单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1501 - 1520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1501 | 2025-10-05 |
Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline'
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf126
PMID:40918070
|
更正 | 对先前发表的Immunopipe单细胞数据分析流程文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1502 | 2025-10-05 |
Single-cell Raman and mass spectrometry analysis to probe cellular heterogeneity in tamoxifen uptake and metabolism
2025-Sep, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-025-06058-w
PMID:40810750
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研究论文 | 本研究结合单细胞拉曼光谱和质谱技术探究他莫昔芬在肝癌细胞中的摄取、代谢异质性 | 首次将单细胞拉曼光谱与质谱技术整合，实现细胞状态与药物代谢的同时评估，并采用三种药物浓度进行系统性分析 | 样本量较小且仅使用单一细胞系，缺乏更广泛的生物学验证 | 探究药物在单细胞水平的摄取、代谢异质性及其对细胞的影响 | HepG2肝癌细胞系 | 单细胞分析 | 肝癌 | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 光谱数据, 质谱数据 | HepG2肝癌细胞系（具体数量未明确） | NA | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 拉曼-质谱联合分析平台 |
| 1503 | 2025-10-05 |
The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer
2025-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098
PMID:40812519
|
研究论文 | 本研究系统分析了APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征和临床意义 | 首次全面揭示APOBEC突变在胰腺癌中的分布特征、微环境改变和临床相关性，并开发了基于机器学习的预后预测模型 | 对APOBEC突变的具体分子机制仍需进一步深入研究 | 探究APOBEC突变在胰腺癌进展和治疗指导中的作用 | 胰腺腺癌(PAAD)患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 全外显子测序,靶向二代测序,转录组分析,单细胞RNA测序,免疫分析 | 机器学习模型 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | 多个PAAD队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1504 | 2025-10-05 |
Role of immune cell subsets in liver fibrosis through single-cell RNA sequencing and array
2025-Sep, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251374861
PMID:40938627
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和数据分析揭示免疫细胞亚群在肝纤维化中的作用 | 首次建立肝纤维化免疫细胞图谱，识别24个不同免疫细胞亚群，发现与不良预后相关的特征基因和细胞间相互作用 | 数据主要来源于公共数据库，缺乏实验验证 | 研究免疫细胞亚群在肝纤维化发病机制中的作用 | 肝纤维化患者 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, ssGSEA, Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1505 | 2025-10-05 |
spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672472
PMID:40909542
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研究论文 | 开发了一个用于空间多组学数据分析和整合的R软件包 | 专门针对质谱衍生的空间组学数据集设计，能够处理小样本量、空间稀疏性、大量缺失值且无需先验知识的完全数据驱动分析 | 主要针对质谱平台数据，对其他空间组学技术的适用性可能有限 | 开发空间多组学测量数据的分析和整合工具 | 空间多组学测量数据，特别是质谱衍生的空间组学数据 | 生物信息学 | NA | 质谱分析，空间多组学技术 | NA | 空间多组学数据，质谱数据 | 小样本量数据集 | NA | 空间多组学，质谱分析 | NA | NA |
| 1506 | 2025-10-05 |
Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics
2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672469
PMID:40909566
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研究论文 | 本研究通过分析近50万个单细胞核转录组数据，扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物，并开发了评估标记物表达保真度的统计框架 | 开发了评估细胞标记物表达保真度的统计框架，首次系统量化了标记物在目标细胞类型中的表达保真度和背景表达，并识别出具有改进保真度的新标记物 | 研究主要基于已有研究的单细胞数据，可能受到原始数据质量和注释准确性的限制 | 扩展和优化大脑皮层细胞类型的标记物，提高单细胞转录组数据中细胞类型注释的准确性 | 人类大脑皮层细胞类型 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 单细胞转录组数据 | 近500,000个高质量单细胞核转录组图谱，来自19项研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1507 | 2025-10-05 |
Construction and differential analysis of testicular atlas between 10-week-old and 23-week-old ducks using single-cell RNA sequencing
2025-Aug-22, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105715
PMID:40884870
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了10周龄和23周龄鸭睾丸细胞图谱并进行差异分析 | 首次建立了禽类精子发生的高分辨率细胞图谱，发现了新的分子标记物和调控网络 | 研究仅针对两个发育阶段，缺乏更连续的时间序列分析 | 探索鸭睾丸发育过程中的分子调控机制 | 10周龄和23周龄鸭睾丸细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 54,702个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1508 | 2025-10-05 |
Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669857
PMID:40832162
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研究论文 | 本研究通过建立C57BL/6 Aire-/-小鼠慢性前列腺炎症模型，揭示了其免疫失调特征与人类良性前列腺增生相似 | 首次在C57BL/6背景小鼠中建立转录因子缺陷型非消退性慢性炎症模型，并证明其免疫特征与人类BPH高度相似 | 研究仅使用小鼠模型，需要进一步验证在人类中的适用性；样本采集时间点有限（仅21天和35天） | 研究前列腺慢性炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用 | C57BL/6 Aire-/-小鼠前列腺组织和人类良性前列腺增生组织 | 单细胞生物学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，组织学分析 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | C57BL/6小鼠前列腺组织（21天和35天时间点），人类BPH scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1509 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia
2025-Aug, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-025-01843-5
PMID:40216654
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和RNA测序技术研究子痫前期胎盘免疫微环境中的关键靶基因 | 首次结合单细胞测序和RNA测序技术系统分析子痫前期胎盘免疫微环境，发现巨噬细胞在疾病中的关键作用及其调控基因 | 研究样本量未明确说明，仅基于两个转录组数据集进行验证 | 探索子痫前期胎盘免疫微环境中的关键调控基因 | 子痫前期和非子痫前期胎盘样本 | 单细胞生物学 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | Scenic包, 伪时序分析, 细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据, bulk RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 1510 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveal alveolar macrophages-specific responses in single-hit ozone exposure model in mice
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664370
PMID:40791434
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析臭氧暴露小鼠模型中肺泡巨噬细胞的转录组变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示不同浓度臭氧暴露对肺泡巨噬细胞转录组的浓度依赖性影响 | 研究仅使用C57BL/6J雄性成年小鼠，样本多样性有限 | 探究肺泡巨噬细胞对臭氧暴露的分子响应机制 | C57BL/6J雄性成年小鼠的肺泡巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | C57BL/6J雄性成年小鼠，分为过滤空气组、1 ppm臭氧组和1.5 ppm臭氧组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1511 | 2025-10-05 |
A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics
2025-Jul, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935
PMID:40926859
|
研究论文 | 开发混合1DCNN-GRU深度学习模型，利用单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞生育潜力进行分类 | 首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类，结合1DCNN和GRU的混合架构 | 需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证 | 开发基于单细胞转录组数据的颗粒细胞生育潜力分类方法 | 山羊颗粒细胞 | 机器学习 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | 1DCNN-GRU混合模型 | 基因表达数据 | 公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1512 | 2025-10-05 |
Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661157
PMID:40667113
|
研究论文 | 本研究探讨了生殖器疱疹病毒脱落期间对宫颈阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学和免疫荧光成像技术，揭示了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞空间定位和基因表达的变化特征 | 研究样本量相对有限，且主要关注宫颈阴道组织，未全面评估其他生殖道部位 | 研究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫系统的影响机制 | 232名HSV-2血清阳性和血清阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 空间转录组学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术, 免疫荧光成像, 可溶性免疫因子分析, 空间转录组学 | NA | 组织样本, 血液样本, 图像数据, 基因表达数据 | 232名参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1513 | 2025-10-05 |
Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658502
PMID:40501632
|
研究论文 | 本研究识别并表征了早期肝脏发育过程中一种先前未被认识的原始肝母细胞群 | 发现了一种表达典型肝母细胞标志物和原始特异性间充质标志物的新型原始肝母细胞群 | 原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中贡献度下降 | 探索早期肝脏发育过程中的谱系异质性 | 小鼠和人类原始肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传学研究 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1514 | 2025-10-05 |
Orchestration of Skin Pathology in Cutaneous Lupus Erythematosus by HLA Class I Down-Regulated Senescent Epidermal Basal Cells
2025-May-19, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43244
PMID:40386939
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研究论文 | 本研究通过分析皮肤红斑狼疮患者样本和系统性红斑狼疮小鼠模型，揭示了衰老表皮基底细胞通过调控HLA I类分子表达在疾病发病机制中的关键作用 | 首次发现衰老表皮基底细胞通过异质性HLA I类分子表达调控CD8阳性T细胞毒性，创建了促进正常表皮细胞凋亡的微环境 | 样本量相对有限（CLE患者n=68，对照组n=4），且主要依赖公共数据库数据 | 探究衰老表皮基底细胞在皮肤红斑狼疮发病机制中的作用 | 皮肤红斑狼疮患者皮肤样本、系统性红斑狼疮小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤红斑狼疮 | 单细胞RNA测序，基因芯片分析，体外实验 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | CLE患者68例，对照组4例；单细胞测序CLE患者7例，对照组14例；SLE患者17例 | NCBI | 单细胞RNA-seq，基因芯片 | GEO数据库 | GSE184989基因芯片数据，GSE186476单细胞RNA测序数据，AMP Phase 1-Metro数据集 |
| 1515 | 2025-10-05 |
scDILT: A Model-Based and Constrained Deep Learning Framework for Single-Cell Data Integration, Label Transferring, and Clustering
2025 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3553068
PMID:40811359
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研究论文 | 开发了一种基于条件自编码器和深度嵌入聚类的单细胞数据整合工具scDILT，用于数据整合、标签转移和聚类分析 | 首次提出同时使用同质约束和异质约束来保持参考数据集细胞聚类模式并将新数据集细胞映射到注释聚类 | NA | 开发能够同时实现单细胞数据整合、标签转移和聚类的计算框架 | 单细胞RNA测序数据和多组学单细胞数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞多组学 | 条件自编码器，深度嵌入聚类 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 1516 | 2025-10-05 |
Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids
2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.13.612950
PMID:39345362
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研究论文 | 本研究通过患者来源类器官模型揭示2型糖尿病血浆外泌体通过改变肿瘤微环境促进乳腺癌侵袭性的新机制 | 首次开发了保留天然肿瘤浸润淋巴细胞的乳腺癌患者来源类器官模型，并发现2型糖尿病外泌体通过扩增免疫抑制性T细胞和增强肿瘤异质性驱动癌症进展 | 研究样本量有限，外泌体作用的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究2型糖尿病血浆外泌体对乳腺癌肿瘤微环境免疫细胞功能的影响 | 乳腺癌患者来源类器官和血浆外泌体 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 患者来源类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1517 | 2025-10-05 |
Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.02.621562
PMID:40291654
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研究论文 | 本研究通过全基因组和单细胞RNA测序分析串联重复序列对免疫细胞类型特异性基因表达的影响 | 首次在单细胞水平系统分析串联重复序列对免疫细胞类型特异性基因表达的调控作用，发现超过62,000个单细胞表达数量性状串联重复位点 | 研究主要基于血液来源细胞，可能不适用于其他组织类型；串联重复序列的准确识别仍存在技术挑战 | 探索串联重复序列变异对免疫细胞类型特异性基因表达的调控机制 | 1,925名个体的血液来源细胞，涵盖28种不同的免疫细胞类型 | 基因组学 | 免疫介导性疾病，血液系统疾病 | 全基因组测序，单细胞RNA测序 | 数量性状位点分析，精细定位 | 基因组序列数据，单细胞基因表达数据 | 超过540万个血液来源细胞，来自1,925名个体 | NA | 单细胞RNA-seq，全基因组测序 | NA | NA |
| 1518 | 2025-10-05 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.03.631250
PMID:39803530
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据和数学模型研究细胞间信号传导如何影响癌细胞表型可塑性和肿瘤内异质性 | 开发了基于多尺度推断的方法，首次系统揭示细胞间信号传导在小细胞肺癌中强化表型转换并维持群体水平异质性的机制 | 研究方法主要基于计算推断和数学模型，需要进一步实验验证 | 探索细胞间通讯在癌症表型可塑性和肿瘤内异质性中的作用机制 | 小细胞肺癌和其他多种癌症类型的癌细胞 | 计算生物学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | 多尺度推断模型、动力系统模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1519 | 2025-10-05 |
Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2410095122
PMID:40067893
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CCR2缺陷型DMD小鼠模型中骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病激活机制 | 首次证明在抑制炎性巨噬细胞浸润条件下，骨骼肌驻留巨噬细胞通过增殖发生扩增并获得致病性激活 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类DMD患者中验证 | 探究Duchenne肌营养不良症中巨噬细胞亚群的动态变化及其致病机制 | mdx5cv/Ccr2-/- DMD模型小鼠的骨骼肌组织 | 单细胞生物学 | Duchenne肌营养不良症 | 单细胞RNA测序，基于Cre-loxP的谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种基因型小鼠的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1520 | 2025-10-05 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643803
PMID:40166160
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺细胞中母乳寡糖的生物合成程序 | 首次在单细胞水平识别HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并揭示HMO合成与乳脂合成基因共表达有限 | 母乳寡糖生物合成途径在哺乳期乳腺中的复杂机制仍未被完全阐明 | 解析人类母乳寡糖在乳腺细胞中的生物合成机制 | 人类乳腺上皮细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，浓度测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |