577715
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研究论文 | 本文介绍了scMD框架，用于从组织级别的DNA甲基化数据中可靠地估计细胞类型比例 | scMD框架通过统计方法聚合单细胞DNA甲基化数据，识别细胞类型标记的DNA甲基化位点，并创建精确的细胞类型签名矩阵，超越了现有的排序细胞或RNA衍生的参考 | 当前的单细胞DNA甲基化序列仅代表每个单细胞全基因组的一小部分，并且检测到的区域在细胞间不同，这使得单细胞DNA甲基化数据具有超高维度和超稀疏性 | 开发一种新的细胞类型反卷积框架，以从组织级别的DNA甲基化数据中估计细胞类型比例 | 单细胞DNA甲基化数据和组织级别的DNA甲基化数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞DNA甲基化 | NA | DNA甲基化数据 | 多个数据集 |
| 15203 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of ovarian cancer
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.07.544095
PMID:37333262
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研究论文 | 该文章揭示了高等级浆液性卵巢癌微环境中的基质动态和肿瘤特征 | 通过单细胞转录组学揭示了高基质与低基质肿瘤中免疫和非免疫细胞的独特转录组景观 | 仅基于公共和内部数据集的分析，可能缺乏多样性和广泛的适用性 | 研究高等级浆液性卵巢癌微环境中基质的作用和特征 | 高等级浆液性卵巢癌中的基质细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15204 | 2024-08-07 |
Mesenchymal stem cells ameliorate inflammation in an experimental model of Crohn's disease via the mesentery
2023-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.22.541829
PMID:37292753
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研究论文 | 研究了人骨髓间充质干细胞（hMSC）在慢性小肠炎症模型中治疗克罗恩病的效果及其机制 | 首次探讨了hMSC在慢性炎症模型中的长期疗效，并通过单细胞RNA测序证实了其通过巨噬细胞重编程发挥作用的机制 | NA | 探讨hMSC在克罗恩病治疗中的作用机制 | 人骨髓间充质干细胞（hMSC）及其在慢性小肠炎症模型中的治疗效果 | NA | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序（Sc-RNAseq） | NA | 单细胞RNA | NA |
| 15205 | 2024-08-05 |
Brain and blood single-cell transcriptomics in acute and subacute phases after experimental stroke
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.31.535150
PMID:37066298
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研究论文 | 该文章研究了急性和亚急性中风后脑部和血液的单细胞转录组学 | 首次系统性分析了中风后免疫细胞亚群的时序动态和多样性，揭示了脑内浸润的白细胞和循环白细胞的转录组差异 | 对小鼠中风后的免疫细胞多样性尚不完全了解，且研究可能不适用于人类 | 了解中风后的免疫细胞反应及其在组织损伤和修复中的作用 | 小鼠的脑细胞和血液白细胞 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠，分别在中风后2天和14天收集样本 |
| 15206 | 2024-08-05 |
Astroglial toxicity promotes synaptic degeneration in the thalamocortical circuit in frontotemporal dementia with GRN mutations
2023-03-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164919
PMID:36602862
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研究论文 | 这篇文章揭示了在有GRN突变的额叶前额叶痴呆中，星形胶质细胞的毒性促进了丘脑皮层回路的突触退化 | 本研究首次揭示了一种在FTLD-GRN中未被充分认识的星形胶质细胞病理过程，揭示了其在神经退行性病理中的关键机制 | 尽管该研究通过小鼠和人类患者的单细胞转录组学进行了比较，但仍需更多临床数据验证 | 探讨GRN突变引起的星形胶质细胞毒性如何影响丘脑皮层回路中的突触退化 | 该研究对象包括Grn-/-小鼠和FTLD-GRN患者的丘脑和额叶皮层 | 数字病理学 | 额叶前额叶痴呆 | 单细胞转录组学 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 研究包括Grn-/-小鼠和FTLD-GRN患者的样本，具体数量未提及 |
| 15207 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics add a new dimension to our understanding of the gut
2023-02-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00191.2022
PMID:36472345
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review | 这篇文章探讨了空间转录组学在肠道研究中的应用 | 文章介绍了空间转录组技术如何提供肠道细胞转录组的新视角 | 文中未提及具体的局限性 | 研究肠道转录组的空间特征 | 探讨肠道中细胞的空间分布及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15208 | 2024-08-07 |
Human PD-1 agonist treatment alleviates neutrophilic asthma by reprogramming T cells
2023-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.07.022
PMID:35963455
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研究论文 | 本文研究了PD-1激动剂治疗在减轻中性粒细胞性哮喘中的作用，通过重编程T细胞来实现 | 首次探讨了PD-1激动剂在治疗中性粒细胞性哮喘中的应用，并展示了其在减轻气道高反应性和肺部炎症中的效果 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体试验验证 | 探究PD-1在调节急性中性粒细胞性炎症中的作用 | 中性粒细胞性哮喘 | NA | 哮喘 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 细胞和分子数据 | 野生型和PD-1敲除小鼠，以及人源化PD-1小鼠模型 |
| 15209 | 2024-08-07 |
Clinical Implications of a New DDX58 Pathogenic Variant That Causes Lupus Nephritis due to RIG-I Hyperactivation
2023-02-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2022040477
PMID:36261300
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研究论文 | 本文通过全外显子测序在中国LN患者中鉴定出一种新的DDX58致病变体R109C，并研究了其对I型IFN信号传导的影响及靶向治疗的有效性 | 发现了一种新的DDX58 R109C致病变体，该变体通过减少自身抑制导致RIG-I超激活，增加RIG-I K63泛素化和MAVS聚集 | NA | 鉴定狼疮性肾炎的遗传原因，以促进更个性化的治疗策略 | 中国狼疮性肾炎患者 | NA | 狼疮性肾炎 | 全外显子测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因序列，转录组 | 五个无关家庭的狼疮性肾炎患者 |
| 15210 | 2024-08-07 |
Bicuspid Aortic Valve-Associated Regulatory Regions Reveal GATA4 Regulation and Function During Human-Induced Pluripotent Stem Cell-Based Endothelial-Mesenchymal Transition-Brief Report
2023-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318566
PMID:36519469
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简报 | 本研究通过CRISPR/Cas9编辑技术删除与二叶主动脉瓣（BAV）相关的大片段基因组，分析其在人诱导多能干细胞（hiPSC）介导的血管内皮-间充质转化（EndoMT）中的生物学效应 | 首次揭示了BAV相关远端区域在hiPSC介导的EndoMT中调控GATA4表达的作用，并发现了TWIST1作为GATA4表达的潜在调节因子 | NA | 确定大片非编码区域在hiPSC介导的EndoMT中的生物学效应 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）及其在EndoMT过程中的基因表达调控 | NA | 心脏瓣膜病 | CRISPR/Cas9编辑技术，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，单细胞RNA序列数据 | 多个双等位基因克隆，BAV患者来源的hiPSCs |
| 15211 | 2024-08-07 |
Gene regulatory divergence amongst echinoderms underlies appearance of pigment cells in sea urchin development
2023-02, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.11.008
PMID:36519720
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研究论文 | 本研究探讨了海星中色素细胞缺失的原因，通过比较海胆和海星的基因表达，揭示了色素细胞发育的基因调控差异 | 首次揭示了海星中色素细胞缺失的基因调控机制，通过比较海胆和海星的基因表达，发现海星中PmGcm在色素基因表达中的作用缺失 | 研究仅限于海胆和海星两种生物，可能无法完全代表所有棘皮动物的色素细胞发育情况 | 探究海星中色素细胞缺失的原因及其基因调控机制 | 海胆和海星的色素细胞及其相关基因表达 | NA | NA | 原位RNA杂交和比较单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及海胆和海星的多个基因和细胞类型 |
| 15212 | 2024-08-07 |
Tbx2 and Tbx3 regulate cell fate progression of the otic vesicle for inner ear development
2023-Feb, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.12.003
PMID:36521641
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研究论文 | 本文研究了Tbx2和Tbx3基因在耳泡细胞命运进展中的作用，通过单细胞RNA测序分析了Tbx2/3cKO胚胎与对照组之间的差异。 | 首次揭示了Tbx2和Tbx3在耳泡发育中促进多能耳前体细胞向更分化细胞类型进展的作用。 | NA | 探讨Tbx2和Tbx3基因在耳泡形态发生中的作用及其对细胞命运的影响。 | 耳泡细胞及其在Tbx2/3cKO胚胎中的变化。 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对照组与Tbx2/3cKO胚胎的耳泡细胞 |
| 15213 | 2024-08-07 |
Neonatal hyperoxia induces activated pulmonary cellular states and sex-dependent transcriptomic changes in a model of experimental bronchopulmonary dysplasia
2023-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00252.2022
PMID:36537711
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）调查了小鼠肺部在新生儿高氧环境下的细胞和分子变化，并在体外验证了人类新生儿肺细胞的发现。 | 首次揭示了新生儿高氧暴露下性别特异性的干细胞前体和细胞修复反应，这些反应是支气管肺发育不良（BPD）中肺重塑的基础。 | NA | 探究高氧环境下性别依赖的分子和细胞编程机制。 | 小鼠和人类新生儿的肺细胞。 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 15214 | 2024-08-07 |
SARS-CoV-2 Infection Induces Ferroptosis of Sinoatrial Node Pacemaker Cells
2022-04, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.320518
PMID:35255712
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研究论文 | 本文研究了SARS-CoV-2感染对心脏起搏细胞的影响，特别是通过仓鼠模型和人类胚胎干细胞（hESC）衍生的类似窦房结（SAN）起搏细胞进行研究。 | 本文首次展示了SARS-CoV-2可以直接感染心脏的主要起搏细胞，并诱导铁死亡，这是一种可能导致COVID-19患者心律失常的机制。 | 由于难以分离和培养人类SAN细胞，研究主要依赖于仓鼠模型和hESC衍生的SAN-like起搏细胞。 | 探索SARS-CoV-2感染对心脏起搏细胞的影响，并寻找保护这些细胞免受感染的药物。 | 仓鼠模型和hESC衍生的SAN-like起搏细胞。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 定量实时聚合酶链反应、免疫染色、单细胞RNA测序和高含量化学筛选。 | NA | RNA | 仓鼠模型和hESC衍生的SAN-like起搏细胞。 |
| 15215 | 2024-08-07 |
Sarcomere function activates a p53-dependent DNA damage response that promotes polyploidization and limits in vivo cell engraftment
2021-05-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109088
PMID:33951429
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研究论文 | 研究通过构建人心脏肌细胞模型，利用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，揭示了肌节功能通过激活p53依赖的DNA损伤反应促进多倍化和限制体内细胞植入的机制。 | 首次揭示肌节功能通过p53依赖的DNA损伤反应促进心脏肌细胞多倍化，并发现通过抑制肌节功能或清除活性氧可以抑制细胞周期停滞和多倍化，从而增强心脏肌细胞在受损心脏中的植入。 | 研究主要在体外模型中进行，需要进一步的体内实验验证其发现的有效性和安全性。 | 探讨心脏肌细胞复制和多倍化的机制，以及如何通过干预这些机制来改善心脏肌细胞的替换策略。 | 人心脏肌细胞的复制和多倍化过程。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | CRISPR | NA | 图像 | 使用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，具体样本数量未详细说明。 |
| 15216 | 2024-08-07 |
A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain
2021-01-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20343-5
PMID:33469025
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研究论文 | 本文通过单细胞长读序技术研究了小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型中不同脑区间差异性剪接变体的表达 | 本文首次在单细胞分辨率下展示了脑区间剪接变体的差异表达，并发现这些差异与功能上不同的蛋白质变体相对应 | NA | 研究脑区间和细胞类型特异性的剪接变体表达差异 | 小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞长读序技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠海马体和前额叶皮层的45种细胞类型 |
| 15217 | 2024-08-07 |
Integrative transcriptome analysis identifies MYBL2 as a poor prognosis marker for osteosarcoma and a pan-cancer marker of immune infiltration
2024-May, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2023.04.035
PMID:38292182
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研究论文 | 本研究通过综合转录组分析，发现MYBL2作为骨肉瘤的不良预后标志物以及泛癌免疫浸润标志物的潜力 | 首次揭示了MYBL2在骨肉瘤及泛癌中的免疫浸润关系，并开发了基于MYBL2的风险评分系统 | NA | 探索MYBL2在骨肉瘤及泛癌中的预后价值及其与免疫浸润的关系 | MYBL2在骨肉瘤及泛癌中的表达及其与免疫浸润的关联 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 15218 | 2024-08-07 |
scBiG for representation learning of single-cell gene expression data based on bipartite graph embedding
2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae004
PMID:38288376
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research paper | 本文介绍了一种名为scBiG的新型图节点嵌入方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的表示学习 | scBiG通过建立连接细胞和表达基因的二分图，并构建多层图卷积网络来学习细胞和基因嵌入，超越了常用的降维技术 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据的高维度、稀疏性和技术噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | GCN | gene expression data | NA |
| 15219 | 2024-08-05 |
Development and experimental validation of a machine learning-based disulfidptosis-related ferroptosis score for hepatocellular carcinoma
2024-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01900-x
PMID:37875647
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研究论文 | 本研究开发了与二硫腺苷相关的铁死亡评分（DRF），用于评估肝细胞癌（HCC）患者预后与治疗反应 | 提出了一种新的评分系统（DRF评分），并通过多种技术验证其与HCC患者预后的关联 | 研究主要集中于特定基因的相关性，未深入探讨其它潜在的细胞死亡途径 | 研究与二硫腺苷相关的铁死亡基因在肝细胞癌中的作用 | 肝细胞癌患者的临床数据及相关基因 | 机器学习 | 肝癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 多变量Cox回归 | 基因表达数据 | 涉及的样本数量未明确提及，包含肝细胞癌患者的多组数据 |
| 15220 | 2024-08-05 |
A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis
2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000497
PMID:37982646
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研究论文 | 本研究提出了一种基于单细胞测序分析构建与巨噬细胞相关的治疗效果预测因子的方法。 | 文章创新性地构建了一个巨噬细胞风险评分（TRS），用于评估结直肠癌患者的预后和对化疗药物的敏感性。 | 未具体描述研究中潜在的局限性。 | 研究的目的是开发一个有效的预后指标以评估结直肠癌患者的治疗效果。 | 研究对象为结直肠癌患者，特别关注肿瘤相关巨噬细胞的作用。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 包括来自癌症基因组图谱和基因表达综合数据库的患者数据，具体样本量未提及 |